記録的豪雨で土砂崩れなどが相次いだ熊本県阿蘇市で１３日、県警は新たに３人の遺体を確認し、熊本、大分両県の死者は２０人、行方不明は７人となった。九州は１３日も大雨に見舞われ、気象庁は土砂災害に厳重に警戒するよう呼び掛けた。大分県日田市は約５０００世帯約１万５０００人に避難指示を出した。国土交通省九州地方整備局によると、同県中津市の山国川上流で護岸が崩れ、氾濫が確認された。佐賀県小城市も約３４００世帯１万１００人に避難指示を出した。阿蘇市は市全域の約１万１０００世帯に避難勧告。熊本県内６市町村で少なくとも約１０００戸が断水しており、阿蘇市などで陸上自衛隊が給水活動した。阿蘇市では、１１日の降り始めからの雨量が６００ミリを超えた。熊本県によると１３日夕までに、家屋の全半壊が１０４棟、床上浸水が４８１棟に上り、被害は計９２７棟になった。気象庁によると、１３日に鹿児島空港で観測史上最大の１時間に１０１・０ミリ、佐賀市で９１ミリの猛烈な雨を観測した。気象庁は、１４日昼前にかけて非常に激しい雨の恐れがあるとしている。福岡県の多い所で１時間に８０ミリ程度、１４日午後６時までの２４時間に福岡県で２５０ミリ、佐賀、長崎、大分各県で２００ミリの雨が予想される。ＪＲ九州によると、豪雨で豊肥線と肥薩線で線路への土砂流入などが相次ぎ、一部は復旧に数カ月かかるという。