1888年に国府津～小田原～湯本（現；箱根湯本）間の小田原馬車鉄道として開業し、1896年に小田原電気鉄道、後の小田電に改称し、1928年1月21日に小田原電気鉄道が日本電力と合併した際に日本電力小田原営業所となり、同年8月に日本電力から箱根登山鉄道として分社化しました。
1942年に日本電力が持株を東京急行電鉄に譲渡し東急の傘下となりましたが1948年の大東急の分割によって小田急電鉄の関連会社となりました。
開業当時の馬車鉄道（軌道線）は1900年に電化され日本で4番目の電気鉄道となったのですが、この軌道線は東海道線熱海ルートの開通によって1920年（大正9年）に国府津～小田原間が廃止となり1935年現在の鉄道線が箱根湯本～小田原に延長され、箱根板橋～箱根湯本間が廃止となりました。
箱根板橋～小田原間は小田原市内線として市民の足として親しまれていたが1956年5月31日限りで廃止されバスに置き換えられてしまいました。
現在の鉄道線は1919年に箱根湯本～強羅間が1935年に小田原～箱根湯本駅間が開業しました。
紆余曲折を経て2003年8月1日に小田急電鉄の完全子会社となりました。
2004年10月1日に会社再編に伴い鉄道事業を新設の箱根登山鉄道株式会社に承継した後、2006年3月18日 鉄道線には小田原～箱根湯本間を終日小田急電鉄の車両で運行するようになりました。
そして2006年9月からは小田原～入生田間の登山線用レールが撤去され、この区間は狭軌の小田急車両のみの運行となりました。
