永夢(飯島寛騎)の命の恩人で衛生省大臣官房審議官の恭太郎(野村宏伸)が、グラファイト(町井祥真)によってゲーム病に感染してしまった。今度は自分が先生を助ける番、とはやる永夢は、冷徹に治療を進めようとする飛彩(瀬戸利樹)と激しく対立する。プロトドラゴナイトハンターZガシャットでパワーアップしたグラファイトの狙いは、多くの人々をゲーム病に感染させバグスターを大量に増やすこと。永夢は黎斗(岩永徹也)が持ってきた未完成のドラゴナイトハンターZガシャットを奪い、恭太郎を救うためグラファイトを探して奔走する。ビルの屋上からウイルスをばらまくグラファイトを見つけた永夢はエグゼイドに変身。グラファイトもダークグラファイトバグスターに変身、成長した巨大ドラゴン、プロトハンターゲーマにエグゼイドを襲わせる。グラファイトを狙うブレイブ、新たなガシャットを狙うスナイプも戦いに加わる中、エグゼイドはガシャコンソードを手にプロトハンターゲーマを撃破。ドラゴナイトハンターZガシャットを完成させるとエグゼイドレベル5へとチェンジする。しかし、ドラゴナイトハンターZガシャットがもたらすレベル5の強力なパワーにエグゼイドは暴走。ダークグラファイトバグスターに一撃を加えるのが精いっぱい、変身を解除する。自らも深く傷ついた永夢、新たなガシャットを使いこなし恭太郎を救うには…!?