By the time the courier finally arrived,

【問題】
By the time the courier finally arrived, we ___________ the package by an alternative carrier.

【選択肢】
1.　have already sent
http://jibun.atmarkit.co.jp/scenter/ittrain/93_20050824_a1.html

2.　had already sent
http://jibun.atmarkit.co.jp/scenter/ittrain/93_20050824_a2.html

3.　already sent
http://jibun.atmarkit.co.jp/scenter/ittrain/93_20050824_a3.html

4.　having already sent
http://jibun.atmarkit.co.jp/scenter/ittrain/93_20050824_a4.html

問題提供：リアル・イングリッシュ・ブロードバンド株式会社
http://jibun.atmarkit.co.jp/misc/ct.php?id=TR56_RE1
No.09320050824

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【解説】
正解は had already sent 「すでに発送した」です。過去のある時点よりも前に起こった事柄や経験を表す場合には過去完了形を使います。have already sent は現在完了形で、現在とのつながりを述べるときに使いますので正しくありません。already sent 「すでに発送した」は、いつ（宅配便業者が到着する前に）小包を発送したのかということを示していませんので、正しくありません。また、having already sent という動詞の時制は存在しませんので、正しくありません。