とある夜、怪獣によって地底科学センターが破壊され，センターの小泉博士が宍道湖で自殺と報じられた。
小泉博士は上野隊員の知人であり，娘のチドリとは幼なじみだった。
「先生が自殺するはずない」と憤っていたところに小泉の娘，チドリから電話が入る。
伊吹隊長は上野に小泉博士の自殺について調べるよう命令。上野が早速会いに行った。
２人とも博士の自殺が信じられないと話していた。その時，突風によってチドリが宙に舞い上野が受け止めた。本部に報告しつつ、二人は宍道湖へ向かった。
ＭＡＴでは二人の関係を噂していたが，伊吹は小泉博士が上野の父親代わりだったと話す。そこへ博士の足取りを写した写真が届いた。真珠湖に行った2人はそれを聞いて現場を確認した。しかし，チドリが崖に立ったとき、急に土砂崩れが発生しチドリが落ちそうになった。
車で移動中も山が崩れ，間一髪逃れた。チドリの周囲ではこのような不思議な出来事が続いていた。
さらに，チドリが寮に電話するため電話ボックスに入ると、急に煙が発生。不審な男が銃撃してきたため，上野はその男を銃殺。しかしその男こそ小泉博士であった。
上野は錯乱していたが，郷が駆けつけて上野を殴り気絶させた。
話をききつけてＭＡＴ本部には参謀が来訪し，MATの解散を匂わせた。
上野は牢獄にいれられ，チドリは丘隊員の家に預けられることになった。
しかしチドリは夜，家を抜け出し街を彷徨って車に轢かれそうになる。偶然通りかかった郷が助けたが，車には怪人のような姿が見えた。
ＭＡＴ基地に戻ると郷は先に目撃した怪人と同じ顔の写真を見つけた。
さらに改めて資料をよくみると小泉博士に撃たれた弾丸が上野の銃とは逆巻きであると気づいた。これによって上野は釈放される。
さらにチドリが写真を見て郷が目撃した怪人は原始地底人キングボックルだと判明。
キングボックルは地底人であり、その研究成果をチドリが持っていたのだ。小泉博士を襲ったにはキングボックルであったとわかった。
その時，地震が突然発生。
上野は取り乱して銃を乱発するが，郷が上野を殴って気絶させた。そして郷はウルトラマンに変身。
ウルトラマンは建物を避けるとキングボックルとの戦闘を開始。
体当たりから
腰にかかえあげて投げ。
とっくみあう中，マウントをとってパンチやチョップで攻撃。
しかしキングボックルが赤い煙を出して反撃。
キングボックルはキックや投げで攻める。
なんとか立ち上がるウルトラマン。
しかしキングボックルは頭上のアンテナを回転させ，ウルトラマンを足下から地中に沈めていく。
しかしウルトラマンはチドリの言葉を思い出し，体を回転させて脱出。空中で回転しキック。
最後はブレスレットで決着した。
