2019/11/28
構造異常とSNPｓが完全に一致する2種の細胞が、異なる実験結果として得られた場合、一方の細胞が他方の実験中に混じったと考えられる。
異なる実験において、最終的に得られた幹細胞が、全てDNA構造が一致していたら、混入し選択され、すり替わったと考えるということだ。
さて、調査チームがESの混入と考えた根拠とした、桂報告書の説明を、今回も又、見て行こう。
何度でも、見て、考えていくことが必要だと思う。今まで、何度も触れてきたことであるが、何を書こうと、ため息氏は、学とみ子のでたらめというだろう。２００５年説に何も疑問を感じないのだろう。ため息氏は、コロニーが違うという意味がイメージできない。ため息氏レベルの人が、顛末が理解できるように、桂報告書は、書き方を工夫すべきだ。もちろん、それが出来ない状況であったことを、学とみ子は理解する。
桂報告書は、誰でもわかるようには書かない。恐らく、書けない状況があった？誰に配慮して書くか？を、決めたのは誰か？
裁定結果に不服な研究者なら戦う！が、業界の価値観だろう。
”STAP(幹)細胞は、ES細胞だ”と、GOFマウス細胞で、一番、自信をもって、桂報告書が示したと、以前に当ブログに書いた。
そこから、もう少し、まとめてみよう。
以下が、桂報告書7-8頁である。青字
STAP 幹細胞 GLS1 と ES 細胞 GOF-ES 細胞がほぼ確実に同一で あることが判明した理由である。
１）全ゲノム上の SNPs 分布（C57BL/6 マウス背景）が同一
２）挿入遺伝子の種類、コピー数、挿入領域の配列が同一
３）由来するマウスの性別（メス）が同一
４）X 染色体上の構造異常（大きな欠失＋末端重複逆位接続）が同一
５）マウス個体で X 染色体上に上記のように大きな構造異常が生じた場合、その染色体 は世代を超えて安定に維持されないこと
６）ES 細胞 GOF-ES の元となった親の GOF マウスには、X 染色体構造異常が認められなか ったこと
７）GOF マウスの SNPs 分布が、STAP 幹細胞 GLS1 および ES 細胞 GOF-ES の SNPs 分布と異 なっていたこと
８）STAP 幹細胞 GLS1 以外の全ての独立な GLS 株でも、STAP 幹細胞 GLS1 と同じ X 染色体 上の構造異常が見つかったこと
細胞の同一性は、遺伝子の構造異常と、 SNPs 分布が大事な二大根拠である。
2種の細胞は、親のマウス（細胞）に無い遺伝子異常を持ち、かつ、2種の細胞の SNPs 分布で同一性があれば、自信をもって一方が他方から作られたとなる。
（ただし、SNPs 分布の場合は、方が他方から作られた直後は一致していても、2種の細胞がそれぞれ培養を繰り返すと、塩基の突然変異が重なってしまってSNPs 分布の同一性が離れてくる。この違いで細胞の作製時期を考えることができる）
GOF-ES の場合は、この原則が良く満たされていた。
つまり、”STAP 幹細胞 GLS1 は、GOF-ES から作られた”である。
まず、ここからアプローチしてみよう。
一般人は、ESから作られたとの桂報告書を目にした時、小保方氏が混ぜたと言っていると早合点をしたのだが、実はそうではなく、STAP 幹細胞 GLS1 を作る時、GOF-ESが混ざって、それに置き換わったと言っているのである。
＞GOF マウスから STAP 細胞を経て STAP 幹細胞 GLS が作製された 過程でこの ES 細胞 GOF-ES の混入が生じ
次は、FLS,CTSの場合である。
桂報告書は、以下のように言っている。
STAP 幹細胞 FLS3、FI 幹細胞 CTS1、ES 細胞 FES1、および小保方 研で見つかった 129/GFP ES の、常染色体に存在する 129 ホモの SNPs が、突然変異、 あるいは遺伝的背景の不均一性によるものとしても、もしこれらの幹細胞がそれぞ れ独立に作製されたものであるなら、これらの 4 か所に共通の SNPs が観察される 可能性は低く、これら4種類の幹細胞が共通の細胞に由来することを強く示唆する。
ここでも、第3染色体の5kbの欠失と第8染色体の17kb の欠失(第8染色体は129系統由来；第3染色体はB6系統由来）の構造異常の遺伝子の構造異常が指摘され、かつ、SNPs 分布の一致をあげている。
STAP 幹細胞 FLS3、FI 幹細胞 CTS1、ES 細胞 FES1、 129/GFP ES は、同一の細胞なのである。
特に、上記の記載でわかるように、4か所で生じた１塩基の突然変異をもって、細胞の同一性を証明している。
少ない数でも、突然変異が一致していることが、同一性の証明になる。
違う時期に作られたはずの幹細胞が、同一の細胞になっている理由は、幹細胞作製時に混じったとの理屈だ。
個々にSTAP細胞が作られたなら、ここが説明できない。
桂報告書は以下のような言い方をしている。
＞これら 4 種類の細胞 が、論文に示されていた（129 x C57BL/6）F1 マウスから直接作製された株ではないこ とを明確に示している。
＞STAP関連11細胞株の全ゲノム解析から、第3染色体の5kbの欠失と第8染色体の17kb の欠失(第8染色体は129系統由来；第3染色体はB6系統由来)が上記STAP幹細胞FLS3、 FI 幹細胞 CTS1、および、ES 細胞 FES1 並びに 129/GFP ES だけに共通に存在することが 判明した。
ここまでは、問題が無かったが、そこに、FES2解析を持ち出したことで、ＥＳ１の出自に問題が生じた。
FES1とFES2は、同一日の同一実験者の実験条件で作られた。
ところが、その遺伝子型は、第3染色体の5kbの欠失と第8染色体の17kbの構造異常も共有していないし、SNPｓも合わない。
FES1を樹立するときに、2か所の欠失が生じ、FES2を樹立するときに欠失が生じなかったという可能性を考えて良いが、それだとSNPｓが合わないのが説明できない。SNPｓも合わない理由を、調査チームは、マウスのコロニーが違うと説明している。
そして、ＦＥＳ１とＦＥＳ２で、ＳＮＰｓの違いに注目し、近縁の細胞はどれかを見たのである。
FES1作成から2年後に作られた ｎｔＥＳＧ１，Ｇ２は、使用した親マウスがＴｅｒであり、ＳＴＡＰ細胞の１２９Ｘ１とは異なるが、ｎｔＥＳＧ１，Ｇ２を、比較に用いた。
ｎｔＥＳＧ１，Ｇ２は、両者同士の近似率９９．95%と高く、ＦＥＳ２とは、SNPｓは62-78%で一致している。
つまり、ＦＥＳ１は、STAP 幹細胞 FLS3、FI 幹細胞 CTS1と（混入の結果）一致するのは当然だが、ＦＥＳ１の元となったマウスはどこにいたのであろうか？ここは誰も説明ができない。
調査チームは、ＦＥＳ１の出自に疑問を感じて、ＦＥＳ１とＦＥＳ２のSNPｓの違いについて、ＮＧＳを用いて、詳しく調べたのだと思う。
そして、理研は公開していないが、ＦＥＳ１と類似のSNPｓを持つ細胞あるいはマウスを把握していたかもしれない。
ここは、早くから和モガブログで指摘されていた。当時、細胞を混ぜたのではないか？との指摘があったら、その後に、本人によりその仮説は否定された。
最後に、AC129であるが、SNPｓ解析が十分でなく、この解析が一番手抜きになっている。
＞異なる時期に作製された 3 種の細胞株、129B6 F1ES1、 STAP幹細胞AC129およびSTAP幹細胞FLS-T（AC129-1、AC129-2、並びに、FLS-T1、 FLS-T2） はそれぞれ独立の細胞株なので、5 個の独立した細胞株、129B6 F1ES1、STAP 幹細胞 AC129-1、AC129-2、並びに、STAP 幹細胞 FLS-T1、FLS-T2）が偶然、性別および、4 種の ゲノムの特徴（欠失 3、4、重複 1、第 6 染色体 B6 ホモ領域）を共有する確率は極めて 低い。したがって、STAP 幹細胞 AC129-1、AC129-2、並びに、STAP 幹細胞 FLS-T1、FLS-T2 は、129B6 F1ES1 に由来すると結論づけた。
理研の調査チームは、以上のように結論したわけだが、それでも、STAP細胞が独自に何らかの多能性を持つかどうか？の希望は残る。
検索された細胞も、一部だけピックアップされたものに限られる。
ＥＳ混入説に合わない実験結果があったかもしれない。
混入説とは別に、ＳＴＡＰ細胞の多能性は証明されていると思う。
すなわち、幹細胞実験でES細胞が混じっても、酸浴後のSTAP細胞が、1週間の経過で、初期化蛋白の合成を行うのは確かなのだろう。
調査チームは、桂報告書に書いたこと以外に、どのようなデータを持っているのだろうか？
調査チームは、出自のわからないＦＥＳ１の登場に怒りがあるだろうと思う。
天ぷら先生が以下のように書いている。
＞改めてみると不正に対する怨念を感じます。
調査チーム内研究者の中には、怒っている先が小保方氏より、実験を主催した研究室であった人たちもいたのではないですか？調査チームの立場や調査人の思いは、様々であったと思う。
持ち主のわからない129/GFP ES が、ＳＴＡＰ疑惑の主役であった。
なぜ、そうした不明細胞が、大事な実験成果と同一なのか？
調査した研究者なら、この結果に怒りを感じるのではないでしょうか？
追記
ため息氏、コメントしました。
＞染色体２箇所に欠失のあるマウスはそもそも存在しないのだから、
こりゃ、学とみ子の文章を読めてません。２欠失が細胞樹立時にできても良いと、学とみ子も言ってるでしょう？
SNPをどう考えるかの基礎知識がいまだ、獲得できないため息氏でした。構造異常と、SNPの成因の違いがいまだ、理解できないようです。
これでは、この先のため息氏は、学とみ子はでたらめと叫び続けるでしょう。そちらのメンバーもため息氏を心配しますよ。
このコメントもひどい。
＞SNPｓの違いは交配に用いられた親マウスの遺伝的背景は均一ではないからですよ。
ため息さんは、親がヘテロになった原因が、マウスが逃げ出して、１２９とB6が混じったからだと主張している。そこを桂報告書が、”親マウスの遺伝的背景は均一ではないから” と言っていると、誤解している。
そんなこと、調査チームは言ってないよ。
＞誤解をyap*ari*w*katt*na*さんや当方が指摘しても、細胞生物学に詳しいと自称する学とみ子は当方等を細胞学を知らないと誹謗しているので、
学とみ子がでたらめを書いていると誹謗しているのは、ため息氏でしょう？
そもそも、ため息氏は、yap*ari*w*katt*na*さんとの違いもわからない。ため息氏は、マウスコロニーの違い説がどこにかかれているか？もわからない。
もう一度、良く、学とみ子の説明を読むようにしなさい。
FES1を樹立するときに、2か所の欠失が生じ、FES2を樹立するときに欠失が生じなかったという可能性を考えて良いが、それだとSNPｓが合わないのが説明できない。
追記
ため息のコメントです。
ため息氏が、いよいよ、学とみ子が書いたことを、書いていないと言い出しました。
私は書き換えていません。その前の記事でも、言ってることは、いつも一緒です。
学とみ子は、ため息さんの間違いを意識して、ため息さんに理解してもらいたくて作文しているのです。
特別レッスンですよ。
だから、大事な知識は必ずいれているでしょう。元の文章にもちゃんと入ってますよ。
今、あらたに下線を引いたから、そこを見てくださいよ。
そちらは、魚拓もとってるんだろうから、そこも見直しなさいな。
私は、同じことを言っているのに、ため息さんは、なんとか揚げ足取りに結び付けようと、難癖をつけている。
ため息さん（青字）
>学とみ子曰く：「２欠失が細胞樹立時にできても良いと、学とみ子も言ってるでしょう？」
→ 前と言うことが異なってきました。つい先ほどまでは染色体に２箇所の欠失があるマウス（コロニー）がいた・あったでしたからね。
学とみ子は同じことを言っていても、ため息さんは、学とみ子が別のことを言っていると勘違いをしてしまいます。
yap*ari*w*katt*na*さんも、学とみ子が勘違いしていると、印象操作をしてきた。
ため息さんは、そのyap*ari*w*katt*na*作戦を引き継いでいる。
学とみ子は、20１１－2012年のSTAP実験時のマウスコロニーに、どのような変化が起きていたのかが興味があるのですよ。
でも、桂報告書は調べませんでした。ここに重要な情報があるかもしれません。
欠失や重複の構造異常は、ある時点で一気に１細胞に起きうるけど、１塩基の突然変異というのは偶発的に起きて積み重なっていくのです。だから、親にない1塩基の突然変異が、二つの細胞で共有し、かつ共有する１塩基変異の数が多ければ、細胞の同一性（一方の細胞が他方の細胞から作られたという意味）の判断材料になるのです。
ですから、FES1,FES2のように、近交系マウスを材料に同時に作られた細胞同士なのに、SNPが離れていることが、謎なのですよ。
ここが、ため息さんにはわからないのです。
まさに、ため息さんの書いたこの部分ですよ。この桂報告書が言いたかった真意が、ため息さんには読み取れないのです。
＞桂委員会報告書p6には（NGS）による解析結果から「ES細胞FES1とES細胞FES2の樹立当時、交配に用いられた親マウスの遺伝的背景は均一ではない」、「ES細胞FES1とFES2は、樹立時にそれぞれ異なるSNPsを持つ染色体を親マウスから受け継いだ」いと書いてあるでしょ。
BCA論文のここが大事なんですよ。ここのため息さんの疑問の答えがすべてあるでしょう？
These differential SNP clusters probably arose from chromosomal heterogeneity in the parental mouse colonies when FES1 and FES2 were established. It is highly unlikely that the Acr/cag-GFP STAP cell lines and FES1 all independently acquired these two unique deletions and inherited the same three mosaic chromosomes from parental mice. An ES cell stock,129/GFP ES, was also found to share all these genomic features (Extended Data Table 1). After the above three SNP clusters reflecting parental heterogeneity are excluded, the remaining 1,290 SNP alleles that distinguish FES1 and FES2 are supposed to have accumulated at or after establishment in 2005. Regarding these SNPs, STAP cell lines FLS3 and CTS1 and 129/GFPES cells are nearly identical、but differ slightly from FES1 (at 30% of these alleles), suggesting that STAP cell lines FLS and CTS were derived from a sub-stock of FES1 ES cells.
追記
体内時計さんから、励ましのメッセージです。
＞お疲れ様です。朝から笑ってしまいました。
ため息さん、応援隊がいてよかったですね。今のため息さんは、ご自身が理解できないでいることを、ため息さんご自身の中でどう処理していくか？で必死ですね。
そこに、同じく理解できない人がいれば、かなり救われるのでしょう。そちらの方にとって、SNPの理解がとても難しいのだということが、学とみ子にわかりました。
体内時計さんは小保方不正の原点が絶対に許せないのでしょう。どんなに、新たな議論が沸き上がっても、何も、体内さんの原点には影響を与えないようです。
彼らは、コロニーが違うと主張するBCAの論文や桂報告書が理解ができず、この事実から想定できる事態を想像しないようです。知識不足が残念ですね。
ため息さん、近交系マウスにおいて、SNPが違うという意味を、時間をかけて、じっくり考えてね。
ため息さんがしっかり上記英文が読めるようになったら、上記英文の下線部分に、FES1.2の元のマウスは、別コロニーって書いてあるよね。それは、129とB6が別コロニーで飼育との意味じゃあないわよね。129とB6は、元々、混ざらないように飼育してますから。じゃあ、マウスコロニーが違うって、どういう状況が、考えられるの？例示してみてくれますか？
今は、携帯で書いているので、全体が見渡せませんが、とりあえず、気になることから書いていきます。
ため息さんです。
＞2005年樹立凍結されていたES細胞を誰かが失敬して2012年に解凍して使ったのさ。なんの矛盾もないでしょ。
まず、FES1が、２００５年に作られたという桂報告書の記載に問題があると疑う必要がある。
なぜなら、同時に同一研究室で作られたはずのFES1.2のSNPがあわないから。
129もB6も、若山研究室で維持されていて、同一受精卵から、FES1.2を作っていないし、同一マウスコロニーから作ったわけでもない。
それでは、どこにいたマウスから、FES1を作ったのか？となる。
それぞれのコロニーから一匹づつを取り出して交配しFES1を作り、次に別のマウスを取り出して交配させFES2を作ったとしたら、FES1.2のSNPは、桂報告書の解析結果とは合わない。
ため息さんは、コロニーが違うとのBCA論文の記載を認めないのか？
調査チームは、コロニーが違うと言っているだけで、それ以上は言及してない。
調査チームは、言いたい事があっても言えなかったのかも知れず、わかる人だけわかってくれ！という意味だと思う。
追記
ため息さんのコメントです。
＞両親マウスの相同染色体がヘテロな場合（片親だけがヘテロでも）、受精卵が両親から引き継いだSNPｓは、減数分裂の過程を考えると（いくらなんで学とみ子はわかりますよね）子供に同じように配分されない、つまり、FES1とFES2のSNAPsは、たとえ両親が同じでも、ともにヘテロなので異なることになります。
両親が本当の近交系マウス（相同染色体がホモ）あるいは一卵性双生児ではSNPSはほぼ同じになるでしょうね。
上記の記載を読むと、いろいろな混乱がありますね。
なぜ、近交系マウスのSNPの話をしているときに、遥かに話題の離れた配偶子形成時の減数分裂のイベントや、1卵性双生児の話などを混ぜるのでしょうね？
ため息さんは、何もかも一緒にして区別がついていません。
近交系マウスなどは、きわめて特殊な人工マウスですよ。
それなのに、学とみ子の方だけを、一方的にデタラメ無能扱いにしてます。
科学議論の破綻、ここに極まれりという感じです。
同一コロニーの近交系マウスとは、DNA配列の同一性が高く、SNP (1塩基単位の突然変異を含む) を共有しています。
年数が経つと、1塩基変異が積み重なってきて、コロニーごとのマウスのSNP(1塩基単位の突然変異を含む)が、離れてくる現象について議論してます。
同系マウスであっても、別のコロニーで飼育され続けたマウスでは、そのコロニー特有なSNP (1塩基突然変異を含む) 共有状態になります。つまり、マウスコロニーごとに遺伝子状態が違ってくるのですね。
今、その話題についての話なのに、ため息さんは、配偶子形成時のイベントと、混乱しています。
SNPのズレは、マウスの減数分裂の時に起きる構造変異のみではなく、継代に伴い起きる１塩基単位の突然変異が加わります。
ため息さんの頭は、マウスの配偶子に起きる構造変化や塩基変異と、１塩基単位で起きる突然変異の区別がつきません。
ホモとかヘテロの使い方も、減数分裂やら、１卵生双生児とかの話と混乱してます。
SNPの考え方を理解せずして、学とみ子のでたらめ呼ばわりをやめてください。
ため息さん、別の飼育環境で飼われているマウスを考えないと、SNPの説明ができないことは、おかしいと思いませんか？
なぜ、別の飼育環境なのですか？
FES1,FES2の両者が、共に2005年作製とするから、こうした問題が生じるわけです。
調査チームも、おかしいと思うから、NGSで調べたのです。
まあ、ため息さんは、ここが理解できないかもしれませんし、そちらの理解できない方々も、ため息さんと一緒に、学とみ子を貶めるでしょう。
全員が間違っていても、誰もそれに気づけない。
丁寧に説明しても、小保方批判でグループの気持ちは一緒で団結している。
そして、いろいろな可能性を模索している人たち(STAP派）が間違っていると信じている。議論しても、理解がないので進まない。
＞2005年樹立のES細胞の染色体の欠失が、2012年樹立のSTAP幹細胞にもあることを、学とみ子のマウスコロニー説ではどうやって説明するの？説明してみろよ。欠失だって、SNPｓだって染色体上の変異だからおなじことだよ
マウスや細胞の継代に伴い、１塩基突然変異が起き、積み重なる。
マウスの継代には減数分裂と１塩基突然変異が起き、そうした遺伝子変異が積み重なる。
コロニー全体の遺伝子状態が変化する。特に、閉鎖的に飼育され続けると、コロニーごとの変化が積み重なる。
ある施設から、マウス雄雌をもらって、次の施設が小規模で飼育を始めて、数年が経過すると、元のマウス供給元のマウスとは、遺伝子型が離れてくる。
ES細胞を作るときにも、大きな変化が起きる。この場合の変化は、人工細胞のみで、マウスのコロニーには影響を与えない。しかし、マウス継代過程の遺伝子変異は、コロニーに影響を与える。さらに、後から、いつの時点のイベントかを調べるのは難しい。
気まぐれに起きる遺伝子変異、それに伴う細胞機能の変化は予測できない。生物学は、人の予期が及ばない。
ため息さんは、この基本が理解できない。黙っていようと思ったが、学とみ子が間違いと言うので、言わざるを得ない。
それに、この時点で、ため息さんは、学とみ子がこれ以上の議論をやめるのを望んでいるでしょう。
そうすれば、学とみ子が間違いばかりと言い続けて、ブログ主の立場を保てるのでしょうから。
それも又、良いのでしょうから、どうぞ、お続けください。。
知らないことを知らないと言えずに、やみくもにでたらめ学説を書いて、”俺は知っている” パフォーマンスで自己弁護し、相手（学とみ子）をバカよばわりして、かつ、いばる人っているんだなあ～が、わかりました。
反論がどんどん、はずれている様を見せていただいて、学とみ子は勉強になりました。
学とみ子の特別レッスンは、ここで、もう終わりにします。
ため息さんは言った。
>あー、こんな解説を、”細胞生物学のプロ”である学とみ子にするとは、はずかしいね。
私はプロではない。しかし、STAP議論を見ていて、学とみ子なりに考えて、この位の考察はする。
プロではないからこそ、さらなるプロの書き込みを読んで、学とみ子は考察をする。
ため息さんもプロではないから、他人の書き込みを読んで、自らの考えを修正していかなければならないはずだ。
しかし、教職という立場に長くいると、もうそうした対応ができなくなってしまうのだろう。
遥かに知識の薄い人間だけを相手にしていれば、大声で叫んでごまかすことができる人になってしまう。
この領域のプロがもっと、一般人に対していろいろな情報提供をしていない現状が、STAP事件の最大の悲劇ではないのか？
追記
ため息さんからの今朝のコメントです。
＞学とみ子は、両親の遺伝子構成がヘテロザイゴートだ
兄弟で長期間、交配させて遺伝子ドリフトを防ぐのが近交マウスの作り方だと思うけど。
過去に若干、129とB6混じった親マウスでも、桂報告書がコロニーの違いと言ったのとは別の論拠です。ため息さんにはまだ、わからない。過去に親レベルで混じっても、その後に行う近交マウスの交配で影響は薄まる。
＞After the above three SNP clusters reflecting parental heterogeneity are excluded, the remaining 1,290 SNP alleles that distinguish FES1 and FES2 are supposed to have accumulated at or after establishment in 2005.
桂報告書は、親マウスの持っている差異を除き、残るSNPsについて、FES１と、２の差異を比べています。そして、２００５年以後も何らかの人工的手技が入り(培養を繰り返すなど)、両者の１塩基突然変異が離れた可能性を指摘しています。afterにご注目。２００５年以後も、これらES細胞に人工的操作が繰り返して行われていた可能性を、桂報告書は、[after] で示唆したか？
つまり、すり替えとかしなくても、FES１を長く培養していると、１塩基突然変異の影響が重なる。2011-12年、元FES１が、129/GFP ESとなり、129/GFP ESがSTAP幹細胞作成中に混じり、元のSTAP細胞と置き換わったとの推論は、どうだろうか？
桂報告書が言ってる、ESの混入とは、元のSTAP細胞がES細胞に入れ替わってしまう意味だが、一般人には分かりにくい表現だ。まあ、桂報告書全文がそうした論調だが、小保方批判部分は、取って付けた明瞭さで書かれている。ここだけ、良く理解しているのがES派だ。
証拠は無くても、小保方責任転嫁にしたい人たちが多く、理研にいた？
でも、一方で、幹細胞実験中のトラブルを強調したい人も、少なからずいた？
そこに、救いを見いだすべきか？
異なる実験において、最終的に得られた幹細胞が、全てDNA構造が一致していたら、混入し選択され、すり替わったと考えるということだ。
さて、調査チームがESの混入と考えた根拠とした、桂報告書の説明を、今回も又、見て行こう。
何度でも、見て、考えていくことが必要だと思う。今まで、何度も触れてきたことであるが、何を書こうと、ため息氏は、学とみ子のでたらめというだろう。２００５年説に何も疑問を感じないのだろう。ため息氏は、コロニーが違うという意味がイメージできない。ため息氏レベルの人が、顛末が理解できるように、桂報告書は、書き方を工夫すべきだ。もちろん、それが出来ない状況であったことを、学とみ子は理解する。
桂報告書は、誰でもわかるようには書かない。恐らく、書けない状況があった？誰に配慮して書くか？を、決めたのは誰か？
裁定結果に不服な研究者なら戦う！が、業界の価値観だろう。
”STAP(幹)細胞は、ES細胞だ”と、GOFマウス細胞で、一番、自信をもって、桂報告書が示したと、以前に当ブログに書いた。
そこから、もう少し、まとめてみよう。
以下が、桂報告書7-8頁である。青字
STAP 幹細胞 GLS1 と ES 細胞 GOF-ES 細胞がほぼ確実に同一で あることが判明した理由である。
１）全ゲノム上の SNPs 分布（C57BL/6 マウス背景）が同一
２）挿入遺伝子の種類、コピー数、挿入領域の配列が同一
３）由来するマウスの性別（メス）が同一
４）X 染色体上の構造異常（大きな欠失＋末端重複逆位接続）が同一
５）マウス個体で X 染色体上に上記のように大きな構造異常が生じた場合、その染色体 は世代を超えて安定に維持されないこと
６）ES 細胞 GOF-ES の元となった親の GOF マウスには、X 染色体構造異常が認められなか ったこと
７）GOF マウスの SNPs 分布が、STAP 幹細胞 GLS1 および ES 細胞 GOF-ES の SNPs 分布と異 なっていたこと
８）STAP 幹細胞 GLS1 以外の全ての独立な GLS 株でも、STAP 幹細胞 GLS1 と同じ X 染色体 上の構造異常が見つかったこと
細胞の同一性は、遺伝子の構造異常と、 SNPs 分布が大事な二大根拠である。
2種の細胞は、親のマウス（細胞）に無い遺伝子異常を持ち、かつ、2種の細胞の SNPs 分布で同一性があれば、自信をもって一方が他方から作られたとなる。
（ただし、SNPs 分布の場合は、方が他方から作られた直後は一致していても、2種の細胞がそれぞれ培養を繰り返すと、塩基の突然変異が重なってしまってSNPs 分布の同一性が離れてくる。この違いで細胞の作製時期を考えることができる）
GOF-ES の場合は、この原則が良く満たされていた。
つまり、”STAP 幹細胞 GLS1 は、GOF-ES から作られた”である。
まず、ここからアプローチしてみよう。
一般人は、ESから作られたとの桂報告書を目にした時、小保方氏が混ぜたと言っていると早合点をしたのだが、実はそうではなく、STAP 幹細胞 GLS1 を作る時、GOF-ESが混ざって、それに置き換わったと言っているのである。
＞GOF マウスから STAP 細胞を経て STAP 幹細胞 GLS が作製された 過程でこの ES 細胞 GOF-ES の混入が生じ
次は、FLS,CTSの場合である。
桂報告書は、以下のように言っている。
STAP 幹細胞 FLS3、FI 幹細胞 CTS1、ES 細胞 FES1、および小保方 研で見つかった 129/GFP ES の、常染色体に存在する 129 ホモの SNPs が、突然変異、 あるいは遺伝的背景の不均一性によるものとしても、もしこれらの幹細胞がそれぞ れ独立に作製されたものであるなら、これらの 4 か所に共通の SNPs が観察される 可能性は低く、これら4種類の幹細胞が共通の細胞に由来することを強く示唆する。
ここでも、第3染色体の5kbの欠失と第8染色体の17kb の欠失(第8染色体は129系統由来；第3染色体はB6系統由来）の構造異常の遺伝子の構造異常が指摘され、かつ、SNPs 分布の一致をあげている。
STAP 幹細胞 FLS3、FI 幹細胞 CTS1、ES 細胞 FES1、 129/GFP ES は、同一の細胞なのである。
特に、上記の記載でわかるように、4か所で生じた１塩基の突然変異をもって、細胞の同一性を証明している。
少ない数でも、突然変異が一致していることが、同一性の証明になる。
違う時期に作られたはずの幹細胞が、同一の細胞になっている理由は、幹細胞作製時に混じったとの理屈だ。
個々にSTAP細胞が作られたなら、ここが説明できない。
桂報告書は以下のような言い方をしている。
＞これら 4 種類の細胞 が、論文に示されていた（129 x C57BL/6）F1 マウスから直接作製された株ではないこ とを明確に示している。
＞STAP関連11細胞株の全ゲノム解析から、第3染色体の5kbの欠失と第8染色体の17kb の欠失(第8染色体は129系統由来；第3染色体はB6系統由来)が上記STAP幹細胞FLS3、 FI 幹細胞 CTS1、および、ES 細胞 FES1 並びに 129/GFP ES だけに共通に存在することが 判明した。
ここまでは、問題が無かったが、そこに、FES2解析を持ち出したことで、ＥＳ１の出自に問題が生じた。
FES1とFES2は、同一日の同一実験者の実験条件で作られた。
ところが、その遺伝子型は、第3染色体の5kbの欠失と第8染色体の17kbの構造異常も共有していないし、SNPｓも合わない。
FES1を樹立するときに、2か所の欠失が生じ、FES2を樹立するときに欠失が生じなかったという可能性を考えて良いが、それだとSNPｓが合わないのが説明できない。SNPｓも合わない理由を、調査チームは、マウスのコロニーが違うと説明している。
そして、ＦＥＳ１とＦＥＳ２で、ＳＮＰｓの違いに注目し、近縁の細胞はどれかを見たのである。
FES1作成から2年後に作られた ｎｔＥＳＧ１，Ｇ２は、使用した親マウスがＴｅｒであり、ＳＴＡＰ細胞の１２９Ｘ１とは異なるが、ｎｔＥＳＧ１，Ｇ２を、比較に用いた。
ｎｔＥＳＧ１，Ｇ２は、両者同士の近似率９９．95%と高く、ＦＥＳ２とは、SNPｓは62-78%で一致している。
つまり、ＦＥＳ１は、STAP 幹細胞 FLS3、FI 幹細胞 CTS1と（混入の結果）一致するのは当然だが、ＦＥＳ１の元となったマウスはどこにいたのであろうか？ここは誰も説明ができない。
調査チームは、ＦＥＳ１の出自に疑問を感じて、ＦＥＳ１とＦＥＳ２のSNPｓの違いについて、ＮＧＳを用いて、詳しく調べたのだと思う。
そして、理研は公開していないが、ＦＥＳ１と類似のSNPｓを持つ細胞あるいはマウスを把握していたかもしれない。
ここは、早くから和モガブログで指摘されていた。当時、細胞を混ぜたのではないか？との指摘があったら、その後に、本人によりその仮説は否定された。
最後に、AC129であるが、SNPｓ解析が十分でなく、この解析が一番手抜きになっている。
＞異なる時期に作製された 3 種の細胞株、129B6 F1ES1、 STAP幹細胞AC129およびSTAP幹細胞FLS-T（AC129-1、AC129-2、並びに、FLS-T1、 FLS-T2） はそれぞれ独立の細胞株なので、5 個の独立した細胞株、129B6 F1ES1、STAP 幹細胞 AC129-1、AC129-2、並びに、STAP 幹細胞 FLS-T1、FLS-T2）が偶然、性別および、4 種の ゲノムの特徴（欠失 3、4、重複 1、第 6 染色体 B6 ホモ領域）を共有する確率は極めて 低い。したがって、STAP 幹細胞 AC129-1、AC129-2、並びに、STAP 幹細胞 FLS-T1、FLS-T2 は、129B6 F1ES1 に由来すると結論づけた。
理研の調査チームは、以上のように結論したわけだが、それでも、STAP細胞が独自に何らかの多能性を持つかどうか？の希望は残る。
検索された細胞も、一部だけピックアップされたものに限られる。
ＥＳ混入説に合わない実験結果があったかもしれない。
混入説とは別に、ＳＴＡＰ細胞の多能性は証明されていると思う。
すなわち、幹細胞実験でES細胞が混じっても、酸浴後のSTAP細胞が、1週間の経過で、初期化蛋白の合成を行うのは確かなのだろう。
調査チームは、桂報告書に書いたこと以外に、どのようなデータを持っているのだろうか？
調査チームは、出自のわからないＦＥＳ１の登場に怒りがあるだろうと思う。
天ぷら先生が以下のように書いている。
＞改めてみると不正に対する怨念を感じます。
調査チーム内研究者の中には、怒っている先が小保方氏より、実験を主催した研究室であった人たちもいたのではないですか？調査チームの立場や調査人の思いは、様々であったと思う。
持ち主のわからない129/GFP ES が、ＳＴＡＰ疑惑の主役であった。
なぜ、そうした不明細胞が、大事な実験成果と同一なのか？
調査した研究者なら、この結果に怒りを感じるのではないでしょうか？
追記
ため息氏、コメントしました。
＞染色体２箇所に欠失のあるマウスはそもそも存在しないのだから、
こりゃ、学とみ子の文章を読めてません。２欠失が細胞樹立時にできても良いと、学とみ子も言ってるでしょう？
SNPをどう考えるかの基礎知識がいまだ、獲得できないため息氏でした。構造異常と、SNPの成因の違いがいまだ、理解できないようです。
これでは、この先のため息氏は、学とみ子はでたらめと叫び続けるでしょう。そちらのメンバーもため息氏を心配しますよ。
このコメントもひどい。
＞SNPｓの違いは交配に用いられた親マウスの遺伝的背景は均一ではないからですよ。
ため息さんは、親がヘテロになった原因が、マウスが逃げ出して、１２９とB6が混じったからだと主張している。そこを桂報告書が、”親マウスの遺伝的背景は均一ではないから” と言っていると、誤解している。
そんなこと、調査チームは言ってないよ。
＞誤解をyap*ari*w*katt*na*さんや当方が指摘しても、細胞生物学に詳しいと自称する学とみ子は当方等を細胞学を知らないと誹謗しているので、
学とみ子がでたらめを書いていると誹謗しているのは、ため息氏でしょう？
そもそも、ため息氏は、yap*ari*w*katt*na*さんとの違いもわからない。ため息氏は、マウスコロニーの違い説がどこにかかれているか？もわからない。
もう一度、良く、学とみ子の説明を読むようにしなさい。
FES1を樹立するときに、2か所の欠失が生じ、FES2を樹立するときに欠失が生じなかったという可能性を考えて良いが、それだとSNPｓが合わないのが説明できない。
追記
ため息のコメントです。
ため息氏が、いよいよ、学とみ子が書いたことを、書いていないと言い出しました。
私は書き換えていません。その前の記事でも、言ってることは、いつも一緒です。
学とみ子は、ため息さんの間違いを意識して、ため息さんに理解してもらいたくて作文しているのです。
特別レッスンですよ。
だから、大事な知識は必ずいれているでしょう。元の文章にもちゃんと入ってますよ。
今、あらたに下線を引いたから、そこを見てくださいよ。
そちらは、魚拓もとってるんだろうから、そこも見直しなさいな。
私は、同じことを言っているのに、ため息さんは、なんとか揚げ足取りに結び付けようと、難癖をつけている。
ため息さん（青字）
>学とみ子曰く：「２欠失が細胞樹立時にできても良いと、学とみ子も言ってるでしょう？」
→ 前と言うことが異なってきました。つい先ほどまでは染色体に２箇所の欠失があるマウス（コロニー）がいた・あったでしたからね。
学とみ子は同じことを言っていても、ため息さんは、学とみ子が別のことを言っていると勘違いをしてしまいます。
yap*ari*w*katt*na*さんも、学とみ子が勘違いしていると、印象操作をしてきた。
ため息さんは、そのyap*ari*w*katt*na*作戦を引き継いでいる。
学とみ子は、20１１－2012年のSTAP実験時のマウスコロニーに、どのような変化が起きていたのかが興味があるのですよ。
でも、桂報告書は調べませんでした。ここに重要な情報があるかもしれません。
欠失や重複の構造異常は、ある時点で一気に１細胞に起きうるけど、１塩基の突然変異というのは偶発的に起きて積み重なっていくのです。だから、親にない1塩基の突然変異が、二つの細胞で共有し、かつ共有する１塩基変異の数が多ければ、細胞の同一性（一方の細胞が他方の細胞から作られたという意味）の判断材料になるのです。
ですから、FES1,FES2のように、近交系マウスを材料に同時に作られた細胞同士なのに、SNPが離れていることが、謎なのですよ。
ここが、ため息さんにはわからないのです。
まさに、ため息さんの書いたこの部分ですよ。この桂報告書が言いたかった真意が、ため息さんには読み取れないのです。
＞桂委員会報告書p6には（NGS）による解析結果から「ES細胞FES1とES細胞FES2の樹立当時、交配に用いられた親マウスの遺伝的背景は均一ではない」、「ES細胞FES1とFES2は、樹立時にそれぞれ異なるSNPsを持つ染色体を親マウスから受け継いだ」いと書いてあるでしょ。
BCA論文のここが大事なんですよ。ここのため息さんの疑問の答えがすべてあるでしょう？
These differential SNP clusters probably arose from chromosomal heterogeneity in the parental mouse colonies when FES1 and FES2 were established. It is highly unlikely that the Acr/cag-GFP STAP cell lines and FES1 all independently acquired these two unique deletions and inherited the same three mosaic chromosomes from parental mice. An ES cell stock,129/GFP ES, was also found to share all these genomic features (Extended Data Table 1). After the above three SNP clusters reflecting parental heterogeneity are excluded, the remaining 1,290 SNP alleles that distinguish FES1 and FES2 are supposed to have accumulated at or after establishment in 2005. Regarding these SNPs, STAP cell lines FLS3 and CTS1 and 129/GFPES cells are nearly identical、but differ slightly from FES1 (at 30% of these alleles), suggesting that STAP cell lines FLS and CTS were derived from a sub-stock of FES1 ES cells.
追記
体内時計さんから、励ましのメッセージです。
＞お疲れ様です。朝から笑ってしまいました。
ため息さん、応援隊がいてよかったですね。今のため息さんは、ご自身が理解できないでいることを、ため息さんご自身の中でどう処理していくか？で必死ですね。
そこに、同じく理解できない人がいれば、かなり救われるのでしょう。そちらの方にとって、SNPの理解がとても難しいのだということが、学とみ子にわかりました。
体内時計さんは小保方不正の原点が絶対に許せないのでしょう。どんなに、新たな議論が沸き上がっても、何も、体内さんの原点には影響を与えないようです。
彼らは、コロニーが違うと主張するBCAの論文や桂報告書が理解ができず、この事実から想定できる事態を想像しないようです。知識不足が残念ですね。
ため息さん、近交系マウスにおいて、SNPが違うという意味を、時間をかけて、じっくり考えてね。
ため息さんがしっかり上記英文が読めるようになったら、上記英文の下線部分に、FES1.2の元のマウスは、別コロニーって書いてあるよね。それは、129とB6が別コロニーで飼育との意味じゃあないわよね。129とB6は、元々、混ざらないように飼育してますから。じゃあ、マウスコロニーが違うって、どういう状況が、考えられるの？例示してみてくれますか？
今は、携帯で書いているので、全体が見渡せませんが、とりあえず、気になることから書いていきます。
ため息さんです。
＞2005年樹立凍結されていたES細胞を誰かが失敬して2012年に解凍して使ったのさ。なんの矛盾もないでしょ。
まず、FES1が、２００５年に作られたという桂報告書の記載に問題があると疑う必要がある。
なぜなら、同時に同一研究室で作られたはずのFES1.2のSNPがあわないから。
129もB6も、若山研究室で維持されていて、同一受精卵から、FES1.2を作っていないし、同一マウスコロニーから作ったわけでもない。
それでは、どこにいたマウスから、FES1を作ったのか？となる。
それぞれのコロニーから一匹づつを取り出して交配しFES1を作り、次に別のマウスを取り出して交配させFES2を作ったとしたら、FES1.2のSNPは、桂報告書の解析結果とは合わない。
ため息さんは、コロニーが違うとのBCA論文の記載を認めないのか？
調査チームは、コロニーが違うと言っているだけで、それ以上は言及してない。
調査チームは、言いたい事があっても言えなかったのかも知れず、わかる人だけわかってくれ！という意味だと思う。
追記
ため息さんのコメントです。
＞両親マウスの相同染色体がヘテロな場合（片親だけがヘテロでも）、受精卵が両親から引き継いだSNPｓは、減数分裂の過程を考えると（いくらなんで学とみ子はわかりますよね）子供に同じように配分されない、つまり、FES1とFES2のSNAPsは、たとえ両親が同じでも、ともにヘテロなので異なることになります。
両親が本当の近交系マウス（相同染色体がホモ）あるいは一卵性双生児ではSNPSはほぼ同じになるでしょうね。
上記の記載を読むと、いろいろな混乱がありますね。
なぜ、近交系マウスのSNPの話をしているときに、遥かに話題の離れた配偶子形成時の減数分裂のイベントや、1卵性双生児の話などを混ぜるのでしょうね？
ため息さんは、何もかも一緒にして区別がついていません。
近交系マウスなどは、きわめて特殊な人工マウスですよ。
それなのに、学とみ子の方だけを、一方的にデタラメ無能扱いにしてます。
科学議論の破綻、ここに極まれりという感じです。
同一コロニーの近交系マウスとは、DNA配列の同一性が高く、SNP (1塩基単位の突然変異を含む) を共有しています。
年数が経つと、1塩基変異が積み重なってきて、コロニーごとのマウスのSNP(1塩基単位の突然変異を含む)が、離れてくる現象について議論してます。
同系マウスであっても、別のコロニーで飼育され続けたマウスでは、そのコロニー特有なSNP (1塩基突然変異を含む) 共有状態になります。つまり、マウスコロニーごとに遺伝子状態が違ってくるのですね。
今、その話題についての話なのに、ため息さんは、配偶子形成時のイベントと、混乱しています。
SNPのズレは、マウスの減数分裂の時に起きる構造変異のみではなく、継代に伴い起きる１塩基単位の突然変異が加わります。
ため息さんの頭は、マウスの配偶子に起きる構造変化や塩基変異と、１塩基単位で起きる突然変異の区別がつきません。
ホモとかヘテロの使い方も、減数分裂やら、１卵生双生児とかの話と混乱してます。
SNPの考え方を理解せずして、学とみ子のでたらめ呼ばわりをやめてください。
ため息さん、別の飼育環境で飼われているマウスを考えないと、SNPの説明ができないことは、おかしいと思いませんか？
なぜ、別の飼育環境なのですか？
FES1,FES2の両者が、共に2005年作製とするから、こうした問題が生じるわけです。
調査チームも、おかしいと思うから、NGSで調べたのです。
まあ、ため息さんは、ここが理解できないかもしれませんし、そちらの理解できない方々も、ため息さんと一緒に、学とみ子を貶めるでしょう。
全員が間違っていても、誰もそれに気づけない。
丁寧に説明しても、小保方批判でグループの気持ちは一緒で団結している。
そして、いろいろな可能性を模索している人たち(STAP派）が間違っていると信じている。議論しても、理解がないので進まない。
＞2005年樹立のES細胞の染色体の欠失が、2012年樹立のSTAP幹細胞にもあることを、学とみ子のマウスコロニー説ではどうやって説明するの？説明してみろよ。欠失だって、SNPｓだって染色体上の変異だからおなじことだよ
マウスや細胞の継代に伴い、１塩基突然変異が起き、積み重なる。
マウスの継代には減数分裂と１塩基突然変異が起き、そうした遺伝子変異が積み重なる。
コロニー全体の遺伝子状態が変化する。特に、閉鎖的に飼育され続けると、コロニーごとの変化が積み重なる。
ある施設から、マウス雄雌をもらって、次の施設が小規模で飼育を始めて、数年が経過すると、元のマウス供給元のマウスとは、遺伝子型が離れてくる。
ES細胞を作るときにも、大きな変化が起きる。この場合の変化は、人工細胞のみで、マウスのコロニーには影響を与えない。しかし、マウス継代過程の遺伝子変異は、コロニーに影響を与える。さらに、後から、いつの時点のイベントかを調べるのは難しい。
気まぐれに起きる遺伝子変異、それに伴う細胞機能の変化は予測できない。生物学は、人の予期が及ばない。
ため息さんは、この基本が理解できない。黙っていようと思ったが、学とみ子が間違いと言うので、言わざるを得ない。
それに、この時点で、ため息さんは、学とみ子がこれ以上の議論をやめるのを望んでいるでしょう。
そうすれば、学とみ子が間違いばかりと言い続けて、ブログ主の立場を保てるのでしょうから。
それも又、良いのでしょうから、どうぞ、お続けください。。
知らないことを知らないと言えずに、やみくもにでたらめ学説を書いて、”俺は知っている” パフォーマンスで自己弁護し、相手（学とみ子）をバカよばわりして、かつ、いばる人っているんだなあ～が、わかりました。
反論がどんどん、はずれている様を見せていただいて、学とみ子は勉強になりました。
学とみ子の特別レッスンは、ここで、もう終わりにします。
ため息さんは言った。
>あー、こんな解説を、”細胞生物学のプロ”である学とみ子にするとは、はずかしいね。
私はプロではない。しかし、STAP議論を見ていて、学とみ子なりに考えて、この位の考察はする。
プロではないからこそ、さらなるプロの書き込みを読んで、学とみ子は考察をする。
ため息さんもプロではないから、他人の書き込みを読んで、自らの考えを修正していかなければならないはずだ。
しかし、教職という立場に長くいると、もうそうした対応ができなくなってしまうのだろう。
遥かに知識の薄い人間だけを相手にしていれば、大声で叫んでごまかすことができる人になってしまう。
この領域のプロがもっと、一般人に対していろいろな情報提供をしていない現状が、STAP事件の最大の悲劇ではないのか？
追記
ため息さんからの今朝のコメントです。
＞学とみ子は、両親の遺伝子構成がヘテロザイゴートだ
兄弟で長期間、交配させて遺伝子ドリフトを防ぐのが近交マウスの作り方だと思うけど。
過去に若干、129とB6混じった親マウスでも、桂報告書がコロニーの違いと言ったのとは別の論拠です。ため息さんにはまだ、わからない。過去に親レベルで混じっても、その後に行う近交マウスの交配で影響は薄まる。
＞After the above three SNP clusters reflecting parental heterogeneity are excluded, the remaining 1,290 SNP alleles that distinguish FES1 and FES2 are supposed to have accumulated at or after establishment in 2005.
桂報告書は、親マウスの持っている差異を除き、残るSNPsについて、FES１と、２の差異を比べています。そして、２００５年以後も何らかの人工的手技が入り(培養を繰り返すなど)、両者の１塩基突然変異が離れた可能性を指摘しています。afterにご注目。２００５年以後も、これらES細胞に人工的操作が繰り返して行われていた可能性を、桂報告書は、[after] で示唆したか？
つまり、すり替えとかしなくても、FES１を長く培養していると、１塩基突然変異の影響が重なる。2011-12年、元FES１が、129/GFP ESとなり、129/GFP ESがSTAP幹細胞作成中に混じり、元のSTAP細胞と置き換わったとの推論は、どうだろうか？
桂報告書が言ってる、ESの混入とは、元のSTAP細胞がES細胞に入れ替わってしまう意味だが、一般人には分かりにくい表現だ。まあ、桂報告書全文がそうした論調だが、小保方批判部分は、取って付けた明瞭さで書かれている。ここだけ、良く理解しているのがES派だ。
証拠は無くても、小保方責任転嫁にしたい人たちが多く、理研にいた？
でも、一方で、幹細胞実験中のトラブルを強調したい人も、少なからずいた？
そこに、救いを見いだすべきか？