頻出語ですが、今でもたまにうっかり変換ミスをしてしまいそうになるものです。
平仮名表記の「とまる」のほうは、漢字で「止」「留」「停」と書けるもののほうです。
これを私はずっと漢字で書く癖がついておりまして、最近はようやく平仮名表記で書くことになれてきたんですが、「通行どめ」「歩どまり」なんかのほかの漢字表記の言葉にくっついているときに、ついぞ漢字で書きそうになってしまいます。
漢字表記の「泊まる」のほうは、「宿泊する」の意味の場合はもちろんですが、「船が停泊する」場合にも用いられます。
私はこのうち後者の「船が停泊する」のときをうっかり平仮名表記してしまいそうになります。多分ですが、船だと「船が桟橋に泊まっている」になりますが、バスだと「バスがバス停にとまっている」になるので、それとの区別がうまくつけられていないんだろうと思います。
しかしながら辞書でも「泊まる」の意味は「宿泊する」と「船が停泊する」となっていますので、日本語としてはそこの区別をきちんとつけるのが正しいです。
この仕事を始めて年々たってもこういう非常に基本的な日本語すら間違って覚えていることに気づくことが多く、反省しきりです。