もちろん「生（ハ）える」は前も今も漢字表記です。
今回変更になったのは、前のルールで平仮名表記であった場合で、表題のとおり日本語としては「栄」あるいは「映」で表記できるものです。ちょっと前「インスタ映え」という言葉がはやりまして、当時の用字用例辞典の表記が身についた私個人的には平仮名で書きたくてたまらなかったのですが、今回の改訂で用字用例辞典のルールが一般の表記にちょっと近づいたと言ってもよいのかもしれません。
さて、その書き分けですが、用字用例辞典を見てみますと、シンプルに「夕日に映える山」「勝利に栄える」という用例だけが記載されていてちょっと分かりづらいです。
ですのでいつもどおりデジタル大辞泉を見てみますと、「映える」と「栄える」は一つの項目として扱われていました。
以下引用します。
１ 光を受けて照り輝く。「夕日に―・える連山」
２ 引き立ってあざやかに見える。また、よく調和する。「紺のスーツにネクタイが―・える」
３ （栄える）りっぱに見える。目立つ。「―・えない役割」
ただ、分かりやすいことに３は「栄える」である旨が記載されており、用字用例辞典の例とも一致しているようです。よって、用字用例辞典的にも上記の意味で書き分けてよいのではないかと思います。