設定は連邦軍対ネオジオン軍の構図で。
ただし、シャアの反乱やガンダムUCのような小規模な反乱では無く、サイド3を再び拠点とした大規模な反乱。
登場人物は、ネオジオンの総帥に、グレミー・トトと同時期に造られていた、ギレン・ザビのクローン。


この人物を、ガンダムZZで登場してリゲルグに乗ってたニュータイプ、イリア・パゾムがハマーン・カーン的なポジションで補佐して担ぎ出す。
このイリア・パゾムの下でネオジオン軍の指揮をとるのは二人の仮面を被った指揮官。
一人は白い仮面、もう一人は赤い仮面。
逆襲のシャアの時に行方不明になり、記憶を失ったアムロが白い仮面の指揮官。

赤い仮面は、もちろんシャア。
二人の下にオリジナルキャラの部下が数人と、ガンダムZZでジャンク屋の手先になってジュドーにやられて行方不明になってた、ヤザン・ゲーブルが独立部隊の隊長で。
そしてもう一人、Zガンダムでカミーユに倒されたと思われた、ジェリド・メサが奇跡的に生きていて、記憶を失った状態でネオジオン側に発見されて、強化人間として登場。
記憶を失ってるんだけど、なぜかヤザンと仲は悪いまま(笑)