レックスの屋敷、ラナがクロエに電話をしている途中で携帯を取り上げられる。
「誰とも話さないと納得したはずだが？」
友達に自分が無事だと伝えただけだと言うラナにレックスは自分の言うとおりにしていれば君も石も安全だとなだめる。そして石をセーフティに収めたいレックスだが、ラナに拒否される。
調度ケント農場を出発したトラックは通りに出たところでジェイソンの乗ったトラックとはちあわせる。
彼は血まみれだった。心配するジョナサンとマーサはトラックから降りて駆け寄ると、いきなりジェイソンにショットガンを突きつけられる。彼はクラークを探しているのだ。あと１４分。
道路は避難する車で渋滞していた。軍隊が誘導している中、クロエとロイスの乗った車は逆方向を走っている。ラナとの電話で、何か尋常でないことが彼女に起きていると感じたクロエはレックスの屋敷へ向かうつもりでいた。ところが誘導する軍人に止められた彼女達は、ロイスが機転を利かして引きつけている合い間にクロエを行かせる。
その頃レックスはのん気にブランデーを煽って避難しないライオネルに嫌味を言う。この期に及んでまだ石を持っていないというライオネルだが、クラークが洞窟の部屋でラナから貰った石を置くと、突然ライオネルのポケットに入っている石が光りだし、はじかれたようにバランスを失って倒れ、痙攣を起こす。石を触ろうとしたレックスも弾き飛ばされ壁に激突。やってきたガードマンにライオネルを上の部屋へ運ぶように指示し、目を見開いたまま動かない父に向かってレックスが、「聞こえるか父さん？あなたがそうしたかったような息子に自分はなったんだとわかって欲しい。」と言う。ガードマンに運び出される父を尻目に光る石を見つめるレックス。洞窟では突然ノイズがクラークを襲う。
レックスの屋敷に猛スピードで現れたクラークは、ノイズで石のありかを見つける。書斎をふっとばし、隠し金庫を見つけるが、そこにも中国で石を見つけたとき同様のクリプトナイトの光を出す仮面がクラークを捕らえる。石を見つけたクラークは石をつかむがそのまま倒れて気を失う。・・あと５分。
ショットガンを持ったジェイソンはジョナサンとマーサをケント家に連れ込み、親ならクラークの秘密を知ってるだろう！と銃を突きつける。母親を探して避難した方がいいとマーサに言われるが、「見つからないんだ！」と叫び、銃をマーサに向け「石はどこにある！！」
レックスの屋敷ではヘリコプターでの脱出準備が整っていた。ヘリに向かうラナとレックスだが、レックスは行かないと言う。そして飛び立つ前に安全のため石を渡すよう言うレックスにラナは持ってないと言う。突然感情的になったレックスはラナのバッグを取り上げ、中身を探るがそこには入っていなかった。「あなたは私を助けたいわけじゃない！石が欲しいだけなのよ！」と言われ、バッグを返しながらそうじゃないと説明するが、ヘリのパイロットに「もう行かないと」と促され、そのままラナをヘリに乗せる。レックス一人を残しヘリは飛び去る。
ラナを探しに来たクロエは荒らされた書斎の床に倒れているクラークを見つける。石を手に持つクラークと、金庫室の緑色に輝く仮面の目で瞬時に判断したクロエはクラークをひっぱって金庫から遠ざける。
金庫から離れた瞬間緑色の光が消え、そこへレックスが現れ、荒らされた部屋に唖然とする。そしてラナを探しに来たとクロエが声をかけると同時にクラークは猛スピードで走り去る。ラナは去ったと言い、何が起こったか聞くが、クロエは来たらこうだったと答える。金庫に行くと石が消えている。
「君は何か言ってないこともあるんじゃないか？誰がやったんだ！」
「本当のこといって私はラナを探しに来ただけ。」と言うがレックスは信じない。またしても感情的になったレックスはクロエの両腕を掴んで「誰が石を取ったんだ！！」でもわからないと白を切り続けるクロエ。私達も逃げないととうながすが、今すぐ石を探し出すんだと彼女の腕を無理矢理取って部屋から連れ出す。・・・あと１分２５秒。
ショットガンをつきつけられているマーサにジョナサンが本当のことを話したほうがいい、と言うと、声を震わせながら「２階に行って・・・クラークの部屋に・・」とその隙に椅子に縛られたままのジョナサンがジェイソンに体当たり。銃を取り落とし倒れるジェイソンだが、再び銃を取ろうとする手を踏みつけるマーサ。しかし足を引っ張られて転倒。銃で首を押さえつけられているところにジョナサンが殴りかかる。しかし結局形勢は元通りに。再び二人に銃を突きつけるが、そこへ大きな地響きのような音が。
隕石がケント家を襲う！隕石は走っていた大型トレーラーにも襲い、高校も、避難していた車や人にも降りかかる。たくさんの隕石が降りかかるのを呆然と立ち尽くしている男の子をクラークが助ける。
隕石はラナの乗ったヘリコプターにも襲いかかっていた。巧みに避け続けるが、尾翼に隕石が当たり墜落してしまう。
３つ目の石を手に入れたクラークは洞窟へ。３つの石を合わせる。時同じくレックスとクロエも洞窟へ。
「なんでこんな時に洞窟へ？」というクロエに、洞窟や石のことはみんな知ってるくせにと言いながら「誰が盗んだんだ！一体誰をかばっているんだ？クラークか！」とレックス。「クラーク？」と顔をしかめ、なんのために彼がそんなことを？と聞くと「君が答えろ。君は誰よりも彼のことを知ってるだろう？」それでもクラークは盗んでいないと言い切るクロエ。
そこへ洞窟の奥から光が。１つになった石が輝きだし、宙に浮き始める。
あれはなんだ？とレックスが奥に近寄る。「気をつけたほうが良いわよ。危険だから！」とレックスを岩壁に思いっきりつき飛ばし、クロエは一人で奥へ。クラークは宙に浮いた石を掴むと強力な力と光に包まれる。クロエが見ている中、クラークは突然消え、後からきたレックスとクロエは吹き飛ばされる。
ロイスは隕石から逃れ、車を停めて丘を駆け上がる。隕石に襲われ煙が立ち上る、遠く先にあるスモールヴィルを呆然と見つめた。（写真１）
ヘリは墜落したが、ラナは傷を負いながらも助かった。パイロットは無残な死に様だ。ヘリの残骸から足を引きずりながら這い出ると、土の盛り上がったものが目につき、そこまで這い登る。そこで目にしたものは黒い逆三角形をした宇宙船だった。ラナの見ている前で扉が開かれようとしていた。(写真２）
クラークが飛ばされた先は一面大雪原だった。たった一人そこで立ち尽くしている。そして手に持っていた石を投げ飛ばすのだった。(写真３）・・・・次シーズンに続く。
またしても中途半端なシーズンファイナルの最後。これから続きを見るのに４ヶ月待たなければなりません。来シーズンではクラークがカレッジへ行く話になるそうですが、レックスは今まで自分が友達だと思っていた人たち全員に裏切られたことに対してどうでるのか？宇宙船を目撃したラナやクロエは？
そしてジョナサンやマーサ達はどうなったのか？もう気になって仕方ありません。