unicycler
--mode conservative
flye
--nano-raw ONT regular reads, pre-Guppy5 (<20% error)
--nano-corr ONT reads that were corrected with other methods (<3% error)
--subassemblies unicycler_output
--threads 64
unicycler_polish -1 short_reads_1.fastq.gz -2 short_reads_2.fastq.gz --long_reads nanopore.fastq.gz -a assembly.fasta
の流れでどうだろう。。。
この流れではダメだ。
まず、
unicycler
--mode conservative
でなるべく精度高くhybrid assembly.
その後、
flye --nano-raw ONT regular reads --threads 64
でlong read only assembly
その後、flyeのoutputに対して、
unicycler_polish -1 short_1 -2 short_2 --long_reads ONT -a flye_output
でflyeのlong readのみアセンブリをpolish。
最後に
quickmergeで
merge_wrapper.py hybrid_assembly.fasta self_assembly.fasta
らしいが、これでいけるか！？