錬金アカデミー、そしてミナトという大きな存在を失った宝太郎たち。
自分の進路を見失い途方に暮れる宝太郎。
錬金術師の道を諦めようとする蓮華。
そしてそれを止められない錆丸。
それぞれが葛藤する中、再びムーンマルガムの魔の手が・・・
しかし、今の宝太郎の力ではどうしてもマルガムは倒せない。
再び現れたオレンジ色のガッチャードの教えを受け、
自分の力でマルガムを倒す術を見つけ出す決意をした宝太郎は、なんと過去にタイムリープ！？
タイムリープの裏には、ある秘密が隠されていた。
果たして、
宝太郎はマルガムを倒し、
自分の進路を再びガッチャできるのか！？
See ya...:)