（略）第二号に掲げる労働者の範囲に属する労働者を当該事業場における第一号に掲げる業務に就かせたときは、当該労働者は、厚生労働省令で定めるところにより、第三号に掲げる時間労働したものとみなす。（法38条の四）
事業の運営に関する事項についての企画、立案、調査及び分析の業務であつて、当該業務の性質上これを適切に遂行するにはその遂行の方法を大幅に労働者の裁量にゆだねる必要があるため、当該業務の遂行の手段及び時間配分の決定等に関し使用者が具体的な指示をしないこととする業務(以下この条において「対象業務」という。)（第一号）
対象業務を適切に遂行するための知識、経験等を有する労働者であつて、当該対象業務に就かせたときは当該決議で定める時間労働したものとみなされることとなるものの範囲（第二号）
対象業務に従事する前号に掲げる労働者の範囲に属する労働者の労働時間として算定される時間（第三号）
専門業務と異なる主な点は「事業の運営に関する事項についての企画、立案、調査及び分析」の業務であり、その業務を「適切に遂行するための知識、経験等を有する労働者」です。要は、より経営者側に近い管理職です。
企業としては、いわゆる中間管理職にこの企画業務型裁量労働制を適用させて賃金を抑える傾向が強いらしく、中間管理職には過酷な労働が強いられるのが現状です。このため、専門業務型と比べて労働者を保護するための制限が追加されています。
専門業務型では、対象となる業務や算定される時間などの事項に関して労使協定を締結するだけですが、企画業務型では、労使委員会の委員の五分の四以上の多数による議決が必要となります。（いずれも、所轄労働基準監督署長への届け出は必要です。）つまり、労働者の意見が少しでも反映されるということです。また、それでも同意できない場合に関して第六号に以下の記載があります。
使用者は、この項の規定により第二号に掲げる労働者の範囲に属する労働者を対象業務に就かせたときは第三号に掲げる時間労働したものとみなすことについて当該労働者の同意を得なければならないこと及び当該同意をしなかつた当該労働者に対して解雇その他不利益な取扱いをしてはならないこと。（第六号）
決議により定められた労働時間に同意できない場合は裁量労働制の対象外となり、また不利益な取り扱いをされないよう守られています。しかし実際には、昇給や昇格は抑えられるでしょうから、同意せざるを得ない労働者は多いと思います。昇給や昇格が抑えられることを証明するのは難しいでしょうから。