2011年7月の新潟・福島豪雨により、会津川口駅~会津大塩駅間で只見川第5 - 第7橋梁が流失、また会津坂本駅~会津柳津駅間で路盤が流出し、会津坂下駅~小出駅間が不通となり、只見線は小出駅~会津坂下駅間113.6 kmが不通となりました。
2022年(令和4年)10月1日、最後まで不通となっていた会津川口駅~只見駅間27.6 kmが復旧しました。