1349年、英仏百年戦争の時代。「黒死病」として恐れられたペスト（Plague）が猛威を振るうフランスを舞台。
高名な騎士であり領主でもある父ローベルと、錬金術を修めた母ベアトリスのもとで平和に暮らしていた会うことは無く、慎ましく暮らしていた二人、ある日突然ユーゴを狙ってやって来た異端審問官の衛兵たちに襲われ、父を殺される。そして母からは、錬金術師でもある医師ローレンシウスのもとへ行くように言われ、旅立つ。時同じくして、この地域に人を食い殺すネズミの大群が大発生していた。異端審問官とネズミという二つの驚異に狙われながら、幼い二人の過酷な旅が始まる。