看護師型ヒューマギア・白衣の天使ましろちゃん（大後寿々花）の笑顔に癒されつつ、或人（高橋文哉）は、国立医電病院で定期健康診断を。そこへ同じく健康診断でやってきた諫（岡田龍太郎）は、医師型ヒューマギアに不快感を露わにすると、ヒューマギアが自我を持つことへの危機感を訴える。一方、唯阿（井桁弘恵）は、新たに開発された自立駆動型ヒューマギア統率兵器ギーガーの実戦配備に備えたテストを行おうとしていた。しかし、そこへ迅（中川大輔）と、滅（砂川脩弥）から唯阿を狙えという指令を受けた暗殺ヒューマギア（松村龍之介）が現れた。暗殺ヒューマギアはドードーマギアに変身、唯阿もバルキリーに変身し迎え撃つ！しかし、その間に迅はゼツメライザーを手にギーガーに接近、滅はエイムズの開発室から新たな武器を奪う。バルキリーはドードーマギアとライダー迅に苦戦、ライダー迅は強烈な一撃を放つと、滅ら去っていく。滅亡迅雷.netが人間を襲う理由は「アークの意志」と言うが、その意味とは？ましろちゃんに自我が芽生えた？不審を抱いた或人は、イズ（鶴嶋乃愛）に分析させるが異常はないという。ただし、シンギュラリティに到達すれば、ヒューマギアに心が生まれる可能性もあるらしい。そんな会話を耳にした唯阿と諫は、ましろちゃんを危険視。諫は銃を構えるが、或人は必死にましろちゃんを庇う。その時、ギーガーをハッキング、暴走させた滅亡迅雷.netが国立医電病院を襲った。駆けつけた或人、諫、唯阿に向かって、滅と迅は自分たちがヒューマギアであることを見せつけると、アークがこの星のあらゆる生物種の中で人類が最も絶滅すべき種であると判断したという。そしてギーガーを使い、ましろちゃんや医療ヒューマギアをハッキング、暴走させてしまう。或人、諫、唯阿はゼロワン、バルカン、バルキリーに変身。ゼロワンは滅の命令で襲いかかってくるドードーマギアを迎え撃ち、イズのサポートを受け撃破する。一方、バルカンは暴走するトリロバイトマギアを撃破、バルキリーはライダー迅と戦う。そんな戦いを前に滅は仮面ライダー滅に変身。その姿を見たバルカンはデイブレイクの首謀者がライダー滅だったことを確認し、逆上してしまう。「お前らだけは許さない、12年前、俺の人生を狂わせた！」常軌を逸したように攻撃するバルカンだったが、ライダー滅は強力な武器で圧倒。ライダーキックでバルカンを強制変身解除へと追い込む。変身を解除し、意識を失った諫は…!?
