長くなりましたので、新記事に繋げます。
2020/07/03
plusさんです。
＞体内時計氏の見解のどこに問題があるんですかね。
ただすれ違ってるだけです。茶色マウスは、129xB6だし、若山氏と会話もしてるでしょうから小保方氏は知ってるというのが、学とみ子の前提です。[あの日]に書かれているとかでないです。捏造が難しいと言ってる相手(学とみ子)からの質問の答えとして体内時計さんの答えは単純過ぎます。だから、お互いにすれ違っていて、間違っているのではありません。
体内時計さん、plusさんの兄弟1/4も間違ってないけど、ここの話題には、あまりに場違いなんです。
ぴったりのものを入手できなければ、プロは捏造なんて考えません。そういう発想がないから、ES説は最初から破綻してるんです。桂報告書では、小保方氏がマウス背景を知らないと書き込む事で、STAP細胞を擁護し、小保方氏が戦うための材料を提供してるんです。
そちらは、小保方大バカ論でいいですよ。でも、それではES説支持者を失います。
＞ぜんぜんぴったりのものではないんですな。
plusさんです。
＞そういう遺伝子になるように対照実験用の細胞をつくったんだからそれぐらい一致するだろうと主張しているのは学とみ子さんであって私ではないんですが。
plusさんは、何か、学とみ子の文章を読み間違ってます。そちらの人は、それが多いです。何を勘違いしてるか？学とみ子にはわからないことがあります。
この間の凍結細胞には遺伝子情報を欠くと書いたら、皆で嘲笑った理由は、
学とみ子の想像であってますか？
再度、書きます。
若山研究室飼育の近交系マウスから、日を違えてマウスを取り出してそのたびにESを作る。あとで、別の日に作ったES同士を比べると、SNP変異も含めすごく似るのを押さえておいて。
追記
そちらの人は、本当にものが知りたいと思っているのではなく、なんとか言葉尻をとらえてけなしてやろうとかまえています。
当方の説明が理解できない時、そこからさらにからんでくるのです。
そして、せっかく説明しても、あちらの方は間違ったり、誤解したりして、学とみ子に知識が無いと再度、言いがかりをつけてきます。
彼らは最初は、そんな風ではなかったと思うし、情報をくれました。
でも、最近はどんどん、学とみ子の攻撃の悪質度が増しています。
まあ、学とみ子からの反撃言葉もひどいと思うのですが、あちらからこれだけ侮辱されたら、学とみ子側も、この位は許されるはず！と感じてしまうのですよね。
Ooboeさんの忠告通り、あちらとの交流を止めるべきだと学とみ子も思います。
以下のplusさんからの質問は答えておきます。
＞おかしな呪文のような言葉を述べてごまかそうとしていませんか？
単純条件つきってなんですか？
複数の遺伝子について述べてるんじゃないんですよ。ひとつのSNPについて述べてるんですね。表現形を述べてるんでもないのですよ。
ご説明おねがいしますね。
兄弟には、1/4の確率で遺伝子塩基が配られます。これは、正解ですよ。
相同染色体が分かれて半分（ｎ）になります（精子、卵子）
配偶者から半分のｎがきて、子供２ｎができます。この２ｎは、新しい遺伝子型の２ｎとなります。
人間はひとりひとり、遺伝子型が違いますから、
遺伝子検査の一部で、同一人かを判定できます。
例えば血型でよく教科書にのるのは、AO型の人と、AO型が結婚して子供が生まれた場合、AA AO OA OO となり、O型の人が1/4の確率です。A型は3人ですが、A型の質が違います。
以前に、ため息さんが人間の場合と比較してマウスの話をしていましたが、人間にはクローンはないですから、近交系マウスの遺伝子を論じるには不適切です。
単純条件とは、遺伝子の型（AO)と、表現型（血型がA型）が一致している場合です。
単純でない場合、たとえば、虹彩の色とかはもっと複雑な遺伝子制御なので、親とは表現型が異なり、別の色の瞳の子が生まれます。
SNPは、基本的には1塩基単位（複数の塩基も含む）変異です。
細胞分裂時、相同染色体上の変異塩基を含んだ領域が左右に分かれます。
SNPは領域の中で動き、1塩基で動くのではないです。
近交系マウスは、遺伝子塩基の配列がほぼ一緒です。クローン動物に近いですよね。
相同遺伝子２ｎが離れてｎとなり、別の動物から遺伝子ｎが来て２ｎになっても、もらったｎは、離したｎと同じ型のものです。
結果、元の遺伝子構造と同じ状態にもどります。
つまり、こうした状態にある近交系マウス由来の細胞について、同一性を論じようとすると、全ゲノム解析が必要になります。
そして、染色体の構造異常（欠失、重複など）と、1塩基の突然変異の一致が条件です。
桂報告書に詳しく書いてある通りです。
細胞培養を続けると、親が持ち合わせない１塩基の突然変異が生じてきます。
微妙に遺伝子構造が似ている場合は、プロでも判定が難しくて同一性を断定はできません。
桂報告書が断定したのは、FLS、CTSと、１２９/GFP ES のセットと、GOF-ESとGLSのセットです。
FES1は、微妙な位置づけでした。
ため息さんは、桂報告書は同一と言っているとの主張です。
こうしたことを書くと、何か言われそうだけど、とりあえず書いておきます。
言いがかりをつけてこないようにね。
やっぱり、plusさんは、いいがかりと、無理解を書いてきました。
＞ごまかさないで、どこが「がっかり」なんだかきちんと説明しましょうね。
plusさんは、疑問や無理解が多いと思うけど、plusさんが、どこでどう理解が足りないのか、学とみ子はわかりません。
説明しても、plusさんは、また上記のようなレスポンスで返す人です。
そして、plusさんは、他人には、自分で勉強しろとか、エラソに言えちゃう人。
相手を怒らせるplus戦略が見え見えです。
学とみ子は、以前はこの手にだまされたけど、その手にはのりません。
でも、今回、ＳＮＰが子に配られる仕組みの理解ができて良かったじゃない。
plusさんの進歩です。
129型、Ｂ６型が決まる特徴的なＳＮＰとは、どういうものかを勉強してください。
近交系マウスの遺伝子間の０．０１％の割で存在する塩基の違いと、系統を決めるためのＳＮＰとの違いの関係についても勉強してください。
学とみ子がぴったんこといった理由の説明も上に書いたけど、plusさんはそこを読めない。
plusさんが単純条件とは？を聞いてきたので、学とみ子は、表現型と遺伝子型の相違関連について、例をあげて説明したのに、plusさんは説明されてると思わない。学とみ子ははぐらかしているという。
相手が説明していると感じることの出来ないplusさん側の問題点を自省してください。
とにかく、そちらは、こうした攻撃法を繰り返していることを反省出来ない人たち。
仲間うちだけで盛り上がる人たちです。外に出たら通用しない状態を、お互いに誉めあっていてください。
ため息さんの今日初コメントです。
＞１ケの塩基変異が染色体のある領域内であちこち動くのかよ。
plusさんがSNPの動きが理解できてないのじゃないかと学とみ子は懸念し、SNPの解説をしたまでです。結果、plusさんは理解しましたよ。本人は否定するでしょうけど。あくまで、俺は最初から知ってる！の人ですからね。
＞ABO式血液型を例に出すのはふさわしくないです
1/4の説明用ですよ。素人向けに遺伝子情報と表現型の違いを言いたいのだよ。
＞ABO血液型はSNPの違いでみると何種類もあるようですからね。
血液型の複雑性を持ち出すこと自体が素人向け説明に的外れだろう。
そういう風に複雑化させて、素人をくじけさせる。学生にも、ずっとそんなことをやって来たんだろうな。結局、ため息さんは、そちらの人が理解できる状態に導けない。ため息自ら学ぶ気持ちがないから、他人に教えられない！
優しく噛み砕いて、初心者を導けない。こむずかくして、核心から逃げる。
ため息親分よ、学とみ子を理解できない。
＞そんなことは行った覚えがないですな。
学とみ子は[そんなにこと] と言ったが、[そんなにこと] が何の事か？はため息さんはわからない。文章の流れを理解できない。
[そんなにこと] とは、FES１とFLS、CTSが同一との理研判断です。ため息さんは、そうだと言ってるでしょう？
もとに戻りますが、plusさんの以下のコメントで、学とみ子が言ったというのはどこですか？
plusさんです。
＞そういう遺伝子になるように対照実験用の細胞をつくったんだからそれぐらい一致するだろうと主張しているのは学とみ子さんであって私ではないんですが。
plusさん、見つからなければ、それで良いです。
謝罪なんて意味ない。誤解、思い過ごし、勘違いがあっても、前に進むのが大事です。
それと比べて、他人に謝罪要求をするため息さんの身勝手さ。ため息さんは、他人をおちょくることが楽しくて仕方ない！と言ってるじゃないの。
ため息自らの無知なる趣味により、多くの誤解をし、侮辱やおちょくりを学とみ子に与え、且つ気づけないため息自身を自己反省せよ！
そんな人は、他人に謝罪を要求する資格は無いです。
ため息さんです。
＞当方はこれら４種の細胞が同一だとは言っていないと思います。報告書通り共通の祖先と理解していますが
遺伝子検査では、遡った由来細胞まではたどれるが、同一性までは言えないという意味でしょうか？
遺伝子検査が、由来しか決められないとなると、小保方氏が混ぜたのは、遺伝子検査ではFES１と決められないという風になりますが、それでいいのですか？
小保方氏が混ぜたと決めつけるためには、混ぜた細胞は、幹細胞と同一遺伝子(ぴったんこ)でないとまずいと学とみ子は思います。
時間が経って無いので、129、B6のSNPは変化してないと思いますから。
plus99%さんのコメントです。紫字
＞そういう問題ではないです。
幾つものSTAP細胞由来とされる細胞株が「129B６F１のES」と遺伝子が非常に類似であるということを根拠に桂報告は幾つかのSTAP細胞由来とされる細胞は「129B６F１のES」由来であったと結論づけましたが、この判断に学とみ子さんは過去に異を唱えたことがあったかなかったかお尋ねしてるんです。
そういうことを主張したことはなかったというなら、上のような主張をされるわけはないので、謝罪しますといってるんです。
主張したことがあるというなら、私の書いたこととどう違いますか？とお尋ねすることになります。
私は、小保方氏がねつ造したというなら、使用ESは、STAP幹細胞のSNPを含む遺伝子構成が酷似していないといけないと思います。
培養細胞は、1塩基の突然変異がおきますが、それが周りの細胞に影響を与えるほどまでに広がるには時間がかかります。
ですから、短時間では、マウス系（１２９か？B6か？）に影響を与えるSNP判定に影響は与えないとおもいますので、SNP解析による遺伝子判定は酷似（ほぼ同一）が必要だと思います。
そうした意味では、ぴったんこ（酷似）は、FLS CTS 129/GFP ESのセットと、 GOF-ESとGLSのセットだと思います。
１２９B6F1ES1においては、AC１，２に関しては、調査が不十分で、酷似（ぴったんこ）の証明が無いです。
ですから、plusさんが言う通りです。学とみ子は現在も異を唱えています。
これでいいですか？
肝心なのはFES1の位置づけでしょう。
FES1とFLS CTS に関しては、桂報告書6ページに以下のように書かれています（ピンク字）。
わざとわかりにくく書かれています。由来という言葉（学とみ子が下線で表示）が、解釈を難しくしています。
＞、残った 1,290SNPsを用いて比較を行うと、STAP 幹細胞 FLS3、FI 幹細胞 CTS1、および、ES 細胞 129/GFP ESは同一細胞株といって良い程の高い類似性を示すことが判明した。従って、STAP 幹細胞FLS3、FI 幹細胞 CTS1、および 129/GFP ES は同一の細胞由来であり、ES 細胞 FES1 と同一、あるいはそれから派生した株の可能性が高い、と結論づけた。
同一細胞株といって良い程の高い類似性は、STAP 幹細胞 FLS3、FI 幹細胞 CTS1、および、ES 細胞 129/GFP ESであると明記されています。
つまり、STAP実験をやっている時に、誰かESが混ぜるなら、129/GFP ESを使ったということです。
あるいは、STAP実験をやっている時に、誤ってミスして混ぜてしまったのは、129/GFP ESかな？ということです。
FES1より、129/GFP ESの方での方がぴったりだからです。
でも、結局はわからないのです。
ここで、注目すべきは、STAP幹細胞に類似性の高い細胞としてFES1があるのですが、さらにそれより幹細胞に近い細胞として129/GFP ESが存在するという事実でしょうね。
そして、129/GFP ESは、ES細胞なのかを含めて起源不明、どうやって作られたのはっきりしない細胞だということですね。
SNP解析で評価した順でいけば、FES1から凍結融解培養を繰り返し129/GFP ESとなり、さらにSTAP幹細胞になったということでしょうか？
BCA論文では、もう少し先を書いています。
After the above three SNP clusters reflecting parental heterogeneity
are excluded, the remaining 1,290 SNP alleles that distinguish FES1
and FES2 are supposed to have accumulated at or after establishment
in 2005. Regarding these SNPs, STAP cell lines FLS3 and CTS1 and
129/GFP ES cells are nearly identical, but differ slightly from FES1 (at
30% of these alleles), suggesting that STAP cell lines FLS and CTS
were derived from a sub-stock of FES1 ES cells.
ここをどう読むか？でしょうが、129/GFP ESは、FES1よりSTAP幹細胞に近いということがわかります。
30% of these alleles が変異するのは、どの位の年数がかかるのでしょうか？
ため息さんは、このように言っています。
＞どうしてそのような理屈になるんだろ。細胞学の実験したこと無いからしょうがないけどね。チューブから解凍して継代培養を続ければ、遺伝子は「ぴったんこ」のままではありえないでしょ。SNPのどこがわかっているだよ。へそでお茶が湧いているよ。
そして、珍しくこう書いてきました。
意味深です。
＞そう思って桂調査委員会の報告書やBCA論文を否定していなさい。STAPあるあるの根拠なんだろうから大事に抱えて、皆さんの前でご披露し続けてください。
皆様のご議論をお願いします。
Ooboeさん、
＞細胞の世界はまだまだ未知なる機能が存在していると素人ながら好奇心と興味が膨らんでいます。
今の中国研究で、種々の薬剤により分化細胞を初期化し、ES並みの多能性獲得に持ってくことができます。
すでに、小保方氏が発見した事実は、さらに先まで研究は進んでいます。
つまり、STAP細胞は、初期化蛋白を証明した時点で、再現されています。
小保方氏、笹井氏、丹羽氏など複数のES研究者が、酸浴後のCD45+細胞が、分化マーカーを失い、初期化蛋白を作るまでを見てますよ。
酸浴細胞は、小さくなり突起を出して運動性が高まり集まってくるのです。
Octの発現レベルは、強度から弱度までと発現に違いがあり、Octの発現の違いは、他の初期化遺伝子の種類の違いと関連します。
酸による刺激は、単一でない変化を細胞にもたらすのです。
薬剤により、細胞は変換させていくことが可能であるとの証拠です。
こうした目でみる観察の結果、出てきた証拠について、小保方氏は一流のES学者たちと共有しているんですよね。
小保方氏はとても、細かく、酸浴後1週間の観察をしています。
しかし、遺伝子の研究者たちは、この遺伝子発現のばらつきを認めず、ねつ造だと騒いだのですよね。
ため息さん、日曜日一番コメントです。
ワア、SNP論を言ってこない！どうして？
学とみ子は想定を語るにすぎないが、ため息さんはSNP論について、その道の専門家と会話済みなんじゃあないかな？
だから、同一と表現する言葉はあくまで避けている。ため息さんは、由来！由来！としか言わない。ここに何かある！
小保方氏が盗んで混ぜたというなら、同一でないとまずいでしょう。だって、小保方氏は手元でESをいじくり回せないでしょう？誰かから、君、何してんの？と言われてしまう立場でしょう？
まず、そちらの皆さんを教育するのは時間がかかる。学とみ子の仕事でなく、ため息さんの仕事です。
教官がわからず、生徒に教えられないなら、生徒も間違ったままです。
そちらの先生、生徒が正しいという証拠は一つもない。
まず、ため息集団は、正解を語っているとの錯覚を捨てよ！自らの限界を悟れよ。
さすれば、下記のようなコメントはできないはずだ。
＞一枚一枚、当方等にみならず他の方々にも納得できる事実・根拠を添えてはがすように努力してください。はがせないのに気が付いたら、何故はがせないかを考えてみてください。
追記
体内時計さんは、STAP細胞には熟知した人であるとパフォーマンスし続けたい人のようです。
そして、議論は専門家たちによってつくされたと体内時計さんは理解しています。
学とみ子は理解していないだけだとの主張です。
でも、今回の書き込みは
少しひっかかりました。
＞混ぜたのは誰か、ということですね。
＞いつまで続けるのでしょうか。
体内時計さん推薦の専門家たちは、どういう推論を持っていたのでしょうかね？
ES派の主張は、2013年1月と6月にGLASに持ち込む時に、小保方氏がTS細胞をまぜて、ESにTS機能を付加したという説ですよね。
大事なのは、GRASに持ち込んだ時の話でなく、実際の幹細胞作製実験において、小保方氏がどうESを混ぜたのか？の方法論ですよ。
幹細胞作製実験はすべて若山氏と書いた桂報告書は、STAP細胞から幹細胞までの経過を、若山氏から確認していますよね？
体内時計さんにとって、和モガ氏がとんでもない人との位置づけはわかりました。
しかし、和モガ説では、B6からもTSマーカーがでているとする推論をしてますが、体内時計さんは、和モガ氏の科学的主張は理解できてますか？
レター論文では、STAP細胞をFgf4培地で培養して、ES,TSの遺伝子発現をみてますね。
この時も、TSを小保方氏が混ぜてるのですか？これらのレター実験では、細胞を培養しています。
若山氏は、培養を続けながら幹細胞となったことを確認してますが、小保方氏がどの時点で混ぜているのでしょうか？
ES,TSの遺伝子発現の結果を得るために、小保方TS混ぜタイミングについて、体内時計推薦専門家は、どのような推論をしているのでしょうか？
学とみ子の理解では、幹細胞作製時の実験者は、分化能を保持した状態の細胞に増殖能を持させます。
つまり、幹細胞になったかどうかのいろいろな実験をするということです。
確認結果で、幹細胞が作製できたか？を、実験者は判断します。
ACTH+LIF培地で細胞培養し、若山氏はSTAP幹細胞を作っています。
STAP細胞は、当初、Oct Nanog RexのESマーカーと、Cdx2 Eomes Elf5のTSマーカーを持っています。
これが幹細胞にすると、Cdx2 Eomes Elf5のTSマーカー失っています（レター論文Fig1)。
つまり、こうしたことを確認作業をしながら幹細胞は作製されていくと思うのですが、体内時計推薦専門家は、この実験時において、小保方氏はどのようにたちまわっていたと想像していたのでしょうか？
あるいは、レター論文に書かれた数々の実験は全部、エアー実験で、実際にはやられていないということですか？
小保方氏がエアー実験の結果をもっていって、若山氏は何のチェックもせず、OKしたんですか？
体内時計さん推薦の専門家たちは、どう推論してますか？あるいは、そこまでの議論は無かったということですか？
＞体内時計氏の見解のどこに問題があるんですかね。
ただすれ違ってるだけです。茶色マウスは、129xB6だし、若山氏と会話もしてるでしょうから小保方氏は知ってるというのが、学とみ子の前提です。[あの日]に書かれているとかでないです。捏造が難しいと言ってる相手(学とみ子)からの質問の答えとして体内時計さんの答えは単純過ぎます。だから、お互いにすれ違っていて、間違っているのではありません。
体内時計さん、plusさんの兄弟1/4も間違ってないけど、ここの話題には、あまりに場違いなんです。
ぴったりのものを入手できなければ、プロは捏造なんて考えません。そういう発想がないから、ES説は最初から破綻してるんです。桂報告書では、小保方氏がマウス背景を知らないと書き込む事で、STAP細胞を擁護し、小保方氏が戦うための材料を提供してるんです。
そちらは、小保方大バカ論でいいですよ。でも、それではES説支持者を失います。
＞ぜんぜんぴったりのものではないんですな。
plusさんです。
＞そういう遺伝子になるように対照実験用の細胞をつくったんだからそれぐらい一致するだろうと主張しているのは学とみ子さんであって私ではないんですが。
plusさんは、何か、学とみ子の文章を読み間違ってます。そちらの人は、それが多いです。何を勘違いしてるか？学とみ子にはわからないことがあります。
この間の凍結細胞には遺伝子情報を欠くと書いたら、皆で嘲笑った理由は、
学とみ子の想像であってますか？
再度、書きます。
若山研究室飼育の近交系マウスから、日を違えてマウスを取り出してそのたびにESを作る。あとで、別の日に作ったES同士を比べると、SNP変異も含めすごく似るのを押さえておいて。
追記
そちらの人は、本当にものが知りたいと思っているのではなく、なんとか言葉尻をとらえてけなしてやろうとかまえています。
当方の説明が理解できない時、そこからさらにからんでくるのです。
そして、せっかく説明しても、あちらの方は間違ったり、誤解したりして、学とみ子に知識が無いと再度、言いがかりをつけてきます。
彼らは最初は、そんな風ではなかったと思うし、情報をくれました。
でも、最近はどんどん、学とみ子の攻撃の悪質度が増しています。
まあ、学とみ子からの反撃言葉もひどいと思うのですが、あちらからこれだけ侮辱されたら、学とみ子側も、この位は許されるはず！と感じてしまうのですよね。
Ooboeさんの忠告通り、あちらとの交流を止めるべきだと学とみ子も思います。
以下のplusさんからの質問は答えておきます。
＞おかしな呪文のような言葉を述べてごまかそうとしていませんか？
単純条件つきってなんですか？
複数の遺伝子について述べてるんじゃないんですよ。ひとつのSNPについて述べてるんですね。表現形を述べてるんでもないのですよ。
ご説明おねがいしますね。
兄弟には、1/4の確率で遺伝子塩基が配られます。これは、正解ですよ。
相同染色体が分かれて半分（ｎ）になります（精子、卵子）
配偶者から半分のｎがきて、子供２ｎができます。この２ｎは、新しい遺伝子型の２ｎとなります。
人間はひとりひとり、遺伝子型が違いますから、
遺伝子検査の一部で、同一人かを判定できます。
例えば血型でよく教科書にのるのは、AO型の人と、AO型が結婚して子供が生まれた場合、AA AO OA OO となり、O型の人が1/4の確率です。A型は3人ですが、A型の質が違います。
以前に、ため息さんが人間の場合と比較してマウスの話をしていましたが、人間にはクローンはないですから、近交系マウスの遺伝子を論じるには不適切です。
単純条件とは、遺伝子の型（AO)と、表現型（血型がA型）が一致している場合です。
単純でない場合、たとえば、虹彩の色とかはもっと複雑な遺伝子制御なので、親とは表現型が異なり、別の色の瞳の子が生まれます。
SNPは、基本的には1塩基単位（複数の塩基も含む）変異です。
細胞分裂時、相同染色体上の変異塩基を含んだ領域が左右に分かれます。
SNPは領域の中で動き、1塩基で動くのではないです。
近交系マウスは、遺伝子塩基の配列がほぼ一緒です。クローン動物に近いですよね。
相同遺伝子２ｎが離れてｎとなり、別の動物から遺伝子ｎが来て２ｎになっても、もらったｎは、離したｎと同じ型のものです。
結果、元の遺伝子構造と同じ状態にもどります。
つまり、こうした状態にある近交系マウス由来の細胞について、同一性を論じようとすると、全ゲノム解析が必要になります。
そして、染色体の構造異常（欠失、重複など）と、1塩基の突然変異の一致が条件です。
桂報告書に詳しく書いてある通りです。
細胞培養を続けると、親が持ち合わせない１塩基の突然変異が生じてきます。
微妙に遺伝子構造が似ている場合は、プロでも判定が難しくて同一性を断定はできません。
桂報告書が断定したのは、FLS、CTSと、１２９/GFP ES のセットと、GOF-ESとGLSのセットです。
FES1は、微妙な位置づけでした。
ため息さんは、桂報告書は同一と言っているとの主張です。
こうしたことを書くと、何か言われそうだけど、とりあえず書いておきます。
言いがかりをつけてこないようにね。
やっぱり、plusさんは、いいがかりと、無理解を書いてきました。
＞ごまかさないで、どこが「がっかり」なんだかきちんと説明しましょうね。
plusさんは、疑問や無理解が多いと思うけど、plusさんが、どこでどう理解が足りないのか、学とみ子はわかりません。
説明しても、plusさんは、また上記のようなレスポンスで返す人です。
そして、plusさんは、他人には、自分で勉強しろとか、エラソに言えちゃう人。
相手を怒らせるplus戦略が見え見えです。
学とみ子は、以前はこの手にだまされたけど、その手にはのりません。
でも、今回、ＳＮＰが子に配られる仕組みの理解ができて良かったじゃない。
plusさんの進歩です。
129型、Ｂ６型が決まる特徴的なＳＮＰとは、どういうものかを勉強してください。
近交系マウスの遺伝子間の０．０１％の割で存在する塩基の違いと、系統を決めるためのＳＮＰとの違いの関係についても勉強してください。
学とみ子がぴったんこといった理由の説明も上に書いたけど、plusさんはそこを読めない。
plusさんが単純条件とは？を聞いてきたので、学とみ子は、表現型と遺伝子型の相違関連について、例をあげて説明したのに、plusさんは説明されてると思わない。学とみ子ははぐらかしているという。
相手が説明していると感じることの出来ないplusさん側の問題点を自省してください。
とにかく、そちらは、こうした攻撃法を繰り返していることを反省出来ない人たち。
仲間うちだけで盛り上がる人たちです。外に出たら通用しない状態を、お互いに誉めあっていてください。
ため息さんの今日初コメントです。
＞１ケの塩基変異が染色体のある領域内であちこち動くのかよ。
plusさんがSNPの動きが理解できてないのじゃないかと学とみ子は懸念し、SNPの解説をしたまでです。結果、plusさんは理解しましたよ。本人は否定するでしょうけど。あくまで、俺は最初から知ってる！の人ですからね。
＞ABO式血液型を例に出すのはふさわしくないです
1/4の説明用ですよ。素人向けに遺伝子情報と表現型の違いを言いたいのだよ。
＞ABO血液型はSNPの違いでみると何種類もあるようですからね。
血液型の複雑性を持ち出すこと自体が素人向け説明に的外れだろう。
そういう風に複雑化させて、素人をくじけさせる。学生にも、ずっとそんなことをやって来たんだろうな。結局、ため息さんは、そちらの人が理解できる状態に導けない。ため息自ら学ぶ気持ちがないから、他人に教えられない！
優しく噛み砕いて、初心者を導けない。こむずかくして、核心から逃げる。
ため息親分よ、学とみ子を理解できない。
＞そんなことは行った覚えがないですな。
学とみ子は[そんなにこと] と言ったが、[そんなにこと] が何の事か？はため息さんはわからない。文章の流れを理解できない。
[そんなにこと] とは、FES１とFLS、CTSが同一との理研判断です。ため息さんは、そうだと言ってるでしょう？
もとに戻りますが、plusさんの以下のコメントで、学とみ子が言ったというのはどこですか？
plusさんです。
＞そういう遺伝子になるように対照実験用の細胞をつくったんだからそれぐらい一致するだろうと主張しているのは学とみ子さんであって私ではないんですが。
plusさん、見つからなければ、それで良いです。
謝罪なんて意味ない。誤解、思い過ごし、勘違いがあっても、前に進むのが大事です。
それと比べて、他人に謝罪要求をするため息さんの身勝手さ。ため息さんは、他人をおちょくることが楽しくて仕方ない！と言ってるじゃないの。
ため息自らの無知なる趣味により、多くの誤解をし、侮辱やおちょくりを学とみ子に与え、且つ気づけないため息自身を自己反省せよ！
そんな人は、他人に謝罪を要求する資格は無いです。
ため息さんです。
＞当方はこれら４種の細胞が同一だとは言っていないと思います。報告書通り共通の祖先と理解していますが
遺伝子検査では、遡った由来細胞まではたどれるが、同一性までは言えないという意味でしょうか？
遺伝子検査が、由来しか決められないとなると、小保方氏が混ぜたのは、遺伝子検査ではFES１と決められないという風になりますが、それでいいのですか？
小保方氏が混ぜたと決めつけるためには、混ぜた細胞は、幹細胞と同一遺伝子(ぴったんこ)でないとまずいと学とみ子は思います。
時間が経って無いので、129、B6のSNPは変化してないと思いますから。
plus99%さんのコメントです。紫字
＞そういう問題ではないです。
幾つものSTAP細胞由来とされる細胞株が「129B６F１のES」と遺伝子が非常に類似であるということを根拠に桂報告は幾つかのSTAP細胞由来とされる細胞は「129B６F１のES」由来であったと結論づけましたが、この判断に学とみ子さんは過去に異を唱えたことがあったかなかったかお尋ねしてるんです。
そういうことを主張したことはなかったというなら、上のような主張をされるわけはないので、謝罪しますといってるんです。
主張したことがあるというなら、私の書いたこととどう違いますか？とお尋ねすることになります。
私は、小保方氏がねつ造したというなら、使用ESは、STAP幹細胞のSNPを含む遺伝子構成が酷似していないといけないと思います。
培養細胞は、1塩基の突然変異がおきますが、それが周りの細胞に影響を与えるほどまでに広がるには時間がかかります。
ですから、短時間では、マウス系（１２９か？B6か？）に影響を与えるSNP判定に影響は与えないとおもいますので、SNP解析による遺伝子判定は酷似（ほぼ同一）が必要だと思います。
そうした意味では、ぴったんこ（酷似）は、FLS CTS 129/GFP ESのセットと、 GOF-ESとGLSのセットだと思います。
１２９B6F1ES1においては、AC１，２に関しては、調査が不十分で、酷似（ぴったんこ）の証明が無いです。
ですから、plusさんが言う通りです。学とみ子は現在も異を唱えています。
これでいいですか？
肝心なのはFES1の位置づけでしょう。
FES1とFLS CTS に関しては、桂報告書6ページに以下のように書かれています（ピンク字）。
わざとわかりにくく書かれています。由来という言葉（学とみ子が下線で表示）が、解釈を難しくしています。
＞、残った 1,290SNPsを用いて比較を行うと、STAP 幹細胞 FLS3、FI 幹細胞 CTS1、および、ES 細胞 129/GFP ESは同一細胞株といって良い程の高い類似性を示すことが判明した。従って、STAP 幹細胞FLS3、FI 幹細胞 CTS1、および 129/GFP ES は同一の細胞由来であり、ES 細胞 FES1 と同一、あるいはそれから派生した株の可能性が高い、と結論づけた。
同一細胞株といって良い程の高い類似性は、STAP 幹細胞 FLS3、FI 幹細胞 CTS1、および、ES 細胞 129/GFP ESであると明記されています。
つまり、STAP実験をやっている時に、誰かESが混ぜるなら、129/GFP ESを使ったということです。
あるいは、STAP実験をやっている時に、誤ってミスして混ぜてしまったのは、129/GFP ESかな？ということです。
FES1より、129/GFP ESの方での方がぴったりだからです。
でも、結局はわからないのです。
ここで、注目すべきは、STAP幹細胞に類似性の高い細胞としてFES1があるのですが、さらにそれより幹細胞に近い細胞として129/GFP ESが存在するという事実でしょうね。
そして、129/GFP ESは、ES細胞なのかを含めて起源不明、どうやって作られたのはっきりしない細胞だということですね。
SNP解析で評価した順でいけば、FES1から凍結融解培養を繰り返し129/GFP ESとなり、さらにSTAP幹細胞になったということでしょうか？
BCA論文では、もう少し先を書いています。
After the above three SNP clusters reflecting parental heterogeneity
are excluded, the remaining 1,290 SNP alleles that distinguish FES1
and FES2 are supposed to have accumulated at or after establishment
in 2005. Regarding these SNPs, STAP cell lines FLS3 and CTS1 and
129/GFP ES cells are nearly identical, but differ slightly from FES1 (at
30% of these alleles), suggesting that STAP cell lines FLS and CTS
were derived from a sub-stock of FES1 ES cells.
ここをどう読むか？でしょうが、129/GFP ESは、FES1よりSTAP幹細胞に近いということがわかります。
30% of these alleles が変異するのは、どの位の年数がかかるのでしょうか？
ため息さんは、このように言っています。
＞どうしてそのような理屈になるんだろ。細胞学の実験したこと無いからしょうがないけどね。チューブから解凍して継代培養を続ければ、遺伝子は「ぴったんこ」のままではありえないでしょ。SNPのどこがわかっているだよ。へそでお茶が湧いているよ。
そして、珍しくこう書いてきました。
意味深です。
＞そう思って桂調査委員会の報告書やBCA論文を否定していなさい。STAPあるあるの根拠なんだろうから大事に抱えて、皆さんの前でご披露し続けてください。
皆様のご議論をお願いします。
Ooboeさん、
＞細胞の世界はまだまだ未知なる機能が存在していると素人ながら好奇心と興味が膨らんでいます。
今の中国研究で、種々の薬剤により分化細胞を初期化し、ES並みの多能性獲得に持ってくことができます。
すでに、小保方氏が発見した事実は、さらに先まで研究は進んでいます。
つまり、STAP細胞は、初期化蛋白を証明した時点で、再現されています。
小保方氏、笹井氏、丹羽氏など複数のES研究者が、酸浴後のCD45+細胞が、分化マーカーを失い、初期化蛋白を作るまでを見てますよ。
酸浴細胞は、小さくなり突起を出して運動性が高まり集まってくるのです。
Octの発現レベルは、強度から弱度までと発現に違いがあり、Octの発現の違いは、他の初期化遺伝子の種類の違いと関連します。
酸による刺激は、単一でない変化を細胞にもたらすのです。
薬剤により、細胞は変換させていくことが可能であるとの証拠です。
こうした目でみる観察の結果、出てきた証拠について、小保方氏は一流のES学者たちと共有しているんですよね。
小保方氏はとても、細かく、酸浴後1週間の観察をしています。
しかし、遺伝子の研究者たちは、この遺伝子発現のばらつきを認めず、ねつ造だと騒いだのですよね。
ため息さん、日曜日一番コメントです。
ワア、SNP論を言ってこない！どうして？
学とみ子は想定を語るにすぎないが、ため息さんはSNP論について、その道の専門家と会話済みなんじゃあないかな？
だから、同一と表現する言葉はあくまで避けている。ため息さんは、由来！由来！としか言わない。ここに何かある！
小保方氏が盗んで混ぜたというなら、同一でないとまずいでしょう。だって、小保方氏は手元でESをいじくり回せないでしょう？誰かから、君、何してんの？と言われてしまう立場でしょう？
まず、そちらの皆さんを教育するのは時間がかかる。学とみ子の仕事でなく、ため息さんの仕事です。
教官がわからず、生徒に教えられないなら、生徒も間違ったままです。
そちらの先生、生徒が正しいという証拠は一つもない。
まず、ため息集団は、正解を語っているとの錯覚を捨てよ！自らの限界を悟れよ。
さすれば、下記のようなコメントはできないはずだ。
＞一枚一枚、当方等にみならず他の方々にも納得できる事実・根拠を添えてはがすように努力してください。はがせないのに気が付いたら、何故はがせないかを考えてみてください。
追記
体内時計さんは、STAP細胞には熟知した人であるとパフォーマンスし続けたい人のようです。
そして、議論は専門家たちによってつくされたと体内時計さんは理解しています。
学とみ子は理解していないだけだとの主張です。
でも、今回の書き込みは
少しひっかかりました。
＞混ぜたのは誰か、ということですね。
＞いつまで続けるのでしょうか。
体内時計さん推薦の専門家たちは、どういう推論を持っていたのでしょうかね？
ES派の主張は、2013年1月と6月にGLASに持ち込む時に、小保方氏がTS細胞をまぜて、ESにTS機能を付加したという説ですよね。
大事なのは、GRASに持ち込んだ時の話でなく、実際の幹細胞作製実験において、小保方氏がどうESを混ぜたのか？の方法論ですよ。
幹細胞作製実験はすべて若山氏と書いた桂報告書は、STAP細胞から幹細胞までの経過を、若山氏から確認していますよね？
体内時計さんにとって、和モガ氏がとんでもない人との位置づけはわかりました。
しかし、和モガ説では、B6からもTSマーカーがでているとする推論をしてますが、体内時計さんは、和モガ氏の科学的主張は理解できてますか？
レター論文では、STAP細胞をFgf4培地で培養して、ES,TSの遺伝子発現をみてますね。
この時も、TSを小保方氏が混ぜてるのですか？これらのレター実験では、細胞を培養しています。
若山氏は、培養を続けながら幹細胞となったことを確認してますが、小保方氏がどの時点で混ぜているのでしょうか？
ES,TSの遺伝子発現の結果を得るために、小保方TS混ぜタイミングについて、体内時計推薦専門家は、どのような推論をしているのでしょうか？
学とみ子の理解では、幹細胞作製時の実験者は、分化能を保持した状態の細胞に増殖能を持させます。
つまり、幹細胞になったかどうかのいろいろな実験をするということです。
確認結果で、幹細胞が作製できたか？を、実験者は判断します。
ACTH+LIF培地で細胞培養し、若山氏はSTAP幹細胞を作っています。
STAP細胞は、当初、Oct Nanog RexのESマーカーと、Cdx2 Eomes Elf5のTSマーカーを持っています。
これが幹細胞にすると、Cdx2 Eomes Elf5のTSマーカー失っています（レター論文Fig1)。
つまり、こうしたことを確認作業をしながら幹細胞は作製されていくと思うのですが、体内時計推薦専門家は、この実験時において、小保方氏はどのようにたちまわっていたと想像していたのでしょうか？
あるいは、レター論文に書かれた数々の実験は全部、エアー実験で、実際にはやられていないということですか？
小保方氏がエアー実験の結果をもっていって、若山氏は何のチェックもせず、OKしたんですか？
体内時計さん推薦の専門家たちは、どう推論してますか？あるいは、そこまでの議論は無かったということですか？