桂報告書が出た時、これを読んだ一般人は、エリート研究者の悪口をこここまで書くのかか？が、第一印象だったのではないだろうか？
小保方氏によるESねつ造が確定した際には、科学界の大反発は、この程度かもしれないが、実際には彼女自身は否定し、ESねつ造は確定していない。
しかし、当時の科学界には、ESねつ造で世間を納得させたいと意向があったのであろう。
それほど、この報告書は、一見、偏向に満ちたものであった。
しかし、世の中、すべて見方が違えば、印象も違う。
桂報告書は、小保方氏の反論には好都合に書かれているとの解釈もなりたつ。
すでに、5年が通過し、その都度、桂報告書を読み返してみると、報告書の書き手は、さまざまな理研のポジションの人が参加したことがわかる。
彼らの科学的技量もさまざまであった事がわかる。
遺伝子解析の細かい部分を執筆したのは、もちろん専門家たちではあるが、理研には専門研究者以外、中間層の研究者層、研究補助者もいるだろう。
数の多い一般中間層の意向が、桂報告書に影響力を持った様相が伺える。
一般技術的な記載（例えば、FACSなどの手技的批判）を書いた研究者層はアンチ小保方色が強く、STAP研究そのものが、一般研究者の大きな誤解を呼んだのではないか？
一方、精度を追及した遺伝子解析の研究者層は、多数派の影響をもろにうけたであろう。
理研の中間層たちは、”STAP細胞はES由来”説で、結束していたであろうから、この人たちを満足させ、かつ、学術的にも正しい結論をめざしたと思われる。
英文論文となった時、多数派の影響は薄れていたと思う。
遺伝子解析をした学者層は、途中から、ES説の限界に気づいた。
その結果、表現の仕方に相当の苦労をしたと思う。
研究不正の調査書の作製のためには、”STAP細胞はES由来”とし、同時に研究者層からの追及にも耐える内容にしなければならない。
桂報告書には、印象操作感が強く感じられるが、その後、出されたBCA論文では、かなりトーンダウンしている。
もちろん、”STAP細胞はES由来”説はかかげているものの、同時にその判断材料が不十分であることを科学的に認めた書き方をしている。
読む人が読めば、ESねつ造説の科学的限界がわかるようにBCA論文は書かれている。
しかし、相反する事実を同時に書きこむことで、皮肉的な様相を帯びた論文となってしまった。
すなわち、一方で、精度高い判断材料とは何か？を解説しているにもかかわらず、その後で、精度高い判断ができませんでしたと書いてあるのである。
過去においても、当然、科学立国日本の人たちは、ここを追及してきた。
TSさん、和もがさん、一言居士さんらである。
そうした状況の中で、今回、このブログでは、カツラ報告書さんの書き込みにより、再度、この部分に光があてられた。
ため息ブログのES派たちは、この議論が再燃した本当の意味がわからない。
以前のデータを持ち出してきただけと、ため息氏らは言う。
なぜ、NGSによるSNP解析が鑑別に必要なのかの意味がわからないのである。
近交系マウス細胞の場合、Del,Dupの共通性が高い。
それゆえ、ESからSTAPが作られた事を証明しようとすると、SNPの高い近似が必要になる。
STAPとESの比較の際、培養中に１塩基が変化しても限定的であるSNPにおいて、高い近似性があれば、両者は同一細胞であると決められるのである。
NGSによるSNPの高い近似が必要であるとの事実が、ため息氏からにはわからない。
Del、Dupの発生機序と、細胞分裂で偶発的における1塩基変化SNPとの違いがため息らにはわからない。
染色体６のB6ホモ領域の詳細がないことに疑問を持たないのである。
以下の図は、BCA論文ExtFig２だ。
すでに、桂報告書スライドには、以下の図が載っている。
学とみ子と体内時計さんが、議論した図である。
129B6F1ES1が、作成時期、親マウスが違ったとしても、AC129、FLS-T1の４Del 1Dupが完全に一致してしまう。
これを見ると、Del やDupの一致では、ESと幹細胞の同一性は証明できないことがわかる。
図ｄの一番下の”B6 homo SNP type”の欄に、B6 type, 129 typeと書かれているが、これでは、大雑把すぎる。
NGSによる比較が必要だが、１２９B6F1ES1は、NGS調査をしていないので書けないのである。
NGS調査をしてないのだから、決められない。
さすが、BCR論文といえど、そこまでは書いていない。
しかし、図と本文を読む人であれば、１２９B6F1ES1にはNGS調査をしていないことはすぐわかるし、判定が不完全であったとわかる。
しかし、本文だけ読む人には、その不完全さがわからないのである。
BCA論文の始まり部分では、FES1と幹細胞の同一性が、SNP一致で説明されているのに、１２９B6F1ES1の場合は、判定に必要なSNPの記載を欠いているのである。
桂報告書を読んだ後、BCA論文を読むと、桂報告書に疑義を感じるようになる。
その部分に光をあててみよう。
比較すると、いろいろわかってくることがある。
まず、NGS解析をどの細胞でやったのか？は、桂報告書ではわかりにくく書かれている。
BCA論文では、15細胞において全ゲノムを解析した事が明記されている。
さらにその細胞種類の一覧表がある。
ここには、１２９B6 ES1は無い。
つまり、元になったとされたESのSNP詳細は明らかでない。
１２９B6F1 ES1は、AC129の材料となったESと決めることができなかった。
AC129においては、著者らは材料となるESをみつけられなかったのである。
NGSで確かめることのできたのは、ES細胞が異なる下記の１２９B6F1 ES6の方であり、明らかにAC129とはB6ホモの長さが異なる。
一言居士さんは、ここを説明しながら著者は嘘つきと大怒りし、体内さんは、「本文で、同一と書いているじゃあないか？」と言ってくる。
さて、学とみ子の解釈は、BCA論文著者の中には、調査が不完全だったことを正直に示したい人がいるってことだ。彼らは学者だから、嘘は言いいたくない。
結果、こうした表現になっているのではないか？だ。
ここで、一旦、FES1に話を戻す。
BCA論文では、FLS3、 CTS1、FES1, FES2,129/GFP ESのNGSデータが載っている。近交系のマウス細胞において、ある細胞が別の細胞から作られたと主張するには、SNPの近似性は必須だと、BCA論文では、説明している。
FLS3、 CTS1の幹細胞と、FES1,129/GFP ESが、SNP解析でぴったんこであることは、従来から言われている。BCAでは、幹細胞と129/GFP ESが、FES1よりぴったんこと言っている。
Regarding these SNPs, STAP cell lines FLS3 and CTS1 and
129/GFP ES cells are nearly identical, but differ slightly from FES1 (at
30% of these alleles), suggesting that STAP cell lines FLS and CTS
were derived from a sub-stock of FES1 ES cells.
129/GFP ES cells are nearly identical, but differ slightly from FES1 (at
30% of these alleles), suggesting that STAP cell lines FLS and CTS
were derived from a sub-stock of FES1 ES cells.
注目すべきは、FES２が、ntESG1 ntESG2と、SNP遺伝子背景が酷似している一方で、FES1は酷似していない点だ。
これは、当時、太田氏が使っていた親マウスは、三者（FES２、ntESG1 ntESG2）は同じ親マウス背景（太田氏作成当時、若山研究室にいたマウスの背景）からつくられたと思われるのに対し、FES1だけ、親背景が違うことを示唆する所見ではないのだろうか？
FES1は、FES２と一緒につくられたのではなく、親も違うのではないか？
これも、SNPを調べた結果、わかった所見である。
以下の茶字の桂報告書でも、９９SNPのうち、FLS3、 CTS1の幹細胞と、FES1、129/GFP ESでは、4か所のヘテロで一致したが、FES2だけ、この４か所が一致しないと書かれている。
SNP解析をすると、一方の細胞群に、FLS3、 CTS1の幹細胞、FES1、129/GFP ESがあり、他方の細胞群に、FES２、ntESG1 ntESG2の一群があるのだ。
以上、SNPから細胞の同一性を決めるためには、NGSが必要になる事を示すものである。
この部分は、和もが氏も早期から指摘していたが、なぜ、一緒に作られたと思われるFES1とFES２がこれだけ違うのか？に疑問があがっているのである。
桂報告書のこの部分の記載は以下である。茶字
まず、129系統、C57BL/6系統を区別しうるSNPsを比較した結果、以下のことが判明した。
・・・
（２）常染色体のSNPsも同様にして調査した。その結果、STAP幹細胞FLS3、FI幹細胞CTS1、およびES細胞FES1、FES2、ならびに小保方研ストックES細胞129/GFP ESは、ほぼ129 x 1/SvJmsSlcxC57BL/6NCrSlcの遺伝的背景を持つことが判明した。ただし、本来は全てのSNPsで129とC57BL/6のヘテロ接合体になるべきと考えられたが、実際は、FES2を除く4株では、調査した99か所中4か所において129由来のホモ接合体になっていた。このことは、これらの幹細胞を作製したマウス系統の遺伝的背景に不均一性があったため生じた可能性と、これら4か所において突然変異が生じた場合とがあることを示していた。実際、若山研で飼育されていたAcr-GFP/CAG-GFPマウス（遺伝的背景はC57BL/6）には、その遺伝的背景に不均一性が見られた（ ３）NGSによる解析結果 を参照）。
（３）以上のことから、STAP幹細胞FLS3、FI幹細胞CTS1、ES細胞FES1、および小保方研で見つかった129/GFP ESの、常染色体に存在する129ホモのSNPsが、突然変異、あるいは遺伝的背景の不均一性によるものとしても、もしこれらの幹細胞がそれぞれ独立に作製されたものであるなら、これらの4か所に共通のSNPsが観察される可能性は低く、これら4種類の幹細胞が共通の細胞に由来することを強く示唆する。
・・・
（２）常染色体のSNPsも同様にして調査した。その結果、STAP幹細胞FLS3、FI幹細胞CTS1、およびES細胞FES1、FES2、ならびに小保方研ストックES細胞129/GFP ESは、ほぼ129 x 1/SvJmsSlcxC57BL/6NCrSlcの遺伝的背景を持つことが判明した。ただし、本来は全てのSNPsで129とC57BL/6のヘテロ接合体になるべきと考えられたが、実際は、FES2を除く4株では、調査した99か所中4か所において129由来のホモ接合体になっていた。このことは、これらの幹細胞を作製したマウス系統の遺伝的背景に不均一性があったため生じた可能性と、これら4か所において突然変異が生じた場合とがあることを示していた。実際、若山研で飼育されていたAcr-GFP/CAG-GFPマウス（遺伝的背景はC57BL/6）には、その遺伝的背景に不均一性が見られた（ ３）NGSによる解析結果 を参照）。
（３）以上のことから、STAP幹細胞FLS3、FI幹細胞CTS1、ES細胞FES1、および小保方研で見つかった129/GFP ESの、常染色体に存在する129ホモのSNPsが、突然変異、あるいは遺伝的背景の不均一性によるものとしても、もしこれらの幹細胞がそれぞれ独立に作製されたものであるなら、これらの4か所に共通のSNPsが観察される可能性は低く、これら4種類の幹細胞が共通の細胞に由来することを強く示唆する。
FLS3、 CTS1の幹細胞においては、材料となるESは、FES1と判定されたが、BCA論文では、上記幹細胞とFES1との間でSNPの30%は一致しないと書かれている。
しかし、桂報告書には、ここまで書いていない。
BCA論文では、FES1より、129/GFP ES細胞の方が、より幹細胞にぴったんこと言っている。
起源が不明の129/GFP ESが、FES1よりSTAP幹細胞に近いというのは、大いに疑惑を呼ぶ。
出所が不明な細胞129/GFP ESが、一番、FLS3、 CTS1に近いことが分かった時点で、サンプル調査でものを言うことの限界がわかる。
ダメね、まだそんなに一般論いってるの？
BCM論文にSTAPの場合はどこまで合致すれば同一といえるのか、しっかり例示してあるじゃないの。STAP特異的に説明があるじゃあないの。考え方全部書いてあるの。気付いて。
＞疑義を出すからにはきちんと根拠を提示しなさいよ、テクストを捻じ曲げて流布するのはやめなさいね、追及されたらそんなことは言っていないと逃げられるようなカタコトで人の疑念をかきたてるようなことはやめなさいね
どんなに説明しても、そちらの人には理解できない。だから、上記のコメントとなる。
でも、学とみ子は、ここまで説明したのだから、もうわかった？わかったら、そこを踏まえて反論して！
同一細胞起源の議論において、桂委員会報告書やBCA論文にもあって、Lさんもおっしゃっている原則--複数の局所的な染色体の構造変化が一致してるのは同一起源を示す強力なエビデンスである--より、STAP幹細胞ーES細胞の場合は、カツラ報告書さんの指摘したB6ホモの一部の差異のほうが優先するという根拠を示せ。
BCA論文２ページ目、左コラム、SNP analysis revealed から始まるパラグラフの結論とこれに至る直前の記述、
同ページ、右コラム、最初のパラグラフ the STAP cell sample used for ChIP-seq was derived from 129B6F1 ES1 cells.という結論に至る直前の記述 は上記の原則に従った結論だと思う。
この結論に至る論理がおかしいとうのなら、具体的に説明すると長くなると思うのでコラムではなく新たな記事を立ち上げて論理的に主張してちょうだい。
「近交系の場合、変異が定着する場合はホモに収束します。」
欠失も重複も定着したんだろうね。
2019/8/12(月) 午前 8:33 学とみ子曰く：
「ため息さんのコメントです。
＞疑義を出すからには...」
このコメントはplus99%さんのコメント（http://seigi.accsnet.ne.jp/sigh/blog/?p=16141#comment-51169）だ。当方と同じ考えだからといって間違えて引用するな。
引用元をしっかり示せと何回いったらわかるんだよ。理解できないの？認知症と言われないためにもきちんとすべきことはしなさいよ。
「どんなに説明しても、そちらの人には理解できない。」
→ 何いってんだよ、説明になってないんだろうが。カツラ報告書説が、BCA論文の論理に優先する説明はないぞ。
BCA論文との、違いの詳しいご説明ありがとうございます
素人一般人の私でも、何とか理解出来そうです。
本当にすみません。
文面から、早とちりしました。
plusさん、ため息さん、ごめんなさい。
これに関しては、学とみ子は謝るしかありません。
BCA論文の図をみてください。それぞれの細胞ごとのバーの枠内の色柄が同一な場合は、同じ細胞を示します。
BCA論文の各図は、染色体場所が違いますが、同じ図内では、同一部位を比較しています。この色柄図をつくるためにはNGSが必要になります。
FES１の取り寄せ記録とは、人為的なバイアスがかかるのですが、こちらの色柄は科学ですし、これをねつ造することはできないです。
科学者仲間同士の目があるからです。
同様に、小保方氏が、他人の目がある中で、STAPをESすりかえるという作業は絶対に不可能です。
実際には、入れ替わってしまったのですが、その原因は別にあると思います。
ここは皆、慎重になっているので、専門家は何も言わないと思います。
間違えてすみません。
plus99%
2019年8月10日 11:35 PM
＞疑義を出すからにはきちんと根拠を提示しなさいよ、テクストを捻じ曲げて流布するのはやめなさいね、
これはTSさんへのメッセージかもしれないけど、ブログの議論は自由なの。だから、皆、参加してるのよ。
今回の話題について、学とみ子は根拠は出してるんだけど、plusさんは理解できていない。ご自身の胸に手を当てて考えて見て。
自分自身で何が理解できて、何が理解できてないのか？plusさんは自分自身をごまかそうとしてない？
だから、他人に対して腹立たしいのよ。
SNPを理解するのは、TCR同様に難しいのです。だから、わかったと思わずに学ぶ努力が必要です。体内さんにも言えることです。
＞BCA論文との、違いの詳しいご説明ありがとうございます素人一般人の私でも、何とか理解出来そうです。
Ooboeさん桂報告書とBCA論文の違いは下記のブログ(中段以降)を読めば、分かりやすいですよ。https://blogs.yahoo.co.jp/metoronjr7/56221989.html
BCA論文のこの様な、色柄図を作るにはNGS解析が必要とのことですが
以前、Doraさんが理研広報に129B6F1ES6のNGS解析しているのに
なぜ、AC129と細胞同定した重要根拠サンプルであるES1についてなぜNGS解析を実施しなかったのか？と質問され、
広報は、その段階で予算が尽きたので。と回答していました。
やってないと認めたのでしょう。
理研残存組にSTAP派がいるのかも知れず、正直に答えてくれたのでしょう。
想像が許されるなら、やったけど合わなかったのかもしれませんね。やって合致したら、必ずデータになるわけだから。
いづれにしろ、合致するESは無いのです。全部調べれば、合致するのがあったかも？と、理研は言いたいのか？
調査人は、FES1だけで止めておけば良いのに、あえてAC129まで出すから、一般人でも気づいてしまうのですよね。
2014年4月、笹井先生の記者会見で
>ES細胞とStap細胞をゲノムのたくさんの遺伝子の
遺伝子発現パタン解析をしたときに、これが混ざりものとか、
ES細胞そのものであれば、簡単に今それがわかるだけの研究、
解析技術があります。
と説明され、そしてStapはそうした細胞にはあてはまらないと
説明してましたね
細胞サンプルの同定が簡単に出来る遺伝子発現パタン解析最新技術を
紹介していました。ならば小保方サンプルがESの疑念があるなら
FES1や129B6や129/GFPESなどなどと
比較発現パタン解析は簡単に出来たはずでしょ
なぜ発現パタン解析を実施しなかったのですか？
桂解析は、ゲノムの並び方を調べただけ
の同定判定より確実なはずでは？
パートナー資料から総合推察しますと、学さん想像の
>想像がゆるされるなら、たけど合わなかったのでは
合致すれば必ずデｰタになるんだから
はピンポンかも
だって、ES説派にとって、
NGS解析でも合致すれば、更なる混入エビデンスになるんだから、
"予算が尽きたから実施していない"
は、合致してなかったことの、言い訳ぽいと感じます
パートナーさんもわかっていると思うのですが、事実と想像を混ぜて論じない方が良いと思うのですよね。
学とみ子自身もうまくできてないのですが、第三者がSTAP文章を読んだ時に、憶測なのか？想像なのか？確実な事実なのか？が、わかるように書きたいですね。
ですから、事実を事実として並べて、それぞれにつき推論をするというパターンがわかりやすいし、説得力があると思うのです。
たとえば、サンプルの中身を入れかえるとか、核移植とか、想像は想像と明記していくとよいのではと思います。
私自身もそれができなくて難しいのだと感じています。陰謀説というのは、一部の人しか、興味を持ってくれないのではないか？と思いますので・・・。
パートナーへの
理研MTA不存在理由書の要旨 "2014年7月、山梨若山研から理研CDBに
129B6F1ES1が送付されたがMTAは締結していない"
理研のNGS解析は7月からスタートしています。
ES1を送付されたのは7月
調査にとって、必要と判断したからでしょう。
ES6についてはstapFLSとは
一致しないことが、6月2日不正手続き解析で判明していました。
ES6で、StapFLSと一致しなかったのですから、
ES6をまずNGSゲノム解析した目的は、AC129サンプルとES6が一致するか？だったが、合致しなかったのでES1を取り寄せたのか？または、
ES1を取り寄せ、NGS合致しなかったので.ES6をNGS解析したのか
いずれにしろ7月は予算が尽きる段階ではありませんでした。
＞事実と想像を混ぜて論じない方が良いと思います。
つい、感情移入が強くなってしまう傾向を、パートナーや根本さんに
よく、指摘されて来ました。仰るように、心していきたいと思います。
ただ、パートナーは、資料に基付く画策解明作業を〔陰謀論〕と表現されるのをとても嫌います。というのは
アンチ論者は、
一言で誘導否定できるこの便利な言葉を多用されるからです。
現在では、眉唾ものという響きで定着していますから、
反証作業が不要なので、パートナー解明作業を〔陰謀論〕と
簡単に否定印象誘導できる便利な言葉です。
〔あの日〕第12章
【仕組まれたES細胞混入ストーリー】という表現でも、
彼らにとって、小保方の妄想〔陰謀論ストーリー〕と
一言否定の印象誘導に使用されます。
でも、仰る通うり、
事実エビデンスから帰結してくる、推察展開と感情的エビデンス不明な、想像とは区別して、しっかりコメントしてまいりたいと思います。
恐らく茶の間の話題で、STAPも盛り上がったでしょう。
子どもが成長発育すると親を越えていきます。いつか、家族の方は、ES説に疑問を持つでしょう。STAPの証拠はたくさんあるけど、アノ姐さんに解説できる力が無いのです。
私が素直な子どもで、アノ姐さん(お母さん？)を大好きなら、例の野菜の話の時、がっかりするアノ姐さんに
[その人に半分あげちゃえば、嫌な思いしないですんだのにね。]
と言っちゃいます。きっと。
しかし、１５歳を過ぎると、子どもの母親への思いは変わります。再び、大好きになります。
子どもは、人の能力は単に知識だけでは図れない多様なものであると悟るからです。母大好きは、子どもの生涯にわたり続きます。
しかし、こと、科学知識においては、人は努力して知識を獲得していくしか道はありません。
ES説は、知識獲得に努力しない人たち向けに、現実離れに創作されたストーリーです。