［0本の意味と特許20図4]
私の前回のコメントは以下です。
>>
[TCRの件24]
では、翻ってその特許図の方の検討に入りましょう。
日本文の特許図20には<2Nキメラマウス由来SAC>とあって意味が分かりにくいですが、元の英文は<2N CHIMERIC MICE DERIVED FROM SACs>で、SACsはStress Altered somatic Cellsの略ですね。ただし、尻尾の細胞で調べたか否かは特許条文には書かれていない。この小保方細胞の名前がSTAPになったのは笹井さんの参加して以降で、それ以前の3誌論文ではSACsでした。
私の前回のコメントは以下です。
>>
[TCRの件24]
では、翻ってその特許図の方の検討に入りましょう。
日本文の特許図20には<2Nキメラマウス由来SAC>とあって意味が分かりにくいですが、元の英文は<2N CHIMERIC MICE DERIVED FROM SACs>で、SACsはStress Altered somatic Cellsの略ですね。ただし、尻尾の細胞で調べたか否かは特許条文には書かれていない。この小保方細胞の名前がSTAPになったのは笹井さんの参加して以降で、それ以前の3誌論文ではSACsでした。
［0本の意味と特許20図5]
> なお、この図で一番問題なのは#1と思われ、捏造の可能性を疑います。サンプルを取り違えた可能性、とも言えなくもないですが、いずれにせよ問題です。
問題はここですね。#1にGLバンドがない。私も相同染色体の片方のことをうっかりしていましたが、GLバンドのない細胞は正常の細胞ではあり得ないんですね。これはArticle Extended Data Figure 2-gの <Tcell STAP #2>も同じでしたね。
> なお、この図で一番問題なのは#1と思われ、捏造の可能性を疑います。サンプルを取り違えた可能性、とも言えなくもないですが、いずれにせよ問題です。
問題はここですね。#1にGLバンドがない。私も相同染色体の片方のことをうっかりしていましたが、GLバンドのない細胞は正常の細胞ではあり得ないんですね。これはArticle Extended Data Figure 2-gの <Tcell STAP #2>も同じでしたね。
［0本の意味と特許20図6]
このことに関する私のコメントは以下です。ただし、この時点では相同染色体の片方の存在を失念している。でも無いという意味では同じです。無いということはこのケースで正常な細胞で正常な検査をやってればあり得ないと思います。
このことに関する私のコメントは以下です。ただし、この時点では相同染色体の片方の存在を失念している。でも無いという意味では同じです。無いということはこのケースで正常な細胞で正常な検査をやってればあり得ないと思います。
［0本の意味と特許20図6]
>>
[TCRの件10]
(Extended Data Fig. 2g)の方はどうかというとTcell STAP #1にはあるが、#2にはバンドが何もない。つまりベータ鎖部分のDNAが分解されてしまっている細胞群ということになりますね。どんな細胞であれ、再構成されていないときにはGLに溜ってこないといけないですね。再構成されて短くなった奴の長さの順番にラダーができる。一番短い奴が最下段にまでひっぱられる。検体は(本文)によれば<FACS-purified CD90+CD45+ T cells>ですよね。でも検体は同時に<Oct4-GFP+ cells >です。このGFPのFACS選別の際に何を基準にしたのかわかりませんね。遺伝子なのか蛋白質なのか。遺伝子であったらDNAは全部分解されているわけではない。するとベータ鎖部分だけが分解してしまったということになる。もし残存蛋白質なら死細胞自体のDNAが全部分解されてしまっている集団だったのかもしれない。なぜラダーが何にもないのかの説明は書かれていませんから読み手には分かりませんね。理解はそこで止まります
>>
[TCRの件10]
(Extended Data Fig. 2g)の方はどうかというとTcell STAP #1にはあるが、#2にはバンドが何もない。つまりベータ鎖部分のDNAが分解されてしまっている細胞群ということになりますね。どんな細胞であれ、再構成されていないときにはGLに溜ってこないといけないですね。再構成されて短くなった奴の長さの順番にラダーができる。一番短い奴が最下段にまでひっぱられる。検体は(本文)によれば<FACS-purified CD90+CD45+ T cells>ですよね。でも検体は同時に<Oct4-GFP+ cells >です。このGFPのFACS選別の際に何を基準にしたのかわかりませんね。遺伝子なのか蛋白質なのか。遺伝子であったらDNAは全部分解されているわけではない。するとベータ鎖部分だけが分解してしまったということになる。もし残存蛋白質なら死細胞自体のDNAが全部分解されてしまっている集団だったのかもしれない。なぜラダーが何にもないのかの説明は書かれていませんから読み手には分かりませんね。理解はそこで止まります
［0本の意味と特許20図6]
>>
[TCRの件14]タイトル連番抜けたので再送です
対して(本文)の<CD90+CD45+ T cells>という書き方だと先にCD90でT細胞を選別して置いて、そこからCD45で白血球以外でCD90を発現しているかもしれない細胞を取り除いているんでしょうね。ほぼT細胞だけですね。CD45+ 選別よりもっと確率は高くて少なくとも半分はラダーが出る。出ない集団でもGLはでますから#2が如何に少ないケースに当たったかということは特筆すべきでしょうね。私は小保方さんが多忙の疲れた頭で何か勘違いして、あえて無いものも示すべきというような思い込みで、GLすらない特殊なケースを入れてしまったのではないかと思います。
>>
[TCRの件14]タイトル連番抜けたので再送です
対して(本文)の<CD90+CD45+ T cells>という書き方だと先にCD90でT細胞を選別して置いて、そこからCD45で白血球以外でCD90を発現しているかもしれない細胞を取り除いているんでしょうね。ほぼT細胞だけですね。CD45+ 選別よりもっと確率は高くて少なくとも半分はラダーが出る。出ない集団でもGLはでますから#2が如何に少ないケースに当たったかということは特筆すべきでしょうね。私は小保方さんが多忙の疲れた頭で何か勘違いして、あえて無いものも示すべきというような思い込みで、GLすらない特殊なケースを入れてしまったのではないかと思います。
［0本の意味と特許20図7]
ここに吉村さんの出典の分からないコメントが関係している。
>吉村先生は、T細胞が1個、キメラに入るとD2J2で検出されるのは、0本から2本といっていますね。D2J2で検出できない部分で再構成が起きると、バンドは出ないだろうと思います。
吉村さんの<0本>の意味も、<D2J2で検出できない部分で再構成が起きる>という学さんのコメントの意味も私には分からない。教えてください。以上です。
ここに吉村さんの出典の分からないコメントが関係している。
>吉村先生は、T細胞が1個、キメラに入るとD2J2で検出されるのは、0本から2本といっていますね。D2J2で検出できない部分で再構成が起きると、バンドは出ないだろうと思います。
吉村さんの<0本>の意味も、<D2J2で検出できない部分で再構成が起きる>という学さんのコメントの意味も私には分からない。教えてください。以上です。
>>学さん
>とどいてませんか？
小保方さん、挟む場所間違えたと? Vで挟まないといけないの? 泥縄努力過程でもちと気になってたことではあるんですけど。ちょっと考えてみます。
お礼に、英文特許、[00429]に4Nの尻尾がある。以上です。ちと休みます。
>とどいてませんか？
小保方さん、挟む場所間違えたと? Vで挟まないといけないの? 泥縄努力過程でもちと気になってたことではあるんですけど。ちょっと考えてみます。
お礼に、英文特許、[00429]に4Nの尻尾がある。以上です。ちと休みます。
>>学さん
>2019/5/31(金) 午後 5:15の学とみ子からの数コメント、読めたかどうかのお返事だけください。
<2019/5/31(金) 午後 5:15の学とみ子からの数コメント>は届いていません。以上です。
>2019/5/31(金) 午後 5:15の学とみ子からの数コメント、読めたかどうかのお返事だけください。
<2019/5/31(金) 午後 5:15の学とみ子からの数コメント>は届いていません。以上です。
一言居士さん、送ったコメントの一部です。
TCRは、とても専門的で、パターンはさまざまで、一旦再構成されてから、さらに塩基が加わったりするようで、バンドの形は様々に変化します。
科学未来館の詫摩氏のTCRの記事の質疑応答で、吉村氏も参加して議論があります。そこで、吉村氏は以下の様に言っています。
https://blog.miraikan.jst.go.jp/topics/20140317stap-2.html
＞つまりまずD1J1, D1J2, D2J2の組み換えのいずれか、あるいはD1J1とD2J2の両方の組み換えが両アレルで先に起こって、それからどちらかのアレルのVがDJとくっつく。ここで機能的なTCRβができればもう片方のVD組み替えは起こりません。これが対立遺伝子排除といわれる現象です。つまりまずD1J1, D1J2, D2J2の組み換えのいずれか、あるいはD1J1とD2J2の両方の組み換えが両アレルで先に起こって、
TCRは、とても専門的で、パターンはさまざまで、一旦再構成されてから、さらに塩基が加わったりするようで、バンドの形は様々に変化します。
科学未来館の詫摩氏のTCRの記事の質疑応答で、吉村氏も参加して議論があります。そこで、吉村氏は以下の様に言っています。
https://blog.miraikan.jst.go.jp/topics/20140317stap-2.html
＞つまりまずD1J1, D1J2, D2J2の組み換えのいずれか、あるいはD1J1とD2J2の両方の組み換えが両アレルで先に起こって、それからどちらかのアレルのVがDJとくっつく。ここで機能的なTCRβができればもう片方のVD組み替えは起こりません。これが対立遺伝子排除といわれる現象です。つまりまずD1J1, D1J2, D2J2の組み換えのいずれか、あるいはD1J1とD2J2の両方の組み換えが両アレルで先に起こって、
TCRレパトワ解析をみると、TCRの多様性がわかります。
それぞれのT細胞は、VDJ遺伝子それぞれ何１０もある遺伝子の中から選んでTCRを構成します。末梢血で同一TCRを持つものは見つけられません。何か、特殊な病気になった時は、同一TCRが増えることもあります。NKT細胞を学ぶと又見えるものがあるかと思います。
https://www.repertoire.co.jp/research/technology/repertoire/
この図では、J遺伝子は14種類あることがしめされています。
どの遺伝子を選ぶのかは多様ですし、D2J２プライマーでみつかるのは、その範囲の遺伝子断片から選ばれたTCR細胞だけです。吉村氏は、全体の10%位と言っています。
それから、T細胞といわれるからにはTCRを持ちます。プロとか、プレT細胞と言われている未熟なTCRを持つT細胞もあります。TCRのないT細胞は無いかと・・。
それぞれのT細胞は、VDJ遺伝子それぞれ何１０もある遺伝子の中から選んでTCRを構成します。末梢血で同一TCRを持つものは見つけられません。何か、特殊な病気になった時は、同一TCRが増えることもあります。NKT細胞を学ぶと又見えるものがあるかと思います。
https://www.repertoire.co.jp/research/technology/repertoire/
この図では、J遺伝子は14種類あることがしめされています。
どの遺伝子を選ぶのかは多様ですし、D2J２プライマーでみつかるのは、その範囲の遺伝子断片から選ばれたTCR細胞だけです。吉村氏は、全体の10%位と言っています。
それから、T細胞といわれるからにはTCRを持ちます。プロとか、プレT細胞と言われている未熟なTCRを持つT細胞もあります。TCRのないT細胞は無いかと・・。
plusさんは、あちらで正論を書いてますね。この方、(時間をかけないで思い付くままの)ハチャメチャ出鱈目科学知識を書くときもあれば、こうした整理された正論になるときと、ばらつきが大きい。Lさんは、この正論を誉めた。
しかし、マスコミ的正論というのは、読んでいてつまらないです。
みんな、そう(正論通りが望ましい)思ってるけど、そうできてないじゃあないの？正論に近づけるには、どうするのよ。そこを書きなさいよ！と言いたくなっちゃう。だから、読んでいる人はしらけるのでしょう。
誰でも、正論は、書いても、聞いても、気持ちが白けるでしょうーー。
おまえはなんなんだよ。おまえには言われたくない！となる。
しかし、マスコミ的正論というのは、読んでいてつまらないです。
みんな、そう(正論通りが望ましい)思ってるけど、そうできてないじゃあないの？正論に近づけるには、どうするのよ。そこを書きなさいよ！と言いたくなっちゃう。だから、読んでいる人はしらけるのでしょう。
誰でも、正論は、書いても、聞いても、気持ちが白けるでしょうーー。
おまえはなんなんだよ。おまえには言われたくない！となる。
> 一言居士さん
ヤフーには内緒モードなるものがあり、コメント欄に内緒というチェックボタンがあります。このボタンは、相手と内緒でコメント交換ができる仕組みかと学とみ子は思っていました。しかし、どうもそうではないようでした。
それで、どうやら、学とみ子は失礼なことをしてしまったようです。すみませんでした。
今は、学とみ子が何を書こうが、嘘を書いているとこき下ろされる状態が続いています。
異なる意見を持つ者も尊重される民主主義には反していますが、これも生存競争の一種なのでしょう。両ブログの攻防を異様に思う人（匿名さん）がいたということは少し救いかな？と思います。
権威ある専門者の裁定は、正しいこととして皆が認めるというのは社会原則だと思います。
しかし、桂報告者はあくまで科学的裁定であり、その後に出てくる事実で科学的裁定はひっくり返ります（科学は上書きが原則）。ため息グループの科学的実力はもうわかったので、彼らに邪魔されることなく、STAP派は科学に基づき自由な議論を続けたいですね。
内緒の議論に都合の良い次なるブログは何でしょうかね？
ヤフーには内緒モードなるものがあり、コメント欄に内緒というチェックボタンがあります。このボタンは、相手と内緒でコメント交換ができる仕組みかと学とみ子は思っていました。しかし、どうもそうではないようでした。
それで、どうやら、学とみ子は失礼なことをしてしまったようです。すみませんでした。
今は、学とみ子が何を書こうが、嘘を書いているとこき下ろされる状態が続いています。
異なる意見を持つ者も尊重される民主主義には反していますが、これも生存競争の一種なのでしょう。両ブログの攻防を異様に思う人（匿名さん）がいたということは少し救いかな？と思います。
権威ある専門者の裁定は、正しいこととして皆が認めるというのは社会原則だと思います。
しかし、桂報告者はあくまで科学的裁定であり、その後に出てくる事実で科学的裁定はひっくり返ります（科学は上書きが原則）。ため息グループの科学的実力はもうわかったので、彼らに邪魔されることなく、STAP派は科学に基づき自由な議論を続けたいですね。
内緒の議論に都合の良い次なるブログは何でしょうかね？
一言居士さんの一連のコメントですけど、［0本の意味と特許20図5]について、学とみ子からコメントします。他は、もう少し情報交換の良いツールができてからにしましょう。
＞#1にGLバンドがない。私も相同染色体の片方のことをうっかりしていましたが、GLバンドのない細胞は正常の細胞ではあり得ないんですね。これはArticle Extended Data Figure 2-gの <Tcell STAP #2>も同じでしたね。
Article Extended Data Figure 2-gの <Tcell STAP #2>は問題ありません。笹井先生がOKしたのですから。
GLがばらつくのは問題ないでしょう。GLバンドは条件で出が悪い事もあると思います。TCRβ完全型にならないでDJ再構成だけの場合も、GLが短くなり影響をうけます。問題はそこではなく、図２０では、陰性コントロール、陽性コントロールもあって、＃１のみリンパ球並みのTCRパターンが出ている事が問題だと思います。
＞#1にGLバンドがない。私も相同染色体の片方のことをうっかりしていましたが、GLバンドのない細胞は正常の細胞ではあり得ないんですね。これはArticle Extended Data Figure 2-gの <Tcell STAP #2>も同じでしたね。
Article Extended Data Figure 2-gの <Tcell STAP #2>は問題ありません。笹井先生がOKしたのですから。
GLがばらつくのは問題ないでしょう。GLバンドは条件で出が悪い事もあると思います。TCRβ完全型にならないでDJ再構成だけの場合も、GLが短くなり影響をうけます。問題はそこではなく、図２０では、陰性コントロール、陽性コントロールもあって、＃１のみリンパ球並みのTCRパターンが出ている事が問題だと思います。
[0本1]
>> 学さん
頂いた情報で、吉村さんの説明は以下でした。私がお聞きしているのは"理論的"に 0本になるケース(GLすらないケース)がどういう場合なのかということです。吉村説明の90%は何ですかと問うています。端的にご教授願いたいです。
>>
理論的な組み合わせは相当数ありますが、実験的にはD2J2のプライマーで検出されるGLをもつT細胞は10%程度ではないかと言われています。もし１個のT細胞がマウスになったとすると、可能性としてはGLもしくは組み換えの１本のみ、GLと組み換えの２本、組み換えの２本、あるいは全く検出できない、となります。
>> 学さん
頂いた情報で、吉村さんの説明は以下でした。私がお聞きしているのは"理論的"に 0本になるケース(GLすらないケース)がどういう場合なのかということです。吉村説明の90%は何ですかと問うています。端的にご教授願いたいです。
>>
理論的な組み合わせは相当数ありますが、実験的にはD2J2のプライマーで検出されるGLをもつT細胞は10%程度ではないかと言われています。もし１個のT細胞がマウスになったとすると、可能性としてはGLもしくは組み換えの１本のみ、GLと組み換えの２本、組み換えの２本、あるいは全く検出できない、となります。
[0本2]
今の私の理解では理論的にGLが無いケースはありえませんが、現に二つも事例があるのですし、吉村さんは90%もあるとおっしゃってるのですから、私の理解が間違ってるに決まっています。私の理解は以下の通り既述していますよね。こんな大事なところで理解が間違っていては先に進めません、ご教授いただきたい。以上です。
>>
0本になる場合というのは検体細胞のDNA混合液の中に(Dβ2: 5′-GCACCTGTGGGGAAGAAACT-3′ and Jβ2.6: 5′-TGAGAGCTGTCTCCTACTATCGATT-3′)で挟まれている配列が存在し無いないことを意味するので、こんなことは普通ありません。
今の私の理解では理論的にGLが無いケースはありえませんが、現に二つも事例があるのですし、吉村さんは90%もあるとおっしゃってるのですから、私の理解が間違ってるに決まっています。私の理解は以下の通り既述していますよね。こんな大事なところで理解が間違っていては先に進めません、ご教授いただきたい。以上です。
>>
0本になる場合というのは検体細胞のDNA混合液の中に(Dβ2: 5′-GCACCTGTGGGGAAGAAACT-3′ and Jβ2.6: 5′-TGAGAGCTGTCTCCTACTATCGATT-3′)で挟まれている配列が存在し無いないことを意味するので、こんなことは普通ありません。
> 一言居士さん
そんなに難しく考えず、その領域にDNAバンドが出ない場合があると柔軟に考えましょう。後で、理由がわかります。難解な知識は、疑問は置いて先に進みます。そうしないと先に行けません。
plusさんは、議論相手の学とみ子を切りつけながら本人は前に進みます。
それより、今朝のLコメント見てください。とても重要なコメントいただきました。
そんなに難しく考えず、その領域にDNAバンドが出ない場合があると柔軟に考えましょう。後で、理由がわかります。難解な知識は、疑問は置いて先に進みます。そうしないと先に行けません。
plusさんは、議論相手の学とみ子を切りつけながら本人は前に進みます。
それより、今朝のLコメント見てください。とても重要なコメントいただきました。
>>学さん
>今朝のLコメント見てください。とても重要なコメントいただきました。
そこに同じ質問をしましたので是非アップしてください。お願いします。これが分からないと重要か間違ってるかすら判断できません。以上です。
>今朝のLコメント見てください。とても重要なコメントいただきました。
そこに同じ質問をしましたので是非アップしてください。お願いします。これが分からないと重要か間違ってるかすら判断できません。以上です。
> 一言居士さん
そこは大事でない(思い込み)ですが、アップしました。後は、Lさん次第です。
(学とみ子の懸念は)専門家に無駄な質問をぶつけると相手が消耗して、コメントをくれなくなる事です。専門家の意見は、曇り日に、ちょっこっと差し込む陽の光です。
私たちが、専門知識を独学で学ぶ時の心得は、思い込まない事、専門家の言う事をまずは理解しようと努力する事、その上で、疑問を持ち続ける事です。
もちろん、学ぶ人は、教えてくれる人を見間違え無いよう、修行します。
そこは大事でない(思い込み)ですが、アップしました。後は、Lさん次第です。
(学とみ子の懸念は)専門家に無駄な質問をぶつけると相手が消耗して、コメントをくれなくなる事です。専門家の意見は、曇り日に、ちょっこっと差し込む陽の光です。
私たちが、専門知識を独学で学ぶ時の心得は、思い込まない事、専門家の言う事をまずは理解しようと努力する事、その上で、疑問を持ち続ける事です。
もちろん、学ぶ人は、教えてくれる人を見間違え無いよう、修行します。
> 一言居士さん
＞吉村さんは90%もあるとおっしゃってるのですから、
ここは誤解です。吉村先生は、
＞D2J2のプライマーで検出されるGLをもつT細胞は10%程度
という言い方です。D2J2のプライマーで検出される部分は、TCR遺伝子DNAの一部です。ここを理解できれば、全貌が見えます。
英語のサイトで、アニメっぽい動画説明もあるでしょうから探してください。
GLが見えにくくなることは珍しくないと考えましょう。
＞吉村さんは90%もあるとおっしゃってるのですから、
ここは誤解です。吉村先生は、
＞D2J2のプライマーで検出されるGLをもつT細胞は10%程度
という言い方です。D2J2のプライマーで検出される部分は、TCR遺伝子DNAの一部です。ここを理解できれば、全貌が見えます。
英語のサイトで、アニメっぽい動画説明もあるでしょうから探してください。
GLが見えにくくなることは珍しくないと考えましょう。
[学さんへの質問1]
>> 学さん
UP有難うございます。Lさんが答えてくれるか否かは彼の意志ですから先生は関与なさらない方がよいのではないですか。
胸腺から脾臓に入る過程でT細胞の受容体変化がどういう時系列で起きるのかは私は知りません。ただ、Extended Data Figure 2-eに小保方さんが示しているリコンビネーションの概念図があって、これはご教授いただいているVDJ再編成後の長さですね。これがGLの長さでしょ。二つのプライマーもマテメソに示されています。続いて相同染色体の片方にα鎖のVJ再編が起きる。二つのプライマーもマテメソに示されています。原則として対立アレルのGLは必ず残りますね。
>> 学さん
UP有難うございます。Lさんが答えてくれるか否かは彼の意志ですから先生は関与なさらない方がよいのではないですか。
胸腺から脾臓に入る過程でT細胞の受容体変化がどういう時系列で起きるのかは私は知りません。ただ、Extended Data Figure 2-eに小保方さんが示しているリコンビネーションの概念図があって、これはご教授いただいているVDJ再編成後の長さですね。これがGLの長さでしょ。二つのプライマーもマテメソに示されています。続いて相同染色体の片方にα鎖のVJ再編が起きる。二つのプライマーもマテメソに示されています。原則として対立アレルのGLは必ず残りますね。
[学さんへの質問2]
この件に関して吉村氏は以下のように説明しています。
>>
ともさんの疑問についてですが、VDJ組み換えではDJが先行して起こりますので両方の染色体でDJ組み換えが起きます。
次にVDの組み換えが起きますが、対立遺伝子排除の機構は主にこの時期に働きます。つまりまずD1J1, D1J2, D2J2の組み換えのいずれか、あるいはD1J1とD2J2の両方の組み換えが両アレルで先に起こって、それからどちらかのアレルのVがDJとくっつく。ここで機能的なTCRβができればもう片方のVD組み替えは起こりません。これが対立遺伝子排除といわれる現象です。もし機能的なTCRβが出来なかった場合はもう片方の染色体でVDの組み換えが起きます。
この件に関して吉村氏は以下のように説明しています。
>>
ともさんの疑問についてですが、VDJ組み換えではDJが先行して起こりますので両方の染色体でDJ組み換えが起きます。
次にVDの組み換えが起きますが、対立遺伝子排除の機構は主にこの時期に働きます。つまりまずD1J1, D1J2, D2J2の組み換えのいずれか、あるいはD1J1とD2J2の両方の組み換えが両アレルで先に起こって、それからどちらかのアレルのVがDJとくっつく。ここで機能的なTCRβができればもう片方のVD組み替えは起こりません。これが対立遺伝子排除といわれる現象です。もし機能的なTCRβが出来なかった場合はもう片方の染色体でVDの組み換えが起きます。
[学さんへの質問3]
ここまでの理解だと<GL0本>のケースは原理的にありませんね。でも、現にPCR結果に実例が2つもあり、原理的にもあると吉村さんがおっしゃっているわけですから私の理解が間違ってるのは明確ではないですか。これが重要でなくてなんでしょう。教えていただきたいんですけどね。以上です。
ここまでの理解だと<GL0本>のケースは原理的にありませんね。でも、現にPCR結果に実例が2つもあり、原理的にもあると吉村さんがおっしゃっているわけですから私の理解が間違ってるのは明確ではないですか。これが重要でなくてなんでしょう。教えていただきたいんですけどね。以上です。
[プライマーの選択間違い?1]
>> 学さん
>D2J2のプライマーで検出される部分は、TCR遺伝子DNAの一部です。ここを理解できれば、全貌が見えます。
ということはGLの検出に使われている(Dβ2: 5′-GCACCTGTGGGGAAGAAACT-3′ and Jβ2.6: 5′-TGAGAGCTGTCTCCTACTATCGATT-3′)がそもそもの実験目的にあってないということではありませんか。そんなことあからさまに言ってる専門家今までいませんでしたよね。笹井さんはこれでいいとしたんでしょ。遠慮があるのですかね。
>> 学さん
>D2J2のプライマーで検出される部分は、TCR遺伝子DNAの一部です。ここを理解できれば、全貌が見えます。
ということはGLの検出に使われている(Dβ2: 5′-GCACCTGTGGGGAAGAAACT-3′ and Jβ2.6: 5′-TGAGAGCTGTCTCCTACTATCGATT-3′)がそもそもの実験目的にあってないということではありませんか。そんなことあからさまに言ってる専門家今までいませんでしたよね。笹井さんはこれでいいとしたんでしょ。遠慮があるのですかね。
[プライマーの選択間違い?2]
この理解だとPCRの原理から考えてD2J2自体がりコンビネーションで切り取られて存在してないということになりますね。90%は切り取られていると。どうして今までそれを問題にしなかったんですか。
この理解だとPCRの原理から考えてD2J2自体がりコンビネーションで切り取られて存在してないということになりますね。90%は切り取られていると。どうして今までそれを問題にしなかったんですか。
> 一言居士さん
＞D2J2自体がりコンビネーションで切り取られて存在してないということになりますね。
D2J2遺伝子を選ばなかったT細胞があります。各D、Jの遺伝子の中からD２J２領域が選ばれたT細胞で、D２J２プライマーが有効です。
全貌を理解したいなら、ここでのコメント合戦で理解するのは難しいです。図を見ながら周辺の勉強をしてください。吉村氏の説明を何度も読んでください。
こうした交錯した議論は、ため息グループが喜びますからこれ以上は止めましょう。
＞D2J2自体がりコンビネーションで切り取られて存在してないということになりますね。
D2J2遺伝子を選ばなかったT細胞があります。各D、Jの遺伝子の中からD２J２領域が選ばれたT細胞で、D２J２プライマーが有効です。
全貌を理解したいなら、ここでのコメント合戦で理解するのは難しいです。図を見ながら周辺の勉強をしてください。吉村氏の説明を何度も読んでください。
こうした交錯した議論は、ため息グループが喜びますからこれ以上は止めましょう。
[γδTCRだってあるよ?1]
吉村さんは一個の細胞で0本とおっしゃった。そのときに0本はあるという原理はわかりました。90%という場合は複数個入っているケースて゛、現実のキメラ実験のケースですね。すべての尾部体細胞が1個のT細胞ドナーでできていた時の話と違う。でも吉村さんはわざと話を混同させていますね。
>>
胚盤胞に入れられる細胞はせいぜい20個でそのうちマウス組織になるのは数個なので、
ESの場合は全部ですよね。STAPの場合はどうして数個と決めつけているのでしょうかね。無論私の説の場合はゼロですけどもね。キメラは出来てない。
吉村さんは一個の細胞で0本とおっしゃった。そのときに0本はあるという原理はわかりました。90%という場合は複数個入っているケースて゛、現実のキメラ実験のケースですね。すべての尾部体細胞が1個のT細胞ドナーでできていた時の話と違う。でも吉村さんはわざと話を混同させていますね。
>>
胚盤胞に入れられる細胞はせいぜい20個でそのうちマウス組織になるのは数個なので、
ESの場合は全部ですよね。STAPの場合はどうして数個と決めつけているのでしょうかね。無論私の説の場合はゼロですけどもね。キメラは出来てない。
[γδTCRだってあるよ?2]
特許図は受精卵ESではないですね。この場合はGLのみに現れる。キメラ尾部の場合はGLのないのはαβTCR型でないT細胞、もしくはD2J2の切り取られたαβTCR型のT 細胞なんですね(こんなことがあり得るのか否かはまだお返事を頂いていませんが)。
でもラダーは1本と言わず別にありますから、血液が入ったか、数十個のドナー細胞が尾部に入ったということになるが、後者は胚様の分化順序からして考えにくいですね。だから血液でいいんじゃないですか。
私の仮説では小保方細胞核使用ntESキメラに血液が入ったという実験結果という解釈になる。
学先生ご説のようにこれは受精卵ESでは絶対にない実験試料ですね。
特許図は受精卵ESではないですね。この場合はGLのみに現れる。キメラ尾部の場合はGLのないのはαβTCR型でないT細胞、もしくはD2J2の切り取られたαβTCR型のT 細胞なんですね(こんなことがあり得るのか否かはまだお返事を頂いていませんが)。
でもラダーは1本と言わず別にありますから、血液が入ったか、数十個のドナー細胞が尾部に入ったということになるが、後者は胚様の分化順序からして考えにくいですね。だから血液でいいんじゃないですか。
私の仮説では小保方細胞核使用ntESキメラに血液が入ったという実験結果という解釈になる。
学先生ご説のようにこれは受精卵ESでは絶対にない実験試料ですね。
[これ以上1]
>> 学さん
>こうした交錯した議論は、ため息グループが喜びますからこれ以上は止めましょう。
どうでもいいことをおっしゃる。
γδTCR型のT細胞の存在があるから、吉村さんの説明のケースでGLの0本があり得るんですね。そう説明されたらわかりますよ。それとαβTCR型のT 細胞であった場合、GLは対立アレル側の分が必ず出ますね。それからD2J2部分が切り取られて無くなるようなαβTCR型のリコンビネーションはないということでいいですね。1個のT細胞がキメラになった場合、吉村氏の言うように、
①γδTCR型のT細胞ではB鎖ができないからGLラインは出ない。
②αβTCR型のT 細胞ではリコンビネーションが起きていない細胞ではGLだけが1本出る。
③αβTCR型のT 細胞でリコンビネーションが起きている場合はGLと再構成された長さのPCR産物の1本で計2本出る。
ということでいいですね。
>> 学さん
>こうした交錯した議論は、ため息グループが喜びますからこれ以上は止めましょう。
どうでもいいことをおっしゃる。
γδTCR型のT細胞の存在があるから、吉村さんの説明のケースでGLの0本があり得るんですね。そう説明されたらわかりますよ。それとαβTCR型のT 細胞であった場合、GLは対立アレル側の分が必ず出ますね。それからD2J2部分が切り取られて無くなるようなαβTCR型のリコンビネーションはないということでいいですね。1個のT細胞がキメラになった場合、吉村氏の言うように、
①γδTCR型のT細胞ではB鎖ができないからGLラインは出ない。
②αβTCR型のT 細胞ではリコンビネーションが起きていない細胞ではGLだけが1本出る。
③αβTCR型のT 細胞でリコンビネーションが起きている場合はGLと再構成された長さのPCR産物の1本で計2本出る。
ということでいいですね。
[これ以上2]
やっと次に進めます。
今、特許図に絞っていますが、このキメラ尾部細胞は受精卵ES細胞でもなく、リンパ球を使ってないntESによる捏造キメラでもない。
ここはあなたの証明でしたね。異論はありませんよね。そして、吉村氏とLさんはそのことに気づいていないのですね。
やっと次に進めます。
今、特許図に絞っていますが、このキメラ尾部細胞は受精卵ES細胞でもなく、リンパ球を使ってないntESによる捏造キメラでもない。
ここはあなたの証明でしたね。異論はありませんよね。そして、吉村氏とLさんはそのことに気づいていないのですね。
>学さん
多忙でブログ内の議論について週末しか拝見できないので議論に対するコメントができません。結果、少し周回遅れになりますが、以前に私の一言居士さんに対する意見や、ご発言に意見します。学さんの言われる、
>ここで確率は関係無いです。T細胞を集めてSTAPにしてますから、八割死んで二割になってもT細胞です。
STAP処理したT細胞は厳密にはT細胞ではないので、一言居士さんが表現される「再構成細胞」がよろしいかと思います。
>一言居士さん
ArticleのTCRのご提示について、略 whereas the smaller ladders correspond to the alternative rearrangements of J exons (confirmed by sequencing).の文節は陳腐な翻訳より直接英文節を読み取るほうが実験を想像できるし説得力がありますね。笹井先生の指導で書き直したとは思いますが、読み易い。
多忙でブログ内の議論について週末しか拝見できないので議論に対するコメントができません。結果、少し周回遅れになりますが、以前に私の一言居士さんに対する意見や、ご発言に意見します。学さんの言われる、
>ここで確率は関係無いです。T細胞を集めてSTAPにしてますから、八割死んで二割になってもT細胞です。
STAP処理したT細胞は厳密にはT細胞ではないので、一言居士さんが表現される「再構成細胞」がよろしいかと思います。
>一言居士さん
ArticleのTCRのご提示について、略 whereas the smaller ladders correspond to the alternative rearrangements of J exons (confirmed by sequencing).の文節は陳腐な翻訳より直接英文節を読み取るほうが実験を想像できるし説得力がありますね。笹井先生の指導で書き直したとは思いますが、読み易い。
一言居士さん
TCRの件10 ご発言のご認識について。
>検体は(本文)によれば<FACS-purified CD90+CD45+ T cells>ですよね。でも検体は同時に<Oct4-GFP+ cells >です。このGFPのFACS選別の際に何を基準にしたのかわかりませんね。遺伝子なのか蛋白質なのか。
少しFACSの機能について。Oct4-GFP+cellsは実験マウスの由来を言っておられると理解しますが、GFPの存在はGFP+細胞のソートを目的にしない限りFACSに影響は与えないと思います。ここでの実験系FACS-purified CD90+CD45+ T cellsの意味は、それぞれの細胞、CD90,CD45の表在抗原(蛋白質)にマーカー試薬で蛍光抗体反応させて選別したものです。ここで言う「+」や「+/－」とは研究者同士で約束事として使われるその種類の細胞である確認表現です。FACSはソートモードでは、プロトコルで設定された特有の励起光と電位差で目的の細胞を確実に拾います。
TCRの件10 ご発言のご認識について。
>検体は(本文)によれば<FACS-purified CD90+CD45+ T cells>ですよね。でも検体は同時に<Oct4-GFP+ cells >です。このGFPのFACS選別の際に何を基準にしたのかわかりませんね。遺伝子なのか蛋白質なのか。
少しFACSの機能について。Oct4-GFP+cellsは実験マウスの由来を言っておられると理解しますが、GFPの存在はGFP+細胞のソートを目的にしない限りFACSに影響は与えないと思います。ここでの実験系FACS-purified CD90+CD45+ T cellsの意味は、それぞれの細胞、CD90,CD45の表在抗原(蛋白質)にマーカー試薬で蛍光抗体反応させて選別したものです。ここで言う「+」や「+/－」とは研究者同士で約束事として使われるその種類の細胞である確認表現です。FACSはソートモードでは、プロトコルで設定された特有の励起光と電位差で目的の細胞を確実に拾います。
「参考」
FACSは、fluorescence-activated cell sortingの略称であり、さらに機能性を加えたフローサイトメトリーの技術です。蛍光標識した特異性の高い抗体を用いることで、FACS解析ではほぼ無限なパラメーターに対してデータ取得と生物学的サンプルの選別を同時に行うことができます。従来型のフローサイトメトリーと同様に、 前方散布、側面散布、および蛍光シグナルデータを得ることができます。使用者は、細胞をどのように選別するかパラメーターを設定し、これに基づいて装置が各細胞に電荷をかけ、細胞を電磁石によって選別し、フローチャンバー上に位置する別の容器に振り分けられます。不均一な細胞混合物を異なる集団へと物理的に選別する本技術は、基礎研究から臨床までさまざまな分野において有用。今日では、“フローサイトメトリー”および“FACS”という用語は、このレーザーによる生物物理学的技術を指し示す上で互換性をもって用いられることも多くあ。測定可能なパラメーターの例としては、シンプルな表面免疫表現型から代謝機能、細胞周期状態、酸化還元状態、およびDNA含量まで莫大。
FACSは、fluorescence-activated cell sortingの略称であり、さらに機能性を加えたフローサイトメトリーの技術です。蛍光標識した特異性の高い抗体を用いることで、FACS解析ではほぼ無限なパラメーターに対してデータ取得と生物学的サンプルの選別を同時に行うことができます。従来型のフローサイトメトリーと同様に、 前方散布、側面散布、および蛍光シグナルデータを得ることができます。使用者は、細胞をどのように選別するかパラメーターを設定し、これに基づいて装置が各細胞に電荷をかけ、細胞を電磁石によって選別し、フローチャンバー上に位置する別の容器に振り分けられます。不均一な細胞混合物を異なる集団へと物理的に選別する本技術は、基礎研究から臨床までさまざまな分野において有用。今日では、“フローサイトメトリー”および“FACS”という用語は、このレーザーによる生物物理学的技術を指し示す上で互換性をもって用いられることも多くあ。測定可能なパラメーターの例としては、シンプルな表面免疫表現型から代謝機能、細胞周期状態、酸化還元状態、およびDNA含量まで莫大。
> 一言居士さん
FACSの最も一般的な用途としては、疾患診断用のヒト全血解析、ex-vivo処置や移植のための異なる血液細胞分画の選別、遺伝子導入/ノックアウト動物の同定のためのマウス血液の免疫表現型解析、種々の生物学的アッセイに向けた多くの細胞株の選別と解析成人幹細胞や腫瘍創始細胞といった希少細胞種の特性解析と単離等。
別案件です。
>その問題と研究所建設の問題が絡んでいるんです。単なる転勤以上に箱物予算が付くと業者がうごめくし、何よりもその箱物には天下りの予定者達がくっついている。他の人の人事にも影響してしまいますから内示事項も絶対に指定された時期が来るまで口外できません。もともと学部そのものが新設なんですよね。若山さんを期待して作られている。
FACSの最も一般的な用途としては、疾患診断用のヒト全血解析、ex-vivo処置や移植のための異なる血液細胞分画の選別、遺伝子導入/ノックアウト動物の同定のためのマウス血液の免疫表現型解析、種々の生物学的アッセイに向けた多くの細胞株の選別と解析成人幹細胞や腫瘍創始細胞といった希少細胞種の特性解析と単離等。
別案件です。
>その問題と研究所建設の問題が絡んでいるんです。単なる転勤以上に箱物予算が付くと業者がうごめくし、何よりもその箱物には天下りの予定者達がくっついている。他の人の人事にも影響してしまいますから内示事項も絶対に指定された時期が来るまで口外できません。もともと学部そのものが新設なんですよね。若山さんを期待して作られている。
> 一言居士さん
>若山さんの小保方細胞核使用ntES実験の真実は3月頃に助手条件で誘えば二つ返事で来てくれるはずだからその時に正直に伝えればいいと若山さんが思い込んでいたのに、論文が出るまではというヴァカンティの言葉が影響しているんでしょうね、現実には小保方さんは11月にヴァカンティの許に帰るまで若山さんに返事を保留していたんです。助手で誘った時に二つ返事でなかったことによって若山さんはいわば引き留めるためだったんだよ言うネタ晴らしをする機会を失ってしまったんだと考えているんです。
>若山さんの小保方細胞核使用ntES実験の真実は3月頃に助手条件で誘えば二つ返事で来てくれるはずだからその時に正直に伝えればいいと若山さんが思い込んでいたのに、論文が出るまではというヴァカンティの言葉が影響しているんでしょうね、現実には小保方さんは11月にヴァカンティの許に帰るまで若山さんに返事を保留していたんです。助手で誘った時に二つ返事でなかったことによって若山さんはいわば引き留めるためだったんだよ言うネタ晴らしをする機会を失ってしまったんだと考えているんです。
> 一言居士さん
小保方さんの立場から見て、果たしてそうでしょうか？小保方さんは若山氏の提案に対して田舎大学の助手(助教)を受ける気持ちはさらさらないと私は思います。手記では誘いに対して、有難いお言葉のお世辞の文言はありますが、第一にSTAPに対する生物学的な研究構想が互いに離反しています。「あの日」86～88Ｐ。それに小保方さんは理研の腰掛け時期にはハーバードの支援を受けています。日本からのDC1を獲得して、後に渡米した研究者に対して別格にハーバードのヴァカンティー教授が支援することは、非凡なる能力の高さに惚れ込んだ証であり、それを見抜いた若山氏も彼女が欲しかった気持ちが伺えます。
小保方さんの立場から見て、果たしてそうでしょうか？小保方さんは若山氏の提案に対して田舎大学の助手(助教)を受ける気持ちはさらさらないと私は思います。手記では誘いに対して、有難いお言葉のお世辞の文言はありますが、第一にSTAPに対する生物学的な研究構想が互いに離反しています。「あの日」86～88Ｐ。それに小保方さんは理研の腰掛け時期にはハーバードの支援を受けています。日本からのDC1を獲得して、後に渡米した研究者に対して別格にハーバードのヴァカンティー教授が支援することは、非凡なる能力の高さに惚れ込んだ証であり、それを見抜いた若山氏も彼女が欲しかった気持ちが伺えます。
> 一言居士さん
人前で「今まで出会った最高のポスドク」なんてなかなか言えませんよ。居合わせた研究員にはやっかみがあったでしょうし、研究室の和を思うなら配慮に欠けていますね。。小保方さんは「あの日」107Ｐの記述にあるように10年後の自分はどうあるべきかの壮大な研究テーマを構想するなら、意に沿わない畜産屋に埋没するなんてあり得ないと思いますし、舞い上がっているのは若山氏の単なる希望であり、彼女が差し障りのない返事で保留するのはお世話になっている以上仕方ないことです。以降、理研からRULの提案を受けたのは、RULと言えば国立大の特任教授クラスですよね。それをを選ぶのは当然のことですよね。STAP騒動がなかったら「あの日」の記述から伺い知れるSTAP現象の生物学的意義の研究テーマにおける論理構成力の高さから将来のテニュア獲得も想像できるし、ハーバードからのオファーだってあり得た。残念な話をしていますけど。
人前で「今まで出会った最高のポスドク」なんてなかなか言えませんよ。居合わせた研究員にはやっかみがあったでしょうし、研究室の和を思うなら配慮に欠けていますね。。小保方さんは「あの日」107Ｐの記述にあるように10年後の自分はどうあるべきかの壮大な研究テーマを構想するなら、意に沿わない畜産屋に埋没するなんてあり得ないと思いますし、舞い上がっているのは若山氏の単なる希望であり、彼女が差し障りのない返事で保留するのはお世話になっている以上仕方ないことです。以降、理研からRULの提案を受けたのは、RULと言えば国立大の特任教授クラスですよね。それをを選ぶのは当然のことですよね。STAP騒動がなかったら「あの日」の記述から伺い知れるSTAP現象の生物学的意義の研究テーマにおける論理構成力の高さから将来のテニュア獲得も想像できるし、ハーバードからのオファーだってあり得た。残念な話をしていますけど。
> 一言居士さん
今、12/27Harukoの生体内分化誘導実験(テラトーマ)の小保方ノートの記載について時間が空いている時に調べていて、STAPマテメソの記述と解離している部分があり、疑問をまとめ次第、一言居士さんの解説とご意見を知りたいと思っています。少しの時間をくださいませ。
今、12/27Harukoの生体内分化誘導実験(テラトーマ)の小保方ノートの記載について時間が空いている時に調べていて、STAPマテメソの記述と解離している部分があり、疑問をまとめ次第、一言居士さんの解説とご意見を知りたいと思っています。少しの時間をくださいませ。
> あのねさん
いろいろご解説ありがとうございます。
＞シンプルな表面免疫表現型から代謝機能、細胞周期状態、酸化還元状態、およびDNA含量まで莫大。
とのご説明ありがとうございます。
バカンティ研究室は、基礎学者たちからもうつぶされっちゃたんですかね？残念です。
臨床医学は、一か八かのところがあって、遅れると患者さんが死んじゃいます。バカンティは麻酔医だから、そうした修羅場を経験してます。iPS細胞の移植だって危ないけど、失明しちゃうんから医者はやるのですね。
基礎学者は反対でしょうけど、日本にはもはや対抗勢力の出現は許されません。山中先生は、今や、政府の広告塔です。
いろいろご解説ありがとうございます。
＞シンプルな表面免疫表現型から代謝機能、細胞周期状態、酸化還元状態、およびDNA含量まで莫大。
とのご説明ありがとうございます。
バカンティ研究室は、基礎学者たちからもうつぶされっちゃたんですかね？残念です。
臨床医学は、一か八かのところがあって、遅れると患者さんが死んじゃいます。バカンティは麻酔医だから、そうした修羅場を経験してます。iPS細胞の移植だって危ないけど、失明しちゃうんから医者はやるのですね。
基礎学者は反対でしょうけど、日本にはもはや対抗勢力の出現は許されません。山中先生は、今や、政府の広告塔です。
2019/5/29(水) 午前 11:41