raxml -s input_file -b 1264948 -n output_filename -m GTRGAMMA -p 2689451 -T 12 -# 500
raxmlHPC-PTHREADS -f a -s input.fasta -n output_file_name -m GTRGAMMA -p 2689451 -T 12 -# 500 -x 234792453
(nucleotide用)
!!raxmlはinputファイルのあるディレクトリに行って、走らせないといけない！なので、 -s と -n オプションにはファイル名のみを入力。パスを入力してはいけない!!
RAxML_bestTree.output_file_nameがbest-scoring ML tree of a thorough ML analysisらしい。
注意点
・inputfileに同じ配列を持った2つ以上のsampleを含めることはできない。
・inputfileに-やNを用いる事はできない。
・-mオプションはモデルの選択。ASCが語頭につくモデルはSNPのみ取り出したpseudogene解析用モデル。モデルは塩基配列、アミノ酸配列によって異なる
・-Tはスレッド数
・-bや-pオプションの数字はランダムな数字を入れる。mannualには12345だけじゃなく色々試せと書いてある。
・pseudogene解析するため補正をおこなう。（--asc-corr=lewis）
SNP alignmentの場合のコマンド
raxmlHPC-PTHREADS -f a -s core_gene_SNP_alignment_rn.fasta -n raxmlbs50rn_ASC -m ASC_GTRGAMMAX -p 0243752384 -T 12 -# 50 -x 2934752 --asc-corr=lewis -n output