復元した農業管理ヒューマギア・ミドリ（伊藤有希菜）が働く畑山（山城秀之）の野菜工場・畑山ベジタルファクトリーに、トリロバイトマギアを従えた滅（砂川脩弥）が現れた。滅の狙いは或人（高橋文哉）らが管理している雷（山口大地）のデータを取り戻し、滅亡迅雷.netを復活させること。或人は断固拒否すると、マギアが工場を破壊し始める。見かねた或人はゼロワンに変身。滅もライダー滅に変身し、スキをついてミドリを人質にとると、ようやく駆けつけた諫（岡田龍太郎）をあざ笑うかのように消え去ってしまう。垓（桜木那智）によって12年前の記憶がウソだったことを知った諫。まだそのことを気にしているのでは？とイズ（鶴嶋乃愛）に指摘され、何も言い返せない。そんな諫の前にザイアを辞めた唯阿（井桁弘恵）が現れた。諫の本当の過去を亡（中山咲月）は知っているかも、という唯阿は、諫を気絶させ滅亡迅雷.netのアジトへと連れて行く。唯阿は、迅（中川大輔）の依頼に応え、亡を諫から解放しようと試みる。ミドリがいなくなり、畑山と息子の耕一（福地展成）が工場の管理に苦戦する一方、或人はイズに滅の調査を依頼。その結果、滅は父親型ヒューマギアとして或人の父・飛電其雄（山本耕史）のデータをもとに作られていたことがわかった。アークにハッキングされた今となっては、滅もその記憶を失っているはずだが…。或人は雷のデータである宇宙野郎雷電キーを手に滅との取り引きの場所へ。或人は必死に「お前は、父親型ヒューマギアだったんだ！」と訴えかけるが、滅はただ「雷のデータを渡せ」と繰り返すのみ。仕方なく或人はプログライズキーを投げ渡すが、受け取った滅はなんとミドリを破壊してしまった。滅の非情なやり方に怒りがこみ上げる或人。ゼロワンメタルクラスタホッパーに変身し、ライダー滅を圧倒。変身解除に追い込み、プログライズキーを取り戻す。変身を解除した或人の前でイズが反応。ザイアスペックを装着した人々が暴走を始めた、と或人に伝える。その中には、ベジタルファクトリーの耕一も！予想だにしなかった異変に動揺する或人。そこへ突如ライダー迅が飛来すると、或人の手から宇宙野郎雷電のキーを奪ってしまった。ヒューマギアを解放するという目的で一致、仲間だと思っていた迅がなぜ？そのころ滅亡迅雷.netのアジトでは唯阿の作業が完了、亡がついに姿を現した。「亡が蘇ったようだな」勝ち誇る滅、ライダー迅に或人の叫びはむなしく響くだけで…！
