巨大隕石を破壊するにはウォズ（渡邊圭祐）が、ライダーウォズに変身。ギンガファイナリーの太陽モードで隕石を中から焼きつくすしか方法はない。ウォズの提案に、ソウゴ（奥野壮）はライダーウォズをジオウフォーゼアーマーで宇宙へと連れて行く決意をする。加賀美（佐藤祐基）が影山（内山眞人）に拉致されていることがわかった。影山は加賀美を解放する見返りにフォーゼウォッチとギンガウォッチを要求する。この2つを奪われては隕石を破壊できない。ソウゴらはウォッチを守り、加賀美を救出したかと思えたが、突如現れたアナザーカブトに邪魔をされウォッチを奪われてしまう。地球を破壊されれば元も子もないのはタイムジャッカーも同じ。ウール（板垣李光人）は影山から2つのウォッチを奪うが、スウォルツ（兼崎健太郎）はそのウールからウォッチを受け取ると行き先も告げず去って行く。一方、士（井上正大）に導かれ2058年の世界へとやってきたツクヨミ（大幡しえり）は、一人の少女と対面。その少女はツクヨミのように時間を止めると、現れた少年を「お兄ちゃん」と呼び去って行く。衝撃的な場面にある疑念が頭をもたげるツクヨミ。そのツクヨミの前にスウォルツが現れると、フォーゼウォッチとギンガウォッチを手渡しソウゴらに返せという。隕石を破壊するにはツクヨミの力も必要になるらしい。「お前と時の王の力が共鳴する時、新たな時代が誕生する」スウォルツは謎めいた言葉を残して去って行く。ツクヨミからウォッチを受け取ったソウゴとウォズは、ゲイツ（押田岳）、加賀美とライダーに変身。矢車（徳山秀典）が変身したキックホッパーらをライダーゲイツらに任せ、ジオウとライダーウォズは宇宙へと飛び立って行く。キックホッパーはアナザーカブトに変貌、ガタックを圧倒し変身解除へと追い込む。そこへカブトゼクターが飛来、加賀美の手の中に収まった。意を決した加賀美は、なんと仮面ライダーカブトに変身。カブトはアナザーカブトを、ライダーゲイツはパンチホッパーを撃破する。宇宙では時間を止めたツクヨミのサポートもあり、ジオウとライダーウォズがゲイツも合流して隕石の破壊に成功。影山が目論んだ大量のワームの地球襲来を間一髪阻止する。ワームだった影山は消滅、矢車は肩を落として去って行くが、地球の平和は守られた。そしてソウゴは加賀美からカブトライドウォッチを受け取り、すべてが解決…と思われたが、汽笛とともにデンライナーが!?
