日本政府は１３日、北朝鮮による長距離弾道ミサイル発射に関し、藤村修官房長官が午前８時半すぎに記者会見し、午前７時４０分ごろ、北朝鮮から何らかの飛翔体が発射されたと正式に発表した。韓国国防省の報道官は１３日、北朝鮮が人工衛星と主張する長距離弾道ミサイルを同日午前７時３９分ごろに発射したが、数分後にいくつかの破片に分離しながら墜落し、発射は失敗したと推定されると発表した。藤村氏は「わが国への落下物などによる影響は一切ないと考える。国民の皆さんは冷静に平常通りの生活、業務に就いていただくようお願いする」と述べた。田中直紀防衛相は「何らかの飛翔体が北朝鮮から発射されたとの情報を得ているが、洋上に落下したもようだ。わが国領域への影響は一切ない」と述べた。同時に「不測の事態に備えて引き続き緊張感をもって万全の態勢で臨んでいく」と強調した。政府筋は１３日、飛翔体は上空約１００キロの付近で、少なくとも三つに分裂したと明らかにした。政府は１３日午前８時４０分から官邸で安全保障会議を開いた。北朝鮮は１２～１６日の午前７時から正午までの間に発射すると予告。１２日は発射されなかった。政府は首相官邸を中心に警戒態勢を続けた。野田佳彦首相は発射に備え、予告時間が始まる午前７時より前に官邸に入った。防衛省は日本領域内にミサイルの一部が落下してきた場合に備え、迎撃能力を持つイージス艦を周辺海域に展開させるとともに、地対空誘導弾パトリオット（ＰＡＣ３）を沖縄や首都圏に地上配備し迎撃態勢を取った。