2020/01/23
hidetarou さんの当ブログへのコメントです。
＞やっぱりさんって理研関係者か若山研メンバーなの?
調査報告書にも書かれていないような事を書いているけど、どうなんだろうね。
学とみ子も驚きました。
本日のやっぱりさんは、以下のように修正しました。
やや、トーンダウンした表現になりましたが、大きな問題点が提起されたことはかわりありません。
なぜ、メチル化のしかるべき結果は、直されたのか？
それも、小保方氏が認識していたSTAP能力とは違う結果に導くような変更が、なぜされたのか？
最終的に、小保方氏は、その図を受け入れて、自らの論文に載せる決断をしたのですが、その前に、メチル化実験を指導してくれてた若山研究室員や、GRAS技術員などと、どのような議論の経緯があったのかは謎ですね。
GRASの元データや、小保方氏ご自身の認識と異なるようなメチル化実験の結果がなぜ、論文に採用されたのか？
キメラTCR図の存在と共に、謎がまたひとつ増えました。
以下、やっぱりさんコメントです。
＞上の書いたコメントですが、
「大腸菌~プラスミドを用いる過程—–
—-「捏造」と判断されたんですよ。」
という部分を以下のように修正します。
「大腸菌~プラスミドを用いる過程があるというだけで完全に思考停止して出鱈目なことばかり書いているようですが、、
バイサルファイト処理を利用するDNAメチル化解析は解析受託する会社もあるし、解析キットも販売されている確立した解析方法であり、不安定な生物学実験という類のものではありません。最後のシーケンスはGRASが実施し、小保方氏は白丸黒丸が多数列並んでいる解析結果をGRASから受け取ったのですが、その受け取った真の解析結果を使わずに手動でお絵かきのように白丸黒丸の図を作成して論文に掲載したから、「捏造」と判断されたんですよ。」
Bisulphite sequencingのMethodは受身形の文章で記載されていて実施者が明確に記載されていないので、Bisulphite処理やプラスミド作成などの実施者を断定するのは不適切でしたので、修正しました。
なお、メチル化に関する学さんの記述が全面的に間違いだらけであることには、全く変わりはありません。
小保方氏は、GRASから受け取った真の解析結果を使わずに手動でお絵かきのように白丸黒丸の図を作成して論文に掲載したから、「捏造」と判断されたということが本質であることも当然ながら変わりません。
捏造する必要は無かったのでは？という頓珍漢な考察は、「捏造」という判断には全く影響はありませんね。
学とみ子は、やっぱりさんのコメントに驚いたとだけ書きます。
”意地悪極まれるやっぱり氏”などと、今後、学とみ子が書くのは遠慮した方が良いですね。
むしろ、やっぱり氏に、もっと、もっと実験現場のイベントを教えてね！と、学とみ子はお願いしたいです。
桂報告書（19ページ）は、以下にあります。紫字
（調査結果） CDB 若山研におけるプログレスレポート（PR）にて提示された資料、論文原稿の各バー ジョンで示された図、実験を担当した CDB 若山研メンバーより提供された実験ノート記 録、GRAS のコンピューターに残っていた実験データを照合し、PR 資料や論文図に示され たデータの信憑性を検討した。また、小保方氏に作図法やデータ処理について聞き取り 調査を行った。その結果、以下のことが判明した。
（１）図として提示されている結果は、以下のような経緯をたどっていた。PR 資料では、 2011 年 9 月 22 日に最初のデータ（非処理細胞、スフェア Oct4 発現細胞、および ES 細胞のOct4遺伝子およびNanog遺伝子のプロモーター領域のメチル化）が提示され、 その後、2011 年 11 月頃にも提示された。この 2 回の資料は同じ実験結果を示してい ると判断されたが、これらデータの真贋性を裏付ける実験データやノート記録を確認 することはできなかった。
なお、これら PR 資料で ES 細胞とスフェアの結果が入れ替 わるなど、小保方氏のデータ取扱いの杜撰さがうかがえた。
その後、2012 年4月 12 日付けの PR 資料に全く別の実験結果が図として提示され、 この図は2012年4月のNature投稿原稿、Cell投稿原稿でも使われ、最終的にArticle Fig.2c として発表された。この図では、メチル化を示す黒丸の配置に一部乱れがあ り、手動で作図したと考えられた。また、CD45 陽性細胞（CD45+および Cultured CD45+） のデータについては、両者のパターンが酷似していた。
また、STAP 幹細胞についてもメチル化解析が行われ、この結果は 2013 年 3 月に投 稿された Letter 原稿 Fig.3 として初めて提示され、最終的には Article Extended Data Fig.8d として発表されている。この図でも CD45 陽性細胞におけるメチル化が 示されているが、Oct4 遺伝子、Nanog 遺伝子いずれのプロモーターも Article Fig.2c と比較して、メチル化程度が低いことが特徴的である。
（２）CDB 若山研メンバーが GRAS に依頼し取得され、GRAS に残されていた配列データを解 析した結果、これら配列データを用いて Article Extended Data Fig.8d が作図されたと考 えられた。ただし、データの選別（シークエンスした DNA クローンの選別）が行われており、 また、STAP 幹細胞については異なる細胞のデータが作図に使われるなど、意図的なデータ 取扱いがあった可能性を否定できない。
（３）Article Fig.2c は、2012 年 4 月に投稿論文原稿図として現れているが、それ以前 に小保方氏は計 3 セット（2011 年 10 月 27 日 1 セット、同 11 月 17 日に 2 セット）、 GRAS に DNA 配列解析を依頼していることが判明した。そのサンプル名には bisulfiteとあること、また 11 月 17 日の 2 セット分についてはそれぞれ「oct4」 、 「nanog」と の記述もあることから、これはメチル化 DNA 解析であったと判断した。「oct4」につ いては 96 クローンのシークエンスが行われ、作図に利用可能な高精度配列情報は 74 クローン分であった。しかし、この 74 クローン分のデータを用いて Fig.2c の Oct4 プロモーターの図を作図することは不可能であった。例えば Fig.2c では 11 か所中メ チル化部位が 1 か所以下のクローンが 18 クローンあったことを示すが、シークエン ス結果でこのようなパターンを有したクローンは 3 クローンのみであった。アライメ ントできなかった低品質配列クローンを含めても、この図を作ることは不可能であっ たと考えられた。 また、「nanog」については 96 クローン中 40 クローンが作図に使用可能と考えら れたが、これらを用いても Fig,2c に示された Nanog プロモーターの結果は得られな い。Fig.2c には 100%メチル化クローンが 15 クローン存在するが、シークエンス結果 でこのようなクローンは最大で 7 クローンしか存在しなかった。アライメントできな かった低品質配列クローンを含めても、この図を作ることは不可能であった。
・・・・・
（評価） CDB 若山研の PR 資料において図の取り違えがあったこと、Article Fig.2c について裏 付ける実験記録の存在が確認できないことなど、小保方氏のデータ管理は杜撰であった。 のみならず、小保方氏は、自認するとおり、得られたデータのうちの一部だけを仮説に 沿って意図的に選別して提示し、データの誤った解釈を誘導する危険性を生じさせた。 小保方氏はこのような危険性について認識しながらデータを選別したうえ、手動で作図 して存在しないデータを新たに作り上げたものである。よって、捏造に当たる研究不正 と判断した。 このようなことが行われた背景には、共同研究者によるデータに対する過剰な期待が あったことが推察された。若山氏は、上記のメチル化解析を小保方氏が行った研究室の 主宰者であり、シニア研究者として小保方氏を指導監督するとともに、共同研究者とし て、データの正当性、正確性について十分な注意を払うことが求められていた。若山氏 はデータの意図的な選別・提示に直接的に関与したとまでは認められないが、小保方氏 が若山氏の過剰な期待に応えようとして捏造を行った面も否定できない。少なくとも若 山氏は、小保方氏の指導監督を怠り、データの正当性、正確性について検証することな く、このような捏造を誘発したと認められ、その責任は過失とはいえ極めて重大である。
上記の桂報告書の記載を見ても、まず、若山研究室員のどなたかがメチル化実験に積極的に関わり、小保方氏を指導したでしょう。
特に下線の部分の記載を読むと、若山研究室員のメチル化実験関与や小保方指導の様相が伺える記載となっています。
メチル化実験は、STAP論文以外の若山研究室発の他論文でも出てくるし、この手の実験に、若山研究室員は熟達していると思います。
調査チームには、若山研究室批判派がいて、その人があえてこうした下線部分の記述を書き込んだと、学とみ子は考えたいです。
ここに小保方の字がでてきません。
＞共同研究者によるデータに対する過剰な期待が あったことが推察された。
この記載も、メチル化の話なら、ES並みを望んだのは、若山研究室です。
桂報告書には、ここかしこに、小保方氏をサポートする記載があります。
しかし、29ページ以後になると、急に文章の格調が落ちて、小保方批判色が強まります。
レベルの低い悪口批判文章となります。ここで、書き手が交代していますね。
若山研究室員である指導者から指示があれば、小保方氏は図を訂正する可能性があるし、すでに訂正した図を他の人から渡された可能性もあるのか？の疑いさえ出てきます。
なぜなら、小保方氏ご自身は、それまで作製してきたSTAP細胞に、ES並みの多能性を期待していないですから、むしろSTAPがES並み脱メチル化の結果は、小保方予想と違うことになります。
そこを、小保方氏が手動で直す必要などないはずですが・・・・。
やはり、実験結果をめぐる議論か何があったのでしょうか？
ため息グループの方々は、このスクープに驚かず、どうでもよい学とみ子貶めに熱心ですね。
学とみ子の国語力をけなしても、世間に影響は無いですよ。
一言の訂正で終わる話です。
そちらの女性たちは、そこで盛り上がりたいなら、どうぞ、盛り上がって！
そして盛り上がってる自分自身を、「あああ。情けない・・・」と思うかも。
そう思う女性たちは、まともでしょう。そこ、大事です。
”人の振り見て我が振り直せ”ね。
ため息さんも、他の女性たちが騒いでいるから、揚げ足取りはまかせておけばよいのに、わざわざ、他の女性たちと、ため息さんが同等レベルになってしまってないですか？
むしろ、学とみ子は、ため息グループの面々から、これだけチェックを受けているということを光栄に思いました。
だって、認知症の老婆が何を言おうと、何の影響もないわけでしょう？
でも、そうではないということですね。
学とみ子の影響力はある！という風に、ため息グループが認識している証拠ですよね。
どんなミスでも取り上げて、学とみ子の影響力を削ぎたいのですよね。
違いますか？
ため息さんはコメントしました。
＞学とみ子の傷口に塩を塗って差し上げます。
「鼠」：ねずみ、そこそと悪事をなす者のたとえ。です。
「竄」：逃れる、逃げる、書き換える の意味で ねずみが穴にかくれる意を表した字。ですから 穴にねずみ なんですね。
ご教授ありがとう。
ため息さんは、ネット検索はお得意のようです。
＞やっぱりさんって理研関係者か若山研メンバーなの?
調査報告書にも書かれていないような事を書いているけど、どうなんだろうね。
学とみ子も驚きました。
本日のやっぱりさんは、以下のように修正しました。
やや、トーンダウンした表現になりましたが、大きな問題点が提起されたことはかわりありません。
なぜ、メチル化のしかるべき結果は、直されたのか？
それも、小保方氏が認識していたSTAP能力とは違う結果に導くような変更が、なぜされたのか？
最終的に、小保方氏は、その図を受け入れて、自らの論文に載せる決断をしたのですが、その前に、メチル化実験を指導してくれてた若山研究室員や、GRAS技術員などと、どのような議論の経緯があったのかは謎ですね。
GRASの元データや、小保方氏ご自身の認識と異なるようなメチル化実験の結果がなぜ、論文に採用されたのか？
キメラTCR図の存在と共に、謎がまたひとつ増えました。
以下、やっぱりさんコメントです。
＞上の書いたコメントですが、
「大腸菌~プラスミドを用いる過程—–
—-「捏造」と判断されたんですよ。」
という部分を以下のように修正します。
「大腸菌~プラスミドを用いる過程があるというだけで完全に思考停止して出鱈目なことばかり書いているようですが、、
バイサルファイト処理を利用するDNAメチル化解析は解析受託する会社もあるし、解析キットも販売されている確立した解析方法であり、不安定な生物学実験という類のものではありません。最後のシーケンスはGRASが実施し、小保方氏は白丸黒丸が多数列並んでいる解析結果をGRASから受け取ったのですが、その受け取った真の解析結果を使わずに手動でお絵かきのように白丸黒丸の図を作成して論文に掲載したから、「捏造」と判断されたんですよ。」
Bisulphite sequencingのMethodは受身形の文章で記載されていて実施者が明確に記載されていないので、Bisulphite処理やプラスミド作成などの実施者を断定するのは不適切でしたので、修正しました。
なお、メチル化に関する学さんの記述が全面的に間違いだらけであることには、全く変わりはありません。
小保方氏は、GRASから受け取った真の解析結果を使わずに手動でお絵かきのように白丸黒丸の図を作成して論文に掲載したから、「捏造」と判断されたということが本質であることも当然ながら変わりません。
捏造する必要は無かったのでは？という頓珍漢な考察は、「捏造」という判断には全く影響はありませんね。
学とみ子は、やっぱりさんのコメントに驚いたとだけ書きます。
”意地悪極まれるやっぱり氏”などと、今後、学とみ子が書くのは遠慮した方が良いですね。
むしろ、やっぱり氏に、もっと、もっと実験現場のイベントを教えてね！と、学とみ子はお願いしたいです。
桂報告書（19ページ）は、以下にあります。紫字
（調査結果） CDB 若山研におけるプログレスレポート（PR）にて提示された資料、論文原稿の各バー ジョンで示された図、実験を担当した CDB 若山研メンバーより提供された実験ノート記 録、GRAS のコンピューターに残っていた実験データを照合し、PR 資料や論文図に示され たデータの信憑性を検討した。また、小保方氏に作図法やデータ処理について聞き取り 調査を行った。その結果、以下のことが判明した。
（１）図として提示されている結果は、以下のような経緯をたどっていた。PR 資料では、 2011 年 9 月 22 日に最初のデータ（非処理細胞、スフェア Oct4 発現細胞、および ES 細胞のOct4遺伝子およびNanog遺伝子のプロモーター領域のメチル化）が提示され、 その後、2011 年 11 月頃にも提示された。この 2 回の資料は同じ実験結果を示してい ると判断されたが、これらデータの真贋性を裏付ける実験データやノート記録を確認 することはできなかった。
なお、これら PR 資料で ES 細胞とスフェアの結果が入れ替 わるなど、小保方氏のデータ取扱いの杜撰さがうかがえた。
その後、2012 年4月 12 日付けの PR 資料に全く別の実験結果が図として提示され、 この図は2012年4月のNature投稿原稿、Cell投稿原稿でも使われ、最終的にArticle Fig.2c として発表された。この図では、メチル化を示す黒丸の配置に一部乱れがあ り、手動で作図したと考えられた。また、CD45 陽性細胞（CD45+および Cultured CD45+） のデータについては、両者のパターンが酷似していた。
また、STAP 幹細胞についてもメチル化解析が行われ、この結果は 2013 年 3 月に投 稿された Letter 原稿 Fig.3 として初めて提示され、最終的には Article Extended Data Fig.8d として発表されている。この図でも CD45 陽性細胞におけるメチル化が 示されているが、Oct4 遺伝子、Nanog 遺伝子いずれのプロモーターも Article Fig.2c と比較して、メチル化程度が低いことが特徴的である。
（２）CDB 若山研メンバーが GRAS に依頼し取得され、GRAS に残されていた配列データを解 析した結果、これら配列データを用いて Article Extended Data Fig.8d が作図されたと考 えられた。ただし、データの選別（シークエンスした DNA クローンの選別）が行われており、 また、STAP 幹細胞については異なる細胞のデータが作図に使われるなど、意図的なデータ 取扱いがあった可能性を否定できない。
（３）Article Fig.2c は、2012 年 4 月に投稿論文原稿図として現れているが、それ以前 に小保方氏は計 3 セット（2011 年 10 月 27 日 1 セット、同 11 月 17 日に 2 セット）、 GRAS に DNA 配列解析を依頼していることが判明した。そのサンプル名には bisulfiteとあること、また 11 月 17 日の 2 セット分についてはそれぞれ「oct4」 、 「nanog」と の記述もあることから、これはメチル化 DNA 解析であったと判断した。「oct4」につ いては 96 クローンのシークエンスが行われ、作図に利用可能な高精度配列情報は 74 クローン分であった。しかし、この 74 クローン分のデータを用いて Fig.2c の Oct4 プロモーターの図を作図することは不可能であった。例えば Fig.2c では 11 か所中メ チル化部位が 1 か所以下のクローンが 18 クローンあったことを示すが、シークエン ス結果でこのようなパターンを有したクローンは 3 クローンのみであった。アライメ ントできなかった低品質配列クローンを含めても、この図を作ることは不可能であっ たと考えられた。 また、「nanog」については 96 クローン中 40 クローンが作図に使用可能と考えら れたが、これらを用いても Fig,2c に示された Nanog プロモーターの結果は得られな い。Fig.2c には 100%メチル化クローンが 15 クローン存在するが、シークエンス結果 でこのようなクローンは最大で 7 クローンしか存在しなかった。アライメントできな かった低品質配列クローンを含めても、この図を作ることは不可能であった。
・・・・・
（評価） CDB 若山研の PR 資料において図の取り違えがあったこと、Article Fig.2c について裏 付ける実験記録の存在が確認できないことなど、小保方氏のデータ管理は杜撰であった。 のみならず、小保方氏は、自認するとおり、得られたデータのうちの一部だけを仮説に 沿って意図的に選別して提示し、データの誤った解釈を誘導する危険性を生じさせた。 小保方氏はこのような危険性について認識しながらデータを選別したうえ、手動で作図 して存在しないデータを新たに作り上げたものである。よって、捏造に当たる研究不正 と判断した。 このようなことが行われた背景には、共同研究者によるデータに対する過剰な期待が あったことが推察された。若山氏は、上記のメチル化解析を小保方氏が行った研究室の 主宰者であり、シニア研究者として小保方氏を指導監督するとともに、共同研究者とし て、データの正当性、正確性について十分な注意を払うことが求められていた。若山氏 はデータの意図的な選別・提示に直接的に関与したとまでは認められないが、小保方氏 が若山氏の過剰な期待に応えようとして捏造を行った面も否定できない。少なくとも若 山氏は、小保方氏の指導監督を怠り、データの正当性、正確性について検証することな く、このような捏造を誘発したと認められ、その責任は過失とはいえ極めて重大である。
上記の桂報告書の記載を見ても、まず、若山研究室員のどなたかがメチル化実験に積極的に関わり、小保方氏を指導したでしょう。
特に下線の部分の記載を読むと、若山研究室員のメチル化実験関与や小保方指導の様相が伺える記載となっています。
メチル化実験は、STAP論文以外の若山研究室発の他論文でも出てくるし、この手の実験に、若山研究室員は熟達していると思います。
調査チームには、若山研究室批判派がいて、その人があえてこうした下線部分の記述を書き込んだと、学とみ子は考えたいです。
ここに小保方の字がでてきません。
＞共同研究者によるデータに対する過剰な期待が あったことが推察された。
この記載も、メチル化の話なら、ES並みを望んだのは、若山研究室です。
桂報告書には、ここかしこに、小保方氏をサポートする記載があります。
しかし、29ページ以後になると、急に文章の格調が落ちて、小保方批判色が強まります。
レベルの低い悪口批判文章となります。ここで、書き手が交代していますね。
若山研究室員である指導者から指示があれば、小保方氏は図を訂正する可能性があるし、すでに訂正した図を他の人から渡された可能性もあるのか？の疑いさえ出てきます。
なぜなら、小保方氏ご自身は、それまで作製してきたSTAP細胞に、ES並みの多能性を期待していないですから、むしろSTAPがES並み脱メチル化の結果は、小保方予想と違うことになります。
そこを、小保方氏が手動で直す必要などないはずですが・・・・。
やはり、実験結果をめぐる議論か何があったのでしょうか？
ため息グループの方々は、このスクープに驚かず、どうでもよい学とみ子貶めに熱心ですね。
学とみ子の国語力をけなしても、世間に影響は無いですよ。
一言の訂正で終わる話です。
そちらの女性たちは、そこで盛り上がりたいなら、どうぞ、盛り上がって！
そして盛り上がってる自分自身を、「あああ。情けない・・・」と思うかも。
そう思う女性たちは、まともでしょう。そこ、大事です。
”人の振り見て我が振り直せ”ね。
ため息さんも、他の女性たちが騒いでいるから、揚げ足取りはまかせておけばよいのに、わざわざ、他の女性たちと、ため息さんが同等レベルになってしまってないですか？
むしろ、学とみ子は、ため息グループの面々から、これだけチェックを受けているということを光栄に思いました。
だって、認知症の老婆が何を言おうと、何の影響もないわけでしょう？
でも、そうではないということですね。
学とみ子の影響力はある！という風に、ため息グループが認識している証拠ですよね。
どんなミスでも取り上げて、学とみ子の影響力を削ぎたいのですよね。
違いますか？
ため息さんはコメントしました。
＞学とみ子の傷口に塩を塗って差し上げます。
「鼠」：ねずみ、そこそと悪事をなす者のたとえ。です。
「竄」：逃れる、逃げる、書き換える の意味で ねずみが穴にかくれる意を表した字。ですから 穴にねずみ なんですね。
ご教授ありがとう。
ため息さんは、ネット検索はお得意のようです。