外科医ヒューマギア・Dr.オミゴト（高橋光宏）による諫（岡田龍太郎）の治療が始まるが、エイムズの巨大兵器ギーガーをハッキングした滅亡迅雷.netの滅（砂川脩弥）と迅（中川大輔）は戦いでもゼロワンを圧倒。そして医療ヒューマギアが大量に暴走したことで飛電インテリジェンスは危機に陥る。ヒューマギアの暴走を止めるには、すべての医療ヒューマギアをシャットダウンするしかない。副社長の福添（児嶋一哉）は或人（高橋文哉）の前で決断するが、医療ヒューマギアが動かなくなると大量の負傷者を救うことができなくなる。社長として戸惑いを隠せない或人を無視し、福添はイズ（鶴嶋乃愛）にシャットダウンを命令する。Dr.オミゴトが動かなくなったことで諫の命も危険な状態に。唯阿（井桁弘恵）は、Dr.オミゴトがギーガーにハッキングされながらも暴走せず患者を救おうとしていたことを報告。或人にヒューマギアの再起動を要請する。必死に訴える唯阿に背中を押された或人は「社長の俺がヒューマギアを信じてやらなくてどーすんだ！」と、イズに再起動を命じる。あとはハッキングされたギーガーを倒せばヒューマギアの暴走を止められる。勝ち目のないまま飛び出していく或人を見送った唯阿は、イズにギーガーと関係が深いというマンモスゼツメライズキーを渡し新たなプログライズキーを構築させる。「お前らの悪意は俺が止める」そんな信念を胸に或人はゼロワンに変身。大量のトリロバイトマギアを粉砕するが、巨大なギーガーには苦戦。変身解除に追い込まれる。しかし、駆けつけたイズから新たなプログライズキーを受け取ると、ゼロワンブレイキングマンモスに変身。激しい戦いの末、ついにギーガーを撃破する。一方、以前にハッキングされていたDr.オミゴトだったが、医師としての善意をかろうじて保ち、諫の手術を成功させる。自らをヒューマギアに助けられたことを知った諫は動揺する。ヒューマギアにも善意が宿るのかもしれない…。唯阿の心にも変化が生まれるが、ニュースでは視聴者が撮影したという青い目の暗殺ヒューマギアが暴走した映像を公表。ヒューマギアがハッキングされずとも暴走するのでは？と危機感を煽っていた。その映像を撮影したのは唯阿ではないか？イズに指摘された唯阿は、再び心を閉ざしてしまう。ヒューマギアに対する考えを少しだけ軟化させた諫に喜ぶ或人。得意のダジャレを披露し諫は吹き出しそうになるが、手術の傷が痛んで笑えない。「俺のギャグって痛いの〜？」勘違いした或人の悲痛な叫びが病院の屋上にこだまして…。
