STAP論文では、凝集塊や細胞塊は、どのような表現が用いられているのでしょうか？
2021/02/06
前回記事の続きですが、実際の論文にはどう書かれているか？を見てみましょう。
STAP細胞塊と、凝集塊は違うのか？の問題です。
アーテイクル論文には、本文、あるいはMethods等で、いろいろに書かれているので、それぞれの方で確かめてください。
つまり、スフェア、コロニーは分けて書かれていることに気づくと思います。
642ページの本文です。
サブタイトル Low-pH-induced Oct41 cells have pluripotency
On day 7, theOct4-GFP1 spheres expressed pluripotency-relatedmarker
proteins22 (Oct4, SSEA1, Nanog and E-cadherin; Fig. 2a) and marker genes (Oct4, Nanog, Sox2, Ecat1 (also called Khdc3), Esg1 (Dppa5a),
Dax1 (Nrob1) and Rex1 (Zfp42); Fig. 2b and Extended Data Fig. 3a) in a manner comparable to those seen in ES cells24.
図２です。
Figure 2 | Low-pH-induced Oct4-GFP1 cells represent pluripotent cells.
a, Immunostaining for pluripotent cell markers (red) in day 7 Oct4- GFP1 (green) clusters.
図２には、7日目のOct4- GFP1 (green) clustersと表現されています。
同じく、図２には、以下の記載があります。部分的に分散させたSTAP細胞には、コロニー形成能があると説明があります。
.Partially dissociated STAP cells slowly generated small colonies (i)
本文644ページには、以下のように書かれています。
Also, even under high-density culture conditions after partial dissociation (Fig. 2i), STAP cell numbers started to decline substantially after two passages.
本文644ページのキメラの実験では、以下のように書かれています。
We injected STAP cell clusters en bloc that were manually cut into small pieces using a microknife (Fig. 4a). A high-to-moderate contribution of GFP-expressing cells was seen in the chimaeric embryos (Fig. 4b and Extended Data Fig. 7a).
Methods には以下のように書かれています。
”STAP spherical colonies” との表現になっています。
Chimaeric mouse generation and analyses.
・・・Because trypsin treatment of donor samples turned out to cause low chimaerism, STAP spherical colonies were cut into small pieces using a microknife under the microscope, and small clusters of STAP cells were then injected into day-4.5 blastocysts by a large pipette.
STAP細胞の状態が、複数で表現されています。
想像ですが、培養継続などのいろいろな試行錯誤の中で、複数の形態のものを総称的にSTAP細胞とネーミングしていたのではないでしょうか？
専門家の方のご意見を伺いたいですが、もはや、これだけ微妙になると、専門家の方はなかなか口が重くなると思います。
さて、再度、桂報告書（紫字）をみてみましょう。
14ページに以下の表現があります。
ここを読むと、小保方持参細胞塊をそのまま、胚盤胞に入れたと読める記載になっています。
このページの記載は、小保方氏以外の人間も、夜間に実験室が入れたなどの説明がされています。
14ページの記載も、いまひとつ、客観性に欠けた表現がめだちます。
ここでも、印象操作がなされていて、凝集塊と、細胞塊を分けた表現がされていません。
[STAP 幹細胞、FI 幹細胞、キメラの作製] 小保方氏がディッシュの蓋などに載せて持って来た STAP 細胞塊を若山氏が切り刻んでマウス胚に注入し、キメラを作製した。また、キメラ作製に使用した STAP 細胞塊の残りから、若山氏が STAP 幹細胞や FI 幹細胞を作製した。
ため息さんは、まるで、14ページ、17ページ、30ページの作文を担当した理研の学者のような立場（気分）？にたって、頑張ってます。でも、反論になってません。
小保方氏は、上司から譲り受けたサンプルを調整して、持参しただけです。
とにかく、実験の実態は公表されていません。
チップセック実験は誰がいつ、どの状態のSTAP細胞が用いられたのか？桂報告書は明らかにしていません。
小保方氏が最初から最後まで、実験をしていたら、公表できるでしょう。
桂調査委員会は、小保方氏の問題行動をできるだけ多く指摘しておきたい立場でしょう。
＞事故で混入していたという根拠のない主張は、肝心の桂調査委員会報告書にある「小保方氏が様々なバックグラウンドの細胞を寄せ集めてRNA-seq解析、ChIP-seq解析を行ったことは自明であり」
残念ながら、桂報告書のこの部分を書いた理研の学者は、小保方氏が”解析”したとだけしか書けないのです。
そんなに、小保方氏が実験をしたと言いたいなら、小保方氏が実験者であり、かつ実験で得た結果から論文構成を考えた人(全てを解析した人)であると言うでしょう。
しかし、あいまいな”解析”という用語しか使えないのです。
多分、小保方氏が実験から解析までを通して、実験したとの証拠が無いのでしょうね。時間と小保方さんの経験からして、全ての実験なんて無理です。
小保方氏から、「そこの実験はやってない！」と言われたら、調査委員会は、証拠を示せないのだと思います。
一方、小保方氏は、いろいろな証拠を持っているでしょう。
分担実験の証拠、上司の指示に関して、ある程度に、証拠を持っていると思います。
小保方氏は、幹細胞をわたされて増殖曲線を作ったのかもしれませんが、その実験ですら、実験材料は上司のつくった細胞です。
小保方氏の業績は、酸浴実験であり、その酸浴実験は、実験ノートによって追跡が可能であり、桂調査委員会は、ねつ造判定をしていません。
とにかく、不正をした本人なら、その不正サンプルをGRASに持ち込むバカな作業はしません。
小保方氏は、上司から渡されたサンプルの中身を知らないから、GRASに持ち込んでしまいました。
調査する学者には、それがわかるわけですから、小保方氏は意図的なねつ造はしていない！と、桂報告書は書いています。
それでも、14ページ、17ページ、30ページの作文を担当した理研の学者は、あきらめないで用語を駆使して印象操作にがんばっています。
以下のため息反論も、何が言いたのかわかりません。
＞学とみ子曰くのSTAP細胞の形態を重要視したはずの小保方氏にはES細胞が事故で混入しても区別できないわけですね。
STAP細胞が酸浴後7日間で、次第に細胞変化をしていく様を、小保方氏は顕微鏡で見ているのです。
その他の実験は、細胞変化を顕微鏡で追跡する実験ではありません。
STAP細胞を若山氏に渡した後の細胞のその後を、小保方氏は確認できていませんよ。
ため息さんは、いくらでも、おとぼけを連発しますね。
素人向け反論なのだから、それを支持してくれる人に向けた方が有用ですよ。
以下も、ため息さんの低レベルな素人だましの印象操作です。
＞何も知らないで言われたまま Uber Eatsの学生バイトのように細胞を運んだというのでしょうか。いや、Uber Eatsの学生バイトだって何をやっているかわかっていますな。学とみ子に言わせると小保方氏は自分が何をやっているのかわからない”科学者”なんですね。
上司から、幹細胞をわたされて増殖曲線図を作る作業は、Uber Eatsの学生バイトにはできません。
若山研究室お得意のメチル化実験は、若山研究室員の指導を元に小保方氏が作図しましたが、Uber Eatsの学生バイトにはできません。小保方氏は、ベテラン若山研究室員の指導に従ったままです。
小保方氏の手を離れたSTAP細胞由来細胞は、すべて若山研究室員の実験の手が加わってします。
つまり、他の人との共同作業です。
誰が何をやったのか？明らかにされていません。
＞擁護の方々ですらバカにしている学とみ子妄想ブログを読むのは誰でしょね。当方だけですな。感想さんは学とみ子を称して”想いの人”といいました。意味がわかるかな？科学的な論理的思考のできない方を柔らかくおっしゃったのですよ。当方を「ため息さんの自論のどこに、理論の破綻があるのか？がわかります。」と根拠なく誹謗するのは、論理がないと批判されるから、批判した方を単に「論理がない」と言い返しているだけですな。
誰が何を目的として、当ブログをバカにするのですか？
バカにする人は、わざわざ、読みにきませんよ。
当ブログを読みにくる人は、それぞれの目的で読みにくるのです。
ため息さんと同レベルのSTAP細胞を理解できない人たちばかりではありません。
興味無い人は最初から興味ないでしょうし、途中からついてこれなくなる人は、もう、ついてきません。
「もう、興味を失いました」と、あきらめの言葉を吐く人は、そちらにいるでしょう。
＞桂調査委員会報告書のどこに「ES細胞の混入は事故であった」「小保方氏が混入させたのではない」と書いてあるのか言ってみろ。
何度も、学とみ子は言ってます。理研調査を担当した学者の中に、どうしても、小保方犯行にしたい人がいるのです。
この人たちが、”解析” という素人だましの用語を駆使して、全ての実験責任を小保方氏一人に押し付けました。
ESを混ぜられるのは小保方氏しかいないとの印象操作にがんばっている学者がいるのです。
しかし、一方で、桂報告書は小保方氏にねつ造の意図はないとか、ES混入は、幹細胞作製実験と関連していると書いています。
ですから、小保方ねつ造説は、桂調査委員会の総意ではないのです。
もし、桂調査委員会の総意がひとつなら、桂報告書はひとつにまとめられた結論が書かれます。
STAP細胞が複数の呼び方で呼ばれ、その実態が明らかにされないまま、議論は終わりになったのです。
複数の人たちが、STAP実験にかかわりましたが、桂報告書は、そこを明らかにしたくないのです。
中途半端に幕が引かれてしまいました。
ですから、以前として、STAP事件に興味を持ち続ける人はいるのです。
そして、興味を持続している人なら、ため息さんではSTAP考察は荷が重い！ため息さんでは理解が難しい！ と思うでしょう。
でも、誰も、そんな失礼なことをコメントしたりはしませんよ。
この事件を考える上で、桂調査委員会が、STAP実験の実態を明らかにできなかったことはとても大事な点です。
桂調査委員会は、業績ある多くの研究者を助けなければいけないと感じたでしょう。
それは正しい判断であると思います。実験者が気づかないミスがあったとの評価です。
未知なるものに立ち向かう研究者は、大事にされるべき人だと思います。
いづれにしろ、立場の違うため息さんと、当ブログでやりあっても仕方ありません。
学とみ子に反論するなら、料理の話や、Uber Eatsの学生バイトのようなナンセンスなたとえを止めて、もっと科学的にお願いします。
このままのため息さんでは、小保方ねつ造説をフォロウしてくれる一般人の確保を頑張るしかありませんね。
とにかくよくわかってない素人向けの反論しか、ため息さんはできません。何が議論されているのか？ため息さん本人がわからないのです。
とにかく、多くの実験には、他の研究者の手が入っていて、調査委員会は、小保方氏単独の捏造判定が出来ないのでしょう。
チップセックなども、捏造なら最もその証拠となる実験でしょう。ところが、そこを調査委員会は捏造判定できないのです。
STAP論文は共同研究であり、ES研究者に囲まれて、小保方氏は自身のパートを果たしました。
ため息さんのような学者がいたら、いくらでも迷走しますね。相変わらずの勘違いがひどい！
＞根拠を示して主張しろとの批判されたので、「小保方氏は、上司から説明されたままのサンプルをGRASに持参したのです。」という主張の根拠なんでしょうかね。なんの根拠にもなってません。意味不明です。
そりゃ、ため息さんは理解できてないのだから、意味不明なのは当たり前でしょう。そもそも、何について議論しているのか？すら、ため息さんはわかってない。二つの別の出来事が、ため息さんの脳内で混ざっています。GRASに持ち込んだのは、STAPを切り刻む話のずっと後です。
ここで議論されているのは、切り刻まれて胚盤胞に注入されたSTAP細胞は、スフェアなのか？或いは、ある程度に培養されて形成されたSTAPコロニーなのか？についてです。ため息さんは、それすらフォローできないんです。
STAP実験終了後に、小保方氏がGRASに残存サンプルを持ち込んだ話と、チップセック実験と、キメラ作成時、STAP凝集塊を切り刻む話の区別が付かないため息さんです。
論文のあそこにはこんな説明があるとかの見当が、ため息さんにはつかないのです。論文をよみこんでません。だから、STAP細胞の呼び方が論文箇所で違っていることがどのような意味を持つのか？ため息さんはわかりません。そんなレベルなんです。ため息さんとは、まともな議論になりません。
STAP細胞塊と、凝集塊は違うのか？の問題です。
アーテイクル論文には、本文、あるいはMethods等で、いろいろに書かれているので、それぞれの方で確かめてください。
つまり、スフェア、コロニーは分けて書かれていることに気づくと思います。
642ページの本文です。
サブタイトル Low-pH-induced Oct41 cells have pluripotency
On day 7, theOct4-GFP1 spheres expressed pluripotency-relatedmarker
proteins22 (Oct4, SSEA1, Nanog and E-cadherin; Fig. 2a) and marker genes (Oct4, Nanog, Sox2, Ecat1 (also called Khdc3), Esg1 (Dppa5a),
Dax1 (Nrob1) and Rex1 (Zfp42); Fig. 2b and Extended Data Fig. 3a) in a manner comparable to those seen in ES cells24.
図２です。
Figure 2 | Low-pH-induced Oct4-GFP1 cells represent pluripotent cells.
a, Immunostaining for pluripotent cell markers (red) in day 7 Oct4- GFP1 (green) clusters.
図２には、7日目のOct4- GFP1 (green) clustersと表現されています。
同じく、図２には、以下の記載があります。部分的に分散させたSTAP細胞には、コロニー形成能があると説明があります。
.Partially dissociated STAP cells slowly generated small colonies (i)
本文644ページには、以下のように書かれています。
Also, even under high-density culture conditions after partial dissociation (Fig. 2i), STAP cell numbers started to decline substantially after two passages.
本文644ページのキメラの実験では、以下のように書かれています。
We injected STAP cell clusters en bloc that were manually cut into small pieces using a microknife (Fig. 4a). A high-to-moderate contribution of GFP-expressing cells was seen in the chimaeric embryos (Fig. 4b and Extended Data Fig. 7a).
Methods には以下のように書かれています。
”STAP spherical colonies” との表現になっています。
Chimaeric mouse generation and analyses.
・・・Because trypsin treatment of donor samples turned out to cause low chimaerism, STAP spherical colonies were cut into small pieces using a microknife under the microscope, and small clusters of STAP cells were then injected into day-4.5 blastocysts by a large pipette.
STAP細胞の状態が、複数で表現されています。
想像ですが、培養継続などのいろいろな試行錯誤の中で、複数の形態のものを総称的にSTAP細胞とネーミングしていたのではないでしょうか？
専門家の方のご意見を伺いたいですが、もはや、これだけ微妙になると、専門家の方はなかなか口が重くなると思います。
さて、再度、桂報告書（紫字）をみてみましょう。
14ページに以下の表現があります。
ここを読むと、小保方持参細胞塊をそのまま、胚盤胞に入れたと読める記載になっています。
このページの記載は、小保方氏以外の人間も、夜間に実験室が入れたなどの説明がされています。
14ページの記載も、いまひとつ、客観性に欠けた表現がめだちます。
ここでも、印象操作がなされていて、凝集塊と、細胞塊を分けた表現がされていません。
[STAP 幹細胞、FI 幹細胞、キメラの作製] 小保方氏がディッシュの蓋などに載せて持って来た STAP 細胞塊を若山氏が切り刻んでマウス胚に注入し、キメラを作製した。また、キメラ作製に使用した STAP 細胞塊の残りから、若山氏が STAP 幹細胞や FI 幹細胞を作製した。
ため息さんは、まるで、14ページ、17ページ、30ページの作文を担当した理研の学者のような立場（気分）？にたって、頑張ってます。でも、反論になってません。
小保方氏は、上司から譲り受けたサンプルを調整して、持参しただけです。
とにかく、実験の実態は公表されていません。
チップセック実験は誰がいつ、どの状態のSTAP細胞が用いられたのか？桂報告書は明らかにしていません。
小保方氏が最初から最後まで、実験をしていたら、公表できるでしょう。
桂調査委員会は、小保方氏の問題行動をできるだけ多く指摘しておきたい立場でしょう。
＞事故で混入していたという根拠のない主張は、肝心の桂調査委員会報告書にある「小保方氏が様々なバックグラウンドの細胞を寄せ集めてRNA-seq解析、ChIP-seq解析を行ったことは自明であり」
残念ながら、桂報告書のこの部分を書いた理研の学者は、小保方氏が”解析”したとだけしか書けないのです。
そんなに、小保方氏が実験をしたと言いたいなら、小保方氏が実験者であり、かつ実験で得た結果から論文構成を考えた人(全てを解析した人)であると言うでしょう。
しかし、あいまいな”解析”という用語しか使えないのです。
多分、小保方氏が実験から解析までを通して、実験したとの証拠が無いのでしょうね。時間と小保方さんの経験からして、全ての実験なんて無理です。
小保方氏から、「そこの実験はやってない！」と言われたら、調査委員会は、証拠を示せないのだと思います。
一方、小保方氏は、いろいろな証拠を持っているでしょう。
分担実験の証拠、上司の指示に関して、ある程度に、証拠を持っていると思います。
小保方氏は、幹細胞をわたされて増殖曲線を作ったのかもしれませんが、その実験ですら、実験材料は上司のつくった細胞です。
小保方氏の業績は、酸浴実験であり、その酸浴実験は、実験ノートによって追跡が可能であり、桂調査委員会は、ねつ造判定をしていません。
とにかく、不正をした本人なら、その不正サンプルをGRASに持ち込むバカな作業はしません。
小保方氏は、上司から渡されたサンプルの中身を知らないから、GRASに持ち込んでしまいました。
調査する学者には、それがわかるわけですから、小保方氏は意図的なねつ造はしていない！と、桂報告書は書いています。
それでも、14ページ、17ページ、30ページの作文を担当した理研の学者は、あきらめないで用語を駆使して印象操作にがんばっています。
以下のため息反論も、何が言いたのかわかりません。
＞学とみ子曰くのSTAP細胞の形態を重要視したはずの小保方氏にはES細胞が事故で混入しても区別できないわけですね。
STAP細胞が酸浴後7日間で、次第に細胞変化をしていく様を、小保方氏は顕微鏡で見ているのです。
その他の実験は、細胞変化を顕微鏡で追跡する実験ではありません。
STAP細胞を若山氏に渡した後の細胞のその後を、小保方氏は確認できていませんよ。
ため息さんは、いくらでも、おとぼけを連発しますね。
素人向け反論なのだから、それを支持してくれる人に向けた方が有用ですよ。
以下も、ため息さんの低レベルな素人だましの印象操作です。
＞何も知らないで言われたまま Uber Eatsの学生バイトのように細胞を運んだというのでしょうか。いや、Uber Eatsの学生バイトだって何をやっているかわかっていますな。学とみ子に言わせると小保方氏は自分が何をやっているのかわからない”科学者”なんですね。
上司から、幹細胞をわたされて増殖曲線図を作る作業は、Uber Eatsの学生バイトにはできません。
若山研究室お得意のメチル化実験は、若山研究室員の指導を元に小保方氏が作図しましたが、Uber Eatsの学生バイトにはできません。小保方氏は、ベテラン若山研究室員の指導に従ったままです。
小保方氏の手を離れたSTAP細胞由来細胞は、すべて若山研究室員の実験の手が加わってします。
つまり、他の人との共同作業です。
誰が何をやったのか？明らかにされていません。
＞擁護の方々ですらバカにしている学とみ子妄想ブログを読むのは誰でしょね。当方だけですな。感想さんは学とみ子を称して”想いの人”といいました。意味がわかるかな？科学的な論理的思考のできない方を柔らかくおっしゃったのですよ。当方を「ため息さんの自論のどこに、理論の破綻があるのか？がわかります。」と根拠なく誹謗するのは、論理がないと批判されるから、批判した方を単に「論理がない」と言い返しているだけですな。
誰が何を目的として、当ブログをバカにするのですか？
バカにする人は、わざわざ、読みにきませんよ。
当ブログを読みにくる人は、それぞれの目的で読みにくるのです。
ため息さんと同レベルのSTAP細胞を理解できない人たちばかりではありません。
興味無い人は最初から興味ないでしょうし、途中からついてこれなくなる人は、もう、ついてきません。
「もう、興味を失いました」と、あきらめの言葉を吐く人は、そちらにいるでしょう。
＞桂調査委員会報告書のどこに「ES細胞の混入は事故であった」「小保方氏が混入させたのではない」と書いてあるのか言ってみろ。
何度も、学とみ子は言ってます。理研調査を担当した学者の中に、どうしても、小保方犯行にしたい人がいるのです。
この人たちが、”解析” という素人だましの用語を駆使して、全ての実験責任を小保方氏一人に押し付けました。
ESを混ぜられるのは小保方氏しかいないとの印象操作にがんばっている学者がいるのです。
しかし、一方で、桂報告書は小保方氏にねつ造の意図はないとか、ES混入は、幹細胞作製実験と関連していると書いています。
ですから、小保方ねつ造説は、桂調査委員会の総意ではないのです。
もし、桂調査委員会の総意がひとつなら、桂報告書はひとつにまとめられた結論が書かれます。
STAP細胞が複数の呼び方で呼ばれ、その実態が明らかにされないまま、議論は終わりになったのです。
複数の人たちが、STAP実験にかかわりましたが、桂報告書は、そこを明らかにしたくないのです。
中途半端に幕が引かれてしまいました。
ですから、以前として、STAP事件に興味を持ち続ける人はいるのです。
そして、興味を持続している人なら、ため息さんではSTAP考察は荷が重い！ため息さんでは理解が難しい！ と思うでしょう。
でも、誰も、そんな失礼なことをコメントしたりはしませんよ。
この事件を考える上で、桂調査委員会が、STAP実験の実態を明らかにできなかったことはとても大事な点です。
桂調査委員会は、業績ある多くの研究者を助けなければいけないと感じたでしょう。
それは正しい判断であると思います。実験者が気づかないミスがあったとの評価です。
未知なるものに立ち向かう研究者は、大事にされるべき人だと思います。
いづれにしろ、立場の違うため息さんと、当ブログでやりあっても仕方ありません。
学とみ子に反論するなら、料理の話や、Uber Eatsの学生バイトのようなナンセンスなたとえを止めて、もっと科学的にお願いします。
このままのため息さんでは、小保方ねつ造説をフォロウしてくれる一般人の確保を頑張るしかありませんね。
とにかくよくわかってない素人向けの反論しか、ため息さんはできません。何が議論されているのか？ため息さん本人がわからないのです。
とにかく、多くの実験には、他の研究者の手が入っていて、調査委員会は、小保方氏単独の捏造判定が出来ないのでしょう。
チップセックなども、捏造なら最もその証拠となる実験でしょう。ところが、そこを調査委員会は捏造判定できないのです。
STAP論文は共同研究であり、ES研究者に囲まれて、小保方氏は自身のパートを果たしました。
ため息さんのような学者がいたら、いくらでも迷走しますね。相変わらずの勘違いがひどい！
＞根拠を示して主張しろとの批判されたので、「小保方氏は、上司から説明されたままのサンプルをGRASに持参したのです。」という主張の根拠なんでしょうかね。なんの根拠にもなってません。意味不明です。
そりゃ、ため息さんは理解できてないのだから、意味不明なのは当たり前でしょう。そもそも、何について議論しているのか？すら、ため息さんはわかってない。二つの別の出来事が、ため息さんの脳内で混ざっています。GRASに持ち込んだのは、STAPを切り刻む話のずっと後です。
ここで議論されているのは、切り刻まれて胚盤胞に注入されたSTAP細胞は、スフェアなのか？或いは、ある程度に培養されて形成されたSTAPコロニーなのか？についてです。ため息さんは、それすらフォローできないんです。
STAP実験終了後に、小保方氏がGRASに残存サンプルを持ち込んだ話と、チップセック実験と、キメラ作成時、STAP凝集塊を切り刻む話の区別が付かないため息さんです。
論文のあそこにはこんな説明があるとかの見当が、ため息さんにはつかないのです。論文をよみこんでません。だから、STAP細胞の呼び方が論文箇所で違っていることがどのような意味を持つのか？ため息さんはわかりません。そんなレベルなんです。ため息さんとは、まともな議論になりません。