第8話からは主人公別のルートに突入します。
第8話 大宇宙の墓場
ヤマトが動けないのでその指揮範囲の限界に味方機を配置して迎撃するのみ。ツヴァルケ(メリダ)がスポット参戦、非常に狙われやすいですが指揮範囲内にいる限りほぼ被弾することもないので適度に反撃。彼女で1機撃墜しておくと早期加入フラグも立ちます。
クリア後、別の地球へ跳ばされることになりますが、クリア後のインターミッションでは全機残っているので再加入時に向けて強化したければまだ間に合います。ここまでが長いプロローグみたいなもんですね。
第9話 凪の海
青い海の地球(西暦世界)で仕切り直し。
ガインがスポット参戦、途中で主人公が登場しますが戦闘に参加させるまでもなく終了。
第10話 嵐の勇者
途中で、ガードダイバーとトライボンバーが登場し、ガインはマイトガイン(舞人)にパワーアップ、全機そのまま自軍に参入。
クリア後、ファクトリーが解禁。Tacカスタマイズが可能になるので、リペアライズ(HP/ENが10%回復)、TacPゲイン(撃墜数*10のTacP獲得)、クリティカルブースト(ExC上昇でクリティカルの威力が1.4倍)、フォースプラス(出撃時に気力+10)、を一気に開放。
第11話 黒衣の復讐者
ブラックサレナ(アキト)がスポット参戦。ナデシコB(ルリ)、エステバリス(サブロウタ、リョーコ)が味方増援から自軍参入。
敵のバリアが非常に厄介で、適度に削って育てたいパイトットでトドメ、というのが狙えない。そもそも全く興味ないナデシコ関係でイライラさせられるというのも不快。
第12話 混沌を破壊する者
ここから共通ルートです。
味方増援のトレミー改(スメラギ)、サヴァーニャ(ロックオン)、ハルート(アレルヤ)が参入し、同時に刹那、ティエリア、トビアも自軍復帰。一気に仲間が増えました。
クリア後にボーナスシナリオが2つ解禁。
ボーナスシナリオ 真実に立ち向かう者
CBとトビアの邂逅エピソード。トレミーを中心に進軍・迎撃しているうちに終わります。
ボーナスシナリオ 出航、新たなナデシコ
こちらはCBとナデシコの思い出編。二隻の戦艦はどちらもP武器もヒット&アウェイもないのでひたすら進軍して指揮範囲を展開するのみ。コーラサワー?あぁ、いたかも
第13話 禁断の海
起伏のある島と海上がメインの移動しづらいマップ(おまけに見づらい)。3PPには初期配置の敵は全滅しドラゴンが出現、自軍にはデナン(テッサ)、ARX-7(宗介)、M9(マオ、クルツ)、M9D(クルーゾー)、Ξ(ハサウェイ)が登場しそのまま参入。パラメイル三機(サリア、エルシャ、ヴィヴィアン)がスポット参戦。マップ上がユニットだらけに。
第14話 血塗られた白き翼
前半戦でパラメイル組(前話の三人+ロザリー、ヒルダ、クリス)が参入。この6機は後半戦の出撃選択時に強化・育成も可能。アンジュはグレイブでスポット参戦。
後半戦では開幕時にZZ(ジュドー)、Z(ルー)、百式(ビーチャ)、ガンダムMk-II(エル)が参入。途中でヴィルキス(アンジュ)が正式に参入。
大所帯になったところで分岐シナリオが入って、アンジュ捜索組と日本帰還組に部隊が分割されます。今回は日本帰還ルートを選択肢ました。