こちらを参考にさせていただきました!

http://linux.ikoinoba.net/index.php?UID=1321973153

■自動判別させたい文字コード登録
gsettings set org.gnome.gedit.preferences.encodings auto-detected "['UTF-8','CURRENT','SHIFT_JIS','EUC-JP','ISO-2022-JP','UTF
-16']"

■文字コードを指定して保存できるようにする
gsettings set org.gnome.gedit.preferences.encodings shown-in-menu "['UTF-8','SHIFT_JIS','EUC-JP','ISO-2022-JP','UTF-16']"


ものすごく助かった。。