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2018/3/5(月) 午後 10:54

> kanso2さん
私はKanso2さんの言うことだから科学的だとは考えていませんよ。ただ、自分の推測・意見と事実とをしっかり区別し、推測をあたかも事実のように断定して議論を展開しない点は好感が持てます。一部の方にはいくらこれを言っても通じません。そもそも不十分な推測に基づき断定し、それを事実と混同して議論している自覚がないのかもしれません。人によって複数の見方や考え方があることに思いが至らないのでしょう。口頭のコメントを書き起こされて、ここでこう言ったから◯◯のはずだ!という議論展開もよく目にしますが、あなたは自分の口頭発言の正確性にどれだけ責任がもてるんですか?って聞きたいです。削除
2018/3/8(木) 午前 11:36[ 匿名 ]返信する
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Kanso2さんへのコメントを書いて思ったのですか、情報量と知識の点で、桂委員会報告書がおかしいと指摘できる人がいたら、それは小保方さんしかいないように思います。擁護の人が言うように桂報告書が陰謀とねつ造の賜物なら、周りくどい日記なんて書いてないで、真っ正面から桂報告書の不備を指摘したらいいのに。素人が限られた情報で誤りだと言えるのなら、小保方さんには充分すぎる証拠が揃ってますよ、きっと。

Ooboeさん

あなたとパートナーの集めた貴重な情報を、三木弁護士経由で小保方さんに送ってあげたらいかがでしょう?彼女が持っている膨大な証拠とあわせれば、きっと糸口が見つかりますよ。削除
2018/3/8(木) 午後 0:23[ 匿名 ]返信する
> .さん

>少なくともいえるのは、DNA複製エラーの確率から言えば、0.1~0.01%のオーダーで培養変異が起こるわけないということです。

ああ、一研究者ブログで、在米ポスドクさんが示した、たしか哺乳類の正常細胞におけるDNA複製エラーの確率からの議論ですね。もちろん知ってますよ。

その後、別の場所で、2014年の放医研の論文でマウスのES細胞における点変異のデータがあることが分かり、ES細胞では上記のDNA複製エラーの確率よりはるかに高い確率で点変異が生じうることと、その知見を元にした議論があったのですが。

その辺りの事情を知らずに口を挟んでいるのなら、注意した方がいいと思いますよ。削除
2018/3/8(木) 午後 0:28[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
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匿名さん
> 私はKanso2さんの言うことだから科学的だとは考えていませんよ。

素晴らしいです! ほっとしました(笑 是非私のサイト expo70.xyz にも遊びに来て下さい。友達になって、一緒にパズルと空想で遊びましょう。

ここで書いていても、事態の改善にはほとんど無意味、仕方がないと思いつつ私が書いているのは、たぶん怒りから生じた中毒症状です。鉛筆回しみたいなものかもしれません。止めるべきですね。他にやるべき事はあります。削除
2018/3/8(木) 午後 0:31[ kanso2 ]返信する
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婦人公論より他のメディアに流した方がいいかもですね

文春とか削除
2018/3/8(木) 午後 0:37[ ]返信する
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> yap*ari*w*katt*na*さん
あなた、それもちゃんと読んでいるんですか?
いずれにせよ、全然オーダーに届かないですよ。削除
2018/3/8(木) 午後 1:25[ . ]返信する
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> .さん

少し自分の頭で考えるようにした方がいいですよ。削除
2018/3/8(木) 午後 1:52[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
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> yap*ari*w*katt*na*さん
ちゃんと読んで理解してから言った方がいいですよ。削除
2018/3/8(木) 午後 2:01[ . ]返信する
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> .さん

だから、読めというならどこを読むのか書いたら?って言ってるんですが笑

どうせ、どこが重要かもわからないんでしょ笑削除
2018/3/8(木) 午後 2:09[ ]返信する
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> 。さん
あなたはいいの。まったく何も知らない人が口を挟んでも仕方ない。削除
2018/3/8(木) 午後 2:14[ . ]返信する
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> .さん

じゃあ、わかってる人のために一研究者などのコメントを読めばいいか書いてよ笑削除
2018/3/8(木) 午後 2:17[ ]返信する
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>ちゃんと読んで理解してから言った方がいいですよ

はて、この人は何をちゃんと読めと言ってるのでしょうか?

記憶していたのは少し前の、正常細胞のDNA複製エラー率を元にした議論のことであって、その後のマウスES細胞での培養時の突然点変異のことは知らなかった人が、一体、何を理解できているのやら。

具体的に自分の考え方を示せないで、難癖ばかりで笑えますね。削除
2018/3/8(木) 午後 2:24[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
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> yap*ari*w*katt*na*さん
だから、いずれにしても、全然オーダーに届いてないでしょう?
そのへん、理解してる?削除
2018/3/8(木) 午後 2:37[ . ]返信する
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放医研のデータ 全ゲノムの50-60%をシークエンスして
ES細胞に見られた突然点変異は 13~37ヶ所。
全体ならば、25~70ヶ所といったところか。

仮に、これと同様の継代培養を3回繰り返したなら 75~210ヶ所。
まあ、200ヶ所なら、24649sitesに対して、約0.8%

全然オーダー的には合うんだけど。 その辺、理解してる?削除
2018/3/8(木) 午後 2:49[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
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> yap*ari*w*katt*na*さん
ははあ、なんか変だと思ったら、やっぱりあのときと同じ勘違いをしているのか。
24649を分母にしちゃいけないんですよ。
それも議論になったことだけどね。削除
2018/3/8(木) 午後 2:57[ . ]返信する
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ああ、そこが難しいところなんだけど、仮に一番最初に樹立されたものをオリジナルFES1だとして、京大に持って行って、そちらで継代培養したとしても、これもFES1になるんだよね。
これを継代後FES1と呼ぶとして、果たして桂報告書で解析の対象とされたFES1が継代後FES1だとして、先のような培養変異があるとすると、24649sitesの中にはオリジナルFES1には存在しないSNPsが含まれていることになる。オーダー的には例えば0.5%くらいになるかな。
そこに、オリジナルFES1から株分けされて残し忘れられたFES1を継代培養したものからFLSやCTS、129/GFP ESが作成されたとすると、24649のうちオリジナルFES1から存在してたSNPsは一致するが、継代後FES1にしか存在しないSNPsは一致しないので、この手法での近縁率
は例えば99.5%程度という結果になる。
理解できるかな?削除
2018/3/8(木) 午後 3:13[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
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24649を分母にしちゃいけないというのは、そのSNPsがオリジナルFES1、あるいはFLSやCTSの元になったFES1のものだと思い込んでしまうから、そう考えちゃうんだよ。一度できたSNPsは基本的にちゃんと複製されれば引き継がれるからね。
でも、FES1は継代培養してもFES1として扱われることと、比較サンプルとして取り寄せられたFES1が継代後FES1であっても不思議ではないことに気が付けば、思考の落とし穴には入らずに済むんだけどね。

まあ、一応、証明されたような厳密なものではないけど、一連の結果を無理なく説明できる仮説ということで、ご参考まで。削除
2018/3/8(木) 午後 3:20[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
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> yap*ari*w*katt*na*さん
いや、そういう話じゃないんだ。
だって、最初の25~70ヶ所というのは、分母が30億ですね。
ところが、パーセンテージを出す時に、なんでいきなり分母が24649になるのかっていう話です。そんなことをする理由は何もない。
これは専門的な話でもなんでもない。単なる勘違いです。

で、僕はこれから忙しいので、しばらく失礼。削除
2018/3/8(木) 午後 3:25[ . ]返信する
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あらら、上の説明が理解できなかったんだね。 残念でした。削除
2018/3/8(木) 午後 3:30[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
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> yap*ari*w*katt*na*さん
あはは。そんなことを言う前に、なぜいきなり分母が30億から24649になるのか。その理由を考えておいてください。削除
2018/3/8(木) 午後 3:35[ . ]返信する
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>だって、最初の25~70ヶ所というのは、分母が30億ですね。

ここで分母を持ち出すのがナンセンスなんだよね。

さっきから言ってる培養変異としての点変異が何カ所かがが問題であり、「FES1にあってFES2にはないSNPs」という場合、これが継代後FES1なら、この24649ヶ所の中に継代中にできた点変異25~70ヶ所が含まれるということなんだけど。
理解できないのかなあ??削除
2018/3/8(木) 午後 3:35[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
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これ以上重ねても、理解しようとしない人には無駄なんだけどね。

あえて分母30億ということなら、
「FES1にあってFES2にはないSNPs」というのが、30億のうちの24649ヶ所であり、継代後FES1が獲得した点変異によるSNPsは当然FES2には無いので、30億のうちの25~70ヶ所は、そのまま30億のうちの24649ヶ所に含まれているんですよ。

25~70ヶ所も、24649ヶ所も、無理矢理分母というならどちらも30億なんだよね。削除
2018/3/8(木) 午後 3:49[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
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> yap*ari*w*katt*na*さん
なんか、あちこち変なので、どっから突っ込んでいいのかわからないけど、とりあえず「継代後FES1が獲得した点変異によるSNPs」というのは何? もしかして、SNPsというのは点変異によって獲得されるものだと思ってるの?削除
2018/3/8(木) 午後 6:19[ . ]返信する
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何を今さら。削除
2018/3/8(木) 午後 6:25[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
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> yap*ari*w*katt*na*さん
獲得変異とSNPは全然違いますよ。削除
2018/3/8(木) 午後 6:29[ . ]返信する
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不正調査報告書の解析手法の観点から、その違いを説明してみてね削除
2018/3/8(木) 午後 6:42[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
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> yap*ari*w*katt*na*さん
困ったなあ。わりと基本的な知識だと思うけど。
たとえば、『一研究者ブログ』の2015/4/4の525でLさんの解説がありますけど。削除
2018/3/8(木) 午後 6:51[ . ]返信する
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あの時のLさんは不正調査報告書を読んでおらず、一般的な遺伝生物学におけるSNPの定義を話していたに過ぎないんですよ。
もちろん、本来のSNPsと獲得変異は別物であるが、では不正調査報告書の解析手法においては、NGS解析で標準塩基配列との比較でSNPと検出されたもののことをSNPとしており、閾値の設定にもよるでしょうが、培養時等の点変異がその細胞集団の多数に渡って存在していれば、SNPとして検出されるということ。即ち、厳密には全てが遺伝学での定義でいう遺伝で受け継いだSNPsではなく、そこに獲得変異が合わさったものと考えられるわけです。
逆にそう考えないと、例えばSNPsの近縁率99.5%となった場合の相違0.5%をどう考えるか、遺伝で得た狭義のSNPでは説明はできなくなりますよね。 報告書の解析方法と結果を理解できていれば、Lさんも遺伝生物学での狭義のSNPの話ではないことは理解できたはずですよ。削除
2018/3/8(木) 午後 7:25[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
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まあ、どうしてもこだわりたいのなら、
「継代後FES1が獲得した点変異によるSNPs」というのは、
より厳密に記載するならば 「継代後FES1が獲得したSNVで、報告書のNGS解析手法ではSNPsとして検出されたもの」と言っておきましょう。削除
2018/3/8(木) 午後 7:31[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
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> yap*ari*w*katt*na*さん
そうですか。もうこのへんで、おしまいにしましょう。削除
2018/3/8(木) 午後 7:35[ . ]返信する
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> .さん

そうですね。この辺にしておきましょう。

なお、念のために再度書きますが、私の書いたことが完全に正しいかどうかは判りません。 ただ、調査報告書の解析結果については、このような考え方で、特に矛盾なく説明できることで紹介したものです。

いろいろケチをつけるのも結構ですが、もし別の考え方で解析結果を説明できるのであれば、それを披露していただきたいですね。
ああ、もちろん、今回の議論の発端であるDORA氏の3年前のブログ記事のように、勝手に「反オボのストーリー」なるものをでっち上げて破綻してるというような愚劣な猿芝居はナシにしてくださいね。削除
2018/3/8(木) 午後 8:01[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
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DORAの猿芝居はこっちでも。

言い訳が痛々しくて見てられませんが苦笑

ttps://blogs.yahoo.co.jp/nx3262p0yz057j/16181946.html削除
2018/3/8(木) 午後 8:15[ ]返信する
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学さん
>若山研究室では、幹細胞がESが異なるとの実験をしました。
少なくとも、若山氏は小保方氏を含み若山研究室スタッフらの実験を監督管理しました。


この書き方は誤解を生む恐れがあります。
若山氏は会見の中で、STAP幹細胞と同様に「FI幹細胞を樹立したのは自分だが、FI幹細胞にMEKiおよびJAKiを添加した実験は小保方さんが行った。」と発言されていました。 http://open.mixi.jp/user/207355/diary/1930964205

関学の関氏がこの実験についてわかりやすく説明されているので、動画を貼っておきます。

http://open.mixi.jp/user/207355/diary/1930964205 9:20位から削除
2018/3/8(木) 午後 9:02[ tai***** ]返信する
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> 。さん

>DORAの猿芝居はこっちでも。
言い訳が痛々しくて見てられませんが苦笑

自分の勘違いなら申しわけ有りませんが、あなたはどこぞの腐った生きる価値すらない幼稚で卑劣極まる管理人、或いはその洗脳された輩でしょうか?
失礼ながら、コメントがそっくりなのでお聞きします。削除
2018/3/8(木) 午後 9:56[ m ]返信する
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> tai*****さん
http://open.mixi.jp/user/207355/diary/1930964205
は読めました。
動画はファイルがないと出ました。
現在でも見れるのであれば教えてください。
もし、そのサイトはどこでしょうか?

関 由行氏は、小保方氏のねつ造を示唆しています。2014年6月の話です。関氏が今はどのように思っているのか、情報ありますか?

FI細胞のRNA機能解析、ミトコンドリアDNAについての見解があれば、お聞きしたいです。

この情報は、若山氏の会見の翌日です。関氏が指摘している薬剤感受性試験については、以前にこのブログでも問題になりました。

確かに、6月16日の若山会見では、増殖曲線について、ESとは違う増殖パターン(ESなら2iで死なない)については、片瀬氏の質問に対し、若山氏は小保方氏によるねつ造をにおわすような発言をしていました。しかし、片瀬氏の質問タイムアップで、議論がこれ以上煮詰りませんでした。削除
2018/3/8(木) 午後 10:09学とみ子返信する
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あの質疑応答が続けば、若山氏からもっと情報が引き出せたのではないか?ととても残念でした。片瀬氏以外の記者では、STAP存在の根幹にかかわる質疑応答にもっていくのは無理でした。
つまり、レター論文でESとの多様な比較実験の成績については、若山氏は、小保方氏のねつ造を匂わせたりはできないと思います。笹井氏も丹羽氏もコメントを出すでしょうし・・・

若山氏は、あの時、何が何でも論文を撤回したいと思っていました。特殊な状況だったと思います。
薬剤試験以外にも、別の実験でもSTAP(幹)細胞との比較実験が行われています。ESならこれらもすべてねつ造になります。ねつ造でできあがった論文発表の記者会見に、なぜ若山氏が出席したのでしょうか?削除
2018/3/8(木) 午後 10:10学とみ子返信する
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実験内容からしても、ESに詳知した専門家たちの仕事(ES,TSなどの細胞柔軟性について考察しているから)と思われ、小保方氏が単独で多種の実験をねつ造するのは不可能と、私は考えています。

この実験は、本当は誰がやったかは小保方氏なら知っていますので、そのうち、彼女がレター論文の実態について語ってくれる日を、私は待っています。「あの日」では、小保方氏は若山研究室をあげて実験したと書いています。

小保方氏が大ねつ造論文を作成したであれば、調査委員会は、レター論文のねつ造をスルーできるはずがありません。
これらの事実について、あなたのお考えがあったらお聞きしたいです。削除
2018/3/8(木) 午後 10:10学とみ子返信する
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> 学とみ子さん

桂調査委員会報告書によれば、残存試料のうち、STAP幹細胞は4種25株、FI幹細胞は1種3株についてゲノム解析が行われています。
それらの製作期間は、報告書によれば、2012年1月から2013年2月までの約1年に渡っています。
約1年の間、断続的にでしょうが、小保方氏と若山氏はSTAP細胞、STAP幹細胞、FI幹細胞を作り続けていたわけです。

学さんが「関由行氏は、小保方氏のねつ造を示唆しています」とするのは、おそらくリンクの次の一節からでしょう。

「小保方さんが捏造を行った決定的な証拠は現時点においてありませんが、STAP細胞およびFI幹細胞がES細胞やTS細胞の混入であることを否定するすべての実験が、小保方さんによって行われていたことが今回の会見で明らかとなり、これまで引っかかっていた謎が全て解けました。」

こうした指摘はいくつかのブログ記事でも見かけましたが、あまりにも単純で素朴な発想に思えてなりません。(続く)削除
2018/3/8(木) 午後 11:08[ gen**ron ]返信する
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(続き)
「混入であることを否定するすべての実験が、小保方さんによって行われていた」ことは事実と思われますが、STAP細胞、STAP幹細胞、FI幹細胞が作られていた約1年の間、小保方氏以外でも、いつでも、誰でも「混入していないかどうかを確認する実験」はできたはずです。

若山氏でもいいですし、若山研のスタッフでも、理研の関係者でもいい、誰かが、ふとした気まぐれで、万一ES細胞やTS細胞の混入でもあったら大変だ、混入が本当にないのかどうか、一応こちらでも確認しておこう、と考える可能性はなかったのだろうかということです。

もしSTAP細胞、FI幹細胞が桂調査委員会報告書の結論通り、すべてES細胞、TS細胞の混入によって作られているとしたら、約1年の間、捏造犯は、「混入していないかどうかを確認する実験」を誰かがしないかどうか、心配で眠れぬ夜を過ごしていたことになります。
よほど肝の据わった人でもない限り、そんなことには耐えられないように思えるのですが。削除
2018/3/8(木) 午後 11:12[ gen**ron ]返信する
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学さん
申し訳ありませんでした。動画のURLを間違えました。正しくはこちらです。

サイエンス・カフェ「STAP細胞はあったのか?〜STAP細胞論文を科学的に検証する〜」 Part 6
https://www.youtube.com/watch?v=Q_mKm9El658(9:20~)削除
2018/3/8(木) 午後 11:58[ tai***** ]返信する
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> mさん

ため息氏の迷惑になるのではっきり否定しておきますが、私はため息先生ではありません。

mさん、あなた、そのすぐ誰構わずため息氏と決めつける馬鹿な癖は直したほうがいいよ。
笑われるだけだから。

私のコメントが気に入らないなら、どことどこが気に入らないのか、何故気に入らないのか、ちゃんといいなさい。

小学生じゃないんだから。削除
2018/3/9(金) 午前 1:20[ ]返信する
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学さん
昨夜の「2018/3/9(金) 午前 0:41 [ tai***** ]」のコメントですが、ご紹介した研究者の方々のtwitterについては、この場で掲載することが不適切と思いましたので、その部分のみ削除し、再掲させていただきます。
削除した個所は、後程、学さん宛に、「内緒」モードでお送りします。


>ねつ造でできあがった論文発表の記者会見に、なぜ若山氏が出席したのでしょうか?

当然ですが、この時には捏造だと気が付いていなかったからだと思います。

>小保方氏が大ねつ造論文を作成したであれば、調査委員会は、レター論文のねつ造をスルーできるはずがありません。

調査報告書を読まれればおわかりになると思いますが、小保方氏はデータをほとんどと言っていいほど出していません。データがあればスルーしなかったかもしれませんね。削除
2018/3/9(金) 午前 7:04[ tai***** ]返信する
> tai*****さん
今のサイトを確認できる状態にないです。ご照会いただいた情報が桂報告書が出る前のものなら、もう見ても意味ないです。

関氏が、若山発言からESねつ造を信じるなんて、一般人を事件に注目させようとの意図的パフォーマンスの印象を持ちます。

今、こうした人たちは何もいっていないと思いますが…削除
2018/3/9(金) 午前 8:29学とみ子返信する
今、時間がないという意味です。すみません。削除
2018/3/9(金) 午前 8:42学とみ子返信する
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学さん
>関氏が、若山発言からESねつ造を信じるなんて、一般人を事件に注目させようとの意図的パフォーマンスの印象を持ちます。

憶測による関氏への誹謗に当たると思います。訂正されるべきです。

>今、こうした人たちは何もいっていないと思いますが…

桂報告書が出た以上、何も仰る必要はないと考えていらっしゃるのかも知れませんね。
研究者の方々で、桂報告書が出る前と出た後で、意見が大きく変わったという方を私は知りません。
STAP事件について、研究者の方々は、2014年3月、また遅くとも6、7月には何が起きていたかを把握されていたと思いますし、その当時の研究者の生の声をお伝えしたかったのですが、それをどう捉えるかは学さんしだいですし、そう書いたつもりです。

いずれにしても、憶測による研究者への中傷は控えてください。学さんは、それをせずに小保方氏の潔白を証明するべきです。
しかし、それには、筆頭著者である彼女がデータを出す以外に方法はないと思います。削除
2018/3/9(金) 午前 9:07[ tai***** ]返信する
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「なぜ何も言わないのだろう。」(DORAのブログ、2018/3/9(金))
https://blogs.yahoo.co.jp/nx3262p0yz057j/16183508.html
「今回の小保方日記の最大の見どころは、じつは盗まれたとされるチューブが何かということではなくて、若山清香氏の口から直接「盗まれた」という証言が出ていたということだ。
「ヒッポさんのだったのだ。盗まれたって言ったんだ。」
まさしく、これである。」

「なぜ、若山夫妻は何も言わないのだろう」というDORA氏の疑問はもっともだと思う。削除
2018/3/9(金) 午前 9:51[ gen**ron ]返信する
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>「なぜ何も言わないのだろう。」
https://blogs.yahoo.co.jp/nx3262p0yz057j/16183508.html


DORA氏まだ続けているのですね。
日記に書かれていた「調査委員会で知り得なかった新事実」について拘っているようですが、この部分を根拠とし、若山清香氏が129/GFP ESを作製したと主張し続けることが、小保方氏を追い詰めることになる事には気が付かれないのでしょうか。

出版社が「小保方氏はそういう書き方はしていない」と逃げても、これだけ小保方氏の言葉を信じて、清香氏への誹謗を続ける人がいる以上、小保方氏の責任はさらに大きくなります。
DORA氏は一体何を守っているのでしょうね。
小保方氏なのか、または自分自身なのか。

>なぜ、若山夫妻は何も言わないのだろう。

石川氏によると、不起訴となった理由は「理化学研究所神戸・元CDBのズサンな管理体制が浮き彫りになり、それが最大の問題点でした。そのために起訴まで持っていけなかったそうです。」とのことです。何も言えないかもしれませんね。削除
2018/3/9(金) 午前 10:49[ tai***** ]返信する
小保方日記には若山とは書いていないのに、馬鹿じゃないのか?削除
2018/3/9(金) 午前 11:41[ har*78d*n ]返信する
> tai*****さん
>しかし、それには、筆頭著者である 彼女がデータを出す以外に方法はな いと思います。

毎回、毎回 同じ指摘は止めてくれませんか?
誰が何の実験をしたのかについて、過去に、ここでさんざん議論されています。

関氏は有料で人を集めて、小保方氏のねつ造疑惑を解説したのではないですか?
ねつ造疑惑を煽ったと感じました。だから、そうした関氏の小保方氏への誹謗行動から、私の関氏への評価が出てくるのです。
そこを又は、あなたは非難してますね。

ここからは同じやり取りの繰り返しになるので、互いの書き込み止めましょ。削除
2018/3/9(金) 午前 11:49学とみ子返信する
> tai*****さん
結論ありきをご利用ください。削除
2018/3/9(金) 午前 11:56学とみ子返信する
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何の足しにもならないかもしれませんが、思い余って山梨大学に電話をしました。

広報の方は日記の内容をご存じなく、驚かれていました。

若山夫妻に伝えるべきかは判断に迷うところだと思います。

大学の広報から婦人公論者と連絡を取り合ってみたらどうかというご提案をしました。削除
2018/3/9(金) 午前 11:56[ S ]返信する
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まあ、婦人公論の方