日本人の祖先がＤＮＡのパターンも判明し、南方から来たとする説を考える上で重要な成果となる。分析していたのはミトコンドリア内の細胞内の小器官の一つのＤＮＡで、ここは母から子へ受け継がれる特徴がある。２０１０年までに出土した人骨１０点の内５点で、ＤＮＡを確認した。解析を担当した国立科学博物館の篠田謙一人類史研究グループ長は、このＤＮＡが石垣島から、本土の縄文人や沖縄本島にどうつながるかが今後の課題だと話している。 縄文時代早期以降これまで古い人骨のＤＮＡは、東北、関東や北海道、弥生時代では 奈良県や北部九州などの遺跡の人骨から抽出されて解析がおこなわれている。しかし旧石器時代はなかったことがわかった。