metcalfらの”Short-read whole genome sequencing for determination of antimicrobial resistance mechanisms and capsular serotypes of current invasive Streptococcus agalactiae recovered in the USA”
の論文にあるPBP2X-1がリファレンス配列である。
>2X-1
GSTMKVMTLASAIDSKHFNSTEVYNSAQYKIADAIIRDWDVNEGLSSGSYMTFPQGFAHSSNVGMVTLEQKMGRDKWLNYLSKFKFGYPTRFGMLHESGGLFPSDNEVTIAMSSFGQGIGVTQVQMLRAFTSISNDGVMLQPQFISSIYDPNTGTSRTARKEVVGKPVSKEAASKTRDYMVTVGTDPYYGTLYAAGAPVIQVGNQSVAVKSGTAQIAQEGGGGYLQGKNDTINSVVAMVPSENPDFIMYVTIQQPEKFSITFWKDVVNPVLEQATAMKETILKPGLNDSEHQTKYKLSKIVGENPGHVAEELRRNLVQPIILGNGSKVSKVSKRPGANLAENEQLL
この1アミノ酸目はPBP2X全体の343アミノ酸目に該当する。
なので上記の35番目のI35VはPBP2XのI377Vに該当する。
>2X-1
GSTMKVMTLASAIDSKHFNSTEVYNSAQYKIADAIIRDWDVNEGLSSGSYMTFPQGFAHSSNVGMVTLEQKMGRDKWLNYLSKFKFGYPTRFGMLHESGGLFPSDNEVTIAMSSFGQGIGVTQVQMLRAFTSISNDGVMLQPQFISSIYDPNTGTSRTARKEVVGKPVSKEAASKTRDYMVTVGTDPYYGTLYAAGAPVIQVGNQSVAVKSGTAQIAQEGGGGYLQGKNDTINSVVAMVPSENPDFIMYVTIQQPEKFSITFWKDVVNPVLEQATAMKETILKPGLNDSEHQTKYKLSKIVGENPGHVAEELRRNLVQPIILGNGSKVSKVSKRPGANLAENEQLL
に対して変異箇所のVCFファイルを作成すれば、その座標＋342すればPBP2Xの座標に変換できる。