ため息さんは日本語情報をみているのですね。
体内さんは、BCA論文をお持ちのようですが、ため息さんはもっていないようです。
以前は無料だったので、学とみ子のファイルにあるのですね。今は有料のようです。
大した金額ではないので、この原著を読んで反論するのが、大学教官たるため息さんのお役目でしょう。
PDFファイルからのコピーはできないで、ここに示すことができませんが、日本語情報でがまんしましょう。
ため息さんが示してくれた
桂委員会報告書のスライド１４ です。
ここは以前から出ている桂報告書のスライド一部ですが、説明はかいてありません。
１２９B6F1ESですが、全ゲノム解析したのは、１－６のうちのES６であることが、BCA論文で示されています。
スライド１４でも示されていますが、これでは、全ゲノム解析をしたのは１２９B6F1ES１であるかのような誤解を与えます。
１２９B6F1ES１－5は、公開されていません。
ここはとても大事な点で、それを確認するのにBCA論文を読むことが必要なのです。
この努力を、ため息さんは怠りました。
カツラ報告書さんは、１２９B6F1ES１は全ゲノム解析されていないと言っています。
スライド１４（BCA論文でも同様）では、決め手となるSNPの内容がおおまかにしか書かれていません。
つまりES6タイプと、AC129タイプとしか書いてありません。これでは、近交系マウスの同一性を論じることができません。
幹細胞AC129が、ESから作られたのではないと考えた場合を前提とします。
すると、それぞれ作られた月日、親マウスが違うのにもかかわらず、４Del、１Dupにおいて同一のパターンがでてくることが事実であるということです。
これが近交系マウスを実験に用いた場合におきてくる問題点です。
だからこそ、全ゲノム解析をして、SNPにおいてもAC１２９とぴったり合致するESが存在している事が必要になるのです。
BCA論文は、SNPが一致しないES6をアップしています。
全ゲノム解析が無くても、STAPがESから作られたと結論しているのです。
あえて、後で問題になるように配慮してくれたSTAP支持派が、論文著者にいると信じています。
以下を読んでじっくり、１５細胞の何が解析されたのか考えましょう。
Because STAP cells were not maintained as frozen stocks, we first performed WGS of 15 genomic DNA samples in total, including three representative STAP stem-cell lines with different genetic backgrounds, an Fgf4-induced stem-cell line, and seven ES cell lines established at the Wakayama laboratory before or during the STAP study (Extended Data Table 1). We determined genome-wide patterns of single-nucleotide polymorphisms (SNPs) that distinguish mouse strains129/Sv(129) and C57BL/6(B6), as well as green fluorescent protein (GFP) transgene types (Supplementary Methods and Extended Data Fig.1a).
追加
BCA論文では、SNP解析 (1,290箇所)から、 FLS3、 CTS1 、129/GFP ES の三種の細胞は、 nearly identica であるといっています。
さらに大事なのは、FES１と、幹細胞との関係です。
differ slightly from FES1 (at30% of these alleles）と書かれています。
STAP、 FLS 、CTSは sub-stock of FES1 ES cellsから作られたのでないか？
と書かれています。
ここで注目なのは、FLS3、 CTS1 、129/GFP ES の三者間です。
FES１のSNPは似ているものの、三者（FLS3、 CTS1 、129/GFP ES）とは少し違うと言ってます。
一方、129/GFP ESのSNP は、幹細胞のFLS3とCTS1 とぴったんこだとBCA論文が言っています。
つまり、この位、ぴったんこだ判定できる場合に、その細胞から作られたと（学者が）言えるということではないでしょうか？
そのよりぴったんこが、FES1でなく、129/GFP ES だというのも興味深いです。
じゃあ、それと比べて、第6染色体のSNPの詳細をしらべていないのに、AC129はなぜ、１２９B6F1ES１から作られたなどと言えるのでしょうか？
Delや Dupが細胞にある場合は、親からもらったかが判断材料ですが、１２９B6F1ES１～６は親が違うので、そこがわかりません。
近交系マウス由来細胞間では、親からDelや Dupは共有することがあるので、結局、全ゲノムのSNPを調べないと、ものを言うことができないのではないか？と思います。
１２９B6F1ES１のSNPの場合には、必要なNGSのデータがありません。
FLS3、 CTS1 では、FES1由来であると決めた時の判断条件と、AC129の場合の判断材料が違っています。
この判定材料の違いがBCA論文で明らかになっています。
桂報告書10頁にその部分の記載がありますが、第６染色体のBホモ領域は共有するとしか書かれていません。
その詳細を知るには、NGSが必要ですが、桂報告書には、NGSをした１２９B6F1ES6は一致しないと書かれています。
少し、以下は、話が変わります。
今回のBCA論文では、論文最後の一覧表に、各細胞がどの実験に使われたのかが書かれています。
AC１２９（2012年8月）は、以後の実験で使われたと桂報告書にあるが、桂報告書は、実験の種類は特定はできないと書かれています。
一方、BCA論文によるとAC１２９は、レター論文のFig2i、Fig4（遺伝子発現の図）に使われたとあります。Fig4によると、AC１２９は、ESとは発現図が違うようです。
ESを使ったというなら、こんな一覧表は必要ないのでは？
コメント（32）
＞学とみ子曰く：「全ゲノムでSNPを調べる必要がある」
そうすればいいかもしれないけど、性別および、4種のゲノムの特徴（欠失3、4、重複1、第6染色体B6ホモ領域）だけで、細胞の由来が判断できたとして、科学界の誰からも十分だと異議は出ない、
不十分でも科学界から異議はでません。異議を唱えたら、個人情報をばらされます。だけど、応援はあります。
４Delと１Dupはここで置いておいて、大事なのは第６染色体のSNPの一致性です。
FES1は、幹細胞FLS,CTSとSNPのかなりが一致しています。ところが、AC129やSTAPChIP-seq の場合は、そうしたESがありません。
＞付け焼き刃で何冊かの ブルーバックスを読み勉強して桂調査委員会報告書の論旨を理解
何か、解説書がでていたのですか？
そうしたものを読むから、頭が混乱するのではないですか？そこには正しいことが書かれているのですか？
人心を惑わすことしかないのではないですか？
マスコミ情報は印象操作だったのです。
最初から、本物を読んで、そこに異議をさがさないとだめです。
アノ姐さんは、現時点では、どちらの主張が正しいのか分からないのだと思います。
とにかく、権威あるものが出した公的文章に間違いがあるということが、社会的問題なわけです。ここは納得できますよね。
専門家だから大丈夫と誰もが思いますが、しかし、そこに落とし穴があるのではないか？と考えるのは、やはり必要ではないでしょうか？
アノ姐さんは、いつか、こちらの言い分を理解できるようになるでしょう。
＞悪意を持って近交系をつくったのではないなら近交系の実物も記録もあるはずで、
そもそも、STAP実験は、どんなマウスでも、どんな生き物でも、その細胞が取れれば実験に使えるわけです。
近交系を悪意で持ってきたのでは？との持ってき方をする人は、実験の意味がわかっていない。
STAP実験は、後で、近交系の遺伝子解析をする必要などは無い。
人間の目で見れば確かめられる部分が大きい。
どんな細胞を使用しても、酸浴したら細胞が多能性が発揮したとの実験にすぎません。
近交系マウスを使おうが、後で遺伝子を調べるつもりは、実験者にはありません。
STAPの多能性は、ESから作ったからと疑う人が出てきたから、こうした顛末になったのでしょう？
ごまかすために近交系マウスを使ったのでは？と疑う神経の持ち主は、科学がお好きでないと思います。
科学者たちに、強い不信感があるのでは？
＞近交系でつくられましたという証言も記録もないんでしょ。
近交系マウスに決まってる。そういう実験室だもの。遺伝子がばらつかない動物集団を使って実験しないと、結果がばらつく。
特に、若山研究室には、遺伝子がSNPも含めてぴったり一致する細胞と動物がいる。クローンマウスを作ってるんだから。
＞ため息さんがBCA見てない、持ってない、なんて言えるんでしょうね…
ため息さんがBCA論文は有料だからといって、学とみ子から買ったらどうかと言われました。クレジットカード番号で即買えます。あるいは、だれかからPDFファイルをもらったかでしょう。
有料だからと言い訳したコメント部分を、その後、ため息さんは消しています。そういう方です。ため息さんてーー。
129/GFP ES をインジェクトして4Nキメラマウスを片手間に作出。
それを使ってSTAP実験が行われ、FLSやCTSなどの幹細胞化が行われた...
とすると、
① FLSとCTSの遺伝子発現の違い
② 129/GFP ES, FLS, CTS のミトコンドリアの違い
（https://blogs.yahoo.co.jp/p2_xx_p/64054013.html）
なども説明できるんではないかい。
＞学さんの脳内では、学さんがsighさんに、BCA論文を買ったら、と助言した事になっているのですか！
事実は、sighさんが学さんに「有料だけど買ったら。」と教えた時の事ですよね。
私がここに書いた内容は、最初からBCA論文を読んでコメントしてます。
そうでなければ、書けない内容です。
桂報告書を引用してきたため息さんは、最初はBCA論文を読んでいないと思います。論文が有料だといったのは、ため息さんの方ですよ。
それを聞いた学とみ子は、有料でも買ったからいかがですか？大学教官なら原著で返せ！と記事に書きました。
その記録を、ため息さんは消してしまいました。
学とみ子の方が、でたらめを言ったとSTOP細胞さんが、勝手なストリーを言い出したのですよ。
これが真実です。
はなさんは、何が桂報告書に無くて、何がBCA論文に書かれているかがわからないので、こんなバカなことを言うのです。
>BCA論文のExt Fig２を見てみよ！それぞれ別の日に作られた幹細胞とESの５欠損と1重複が同じじゃないか？実験動物はいくらでも同じ遺伝子異常を共有するのだ。」
私は、全部の異常４Delと１Dupの異常が一致することは、ありうる証拠として、このExtFig２の文章を書いたのです。表全体を語っています。
＞なにかコメントして消したっけ？仮にそうだとして、
ため息さんは、[仮にそうだとしても]と、書いています。書いた事は全面否定はしてないと、学とみ子は理解します。さすがに書いた事を全面否定はできないようです。
＞何がひどいのでしょうね。sighさんのコメントは桂報告書の結論通りです。
本文もコメントも時間も自在に変更してしまうため息さんです。
この方の特徴ですが、以下のように強い言葉を吐いていて、いろいろ議論が出尽くした後に、再度、体内さんは自論を展開し直すということをしないのですよね。議論を尽くした後に、どう考えるのかが大事ですけどね。
今回も、学とみ子が表全体の説明をしているのですが、それがわからず。各論と勘違いし学とみ子を全面否定しまうのです。議論の行き違いを体内さんが認めてくれたら良いのですがーー、相手は間違っているとしか考えない方ですね。
＞自分が報告書を全く理解できていないにも拘わらず報告書を批判したり、正しい事を述べている人に対して「ミス」「口先だけのごまかし」と書いたり、
＞これらのどこを読めば、二個のDelが一致の意味だと読み取れるのでしょうか。
前からの文章で、違う日に違うマウスから作られたとしても、その細胞にはDelやDupが重複しうると読むのが良いです。ここは、それぞれの細胞についてではないです。体内はいきなり各論と考えてしまい、間違いと言ったのです。
お互いに何を見て書いてるのかがわかりません。だから、突然の全面否定はエチケット違反です。
良かったら、上記の当方からの質問にお答えください。
＞二個のDelが一致の意味だと読み取れるのでしょうか。
上から何番目からの細胞をいっているのか？どの細胞とどの細胞を比較して、Delが何個違うと言ってるのか？上から何番目のDelについて言ってるのか、お互いにわかりません。
例えば、2Delとは、二個のDelなのか？二番目のDelなのかが、私にわかりません。だから、間違いなんて言うべきでないです。
あなたは、2Delが何と何との比較なのかを書かずに、突然、間違いとだけいったのです。そちらがエチケット違反をしたのです。こちらから印象操作と言われても仕方ないでしょう。
＞正しくは「2欠失と１重複とB6ホモ領域」ですね。
突然、体内さんは、何を言っているのか確認せずに、学とみ子を間違いと言ったのです。学とみ子は表全体を言ったのです。
証拠として、どのウエイトが重いのか？が、誰にもわかりますね。
カツラ報告書さん、貴重なコメントありがとうございます。
＞学とみ子が持っているかどうか知らない状況で、
学とみ子の文章から、すぐに、[こいつ(学とみ子)は、BCA論文を読んでるな]とため息さんは察しないといけませんね。教官はそれができないといけない立場です。
この時、桂報告書スライドにも同じものがあると言い出したのはそちらです。
ため息さんがBCA持ってるかどうか？は、学とみ子にはわかりません。でも、当初ため息さんは、桂報告書しか情報を出してきませんでした、
学とみ子はBCA論文から質問してのだから、ため息さんも読まないとレスポンスできないはずです。だから、私は読め！と催促しました。
学とみ子の[買ったらどう？]は、皮肉でいっているのです。だから、言葉が不完全になってるんですよ。
ため息さんが、学とみ子から論文を買うなんてあり得ないでしょう。以下のような意味でも、学とみ子は言葉を省略します。皮肉だからです。
＞「学とみ子が当方にNatuerからBCA論文を買って読んだらいいよ言った」
ため息さんだけでなく、そちらの方は、学とみ子をバカと決めつけたくて四苦八苦してますね。そうしようとして、逆に、自らの限界をさらけ出しています。
今回の記事が、まさにその違いに触れています。しっかり読んでくださいね!
＞BCA論文と桂委員会報告書に齟齬があるのなら学とみ子が指摘すればいいだろうが。指摘してみろ！
学とみ子:いろいろ上で指摘してるんですけどー
＞一方に書いてあって他方に書いてないところを指摘しているようですが、齟齬を指摘しているわけではないです。
齟齬を指摘してます。
STAPがESから作られたと言うなら、SNPの一致が必要です。
カツラ報告書さんもその理由を指摘してます。
あちらには、学者層がいるので、その調整に期待しましょう。
＞4種のゲノムの特徴（欠失3、4、重複1、第6染色体B6ホモ領域）
以上の条件の発生機序の違いを、カツラ報告書さんが説明してくれても彼らに響かないようです。
いよいよ、やっぱりさんの登場待ちですね。以前、やっぱりさんは当ブログで、SNPについて、研究者と思われる人とのつばぜり合いを演じました。やっぱりさんは、あの時の知識を再度、披露し、又、Del Dupとの違いについて解説してくれるでしょう。
ES論には不利な展開になるかもしれませんが、一般論なら問題ありません。
やっぱりさ～ん、よろしくお願いします。
理研もそういうやり方をすれば、遺伝子の特徴が一致すると言っているし、ただ、論文のやり方ではなく、ＳＴＡＰ細胞の存在と関係ないキメラを作っても意味がないことから「世界の若山がやるはずがない」と思っているのだろうが、一般人としてはそうはいかない。これまでの状況を考えれば「やりかねない」と思うな。
動機は特許を念頭に、小保方さんのアーティクル論文に便乗してレター論文を載せるため。好意的に考えれば、STAP細胞の質にばらつきがあって、そのうちキメラを作る自信があり、ＥＳキメラで一時仮置きした。
その根拠は、若山さんは「STAP細胞からの4Ｎキメラを出さない」「再現実験に多忙という陳腐な理由で参加しない」「STAP論文は修正でなく撤回を主張した」その他、若山さんには嘘が多く、その行動については不審な点が多い。調査対象の人でありながら成果物を勝手に扱ったことで信用を無くした。後は30万部近くも売れた「あの日」に山ほど書いてある。
>論文からの考察に留めます。
了解です。
こちらの情報は、参考になりそうな
ものを選んで報告しますね。
その、一つです。
持ち出し記録では、
第二次予備調査が始まる前(6月30日)
6月2日には
ES6や129/GFP ESなどとStapとの比較解析をしています。
(全ゲノムではない)
この段階でES6とは遺伝子特徴は一致せず
129/GFP ESとが遺伝子特徴が一致した。と解析されます。
このことは、松崎GD研の解析によるい竹市所長記名の内部文書の
解析報告にあります。
＞あなたが「4欠損と1重複」と書いたのであれば、「129B6 F1ES1とAC129についてのみ比較しているんだな」と理解し、私は「間違い」とは書きませんでした。
学とみ子は一覧表ExtFig2の全体を比較して、5欠損と書きましたが、正しくは4欠失です。老眼がすみません。
この時、体内さんは2欠失と書きましたが、学とみ子の5欠損を受けての話であったことは了解しました。
＞B6ホモ領域」と書いたのですが、学さんには理解できなかったのですね。
Del、Dupにおいては何の問題はありません。
今ここで問題になってるのは、B6ホモ領域です。特に、その中身です。体内さんが、カツラ報告書さんが指摘していることを理解しないといけないです。
あなたが理解していること、学とみ子が理解していることが違うのです。何のためにNGSが必要なのか？あなたはわかっていません。
今、その部分について、そちらのplusさんがジリジリしてますよ。
> なお、Article のメソッドに、129/Sv carrying Rosa26-gfp からキメラ寄与能を有する STAP 幹細胞が樹立された、との記述があるが、129/Sv carrying Rosa26-gfp マウスは理研 CDB に導入された記録や飼育記録はないことから、これは誤記と考えられ、若山氏の説明によればここで言及された STAP 幹細胞は AC129であった可能性が高い。
よくも相澤氏の前で桂報告書で「129/Sv carrying Rosa26-gfp マウスは理研 CDB に導入された記録や飼育記録はない」と言えるな。大嘘の証明は下記に。ライブイメージングに適した新たな蛍光マウスを開発 - 理研CDB - 科学ニュース - 理化学研究所 2011/12/12 マウスにおいても蛍光ライブイメージングが可能だが、多くの場合、蛍光 ... そこで、 ROSA26領域へ蛍光遺伝子を導入。http://www.cdb.riken.jp/jp/04_news/articles/11/111212_liveimagingmice.html
「ライブイメージングに適した新たな蛍光マウスを開発」
発生過程において組織や器官が形成されていく仕組みを知るためには、個々の細胞の振る舞いを調べる必要がある。蛍光ライブイメージングは、生きたままの胚において特定の細胞や細胞内の構造を可視化し、その動きを追跡することができる技術である。マウスにおいても蛍光ライブイメージングが可能だが、多くの場合、蛍光遺伝子を染色体にランダムに導入しているため、発現部位を厳密に制御できない、発現量にバラツキがある、複数の構造を同時に標識できないなどの問題を抱えていた。理研CDBの動物資源開発室（相澤慎一室長）は、核や細胞膜など７種類の細胞内小器官を条件特異的に蛍光標識できる12系統のマウスを開発した。(略)GENESIS 誌の7月号に掲載され、同室はこれらのマウスの配布を開始している。
129/GFP ESなるサンプルがあり、これがFLS、CTSと最も近い。ほぼ同じものといえるとのことです。
こうしたサンプルがあることは、実験勉場の人たちが知らない出来事があったと言うことですね。
実験現場の人たちが正しいと申告しても、その人の知らない出来事があったかもしれないし、すりかわったかもしれません。
こうした状況では、サンプル調査の意味が無いとの主張はありですね。