バスガイド型ヒューマギア・アンナ（大久保聡美）の職場視察のため、中学生を乗せた観光バスに同乗した或人（高橋文哉）とイズ（鶴嶋乃愛）。12年前、デイブレイクと名付けられた爆発事故によって消滅した実験都市の跡地デイブレイクタウンへとやってくる。今では負の遺産となったデイブレイクタウンの爆発事故を中学生に説明するアンナ。或人はその説明を聞きつつ、エイムズの諫（岡田龍太郎）の「本当に起きたのはヒューマギアによる人間の大量虐殺だ」という言葉を思い出していた。その時、バス運転手型ヒューマギアのバース（金光真輝）が暴走。オニコマギアに変身し生徒たちを襲い始めた。或人は変身しようとするが、駆けつけたエイムズの諫と唯阿（井桁弘恵）がバルカン、バルキリーに変身。しかし、攻撃をかわしたオニコマギアは空へ飛び去っていく。或人はマギアに襲われた中学生・郷（山田日向）を保護するが、郷はデイブレイクが当時飛電インテリジェンスの社員として働いていた父・聡（鈴木秀人）の責任だ、と周囲から責められていると頭を抱える。デイブレイクの真の原因は何なのか？或人はバスガイドとして真実を突き止めたい、というアンナと再びデイブレイクタウンへと向かう。一方、諫も郷とともに真相を探るためデイブレイクタウンへ向かうが、トリロバイトマギアに襲われる。そこへ或人、イズ、アンナも合流、或人は「隠し事はしない」とあえて諫らの前でゼロワンに変身。諫、アンナらを先に行かせると、現れたオニコマギアとファルコンにフォームチェンジし上空で戦う。諫と郷、アンナは爆発が起きたとされる飛電ヒューマギア工場跡地を探るが、またもトリロバイトマギアが襲ってきた。諫は唯阿から手に入れた新たなプログライズキーでバルカンパンチングコングに変身。そんなバルカンから励まされ、折れかけた心を立て直した郷は旧型ヒューマギアのメモリーを見つける。メモリーを解析しようとしたアンナだったが、ゼロワンと絡み合うように飛び込んできたオニコマギアによってトリロバイトマギアに変えられてしまった。が、トリロバイトマギアはわずかに残されたアンナの使命感からメモリーを解析。爆発は滅亡迅雷.netによるヒューマギアの反乱で、郷の父・聡はたった一人でそれに立ち向かっていたのだった。バルカンはトリロバイトマギアとなったアンナを攻撃せず、オニコマギアを必殺技で撃破。アンナを回収しようとするが、目の前で突如消滅する。驚愕するゼロワンらだったが、滅亡迅雷.netの滅（砂川脩弥）が動いていたことなど知る由もなく…。父親が一転ヒーローとなり、晴れやかな気持ちで前へ進み始めた郷。諫も或人の「隠蔽しない」という言葉を信じ、或人の見方を変えつつあったが、なぜかお寒いギャグに笑いをこらえることが出来ずに逃げ出すのだった。
