論文のどこに興味があるか？が大事であり、方法論を議論しているのではない。
2022/05/03
今回も、遺伝子の研究をしていると思われる ‐ さんからの攻撃がありました。
こんなことを言っています。
- さんです。
2022年5月2日 17:27
ため息さんは青字です。
＞lacZにしろGFPにしろレポートするための蛋白を作るためなのに、細胞にとって意味のあるOct4のような別の蛋白が作られてはまずいわけで、そのようなベクターを設計するわけがないですね。
それに対して、- さんは同意しています。
そうですよね。
仰る通りです。
「ため息さんのような学者によく忖度するよ！」というタイプの ‐ さんのコメントです。
ため息さんのように、転写も知らず、Octベクター周辺科学に無知なる人が、「設計するはずない」なんて、背伸びして結論づけてるな！というところです。
こうしたコメントをすることで、学とみ子の書いていることを全て否定しようとしている！と、学とみ子は感じてしまいます。
なぜなら、ため息ブログはそうした性質のものであるからです。デタラメ学者を、サポートしたい人が寄ってきます。
‐ さんは、専門的説明に続けて、必ず、学とみ子を否定する言葉を書きこみます。
‐ さんが、本物の研究者なら、「こんなことをするなよ！」、と言いたいです。
‐ さんが、本物の研究者なら、ため息さんが根幹の転写理解を間違っていたり、論文を全体に目を通していないのは明らかだであると気づくはずでしょうから・・・・。
まあ、いろいろな事情があって、‐ さんがあって、ため息応援をしたいのだから、やっていただければよいです。
学とみ子は、論文全体が外れていなければ、細かい方法論では説明ミスがあっても仕方ないです。
今後も、そうしたことがあれば、その時の議論になるでしょう。
いつものことながら、ため息さんは、論文全体を読んでコメントする人ではありませんから、ため息さんに邪魔されないように、ブログを書いていきたいと思います。
今回、紹介した論文は、精子がどうなって作られていくのかという医学的疑問を扱っています。
Oct遺伝子全長がベクターに入っているトランスジェニックニックマウスを使っています。
学とみ子は、このOct遺伝子が転写されると考えていたのですが、- さんは転写されないとの根拠を示しました。
ため息さんは、Oct遺伝子全長もわからず、転写されないと断言して、例によって学とみ子バカバカと叫びました。
しかし、この論文は、人工、あるいは内因Oct遺伝子のどちらが働くか？をテーマにしたものではありません。
どちらにしろ、Oct遺伝子転写の条件がそろえば働くので、精子形成の過程を反映するというものです。
こうした性状の体内幹細胞から、その後の精子形成が進んでいくかを検討した論文です。
人工挿入のGFP合成は、内因性（細胞がもともと保有する）Oct遺伝子発現を反映していると書かれています。
内因遺伝子だけが発現する構造か？の課題は、その専門領域の人にとっては常識でしょうが、非専門家には判断が難しいです。
この生殖幹細胞分野は、当時、日本が世界をリードして論文がでていたようです。
なぜ、ここが大事であるかというと、精子というのは、毎回作られていますが、生体内に存在する幹細胞に由来します。
つまり、成人男性では、生体内幹細胞として維持されている細胞が分裂して、その都度に精子ができてくるので、幹細胞に遺伝子異常があれば、精子にも永続的な遺伝子異常が起きるというストリーになるのです。
なぜ医学的にここが大事であるかというと、正常遺伝子をもった男性から遺伝子異常を保有する子供が生まれた場合、実は遺伝子異常の原因は男性側にあることもあるからです。
正常遺伝子の成人男性が、精子だけの遺伝子異常を保有する場合があるということです。
この場合は、男性が保有する生殖幹細胞（原生殖細胞）で遺伝子異常が起きていて、その幹細胞のDNA変異が精子へとコピーされます。
遺伝子異常をもつ子どもが生まれた時、どちらが問題だとトラブルになりますが、誰でも、遺伝子異常を持っています。ですから、どちらが原因であるかについて争うことは不毛なんです。
それでも、男性にとっても、女性にとっても、生殖系細胞のみで起きている遺伝子異常があることは、知っておいた方が良いと思います。
興味深い現象であり、男女共に知っておいた方がよい医学知識であると思います。
どこの生殖幹細胞における遺伝子異常について、西川先生が論文を紹介しています。
AASJタイトル ５月２８日 自閉症のゲノム研究３：発生過程での体細胞遺伝子変異を調べる（自閉症の科学４７）
この論文紹介で、ASSJ読者が一番理解を進めたい文章は以下である。
＞もし変異がお父さんの発生途上で生じた場合は、精子だけでなく血液細胞にも見られる。一方精子だけに認められる場合は、精子の元の細胞が他の細胞から分かれた発生後期に変異がおこったと考えられる。一方、精子を作る元の細胞から精子細胞ができる場合にも変異は起こるが、これは頻度が低く、２００回繰り返してゲノム配列を読んだ程度では見つけることは難しい。
＞事実特定されたde novoの９１２変異のうち、父親由来の染色体上の変異はほぼ半分の５０１個で、そのうち２０種類が父親の精子あるいは血液で発見されている。すなわち、大半のde novoの変異では発生時期を特定できないが、少なくとも４％では、確かに父親の精子形成過程でde novoの変異が発生したことが確認されたことになる。さらにASD児に見られるのと同じ変異が、今回の調べた精子にも存在していることは、この変異が精巣内の精子を作る幹細胞に存在し、持続的に変異精子を作り続けていることを示している（このような状況を変異と正常のモザイク状態と呼んでいる）。
＞このような変異の多くは、ASD発症に重大な影響を及ぼす変異であることも確認しており、これまで２回にわたって述べてきたように、ASDの発症にde novo変異が大きな役割を負っていることが確認された。このように発生過程で起こった変異は、父親の精子として常に作り続けられるが、幸いほとんどはその頻度は低く、繰り返し子供に伝達されるリスクは低い。しかし今回特定された２０変異のうち２変異は、それぞれ１４.７%および８.９%という高い頻度のモザイクになっており、これほど高い頻度で存在すると、一定の確率で子供に伝達されることが予想される。
この論文紹介の前半にかかれている以下の文章も興味深いものです。
＞幸いシークエンサーの精度が上がったおかげで、例えば２００回繰り返し読んだ時、２％以上の頻度で現れる変異の場合は、読み間違えではないと認定できるようになってきた。これを利用して、ASD児の父親から提供を受けた精子ゲノムを解析し、父親の精子形成で発生した結果、子供に伝達されたde novoの変異を探したのが、最初に紹介する論文だ。
上記文章が興味深いのは、読み取り誤差の頻度が書かれている点である。
和モガ氏が、FES1,2のSNP解析の時の、近縁を論じた時に、遺伝子研究者たち（例えば、kanso氏など）が、解析の誤差というものを問題にしていたことを思い出します。ESねつ造説を支持する学者層は、大変な勢いで、STAP擁護論を否定していました。
学とみ子に対しても、当然そうした攻撃はあったし、今も ‐ さんの言動からわかるように、攻撃が続いています。
塩基を機械が読む時の誤差の大きさというような課題は、非専門である人にはわかりにくいところなんです。。
同じく、AASJのNANOGについての論文も興味深いです。
タイトルは「NANOG prion-like assembly mediates DNA bridging to facilitate chromatin reorganization and activation of pluripotency （Nanogのもつプリオン様の集合はDNAの架橋を媒介して染色体の再構成を促進し、全能性を活性化する）」で、４月２８日 Nature Cell Biology にオンライン掲載された。
プリオン蛋白のように、蛋白構造を改変させてしまう可能性が、Nanog遺伝子機能と関連するかもしれないと書かれています。
プリオン類似構造が、どう、幹細胞の多能性と自己複製性の維持に貢献するのか？です。
多能性機能を保持したまま、同じ細胞を複製する能力は、他の細胞に無い、幹細胞に特異的な性質なんですね。
- さんは、こうした生殖系分化分野に興味をもっている研究者でしょうか？
それとも、ただ、専門分野における細かなミスを取り上げて、嫌がらせ行為が楽しくてしかたない人たちなのでしょう？
科学的に不明だったことが、だんだん解明されることを知ることの喜びを共有する人たちであってほしいと、学とみ子は思います。
このため息コメントも、意地悪丸出しです。
＞ほれ、どの論文じゃ？
ため息さんは、英文に書かれた18-kb genomic fragmentを理解できず、英文読解も誤り、Oct遺伝子は入っていないと誤記しました。
18-kb の意味が、ため息さんにわからなかったのです。
ため息さんです。
＞「we have established transgenic mice carrying EGFP (enhanced green fluorescence protein) cDNA under control of an Oct4 18-kb genomic fragment containing the minimal promoter and proximal and distal enhancers」（EGFP遺伝子をOct4遺伝子の最小のプロモータと最初と末端のエンハンサーとを組み合わせたcDNAが移植されたマウスを開発した）と書いてあります。つまり外部から導入された遺伝子にはOct4蛋白を作成する遺伝子情報すべては含まれておらず、細胞がOct４遺伝子を発現させるときの転写因子があるとEDPFが産生されるというマウスなわけです。
上記の5月1日 16:35ため息文章を読めば、Oct遺伝子プロモータとエンハンサーだけの挿入と思っていたことは明らかです。
ため息さんはそう書いたのに、後になって、そこをあくまで、ごまかそうとします。
タグ付き蛋白が当ブログのどこに書かれているに関しても、ため息さんはさがせません。
当ブログはすでに、Oct以外のタグ付き蛋白を示していますが、学とみ子の言わんとしたことを理解しません。
こんなの、学生に見られていいんですかね。
ため息さんにとっての知識とは、他人をねじ伏せるためのツールです。それで今まで威嚇できてきたのでしょうが、学とみ子には通じません。
以下の書き込みを見てもわかりますが、意味が無い事にいきり立ってます。
＞では科学議論の根拠となる関連論文を読んだのでしょうから蛍光タグ付きOct蛋白合成があることを、説明していました。の根拠となる論文を紹介してください。
ため息さんは、大事な議論がどこだかわかりません。論文中身についての学とみ子説明を、ため息さんは理解できません。
ため息さんです。
＞論文にあるのでしょ。根拠となる論文を示してください。
今回は、Oct蛋白が作られていないとの専門家説明があったんだから、それでいいでしょう？
しつこく追及してどうするの？
それより、塩基リーダー読み取り誤差頻度問題とか、生殖系細胞のみの先天異常とかが大事でしょう。蛍光タグ付き蛋白遺伝子を挿入する実験系も当ブログは、すでに示しています。ため息さんは探せないだけです。
Oct蛋白挿入実験も、変化してきているし、その方法は多様と思います。
ため息さんは、人工遺伝子を転写させてはいけないとか勝手なる素人思い込みを書いているだけ。-さんは、ため息さんの思い付きに忖度してます。
-さんは遺伝子ベクターにはくわしくても、何の専門家であるかはわかりません。科学の話をする時は、お互いに科学知識のバックグラウンドを開示し合うのは、エチケットだと思います。
やっぱりさんの前例にあるように、基礎研究者は、自身の研究分野だけの知識に留まり、細胞変化を生き物として追っていないと思います。基礎学者は、自身のカバー範囲のみで、科学事象を説明可能だと思ってしまいます。プライドが高く、他人をけなすことに抵抗がありませんでした。もちろんこうした人は、一流学者ではありません。笹井氏を見ればわかるように、他人をけなしていません。
ため息さんは、もっと論文全体を読んでから、疑問を呈するようにしてください。
そちらのため息ブログメンバーさんたちも、ため息さんがOct議論から離れることを望んでいますよ。ため息さんは、忠実なる仲間たちに、理不尽な背伸びを見せてはダメです。
ため息さんとコメント合戦をしていると、ため息さんと行き違う事が多いです。ため息さんが重要視する部分と、当ブログが、強調したい部分が噛み合いません。ため息さんは、科学を知りたい気持ちより、言葉尻をとらえて、相手を潰すのが目的だから、議論が不毛です。そんなため息さんを応援する人たちがいるのは驚きです。誰も、ため息さんの問題点を指摘しない状況です。
ため息さんが、論文をしっかり読まない、言葉尻を捉えるというのは、ため息ブログメンバーもわかると思うのです。
科学の議論は、前提となる条件、知識が重要ですから、それがそろわない人たちと、お互いをけなしあうための議論は、本当に不毛です。
ため息さんは、自身を大きく見せたい努力が並ならぬ人だと思います。
‐ さんのように、ため息虚勢を応援する研究者層がいるのです。
‐ さんは、専門領域も、論文全体を決して語ろうとしません。ため息さんを応援し、学とみ子を潰すのが目的です。
例えば、ため息さんはこう言っています。
＞「人工遺伝子を転写させてはいけない」などとデタラメに解釈するのです。
学とみ子が言わんとすることは、Oct遺伝子の転写です。
ためいきさんは、タグ付きOct遺伝子の転写の論文を示せ！と、学とみ子にしつこく絡んでいましたね。
その攻撃を受けて学とみ子は、「Oct人工遺伝子を転写させてはいけない」と、ため息さんは考えているのではと書きました。
学とみ子の文章は、”Oct”が抜けていました。
ところが、ため息さんは、「人工遺伝子全体（OctもGFPも）を転写させてはいけない」と、学とみ子から言われたと解釈してしまいます。
学とみ子は「OctもGFPも転写させてはいけない」と、バカなことを言う奴だ！と、ため息さんは持っていくのです。
このように、限定条件の中で議論していることを、ため息さんは考慮しない、あるいは、悪意を持ってすり替えてしまうのです。
まあ、よくわからない読者は、「ため息さんはしっかり反論できている。」と思うのかもしれません。
それなら、それでよいと思いますよ。
引き続き、ため息ブログに集う一般人が確保できれば、それはそれで運営されていくでしょう。
ため息さんです。
＞「細胞にとって意味のあるOct4のような別の蛋白が作られてはまずいわけで、そのようなベクターを設計するわけがないですね。」と言い、 - さんが賛同したのです。このやり取りを十分理解できていないようですね。
- さんが賛同したからと言っても、それで、学とみ子がタグ付きOcti論文を探すモチベーションが高まるわけではありません。
「- さんって、そんな風に考える人なのか？！」と、学とみ子は思うだけですね。
もし、- さんがいろいろと論文を書いていて、それを学とみ子が読むことができれば、学とみ子も、「なるほど、そういうか？」と思うかもしれませんけど・・・。
そもそも、固定的ため息ブログメンバーは、誰もOct遺伝子転写にコメントしてこないではありませんか？
相変わらず当ブログに対する、ため息さんのしつこくひどい嫌がらせの一貫です。
ため息さんは、まだ続けてますね。
＞根拠となる論文を読んだ結果、断言したと誰でも考えます。
学とみ子は、断言もしてないし、誰でも考えるわけでもない。遺伝子の長さがあることにも気付かず、根拠無く転写しないと決めつけたため息さんの虚勢の方が罪作りでしょうよ。タグ付き蛋白の論文だって、どれだかわからないようです。とにかく、議論の方向性をねじ曲げ、論文全体を読んで内容を議論する姿勢がため息さんに無いのは、学者として致命的です。
まあ、こうして、虚勢を上乗せしてく人がいるのを知ると、科学の議論も工夫が必要と思います。虚勢の人と議論しては行けません。