３部作映画の完結編「２０世紀少年 最終章 ぼくらの旗」（堤幸彦監督）が、８月２９日の公開初日までラストの１０分間を隠すことになった。封切り前のすべての試写会で１０分短縮バージョンを上映する。結末など原作漫画とは別のストーリー。最後の１０分で謎の教祖「ともだち」の正体が明らかになるため。結末は企画段階からトップシークレット。脚本の準備稿は真相が書かれたものと削除したものの２冊が用意され、ラストに出演する俳優だけに配られた。「撮影後も内容はかなり修正されているので、すべての真相が分かっているのは１０人ぐらい」（飯沼プロデューサー）という。最終章の脚本は原作者の浦沢直樹氏と長崎尚志氏。「とにかく素晴らしい台本で、役者の演技も素晴らしかった。３部作を飾るにふさわしい、映画史に残る最高のエンディングになる」飯沼プロデューサーは、「『ともだち』以外にも多くの謎があり、ラスト１０分に至るまでにカギが解かれていく。群像劇でもあり、いろんな人の決着も見られる。ラスト１０分をお見せしなくても、十分満足いただける」。