新宿の工事現場で次郎たちが貝の化石の付着した大きな岩を発見し，MATに連絡した。
郷隊員は詳しく調べるべきだと主張するが、岸田隊員はマットシュートで焼くだけに留めてしまった。
後にこの大きな岩は怪獣ツインテールの卵であるとわかる。
基地に戻ってからも二人は口論を続けていたが加藤隊長が「我々の仕事は即断即決。私は岸田の判断を信じる」と言って遮った。
その頃，採石場で地震が発生。怪獣グドンが出現した。
再び郷隊員と岸田隊員はアローで出動。
岸田は怪獣に近づいたらミサイルを発射するよう郷に指示した。しかし，郷は怪獣の近くに蝶を追っかけている女の子を目撃し攻撃を中止。
上野隊員は「俺は郷を信じる。彼のとった行動は正しい」と援護したが，加藤隊長は指示に従わなかったことを理由に自宅謹慎とした。
謹慎となった郷をアキが買い物に誘うが郷は断る。坂田健は「少女を見たというなら胸を張っていればいい」と言う。
そしてアキが地下ショッピングセンターで買い物をしている時，ツインテールの卵が孵化。
地震が発生し，買い物中のアキたちは地下に閉じ込められてしまう。
MAT本部には岸田隊員の叔父にあたる参謀長官が突然現れた。
岸田隊員はグドンとツインテールの捕食関係について解説する。
長官はツインテールの卵を焼き払うよう命令する。卵の近くには買い物に行ったアキを含む５人が閉じ込められているため，郷は反対するが長官は「一千万の命を救うため５人の犠牲はやむを得ない」という。
郷は「こんな長官のもとではやっていられない」と言ってMATのバッジを外し，出て行こうとする。
上野隊員が「気に入らないことがあるとやめるのか。無責任ではないか」と諫める。
しかし郷はアキたちを助けるために出て行った。
「長官の言うとおり出動しましょう」という岸田隊員に対し，加藤隊長は「５人の救出が優先だ。MATの不始末は私が収拾をつける」と言う。
上野は郷を追って５人の救出に向かった。郷や坂田が必死になって瓦礫を取り除いている中，卵が孵化しツインテールが出現。
街でツインテールが暴れ出すと郷はウルトラマンに変身。
怪獣ツインテールに向かっていく。
ツインテールにチョップするがダメージを負う。
腕を構えてツインテールの動きを静止させ平手打ち。
ツインテールの胴体をつかもうとする。
逆に足首を噛みつかれてしまう。
不意打ちに面食らうウルトラマンはムチで首を絞められる。
拘束を解こうとするが、首と足を同時に締め上げられ身動きがとれない。
腕を十字に組んでウルトラスパーク。
ツインテールの動きが止まった。
振りほどき開放されるウルトラマン。
再び構えるウルトラマン。接近しようとするもなかなか近づけない。
気合いをいれて再度近づく。
ジャンプしてツインテールを飛び越える。
キックを食らわした。
背後に立って胴体を抑え込む。カラータイマーが赤く点滅。
ようやくツインテールを押さえ込んだところにもう一体の怪獣グドンが登場。
ツインテールが体を捻り、新マンをグドンの前に放り投げる。
二大怪獣に挟まれた新マンは左右を牽制する。
夕陽の中，二体の怪獣に挟まれたウルトラマンはどうなるのか？
