2019/3/26(火) 一言居士 さんがどうしても知りたい思いを書いています。

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2019/3/26(火) 午後 8:56   
 一言居士 さんがどうしても知りたいことを書いています。     
お気持ちはわかるのですが、もう少し、焦点をしぼってみてはいかがでしょうか？

それぞれの細胞が今、何を語るのか？今後、それぞれの細胞はどのような展望を秘めているのか？など、ご自身の説明を加えながら、ご自身は今、不明に思うことはどこ？、誰かに聞きたいポイントは何？を紹介してみてはいかがでしょうか？

                         

[連投1]
>> あのねさん

>遺伝子解析について手記「あの日」では、ChIP-seq解析を要求されたとか、リバイス後の解析に細胞の種類を集められなかったとの記述がありますがこの辺の解析とは何を指すのか把握できていません。良かったら教えてください。

手記127Pですね。どこまでご存じなのかわかりませんので、私の関心のあるところで中心になるデータをしたらば考察から再掲します。ヒートマップの問題そのものです。Ts.Marker再解析そのものです。和モガ解釈そのものです。問題はすべてこの公共データ登録されている実験そのものにあると思っています。 削除                        
                       
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[連投2]
Tru-Seq
①SRR1171556 小保方 CD45 positive Cells:RNASeq.Rep1 derived from spleen C57BL/6x129/Sv (129xB6-CAG-桂報告書)
②SRR1171557 小保方 CD45 positive Cells:RNASeq.Rep2 derived from spleen C57BL/6x129/Sv (129xB6-CAG-桂報告書)
③SRR1171558 若山 Epi Stem Cells:RNASeq.Rep1 129/Sv (未調査)
④SRR1171559 若山 Epi Stem Cells:RNASeq.Rep2 129/Sv (未調査) 削除

                       
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[連投3]
⑤SRR1171560 若山 Embryonic Stem Cells:RNASeq.Rep1 C57BL/6x129/Sv (未調査)
⑥SRR1171561 若山 Embryonic Stem Cells:RNASeq.Rep2 C57BL/6x129/Sv (未調査)
⑦SRR1171565 若山 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep1 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv (GOF+CD1-桂報告書)
⑧SRR1171566 若山 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep2 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv (GOF+CD1-桂報告書) 削除
                       
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[連投4]
⑨SRR1171580 小保方 Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.Rep1 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv (129xB6-CAG-桂報告書)
⑩SRR1171581 小保方 Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.Rep2 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv (129xB6-CAG-桂報告書)
⑪SRR1171585 若山 STAP-SC(STAP derived Stem Cells):RNASeq.Rep1 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv (129xB6-Acr-CAG-桂報告書)
⑫SRR1171586 若山 STAP-SC(STAP derived Stem Cells):RNASeq.Rep2 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv (129xB6-Acr-CAG-桂報告書) 削除

                       
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[連投5]
⑬SRR1171590 丹羽研? Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep1 CD1 (129xB6-CAG-スライド)
⑭SRR1171591 丹羽研? Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep2 CD1 (129xB6-CAG-スライド) 削除
                       
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[連投6]
ChIP-Seq
①SRR1171553 小保方 CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K27me3 derived from spleen Oct3/4::gfp C57BL/6 (GOF-桂報告書)
②SRR1171554 小保方 CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K4me3 derived from spleen Oct3/4::gfp C57BL/6 (GOF-桂報告書)
③SRR1171555 小保方 CD45 positive Cells:ChIPSeq.input derived from spleen Oct3/4::gfp C57BL/6 (GOF-桂報告書) 削除
                       
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[連投7]
④SRR1171562 若山 Embryonic Stem Cells:ChIPSeq.H3K27me3 C57BL/6x129/Sv (未調査)
⑤SRR1171563 若山 Embryonic Stem Cells:ChIPSeq.H3K4me3 C57BL/6x129/Sv (未調査)
⑥SRR1171564 若山 Embryonic Stem Cells:ChIPSeq.input C57BL/6x129/Sv (未調査) 削除
                       
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[連投8]
⑦SRR1171567 若山 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K27me3 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv (129xB6-Acr-CAG-桂報告書)
⑧SRR1171568 若山 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K4me3 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv (129xB6-Acr-CAG-桂報告書)
⑨SRR1171569 若山 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.input Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv (129xB6-Acr-CAG-桂報告書) 削除

[連投9]                    
 ⑩SRR1171582 小保方 Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K27me3 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv (129xB6-CAG-桂報告書)
⑪SRR1171583 小保方 Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K4me3 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv (129xB6-CAG-桂報告書)
⑫SRR1171584 小保方 Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.input Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv (129xB6-CAG-桂報告書) 削除                        
                       
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[連投10]
⑬SRR1171587 若山 STAP-SC(STAP derived Stem Cells):ChIPSeq.H3K27me3 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv (129xB6-CAG-桂報告書)
⑭SRR1171588 若山 STAP-SC(STAP derived Stem Cells):ChIPSeq.H3K4me3 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv (129xB6-CAG-桂報告書)
⑮SRR1171589 若山 STAP-SC(STAP derived Stem Cells):ChIPSeq.input Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv (129xB6-CAG-桂報告書) 削除

                       
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[連投11]
⑯SRR1171592 丹羽研 Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K27me3 CD1 (CD1系統-スライド)
⑰SRR1171593 丹羽研 Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K4me3 CD1 (CD1系統-スライド)
⑱SRR1171594 丹羽研 Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.input CD1 (CD1系統-スライド) 削除

         コメント（13）
これ全部、トランスクリプトーム公開データがあるのですか？

これらの解析結果を論文化させ、Genes to Cellsに投稿してみたりしたら、すごい反論が起きそうですね。でも、それも又、この事件の質を示すものであるでしょう。

TSさんと小保方さんの共著の夢のコラボが、将来あるのか？
希望が膨らみます。


確かに公開するというのが、研究不正の抑止力でしょう。

当ブログにも、個人情報暴露を武器にして、ブログを止めさせようとする人が来ますが、そのコメントをアップしてしまうことで、抑止力になります。相手の策略を利用する事ができます。

小保方氏は言わないでいる部分があるので、ES派が何か証拠なるものを出したら、擁護派にとっては渡りに舟かも。

まだ、STAP問題は流動的です。 削除
2019/3/27(水) 午前 8:15 学とみ子 返信する
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[連投12]
SMARTer-Seq
①SRR1171570 若山 Blastocyst stage embryos:RNASeq.SMARTer.Rep1 C57BL/6x129/Sv (未調査)
②SRR1171571 若山 Blastocyst stage embryos:RNASeq.SMARTer.Rep2 C57BL/6x129/Sv (未調査)
③SRR1171572 小保方 CD45 positive Cells:RNASeq.SMARTer.Rep1 C57BL/6x129/Sv (未調査)
④SRR1171573 小保方 CD45 positive Cells:RNASeq.SMARTer.Rep2 C57BL/6x129/Sv (未調査) 削除
2019/3/28(木) 午前 6:43 [ 一言居士 ] 返信する
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[連投13]
⑤SRR1171574 若山 Embryonic Stem Cells:RNASeq.SMARTer.Rep1 C57BL/6x129/Sv (未調査)
⑥SRR1171575 若山 Embryonic Stem Cells:RNASeq.SMARTer.Rep2 C57BL/6x129/Sv (未調査)
⑦SRR1171576 若山 Morula stage embryos:RNASeq.SMARTer.Rep1 C57BL/6x129/Sv (未調査)
⑧SRR1171577 若山 Morula stage embryos:RNASeq.SMARTer.Rep2 C57BL/6x129/Sv (未調査) 削除
2019/3/28(木) 午前 6:43 [ 一言居士 ] 返信する
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[連投14]
⑨SRR1171578 小保方 Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.SMARTer.Rep1 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv (未調査)
⑩SRR1171579 小保方 Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.SMARTer.Rep2 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv (未調査) 削除
2019/3/28(木) 午前 6:44 [ 一言居士 ] 返信する
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[連投15]
あのねさん、とりあえず、このデータを確認なさってください。次にTs.Marker再解析と照合されてください。Sox21の問題以上に<やっぱりね>のFI-SC細胞のTS特異的マーカー発現に注意なさってください。そしてレター論文のデータとの矛盾、そして本文そのものの非論理に注目なさってください。皆、この錯綜した結果を解きほぐそうと努力しているんです。以上です。私はジムさんの*ttp://blog.livedoor.jp/obokata2657/archives/28578813.htmlに居ます。 削除
2019/3/28(木) 午前 6:45 [ 一言居士 ] 返信する
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3月26日
サイエンスカフェに行かれた、ため息gの、「はな」さん、山の住人さん
にお願いです。
白髪氏、琢磨氏の講演内容詳しくため息プログで伝えていただきませんか
？参考にさせていただきたいので。 削除
2019/3/28(木) 午後 3:19 [ Ooboe ] 返信する
> Ooboeさん

向こうに書き込まれた方が良いです。ここに書き込んだら、あちらは教えません。黙っていたほうが、向こうの方は書きますよ。

あちらからの断片的情報では、研究不正をどう防ぐか？などが講演で語られたみたいです。
そんなことは、教職などのしかるべき立場の人が話し合うべき課題でしょう？一般人が食いつくような興味深い話では無いです。

聞きに行った一般人が、一番興味を持つと思われるのは、ここで語られているようなアンチES論に対し、ES派の一般人が反論するための知識かな？、そこを専門家から授けてもらいたいのでは？

静かな講演会では、決してそこは語られないでしょう。やっぱりさんも、こりゃダメだ！と思って早退したのかもね。 削除
2019/3/28(木) 午後 4:25 学とみ子 返信する
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学さん
だまっていた方がいいかもね、なんか静かだったみたいですね、
池上彰氏が司会なら、サイエンスの有意義な質疑応答が成立しそうに
思えたけれど、それにしても池上氏司会なら、ギャラはどう捻出できたのでしょう？そちらにも興味があります。もしかnoギャラでしょうかね？ 削除
2019/3/28(木) 午後 6:14 [ Ooboe ] 返信する
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サイエンスカフェの案内を閲覧しました、要旨
テーマは「サイエンスとポピュリズム」あのStap事件から5年、
その前後研究の現場のその前後を検証する。とありました。
私は当時、ニュース解説で権威を定着させテレビの人気番組となっていた池上彰氏はこの事件について、どう取り上げるかを注目してました。
ニュス権威の池上氏ならこの事件をどうまとめ解説するか、聞きたいと
思っていたが、ついに取り上げないままだったので不思議でした。
そんな池上氏の印象からポピュリズムテーマの司会には疑問です。 削除
2019/3/28(木) 午後 6:53 [ Ooboe ] 返信する
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「はな」さん

講演内容の要旨、お伝え下さりありがとうございました。実は、
パートナーが講演会に是非行きたかったのですが、
私が26日当日に体内時計さを講演会案内を把握し伝えましたが、なにしろ当日神戸からはさすがに無理でパートナーは残念がってましたの。
で、はなさんが行かれたとのことですから、行きたかったのに
行けなかったのですから、所見にかかわらず、内容については、お伝え
頂けると思いお願いいたしました。お応えくださりありがとうございました。 削除
2019/3/28(木) 午後 9:13 [ Ooboe ] 返信する
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パートナーは、
NHKの委託により東大白髮研が、受託研究として若山研保管の
StapFLS3とFES1、2、ntESG1、2との比較同定解析する契約書を交わしていましたから、その関連資料を持参して質問したかったんですが、
行けたとしても、伝わって来るサイエンスカフェのなごやかな主旨には
そぐわないものとなるところでしたね。鋭いパートナーでも、
場は尊重する方なんで、行けたとしても、催し主旨に差し支えのない内容の質問となったことでしょうね。 削除
2019/3/28(木) 午後 9:44 [ Ooboe ] 返信する
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このNHK委託、東大白髮研の受託研究としての若山研保管のサンプル提供解析経緯の真相は桂報告書が無効と主張できるに等しいほどのものです。
パートナーは、山梨大学若山研と東大白髮研、京都大学斉藤研、
理研CDBm松崎GDチーム、東北大シケンス室、の2014年6月7月8月の
会計諸表を保有しています。
これらの資料により、サンプル提供経緯の真相が判明しています。
公開の予定は今のところありません 削除
2019/3/28(木) 午後 10:07 [ Ooboe ] 返信する
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サイエンスカフェ講演会の様子の様々な報告から伺えて来ますのは、
アンチ小保方StapのES説派にとって
Stapは過去のものとしての総括集会みたいな催しになったようですね。
専門家先生の検証教訓説明によって、ES説派として目新しくなくとも
改めてその確認、確信の同じ思いの共感共有の場となったようで、
そこはかとコメントには安堵感が漂っています。
不思議なのは、彼らにとってStapは終わっているのに、
〈認知〉の学さんのことが気になって気になって仕方ないのね？
認知であるなら気にしても、無駄な労力時間のはずなのにね、、、？ 削除
2019/3/30(土) 午後 9:29 [ Ooboe ] 返信する