意味：なるほど/わかった
補足：これはネイティブも相手が言ったことに対して納得した時にかなり使っているフレーズです！
"make sense"は「理解する」とかの意味があります。
"That"は簡単に言うと、相手の言ったことを省略している感じです
Tom is absent from school today because he has trouble with his stomach.
ー That makes sense.
（トムは胃が調子悪いから学校を休んでいる。ーわかった/なるほど。）
"That"で前文を簡単に省略していることがわかりますね
「わかった？」と聞くときは、"Does it makes sense?"で意味が通ります
