
「あの日」にあるように、実験は行われているし、ES混入説では、STAP論文を完成させられない。
2018/3/5(月) 午後 10:54
> kanso2さん
私はKanso2さんの言うことだから科学的だとは考えていませんよ。ただ、自分の推測・意見と事実とをしっかり区別し、推測をあたかも事実のように断定して議論を展開しない点は好感が持てます。一部の方にはいくらこれを言っても通じません。そもそも不十分な推測に基づき断定し、それを事実と混同して議論している自覚がないのかもしれません。人によって複数の見方や考え方があることに思いが至らないのでしょう。口頭のコメントを書き起こされて、ここでこう言ったから◯◯のはずだ!という議論展開もよく目にしますが、あなたは自分の口頭発言の正確性にどれだけ責任がもてるんですか?って聞きたいです。
私はKanso2さんの言うことだから科学的だとは考えていませんよ。ただ、自分の推測・意見と事実とをしっかり区別し、推測をあたかも事実のように断定して議論を展開しない点は好感が持てます。一部の方にはいくらこれを言っても通じません。そもそも不十分な推測に基づき断定し、それを事実と混同して議論している自覚がないのかもしれません。人によって複数の見方や考え方があることに思いが至らないのでしょう。口頭のコメントを書き起こされて、ここでこう言ったから◯◯のはずだ!という議論展開もよく目にしますが、あなたは自分の口頭発言の正確性にどれだけ責任がもてるんですか?って聞きたいです。





ああ、そこが難しいところなんだけど、仮に一番最初に樹立されたものをオリジナルFES1だとして、京大に持って行って、そちらで継代培養したとしても、これもFES1になるんだよね。
これを継代後FES1と呼ぶとして、果たして桂報告書で解析の対象とされたFES1が継代後FES1だとして、先のような培養変異があるとすると、24649sitesの中にはオリジナルFES1には存在しないSNPsが含まれていることになる。オーダー的には例えば0.5%くらいになるかな。
そこに、オリジナルFES1から株分けされて残し忘れられたFES1を継代培養したものからFLSやCTS、129/GFP ESが作成されたとすると、24649のうちオリジナルFES1から存在してたSNPsは一致するが、継代後FES1にしか存在しないSNPsは一致しないので、この手法での近縁率
は例えば99.5%程度という結果になる。
理解できるかな?
これを継代後FES1と呼ぶとして、果たして桂報告書で解析の対象とされたFES1が継代後FES1だとして、先のような培養変異があるとすると、24649sitesの中にはオリジナルFES1には存在しないSNPsが含まれていることになる。オーダー的には例えば0.5%くらいになるかな。
そこに、オリジナルFES1から株分けされて残し忘れられたFES1を継代培養したものからFLSやCTS、129/GFP ESが作成されたとすると、24649のうちオリジナルFES1から存在してたSNPsは一致するが、継代後FES1にしか存在しないSNPsは一致しないので、この手法での近縁率
は例えば99.5%程度という結果になる。
理解できるかな?






あの時のLさんは不正調査報告書を読んでおらず、一般的な遺伝生物学におけるSNPの定義を話していたに過ぎないんですよ。
もちろん、本来のSNPsと獲得変異は別物であるが、では不正調査報告書の解析手法においては、NGS解析で標準塩基配列との比較でSNPと検出されたもののことをSNPとしており、閾値の設定にもよるでしょうが、培養時等の点変異がその細胞集団の多数に渡って存在していれば、SNPとして検出されるということ。即ち、厳密には全てが遺伝学での定義でいう遺伝で受け継いだSNPsではなく、そこに獲得変異が合わさったものと考えられるわけです。
逆にそう考えないと、例えばSNPsの近縁率99.5%となった場合の相違0.5%をどう考えるか、遺伝で得た狭義のSNPでは説明はできなくなりますよね。 報告書の解析方法と結果を理解できていれば、Lさんも遺伝生物学での狭義のSNPの話ではないことは理解できたはずですよ。
もちろん、本来のSNPsと獲得変異は別物であるが、では不正調査報告書の解析手法においては、NGS解析で標準塩基配列との比較でSNPと検出されたもののことをSNPとしており、閾値の設定にもよるでしょうが、培養時等の点変異がその細胞集団の多数に渡って存在していれば、SNPとして検出されるということ。即ち、厳密には全てが遺伝学での定義でいう遺伝で受け継いだSNPsではなく、そこに獲得変異が合わさったものと考えられるわけです。
逆にそう考えないと、例えばSNPsの近縁率99.5%となった場合の相違0.5%をどう考えるか、遺伝で得た狭義のSNPでは説明はできなくなりますよね。 報告書の解析方法と結果を理解できていれば、Lさんも遺伝生物学での狭義のSNPの話ではないことは理解できたはずですよ。



学さん
>若山研究室では、幹細胞がESが異なるとの実験をしました。
少なくとも、若山氏は小保方氏を含み若山研究室スタッフらの実験を監督管理しました。
この書き方は誤解を生む恐れがあります。
若山氏は会見の中で、STAP幹細胞と同様に「FI幹細胞を樹立したのは自分だが、FI幹細胞にMEKiおよびJAKiを添加した実験は小保方さんが行った。」と発言されていました。 http://open.mixi.jp/user/207355/diary/1930964205
関学の関氏がこの実験についてわかりやすく説明されているので、動画を貼っておきます。
http://open.mixi.jp/user/207355/diary/1930964205 9:20位から
>若山研究室では、幹細胞がESが異なるとの実験をしました。
少なくとも、若山氏は小保方氏を含み若山研究室スタッフらの実験を監督管理しました。
この書き方は誤解を生む恐れがあります。
若山氏は会見の中で、STAP幹細胞と同様に「FI幹細胞を樹立したのは自分だが、FI幹細胞にMEKiおよびJAKiを添加した実験は小保方さんが行った。」と発言されていました。 http://open.mixi.jp/user/207355/diary/1930964205
関学の関氏がこの実験についてわかりやすく説明されているので、動画を貼っておきます。
http://open.mixi.jp/user/207355/diary/1930964205 9:20位から


> tai*****さん
http://open.mixi.jp/user/207355/diary/1930964205
は読めました。
動画はファイルがないと出ました。
現在でも見れるのであれば教えてください。
もし、そのサイトはどこでしょうか?
関 由行氏は、小保方氏のねつ造を示唆しています。2014年6月の話です。関氏が今はどのように思っているのか、情報ありますか?
FI細胞のRNA機能解析、ミトコンドリアDNAについての見解があれば、お聞きしたいです。
この情報は、若山氏の会見の翌日です。関氏が指摘している薬剤感受性試験については、以前にこのブログでも問題になりました。
確かに、6月16日の若山会見では、増殖曲線について、ESとは違う増殖パターン(ESなら2iで死なない)については、片瀬氏の質問に対し、若山氏は小保方氏によるねつ造をにおわすような発言をしていました。しかし、片瀬氏の質問タイムアップで、議論がこれ以上煮詰りませんでした。
http://open.mixi.jp/user/207355/diary/1930964205
は読めました。
動画はファイルがないと出ました。
現在でも見れるのであれば教えてください。
もし、そのサイトはどこでしょうか?
関 由行氏は、小保方氏のねつ造を示唆しています。2014年6月の話です。関氏が今はどのように思っているのか、情報ありますか?
FI細胞のRNA機能解析、ミトコンドリアDNAについての見解があれば、お聞きしたいです。
この情報は、若山氏の会見の翌日です。関氏が指摘している薬剤感受性試験については、以前にこのブログでも問題になりました。
確かに、6月16日の若山会見では、増殖曲線について、ESとは違う増殖パターン(ESなら2iで死なない)については、片瀬氏の質問に対し、若山氏は小保方氏によるねつ造をにおわすような発言をしていました。しかし、片瀬氏の質問タイムアップで、議論がこれ以上煮詰りませんでした。

あの質疑応答が続けば、若山氏からもっと情報が引き出せたのではないか?ととても残念でした。片瀬氏以外の記者では、STAP存在の根幹にかかわる質疑応答にもっていくのは無理でした。
つまり、レター論文でESとの多様な比較実験の成績については、若山氏は、小保方氏のねつ造を匂わせたりはできないと思います。笹井氏も丹羽氏もコメントを出すでしょうし・・・
若山氏は、あの時、何が何でも論文を撤回したいと思っていました。特殊な状況だったと思います。
薬剤試験以外にも、別の実験でもSTAP(幹)細胞との比較実験が行われています。ESならこれらもすべてねつ造になります。ねつ造でできあがった論文発表の記者会見に、なぜ若山氏が出席したのでしょうか?
つまり、レター論文でESとの多様な比較実験の成績については、若山氏は、小保方氏のねつ造を匂わせたりはできないと思います。笹井氏も丹羽氏もコメントを出すでしょうし・・・
若山氏は、あの時、何が何でも論文を撤回したいと思っていました。特殊な状況だったと思います。
薬剤試験以外にも、別の実験でもSTAP(幹)細胞との比較実験が行われています。ESならこれらもすべてねつ造になります。ねつ造でできあがった論文発表の記者会見に、なぜ若山氏が出席したのでしょうか?


> 学とみ子さん
桂調査委員会報告書によれば、残存試料のうち、STAP幹細胞は4種25株、FI幹細胞は1種3株についてゲノム解析が行われています。
それらの製作期間は、報告書によれば、2012年1月から2013年2月までの約1年に渡っています。
約1年の間、断続的にでしょうが、小保方氏と若山氏はSTAP細胞、STAP幹細胞、FI幹細胞を作り続けていたわけです。
学さんが「関由行氏は、小保方氏のねつ造を示唆しています」とするのは、おそらくリンクの次の一節からでしょう。
「小保方さんが捏造を行った決定的な証拠は現時点においてありませんが、STAP細胞およびFI幹細胞がES細胞やTS細胞の混入であることを否定するすべての実験が、小保方さんによって行われていたことが今回の会見で明らかとなり、これまで引っかかっていた謎が全て解けました。」
こうした指摘はいくつかのブログ記事でも見かけましたが、あまりにも単純で素朴な発想に思えてなりません。(続く)
桂調査委員会報告書によれば、残存試料のうち、STAP幹細胞は4種25株、FI幹細胞は1種3株についてゲノム解析が行われています。
それらの製作期間は、報告書によれば、2012年1月から2013年2月までの約1年に渡っています。
約1年の間、断続的にでしょうが、小保方氏と若山氏はSTAP細胞、STAP幹細胞、FI幹細胞を作り続けていたわけです。
学さんが「関由行氏は、小保方氏のねつ造を示唆しています」とするのは、おそらくリンクの次の一節からでしょう。
「小保方さんが捏造を行った決定的な証拠は現時点においてありませんが、STAP細胞およびFI幹細胞がES細胞やTS細胞の混入であることを否定するすべての実験が、小保方さんによって行われていたことが今回の会見で明らかとなり、これまで引っかかっていた謎が全て解けました。」
こうした指摘はいくつかのブログ記事でも見かけましたが、あまりにも単純で素朴な発想に思えてなりません。(続く)

(続き)
「混入であることを否定するすべての実験が、小保方さんによって行われていた」ことは事実と思われますが、STAP細胞、STAP幹細胞、FI幹細胞が作られていた約1年の間、小保方氏以外でも、いつでも、誰でも「混入していないかどうかを確認する実験」はできたはずです。
若山氏でもいいですし、若山研のスタッフでも、理研の関係者でもいい、誰かが、ふとした気まぐれで、万一ES細胞やTS細胞の混入でもあったら大変だ、混入が本当にないのかどうか、一応こちらでも確認しておこう、と考える可能性はなかったのだろうかということです。
もしSTAP細胞、FI幹細胞が桂調査委員会報告書の結論通り、すべてES細胞、TS細胞の混入によって作られているとしたら、約1年の間、捏造犯は、「混入していないかどうかを確認する実験」を誰かがしないかどうか、心配で眠れぬ夜を過ごしていたことになります。
よほど肝の据わった人でもない限り、そんなことには耐えられないように思えるのですが。
「混入であることを否定するすべての実験が、小保方さんによって行われていた」ことは事実と思われますが、STAP細胞、STAP幹細胞、FI幹細胞が作られていた約1年の間、小保方氏以外でも、いつでも、誰でも「混入していないかどうかを確認する実験」はできたはずです。
若山氏でもいいですし、若山研のスタッフでも、理研の関係者でもいい、誰かが、ふとした気まぐれで、万一ES細胞やTS細胞の混入でもあったら大変だ、混入が本当にないのかどうか、一応こちらでも確認しておこう、と考える可能性はなかったのだろうかということです。
もしSTAP細胞、FI幹細胞が桂調査委員会報告書の結論通り、すべてES細胞、TS細胞の混入によって作られているとしたら、約1年の間、捏造犯は、「混入していないかどうかを確認する実験」を誰かがしないかどうか、心配で眠れぬ夜を過ごしていたことになります。
よほど肝の据わった人でもない限り、そんなことには耐えられないように思えるのですが。

学さん
申し訳ありませんでした。動画のURLを間違えました。正しくはこちらです。
サイエンス・カフェ「STAP細胞はあったのか?〜STAP細胞論文を科学的に検証する〜」 Part 6
https://www.youtube.com/watch?v=Q_mKm9El658(9:20~)
申し訳ありませんでした。動画のURLを間違えました。正しくはこちらです。
サイエンス・カフェ「STAP細胞はあったのか?〜STAP細胞論文を科学的に検証する〜」 Part 6
https://www.youtube.com/watch?v=Q_mKm9El658(9:20~)


学さん
昨夜の「2018/3/9(金) 午前 0:41 [ tai***** ]」のコメントですが、ご紹介した研究者の方々のtwitterについては、この場で掲載することが不適切と思いましたので、その部分のみ削除し、再掲させていただきます。
削除した個所は、後程、学さん宛に、「内緒」モードでお送りします。
>ねつ造でできあがった論文発表の記者会見に、なぜ若山氏が出席したのでしょうか?
当然ですが、この時には捏造だと気が付いていなかったからだと思います。
>小保方氏が大ねつ造論文を作成したであれば、調査委員会は、レター論文のねつ造をスルーできるはずがありません。
調査報告書を読まれればおわかりになると思いますが、小保方氏はデータをほとんどと言っていいほど出していません。データがあればスルーしなかったかもしれませんね。
昨夜の「2018/3/9(金) 午前 0:41 [ tai***** ]」のコメントですが、ご紹介した研究者の方々のtwitterについては、この場で掲載することが不適切と思いましたので、その部分のみ削除し、再掲させていただきます。
削除した個所は、後程、学さん宛に、「内緒」モードでお送りします。
>ねつ造でできあがった論文発表の記者会見に、なぜ若山氏が出席したのでしょうか?
当然ですが、この時には捏造だと気が付いていなかったからだと思います。
>小保方氏が大ねつ造論文を作成したであれば、調査委員会は、レター論文のねつ造をスルーできるはずがありません。
調査報告書を読まれればおわかりになると思いますが、小保方氏はデータをほとんどと言っていいほど出していません。データがあればスルーしなかったかもしれませんね。

学さん
>関氏が、若山発言からESねつ造を信じるなんて、一般人を事件に注目させようとの意図的パフォーマンスの印象を持ちます。
憶測による関氏への誹謗に当たると思います。訂正されるべきです。
>今、こうした人たちは何もいっていないと思いますが…
桂報告書が出た以上、何も仰る必要はないと考えていらっしゃるのかも知れませんね。
研究者の方々で、桂報告書が出る前と出た後で、意見が大きく変わったという方を私は知りません。
STAP事件について、研究者の方々は、2014年3月、また遅くとも6、7月には何が起きていたかを把握されていたと思いますし、その当時の研究者の生の声をお伝えしたかったのですが、それをどう捉えるかは学さんしだいですし、そう書いたつもりです。
いずれにしても、憶測による研究者への中傷は控えてください。学さんは、それをせずに小保方氏の潔白を証明するべきです。
しかし、それには、筆頭著者である彼女がデータを出す以外に方法はないと思います。
>関氏が、若山発言からESねつ造を信じるなんて、一般人を事件に注目させようとの意図的パフォーマンスの印象を持ちます。
憶測による関氏への誹謗に当たると思います。訂正されるべきです。
>今、こうした人たちは何もいっていないと思いますが…
桂報告書が出た以上、何も仰る必要はないと考えていらっしゃるのかも知れませんね。
研究者の方々で、桂報告書が出る前と出た後で、意見が大きく変わったという方を私は知りません。
STAP事件について、研究者の方々は、2014年3月、また遅くとも6、7月には何が起きていたかを把握されていたと思いますし、その当時の研究者の生の声をお伝えしたかったのですが、それをどう捉えるかは学さんしだいですし、そう書いたつもりです。
いずれにしても、憶測による研究者への中傷は控えてください。学さんは、それをせずに小保方氏の潔白を証明するべきです。
しかし、それには、筆頭著者である彼女がデータを出す以外に方法はないと思います。

「なぜ何も言わないのだろう。」(DORAのブログ、2018/3/9(金))
https://blogs.yahoo.co.jp/nx3262p0yz057j/16183508.html
「今回の小保方日記の最大の見どころは、じつは盗まれたとされるチューブが何かということではなくて、若山清香氏の口から直接「盗まれた」という証言が出ていたということだ。
「ヒッポさんのだったのだ。盗まれたって言ったんだ。」
まさしく、これである。」
「なぜ、若山夫妻は何も言わないのだろう」というDORA氏の疑問はもっともだと思う。
https://blogs.yahoo.co.jp/nx3262p0yz057j/16183508.html
「今回の小保方日記の最大の見どころは、じつは盗まれたとされるチューブが何かということではなくて、若山清香氏の口から直接「盗まれた」という証言が出ていたということだ。
「ヒッポさんのだったのだ。盗まれたって言ったんだ。」
まさしく、これである。」
「なぜ、若山夫妻は何も言わないのだろう」というDORA氏の疑問はもっともだと思う。

>「なぜ何も言わないのだろう。」
https://blogs.yahoo.co.jp/nx3262p0yz057j/16183508.html
DORA氏まだ続けているのですね。
日記に書かれていた「調査委員会で知り得なかった新事実」について拘っているようですが、この部分を根拠とし、若山清香氏が129/GFP ESを作製したと主張し続けることが、小保方氏を追い詰めることになる事には気が付かれないのでしょうか。
出版社が「小保方氏はそういう書き方はしていない」と逃げても、これだけ小保方氏の言葉を信じて、清香氏への誹謗を続ける人がいる以上、小保方氏の責任はさらに大きくなります。
DORA氏は一体何を守っているのでしょうね。
小保方氏なのか、または自分自身なのか。
>なぜ、若山夫妻は何も言わないのだろう。
石川氏によると、不起訴となった理由は「理化学研究所神戸・元CDBのズサンな管理体制が浮き彫りになり、それが最大の問題点でした。そのために起訴まで持っていけなかったそうです。」とのことです。何も言えないかもしれませんね。
https://blogs.yahoo.co.jp/nx3262p0yz057j/16183508.html
DORA氏まだ続けているのですね。
日記に書かれていた「調査委員会で知り得なかった新事実」について拘っているようですが、この部分を根拠とし、若山清香氏が129/GFP ESを作製したと主張し続けることが、小保方氏を追い詰めることになる事には気が付かれないのでしょうか。
出版社が「小保方氏はそういう書き方はしていない」と逃げても、これだけ小保方氏の言葉を信じて、清香氏への誹謗を続ける人がいる以上、小保方氏の責任はさらに大きくなります。
DORA氏は一体何を守っているのでしょうね。
小保方氏なのか、または自分自身なのか。
>なぜ、若山夫妻は何も言わないのだろう。
石川氏によると、不起訴となった理由は「理化学研究所神戸・元CDBのズサンな管理体制が浮き彫りになり、それが最大の問題点でした。そのために起訴まで持っていけなかったそうです。」とのことです。何も言えないかもしれませんね。