小保方氏の手を離れた後のSTAP細胞は、本当にES細胞のコンタミだったのか？
2020/10/29
一言居士さん、
＞ル氏曰くところの学ドクター=ため息教授へ(4の2)
STAP擁護派は、真面目に、事件の事実関係を議論していくしかないのではないですか？
STAP細胞があったか？なかったか？を議論するより、何が明らかになっていないのか？何が隠されているのか？
を議論するのが重要と思います。
それから、ため息さんと学とみ子が同一人とかのお戯れをしていると、一般人の支持を失いますから、
＞ル氏曰くところの学ドクター=ため息教授へ(4の2)
これを、もうやめてくれませんか？
一言居士さんは、一般人で、ここまで科学レベルを積み上げたのだから、その学びの経過を人々に知らしめるのはどうでしょうか？
どうすれば、STAP細胞を理解できるのか？どうすれば、知識を深められるのか、今度、どう進展させていくかについて、STAP細胞の一般人理解に向けて、ブログを書き続けて欲しいと思いますけどね。
一言居士さんです。青字 2020/10/29
＞“論文に書かれた通りの意味でのSTAP細胞”は、その細胞(STAP細胞)からキメラが作られ、そのキメラ胎盤が蛍光し、そのキメラのジャームライントランスミッションが確認され、その細胞(STAP細胞)からES-likeの幹細胞(STAP幹細胞)がつくられ、更にその幹細胞(STAP幹細胞)からキメラが作られ、そのキメラのジャームライントランスミッションが確認され、その細胞(STAP細胞)からTS-likeの幹細胞(FI幹細胞)が作られ、更にその細胞(FI幹細胞)から2Ｎキメラの胎児胎盤が作られ、胎盤が光ることがLetter Fig.（２ ❗ ）f,g に示され、-30度フリーザーに木星リスト14,15,16,17番として実物が残されているにも関わらず松崎氏が持ち出し解析していないということがOoboeさんのパートナー氏の取り寄せた内部資料で明らかになっている、そのような細胞のことです。
＞このような細胞はあつたのでしょうか、なかったのでしょうか。端的にお答え願えればありがたいです。私の答えは繰り返すまでもなくなかったということです。因みにご承知の通り向こうの方のブログでのお答えも結論的にはなかったというものです。仮にこちらの方のお返事もなかったということになれば、三者一致して、この問題は科学の問題ではないという確認ができるわけです。
＞問題はなぜキメラができているのかという事件だという認識で一致できる。きっとOoboe さんのモヤモヤ感もすっきりするのではないでしょうか。以上です。よろしくお願いします。
それぞれの人が、あれこれ、考えられる意見を交換をするのは大事ですが、その結果、どれが正しいのか？を決めるのは意味が無いと思います。
謎解きでありませんから。
専門家の大半の見解は、「STAP細胞は、キメラ形成可能なほどの多能性は獲得できないのはないか？」ではないでしょうか。
学とみ子の答えは、平凡ですが、「わからない」です。
学とみ子は、以前から、マウスの種類にこだわっています。
遺伝子構造が狂っていれば、特殊な反応が起きるかも・・・？です。
もし、使用したマウスの遺伝子構造が特殊であれば、一般のマウスでは可能でない現象が起きても不思議はないと思います。
つまり、ｍRNAレベルで、STAP細胞がESマーカー、TSマーカーも出していたことは確かだと思うので、キメラができても不思議はないと考えます。
特殊な細胞であれば、転写因子の多様支配があっていいと思います。
もし、そうであれば、小保方氏らの使ったマウスの細胞でなければ、絶対にキメラまでは達成できません。
しかし、一方で、専門家たちは、キメラは無理と思っているのだろうとも、学とみ子は考えます。
論文によると、STAP幹細胞は、増殖は可能であり、スムーズに増殖したかの印象で書かれています。
幹細胞というのは、多能性を維持したままの状態で増殖するのですから、自然な細胞ではありませんね。
培養に阻害剤を入れて、特殊な条件付けをした細胞です。
転写因子も、自然発生とは異なっています。
実際に、どうやって幹細胞を作製したのか？は、論文以外には公開されていません。
小保方氏は、「あの日」で、STAP細胞は増殖しないと強調しています。
論文によると、幹細胞を培養を続ける過程で、単細胞で取り出して増殖させ解析作業をしたと書かれています。
保存されていたのは、単細胞化され増殖したサンプルだと思います。
アーテイクル論文の Methodsです。
STAP stem-cell conversion culture. For establishment of STAP stem-cell lines, STAP cell clusters were transferred to ACTH-containing medium36 on MEF feeder cells (several clusters, up to a dozen clusters, per well of 96-well plates).
Four to seven days later, the cells were subjected to the first passage using a conventional trypsin method, and suspended cells were plated in ES maintain medium containing 20% FBS.
Subsequent passaging was performed at a split ratio of 1:10 every second day before they reached subconfluency.
For clonal analysis of STAP stem cells, single STAP stem cells were manually picked by a thin-glass pipette, and plated into 96-well plates at one cell per well.
The clonal colonies were cultured in ES medium containing 20% FBS, and expanded for subsequent experiments.
レター論文では、幹細胞の作製について、以下のように書いてあります。
こうした部分が、STAP論文のわかりにくい点です。
We next examined whether an alteration in culture conditions could induce in vitro conversion of STAP cells into cells similar to trophoblast stem cells 8,9, which can be derived from blastocysts during prolonged adhesion culture in the presence of Fgf4.
When we cultured STAP cell clusters under similar conditions (Fig. 2a; one cluster per well in a 96-well plate), flat cell colonies grew out by days 7–10 (Fig. 2b, left; typically in ,30% of wells).
The Fgf4-induced cells strongly expressed the trophoblast marker proteins9–12 integrin a7 (Itga7) and eomesodermin (Eomes) (Fig. 2c, d) and marker genes (for example, Cdx2; Fig. 2e).
These Fgf4-induced cells with trophoblast marker expression could be expanded efficiently in the presence of Fgf4 by passaging for more than 30 passages with trypsin digestion every third day.
Hereafter, these proliferative cells induced from STAP cells by Fgf4 treatment are referred to as Fgf4-induced stem cells. This type of derivation into trophoblast-stem-like cells is not common with ES cells (unless genetically manipulated)13 or STAP stem cells.
小保方氏の手を離れた後のSTAP細胞は、本当にES細胞のコンタミだったのか？
ここはデータも無いし、解決していません。
しかし、理研の結論では、ESだった！と言っています。
調査にかかわった専門家たちは、そう言っています。
専門家たちがそう思っているということですが、それが、絶対正しいとの意味ではありませんね。
専門家は、そう結論したということだけです。
BCA論文において、本当にSTAP幹細胞がESだったと証明されたのは、GOF-ESとGLSだけです。
AC129と129B6F１ES1間でも、FLS, CTSとFES1との間でも、BCA論文には”恐らく”の言葉が入った条件での同一細胞性です。
多くある残存サンプルのうち、ESであると結論できるサンプルに絞って、解析されたのでしょうし・・・。
理研は、若山氏の協力を仰いで、ESコンタミと結論できる方向に向けて調査が進んだと思います。
その上で、桂報告書も、わざわざ、若山氏の言葉として29ページの以下の文章を載せました。
「つじつまが合わない現象が起こった場合、真っ先に自分の担当した部分を疑うのは当然」と、若山氏の言葉を載せてます。
この言葉が唐突にここに入ってくるのは、不思議ではありませんか？
「ESを間違って混ぜてしまったのは、研究室の実験者全員の責任である」と、研究室主催者は考えているということでしょうか？
第三者には、そう、読めなくもないでしょうよ？
結論が出ていない部分ですので、すでに出ている情報を、再度、検証していくのも意味あるかと思います。
ちなみに、以下は英語版の小保方氏です。
日本語ウイキペディアでは、小保方氏非難、追及の文章が盛りだくさんに書かれていますが、英文ではトーンダウンしていて、こうした違いを検証していくのも意味があると思います。
いづれにしろ、STAP細胞にESが混入した可能性と、故意の混入ねつ造行為は、関連づけられた事実ではないのです。
しかし、桂報告書30ページのせいで、以下の記載が書けたのです。
the mixup was probably not accidental.
その前の、桂報告書には、何ページにもわたり複数個所で、幹細胞作製時にESが混じった可能性を指摘しているのです。
Haruko Obokata From Wikipedia
Obokata announced her resignation from Riken in December 2014.[38][39] ] In a year-end final report on the scandal, Riken concluded that she had indeed ‘falsified and fabricated data, that her so-called Stap cells were actually embryonic stem cells, and that the mixup was probably not accidental.’ Although Riken cleared her senior co-authors of ethics violations, it did criticize them severely for a failure to oversee her work sufficiently. Riken also ; however, it gave them a brutal drubbing for not properly checking her work. Riken also ‘promptly set about overhauling the CDB from top to bottom, stripping away half of its 500-odd staff, renaming it and installing a new management team.’
上記のように、英語版の方が、印象操作の手口がミエミエで、興味深いです。日本語版だと、小保方悪口満載で、印象操作が露骨すぎて目立ちません。
しかし、英語版は分かりやすいです。なぜ、調査員はしつこく図表のミスを追及したのか？がわかります。ES混入のことであるかのように図表不正認定を利用しているのが、英語版は分かりやすいです。
ウイキもすべて、ES派学者が仕切ってます。
小保方氏は、
falsified and fabricated
を認定されました。しかし、ESがまじった可能性についての、‘falsifiedとfabricated ではありません。
結局、小保方氏が混ぜたという証拠を、理研は示せませんでした。
理研CDBは解体され、調査委員会は無くなり、誰も責任は無いようになりました。
だから、何年も一般人の疑問が消えません。そこを問題視する一般人が今もいるのは当然と思います。
＞ル氏曰くところの学ドクター=ため息教授へ(4の2)
STAP擁護派は、真面目に、事件の事実関係を議論していくしかないのではないですか？
STAP細胞があったか？なかったか？を議論するより、何が明らかになっていないのか？何が隠されているのか？
を議論するのが重要と思います。
それから、ため息さんと学とみ子が同一人とかのお戯れをしていると、一般人の支持を失いますから、
＞ル氏曰くところの学ドクター=ため息教授へ(4の2)
これを、もうやめてくれませんか？
一言居士さんは、一般人で、ここまで科学レベルを積み上げたのだから、その学びの経過を人々に知らしめるのはどうでしょうか？
どうすれば、STAP細胞を理解できるのか？どうすれば、知識を深められるのか、今度、どう進展させていくかについて、STAP細胞の一般人理解に向けて、ブログを書き続けて欲しいと思いますけどね。
一言居士さんです。青字 2020/10/29
＞“論文に書かれた通りの意味でのSTAP細胞”は、その細胞(STAP細胞)からキメラが作られ、そのキメラ胎盤が蛍光し、そのキメラのジャームライントランスミッションが確認され、その細胞(STAP細胞)からES-likeの幹細胞(STAP幹細胞)がつくられ、更にその幹細胞(STAP幹細胞)からキメラが作られ、そのキメラのジャームライントランスミッションが確認され、その細胞(STAP細胞)からTS-likeの幹細胞(FI幹細胞)が作られ、更にその細胞(FI幹細胞)から2Ｎキメラの胎児胎盤が作られ、胎盤が光ることがLetter Fig.（２ ❗ ）f,g に示され、-30度フリーザーに木星リスト14,15,16,17番として実物が残されているにも関わらず松崎氏が持ち出し解析していないということがOoboeさんのパートナー氏の取り寄せた内部資料で明らかになっている、そのような細胞のことです。
＞このような細胞はあつたのでしょうか、なかったのでしょうか。端的にお答え願えればありがたいです。私の答えは繰り返すまでもなくなかったということです。因みにご承知の通り向こうの方のブログでのお答えも結論的にはなかったというものです。仮にこちらの方のお返事もなかったということになれば、三者一致して、この問題は科学の問題ではないという確認ができるわけです。
＞問題はなぜキメラができているのかという事件だという認識で一致できる。きっとOoboe さんのモヤモヤ感もすっきりするのではないでしょうか。以上です。よろしくお願いします。
それぞれの人が、あれこれ、考えられる意見を交換をするのは大事ですが、その結果、どれが正しいのか？を決めるのは意味が無いと思います。
謎解きでありませんから。
専門家の大半の見解は、「STAP細胞は、キメラ形成可能なほどの多能性は獲得できないのはないか？」ではないでしょうか。
学とみ子の答えは、平凡ですが、「わからない」です。
学とみ子は、以前から、マウスの種類にこだわっています。
遺伝子構造が狂っていれば、特殊な反応が起きるかも・・・？です。
もし、使用したマウスの遺伝子構造が特殊であれば、一般のマウスでは可能でない現象が起きても不思議はないと思います。
つまり、ｍRNAレベルで、STAP細胞がESマーカー、TSマーカーも出していたことは確かだと思うので、キメラができても不思議はないと考えます。
特殊な細胞であれば、転写因子の多様支配があっていいと思います。
もし、そうであれば、小保方氏らの使ったマウスの細胞でなければ、絶対にキメラまでは達成できません。
しかし、一方で、専門家たちは、キメラは無理と思っているのだろうとも、学とみ子は考えます。
論文によると、STAP幹細胞は、増殖は可能であり、スムーズに増殖したかの印象で書かれています。
幹細胞というのは、多能性を維持したままの状態で増殖するのですから、自然な細胞ではありませんね。
培養に阻害剤を入れて、特殊な条件付けをした細胞です。
転写因子も、自然発生とは異なっています。
実際に、どうやって幹細胞を作製したのか？は、論文以外には公開されていません。
小保方氏は、「あの日」で、STAP細胞は増殖しないと強調しています。
論文によると、幹細胞を培養を続ける過程で、単細胞で取り出して増殖させ解析作業をしたと書かれています。
保存されていたのは、単細胞化され増殖したサンプルだと思います。
アーテイクル論文の Methodsです。
STAP stem-cell conversion culture. For establishment of STAP stem-cell lines, STAP cell clusters were transferred to ACTH-containing medium36 on MEF feeder cells (several clusters, up to a dozen clusters, per well of 96-well plates).
Four to seven days later, the cells were subjected to the first passage using a conventional trypsin method, and suspended cells were plated in ES maintain medium containing 20% FBS.
Subsequent passaging was performed at a split ratio of 1:10 every second day before they reached subconfluency.
For clonal analysis of STAP stem cells, single STAP stem cells were manually picked by a thin-glass pipette, and plated into 96-well plates at one cell per well.
The clonal colonies were cultured in ES medium containing 20% FBS, and expanded for subsequent experiments.
レター論文では、幹細胞の作製について、以下のように書いてあります。
こうした部分が、STAP論文のわかりにくい点です。
We next examined whether an alteration in culture conditions could induce in vitro conversion of STAP cells into cells similar to trophoblast stem cells 8,9, which can be derived from blastocysts during prolonged adhesion culture in the presence of Fgf4.
When we cultured STAP cell clusters under similar conditions (Fig. 2a; one cluster per well in a 96-well plate), flat cell colonies grew out by days 7–10 (Fig. 2b, left; typically in ,30% of wells).
The Fgf4-induced cells strongly expressed the trophoblast marker proteins9–12 integrin a7 (Itga7) and eomesodermin (Eomes) (Fig. 2c, d) and marker genes (for example, Cdx2; Fig. 2e).
These Fgf4-induced cells with trophoblast marker expression could be expanded efficiently in the presence of Fgf4 by passaging for more than 30 passages with trypsin digestion every third day.
Hereafter, these proliferative cells induced from STAP cells by Fgf4 treatment are referred to as Fgf4-induced stem cells. This type of derivation into trophoblast-stem-like cells is not common with ES cells (unless genetically manipulated)13 or STAP stem cells.
小保方氏の手を離れた後のSTAP細胞は、本当にES細胞のコンタミだったのか？
ここはデータも無いし、解決していません。
しかし、理研の結論では、ESだった！と言っています。
調査にかかわった専門家たちは、そう言っています。
専門家たちがそう思っているということですが、それが、絶対正しいとの意味ではありませんね。
専門家は、そう結論したということだけです。
BCA論文において、本当にSTAP幹細胞がESだったと証明されたのは、GOF-ESとGLSだけです。
AC129と129B6F１ES1間でも、FLS, CTSとFES1との間でも、BCA論文には”恐らく”の言葉が入った条件での同一細胞性です。
多くある残存サンプルのうち、ESであると結論できるサンプルに絞って、解析されたのでしょうし・・・。
理研は、若山氏の協力を仰いで、ESコンタミと結論できる方向に向けて調査が進んだと思います。
その上で、桂報告書も、わざわざ、若山氏の言葉として29ページの以下の文章を載せました。
「つじつまが合わない現象が起こった場合、真っ先に自分の担当した部分を疑うのは当然」と、若山氏の言葉を載せてます。
この言葉が唐突にここに入ってくるのは、不思議ではありませんか？
「ESを間違って混ぜてしまったのは、研究室の実験者全員の責任である」と、研究室主催者は考えているということでしょうか？
第三者には、そう、読めなくもないでしょうよ？
結論が出ていない部分ですので、すでに出ている情報を、再度、検証していくのも意味あるかと思います。
ちなみに、以下は英語版の小保方氏です。
日本語ウイキペディアでは、小保方氏非難、追及の文章が盛りだくさんに書かれていますが、英文ではトーンダウンしていて、こうした違いを検証していくのも意味があると思います。
いづれにしろ、STAP細胞にESが混入した可能性と、故意の混入ねつ造行為は、関連づけられた事実ではないのです。
しかし、桂報告書30ページのせいで、以下の記載が書けたのです。
the mixup was probably not accidental.
その前の、桂報告書には、何ページにもわたり複数個所で、幹細胞作製時にESが混じった可能性を指摘しているのです。
Haruko Obokata From Wikipedia
Obokata announced her resignation from Riken in December 2014.[38][39] ] In a year-end final report on the scandal, Riken concluded that she had indeed ‘falsified and fabricated data, that her so-called Stap cells were actually embryonic stem cells, and that the mixup was probably not accidental.’ Although Riken cleared her senior co-authors of ethics violations, it did criticize them severely for a failure to oversee her work sufficiently. Riken also ; however, it gave them a brutal drubbing for not properly checking her work. Riken also ‘promptly set about overhauling the CDB from top to bottom, stripping away half of its 500-odd staff, renaming it and installing a new management team.’
上記のように、英語版の方が、印象操作の手口がミエミエで、興味深いです。日本語版だと、小保方悪口満載で、印象操作が露骨すぎて目立ちません。
しかし、英語版は分かりやすいです。なぜ、調査員はしつこく図表のミスを追及したのか？がわかります。ES混入のことであるかのように図表不正認定を利用しているのが、英語版は分かりやすいです。
ウイキもすべて、ES派学者が仕切ってます。
小保方氏は、
falsified and fabricated
を認定されました。しかし、ESがまじった可能性についての、‘falsifiedとfabricated ではありません。
結局、小保方氏が混ぜたという証拠を、理研は示せませんでした。
理研CDBは解体され、調査委員会は無くなり、誰も責任は無いようになりました。
だから、何年も一般人の疑問が消えません。そこを問題視する一般人が今もいるのは当然と思います。