ZABBIX に数十個のホスト/スクリーンを登録してたら
表示が重かったりデータが表示されなかったり。

以下の回避策で対処できた。

# service zabbix_server stop

# mysqldump -u root -p -x --all-databases > db.dmp

# mysql -u root -p
mysql> drop database zabbix;
mysql> quit

# service mysqld stop

# rm -rf /ib_logfile0
# rm -rf /ib_logfile1
# rm -rf /ibdata1

# service mysqld start

# mysql -u root -p
mysql> create database zabbix;
mysql> grant all privileges on zabbix.* to zabbix@localhost;
mysql> flush privileges;
mysql> source //db.dump
mysql> use zabbix;
mysql> show tables;
(略)
mysql> optimize table テーブル名, テーブル名, …, テーブル名
 ※show tables で表示されたテーブル全てが対象

# service mysqld stop
# service mysqld start

# service zabbix_server start

※MySQL 5.1.38 以降から同梱されているInnoDB Pluginを使ってみるのも良いかも。
 設定は/etc/my.cnfに以下を設定すること。
[mysqld]
ignore-builtin-innodb
plugin-load=innodb=ha_innodb_plugin.so
plugin_dir=/usr/local/mysql/lib/mysql/plugin