もうちょっと気になったんで、さらに調べてみました。
例えば、このよく見る感じの出口にある案内標識。
１枚目の写真は東京メトロの駅の標識。「JR○○駅」となっていて、やはり常磐線だということは記載してません。
２枚目はつくばエクスプレスの駅の標識。こちらも、「JR○○駅」となっていて、やはり常磐線だということは記載していないのですが、わかりにくいという苦情でもあったか、壁に貼ってある非公式な（？）案内には「常磐線」と記載してますね。
３枚目はＪＲの駅の標識。こちらは東京メトロとは書かず、「日比谷線」と記載してます。これが最も親切ですねぇ。