Part Ⅰで脱走した檀黎斗と女医の八乙女紗衣子に囚われたポッピーピポパポ。
同じくして目の前に黒い仮面ライダーパラドクス(仮面ライダーアナザーパラドクス)が現れたパラド。
話は逆戻り、再生医療センターと幻夢コーポレーションが共同開発した育成ゲーム『バグスターをつくるぜ!』のテストプレイヤーとして宝生永夢がパラドを、八乙女紗衣子がポッピーピポパポを育てることに。
しかし話は思わぬ展開に。
もう一人のパラドとは?
檀黎斗によるバグスター育成ゲームの本当の目的とは?
ウィルスであったバグスターに心が芽生えたが故のパラドとポッピーピポパポが物語を熱くさせる。
Part Ⅲでは決着が着くのか?
『仮面ライダーゲンムVS仮面ライダーレーザー』楽しみ。