・1行目だけ削除
$sed -e '1d' file.txt
・1行目から5行目を削除
$sed -e '1,5d' file.txt
・Nを全て削除する
$sed 's/N//g' file.txt
・特定文字から特定文字までを抽出する
>less test.fasta
>test1
aaaaaaaaaaa
cccccccccc
tttttttttttttt
ggggggggggg
>test2
cccccccccc
aaaaaaaaaaa
>less test.fasta | sed -ne /">test1"/,/">"/p | sed '$d'
>test1
aaaaaaaaaaa
cccccccccc
tttttttttttttt
ggggggggggg
(test1から>列までを抽出して、最後の1行を消去)
・5行目を抽出
sed -n 5p file.txt
・シェルの中で行末の特定文字を変換（かつ変数を用いる）
#!/bin/sh
echo "######key in dir name with path#####"
read dir
echo "######key in alterfile name#######"
read file
cd ${dir}
for f
do
rename=$(less filename.txt | grep -w ${f} | head -1 | cut -f6)
less ./${file} | sed -e "s/${f}\$/${rename}/g" > ./middle
rm ${file}
mv ./middle ${file}
done
これでfilename.txtを参考に${file}ファイルのIDを変更できる
・特定文字(>)の後に文字を挿入
less test.fasta
>E1
atcc
>E2
gtcc
less test.txt | sed -e '/>/s/$/[E. coli]/g' > res.txt
less res.txt
>E1[E.coli]
atcc
>E2[E. coli]
gtcc
・ある文字をタブに置換（＿をタブに置換）
sed s/_/'\t'/g test.txt
・特定文字がある行を削除
sed '/abc/d' input.file
sed '/>/d' input.fasta