コメント書きだしました。
「桂調査委員会の報告書」についての意見。
（評価）21p
> 2N キメラか 4N キメラかは、論文の重要な論点とは考えられず、過失による可能性が高いと判断した。STAP 細胞の胎盤への寄与は、Letter の論点として重要であり、研究の価値を高めるために強引に胎盤と断定した可能性があるが、調査により得られた証拠に基づき認定する限り、研究不正とは認められない。なお、図の説明にある「B6GFP×129/Sv」は、「最初にメス、その後でオスの遺伝的背景を書く通常の表記法では「129/Sv×B6GFP」が正しいが、不注意による間違いと思われる。」
（評価）21p
> 2N キメラか 4N キメラかは、論文の重要な論点とは考えられず、過失による可能性が高いと判断した。STAP 細胞の胎盤への寄与は、Letter の論点として重要であり、研究の価値を高めるために強引に胎盤と断定した可能性があるが、調査により得られた証拠に基づき認定する限り、研究不正とは認められない。なお、図の説明にある「B6GFP×129/Sv」は、「最初にメス、その後でオスの遺伝的背景を書く通常の表記法では「129/Sv×B6GFP」が正しいが、不注意による間違いと思われる。」
「思われる」だとさ？「不注意による間違いである!」と、どうして断定できないの？それは単に通常の表記でない表記法があるから？訴訟を起こされる逃げ道を用意してる？普通の専門家なら不注意による間違いと考える前に、B6GFP×129/Svと書かれていたら、F1のつけ忘れかな？と即断想像する。(雄/雌表記ならF1を必ず付けるルールがあります) 小保方さんはマウスの素性を知らない。彼女は、若山氏から聞いた通りを論文に書いた。調査員が小保方さんに「間違いか？」って聞いていたら、こんな発言にならない。B6GFP×129/Svでは困る事情があるんでしょ。マウスの粗雑管理からホモのはずがヘテロであった事実から色々想像できるでしょ。ジャームライン実験にGFPが半数しか来ない理由はここにある。若山氏に質問状は普通なら対面質問ですよ。
（調査結果）29p
> STAP幹細胞FLSから作製した4Nキメラを戻し交配して得た子にGFPを含まないマウスが
含まれていた。このことは、STAPFLS幹細胞FLSを作成したマウスは129(CAG-GFPホモ)とB6（CAG-GFPホモ）を交配したF1であるとの、若山氏の認識と矛盾する結果だが、若山氏と小保方氏はこの矛盾について、それ以上の追求をしなかった。本件について、若山氏は質問状に対する回答で「その当時、STAP現象は絶対に本当だと思っていたため、この疑問点は自分のマウスの交配のミスによるものだと判断しました」と回答している。
> STAP幹細胞FLSから作製した4Nキメラを戻し交配して得た子にGFPを含まないマウスが
含まれていた。このことは、STAPFLS幹細胞FLSを作成したマウスは129(CAG-GFPホモ)とB6（CAG-GFPホモ）を交配したF1であるとの、若山氏の認識と矛盾する結果だが、若山氏と小保方氏はこの矛盾について、それ以上の追求をしなかった。本件について、若山氏は質問状に対する回答で「その当時、STAP現象は絶対に本当だと思っていたため、この疑問点は自分のマウスの交配のミスによるものだと判断しました」と回答している。
（評価）
>上に述べた状況から、CDB若山研のマウスの飼育管理体制は若山氏が中心となり、それ
に数名のスタッフが携わっていたと、若山氏の説明からうかがうことができる。また、
マウスの系統管理も、系統間のコンタミネーションに対しては、部屋、あるいはラック
を変えるなどの防止策は採られていた。一方、小保方氏に関しては、マウスの飼育を若
山氏に全面的に依存していたことから、この問題に関する責任は低いものと認められる。
以上から、その実験の不整合の原因を確認しなかったという点については「若山氏のミ
ス」ということで片付けられ、問題であることは認めながらも、その原因を追求しない
ままにしておいたことは、科学者として避けるべきであった。
>上に述べた状況から、CDB若山研のマウスの飼育管理体制は若山氏が中心となり、それ
に数名のスタッフが携わっていたと、若山氏の説明からうかがうことができる。また、
マウスの系統管理も、系統間のコンタミネーションに対しては、部屋、あるいはラック
を変えるなどの防止策は採られていた。一方、小保方氏に関しては、マウスの飼育を若
山氏に全面的に依存していたことから、この問題に関する責任は低いものと認められる。
以上から、その実験の不整合の原因を確認しなかったという点については「若山氏のミ
ス」ということで片付けられ、問題であることは認めながらも、その原因を追求しない
ままにしておいたことは、科学者として避けるべきであった。
調査委員会は(評価)で厳しい指摘をしておきながら、「問題であることは認めながらも、その原因を追及しないまままにしておいたことは科学者として避けるべきであった」だとさ。なにそれ？調査委員会の(評価)で自虐している？若山氏がマウスの交配ミスを追求しない姿勢を叱って問題であると感じるなら、科学者の調査員がその「問題」の矛盾を追及しないのは何故？これを対面追及すると、すでに結論ありきのお互いに示し合わせたレールから脱線転覆するから精密追及できないんでしょ。あり得ないことに、容疑者が共著者に無断で率先し調査にしれっと参加して、理研から当時、盗んだ細胞と都合の良い細胞を提出して、内通情報を撒き散らしCC付きのメールを拡散する。誰かさんと誰かさんとのある意味、司法取引が浮かぶけど。
自分なりの一つの根拠としたのは、理研の論文で「一滴の血液からクローンマウスを誕生させることに成功」から、CD45+である白血球から取り分けリンパ球は使えないことです。「あの日」95p 私は、若山先生による研究指導や実験データの確認に加えて、その合間から、「実験機器の使い方を教えてほしい」と頼まれセルソーターと呼ばれる機器を使うなど、一緒に実験をすることも多かった。ここで、小保方さんが、わざわざ「」をつけていることの意味を考えました。彼女は手記を書くにあたり、回想しながら若山氏の実験系を疑っているのではないかと？「同時に若山先生からは若山研の研究者たちへ、スフェア研究に関する実験テーマの割り振りをメールで提案された……」これも側にいながらに意味深です。普通なら彼女には失礼です。若山氏は、小保方さんの研究を使ってとある実験系にばく進しています。
この若山氏にとっての実験テーマには、血液細胞なら何でもいいのではないか？と考えました。論文通りならFACSでリンパ球を選別すると、その余りの非リンパ球を取り出すことができます。一方で極論すれば、実験で使用のたくさんのマウスの死骸から血液をシリンジで吸って薬剤を加えて遠沈すれば、非リンパ球層は分画されます。ここで、私が論理を展開する揺るぎない根拠は、「あの日」66pでキメリズムが少ないけど１匹のマウスに２種類の遺伝子を持つことが解析され若山氏に報告されていることです。若山氏も「このSTAP実験系は本物だ。作法は違うけど立派なキメラマウスを作ってやろう」と考えたと思います。さて、それをいかにして作るか？非リンパ球ATP酸浴の実験系の他にntES実験系も含みます。のちに特許申請となるSTAP実験から作出された、「Oct4陽性細胞の幹細胞化」の流れになります。
少し科学における「Symmetry」的な視野を広げて考えてみます。量子力学的における素粒子にのエネルギー分布が数論の素数分布に一致することは有名な話です。生物界に於いても、例えばひまわりの花の種の渦巻き構造やアンモナイトのような巻き貝の構造は、黄金比を更に黄金比で分割するとフィボナッチ数列として説明ができ計算式で表すことができます。物理学における法則では、距離を時間で微分すれば、速度になり、速度を微分すれば加速度になり、有名な公式でE=mc^2がありますが、自然界の法則で、この２乗の意味に重要性があって、例えば、光の照度は光源からの距離の２乗に反比例するし車の制動距離もその法則に従います。生物学において、ここでは「本能」という言葉を使いますが、自然界の法則に従っていると考えるのが妥当です。生物学において細胞死に相当する環境に直面したとき、細胞自らの防護策を我々が考えるのは有用です。
遠隔転移を起こしたMetastatic tumorが原発巣の腫瘍細胞が転移場所に現れたり、悪性黒色腫(Malignant Melanoma)を生検するのは禁忌なのはなぜか？生物には「本能」に従い、何らかの防衛本能が働いているはずです。そこで何が行われているのでしょう？例えば実験的にマウスに逆流性食道炎を起こさせて食道の上皮細胞にoct4が発現するのはなぜか？そこで細胞が何をしようとしているのか、エピゲノムの観点からを考察するのは重要です。小保方さんの研究はまさにその研究でした。まだ分からない生物学の分野においては、細胞間のカオスの状態であり、そこには「流動性」の言葉が満ちあふれています。しかし、生物学の分野においても数論と物理学のような「Symmetry」の法則が必ずあるはずです。
T細胞のような体細胞とは違い、非リンパ球の中の顆粒球はマクロファージにもなる細胞中で、いかようにも揺れるフレキシブルな細胞だから、TCRの再構成はもともとないけどキメラマウスができるから、いいか？と考えてみました。逆に、非リンパ球酸浴でキメラマウスができるとしたら、その現象は考察に値する課題です。世界はその結果をどう評価するでしょう？三胚様の分化誘導実験の確認や細胞数が少ない為に足場つきのテラトーマ実験だけでは初期化を証明できないのは疑問符です。ならば、ヒトSTAPの実験では何も証明されないことになります。この古典的な規定が生物学の発展を妨げています。前に述べた、ES細胞やサプレッサーT細胞の論文の暗い歴史のように、若山氏が「ATP酸浴のOct4陽性細胞の不思議な初期化能力」の画期的なアドバルーンを上げて誰かに実験してもらって、成功した暁には、あわよくば勝利宣言をしたかも知れません。
若山氏の言う「世界がなかなか追いついて来れない」は、ntESを考えましたが、とりあえず細胞の種類、ここでは非リンパ球を考えました。もう一つの考え方として、小保方さんを山梨の助教のポストまで提示して連れて行きたくて、彼女を喜ばせたいだけだったのに、リジェクトまみれの論文が笹井先生が小保方さんの論文に手解きしたおかげでリバイスされて複雑な気持ちになりますよね。非リンパ球やntESで作製したキメラマウスや幹細胞化した論文は、正規の論文では、リンパ球ではキメリズムの少ないキメラにとどまるために再現が難しいし、そもそもSTAPのマテメソではないですよね。これは科学論文として立派な論文です。悲しいかな、血眼になって特許うを出願した若山氏はもうこの研究がやりたくもできません。自分で自分の首を締めたのですから。
>> あのねさん
>遺伝子解析について手記「あの日」では、ChIP-seq解析を要求されたとか、リバイス後の解析に細胞の種類を集められなかったとの記述がありますがこの辺の解析とは何を指すのか把握できていません。良かったら教えてください。
手記127Pですね。どこまでご存じなのかわかりませんので、私の関心のあるところで中心になるデータをしたらば考察から再掲します。ヒートマップの問題そのものです。Ts.Marker再解析そのものです。和モガ解釈そのものです。問題はすべてこの公共データ登録されている実験そのものにあると思っています。
Tru-Seq
①SRR1171556 小保方 CD45 positive Cells:RNASeq.Rep1 derived from spleen C57BL/6x129/Sv (129xB6-CAG-桂報告書)
②SRR1171557 小保方 CD45 positive Cells:RNASeq.Rep2 derived from spleen C57BL/6x129/Sv (129xB6-CAG-桂報告書)
③SRR1171558 若山 Epi Stem Cells:RNASeq.Rep1 129/Sv (未調査)
④SRR1171559 若山 Epi Stem Cells:RNASeq.Rep2 129/Sv (未調査)
⑤SRR1171560 若山 Embryonic Stem Cells:RNASeq.Rep1 C57BL/6x129/Sv (未調査)
⑥SRR1171561 若山 Embryonic Stem Cells:RNASeq.Rep2 C57BL/6x129/Sv (未調査)
⑦SRR1171565 若山 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep1 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv (GOF+CD1-桂報告書)
⑧SRR1171566 若山 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep2 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv (GOF+CD1-桂報告書)
⑨SRR1171580 小保方 Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.Rep1 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv (129xB6-CAG-桂報告書)
⑩SRR1171581 小保方 Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.Rep2 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv (129xB6-CAG-桂報告書)
⑪SRR1171585 若山 STAP-SC(STAP derived Stem Cells):RNASeq.Rep1 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv (129xB6-Acr-CAG-桂報告書)
⑫SRR1171586 若山 STAP-SC(STAP derived Stem Cells):RNASeq.Rep2 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv (129xB6-Acr-CAG-桂報告書)
⑬SRR1171590 丹羽研? Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep1 CD1 (129xB6-CAG-スライド)
⑭SRR1171591 丹羽研? Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep2 CD1 (129xB6-CAG-スライド)
ChIP-Seq
①SRR1171553 小保方 CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K27me3 derived from spleen Oct3/4::gfp C57BL/6 (GOF-桂報告書)
②SRR1171554 小保方 CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K4me3 derived from spleen Oct3/4::gfp C57BL/6 (GOF-桂報告書)
③SRR1171555 小保方 CD45 positive Cells:ChIPSeq.input derived from spleen Oct3/4::gfp C57BL/6 (GOF-桂報告書)
④SRR1171562 若山 Embryonic Stem Cells:ChIPSeq.H3K27me3 C57BL/6x129/Sv (未調査)
⑤SRR1171563 若山 Embryonic Stem Cells:ChIPSeq.H3K4me3 C57BL/6x129/Sv (未調査)
⑥SRR1171564 若山 Embryonic Stem Cells:ChIPSeq.input C57BL/6x129/Sv (未調査)
⑦SRR1171567 若山 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K27me3 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv (129xB6-Acr-CAG-桂報告書)
⑧SRR1171568 若山 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K4me3 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv (129xB6-Acr-CAG-桂報告書)
⑨SRR1171569 若山 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.input Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv (129xB6-Acr-CAG-桂報告書)
⑩SRR1171582 小保方 Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K27me3 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv (129xB6-CAG-桂報告書)
⑪SRR1171583 小保方 Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K4me3 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv (129xB6-CAG-桂報告書)
⑫SRR1171584 小保方 Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.input Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv (129xB6-CAG-桂報告書)
⑬SRR1171587 若山 STAP-SC(STAP derived Stem Cells):ChIPSeq.H3K27me3 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv (129xB6-CAG-桂報告書)
⑭SRR1171588 若山 STAP-SC(STAP derived Stem Cells):ChIPSeq.H3K4me3 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv (129xB6-CAG-桂報告書)
⑮SRR1171589 若山 STAP-SC(STAP derived Stem Cells):ChIPSeq.input Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv (129xB6-CAG-桂報告書)
⑯SRR1171592 丹羽研 Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K27me3 CD1 (CD1系統-スライド)
⑰SRR1171593 丹羽研 Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K4me3 CD1 (CD1系統-スライド)
⑱SRR1171594 丹羽研 Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.input CD1 (CD1系統-スライド)
それは、その通りですが、若山氏はクローンマウスの使い手であることからリンパ球は使わないとの論理を展開しました。
時系列？小保方さんの博論の話はしていません。「あの日」66pのキメリズムが少ないが実験結果( 2種類の遺伝子の存在を確認、故にモザイクマウスでない! 後にその試料は誰かに持ち去られている。) が若山氏にとっても、私もSTAPが本物だと言っているのです。だから、リンパ球でなくてもいいでしょう？と考えました。非リンパ球酸浴でキメラマウスができたら世界はどう評価しますか？と聞いているのです。マウスの死骸の表現は適当ではありませんでした。血液から非リンパ球を分画できますよと述べています。
「あの日」66pは博論の話です。63Pから読み直してください。後に持ち去られたとおっしゃっているのは別件との混同です。それとFLSの命名者は若山さんで、Lはリンパ球のことです。はや飲み込みしないで注意深くお願います。