snp-siteでSNP抽出

説明より抜粋

For the given input file:

>sample1
AGACACAGTCAC
>sample1
AGACAC----AC
>sample1
AAACGCATTCAN

the output is:

>sample1
GAG
>sample1
GA-
>sample1
AGT

snp-sites my_alignment.aln
snp-sites my_gzipped_alignment.aln.gz

snp-sites -vm -o SNP ./core_gene_alignment.aln

https://github.com/sanger-pathogens/snp-sites#example-usage

からインストールできる。

MACでもインストール可能。