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RSS Graffitiを使ってFacebookページへの連携を行っていますが、

これ、Twitterまで流れていない。

FacebookページはTwitterに連携させていますので

Facebookページで書いたコメントは流れています。

Facebookページ、直接記載のコメントは外部反映しても

外部から連携したものは違う認識になるのか？

結局のところ、Facebookページにアメブロのアドレスを

コピペしておく（自動連携ではなく手動で行う）のが一番無難かも。