最近見返したコナンで都営バスが出てきた回をまとめます、全てをチェックしてませんので恐らく漏れはあると思います。
① 謎めいた乗客 230話、231話
バスジャックメインの話なのでここでC-W707がモデルとなり登場、再現率はかなり高い。
② 揺れる警視庁1200万人の人質 304話
逃走手段で再登場、爆破されてから奇跡の復活。 EDにはジャーニーっぽい車両も登場。
③ 疑惑を持った蘭 400話
新一との回想シーンで登場、運転手に偽造ナンバーの車を追ってくれと言いかけそうになる。

この回リアルタイムでも見たのですがもう11年前なんですね、当時ドラ○もんのリニューアルにショックを受けたもののコナンなどは変化がなくて一安心したような記憶がある。
④ 幽霊ホテルの推理対決 646、647話
ホテルまでの移動手段として登場しLED化される、たしか車番が変更されたかと。
⑤ コナンVS平次 東西探偵推理勝負 651話
引き続きLED幕で登場、車番はW707
⑥ 高木刑事、手錠で逃走 791話
側面のみの描写、これで作中のW707は多分25年現役。
恐らく謎めいた乗客の時に徹底的に調査した資料を使いまわしているのでしょうね、というか僅かなバス登場シーンの為に新車を調査する必要ないですしね。