当ブログ上記タイトル記事（二つ前）への
tt @ts_marker さんのコメントです。
Pou5f1(Oct4)
Tru-seq SMARTer ChIP-seq
ES H H H
STAP L H H
STAP-SC H N/A H
FI-SC H N/A L
TS LL N/A LL
Cdx2
Tru-seq SMARTer ChIP-seq
ES LL X L
STAP LL X L
STAP-SC LL N/A L
FI-SC L N/A H
TS H N/A HH
Sox21
Tru-seq SMARTer ChIP-seq
ES LL X H
STAP HH H H
STAP-SC LL N/A H
FI-SC H N/A H
TS H N/A H
その昔、この件について、一研究者さんのところで、Ts.Markerさんと感想さんの議論がありました。
ttp://blog.livedoor.jp/pyridoxal_phosphate/lite/archives/66461487/comments/1962089/
FI-SC TruseqのCdx2に検出可能なSNPがあれば、non-B6かどうか教えてもらえると参考になります。（Ts.Markerさん宛て）
STAP Truseqサンプルで、Oct4/Cdx2低発現にもかかわらずSox21が高発現になっている点は興味深い（上記の感想さんの議論でも触れられています）ですね。Human Protein Atlasのようなデータベースを見ると、ヒトでも扁桃（リンパ球主体）や脳でSox21が発現しているようです。マウス脾臓ではどうなんでしょうね？
このサンプルに関しては、以前、胚様体の議論がありましたが、例えば、笹井先生の無血清培養系で胚様体から脳神経系への分化を進めた場合、Sox21の発現はどうなるのか分かると、もう少し科学的な議論が可能になるかもしれませんね。
ttp://blog.livedoor.jp/pyridoxal_phosphate/lite/archives/66461487/comments/1962089/
FI-SC TruseqのCdx2に検出可能なSNPがあれば、non-B6かどうか教えてもらえると参考になります。（Ts.Markerさん宛て）
STAP Truseqサンプルで、Oct4/Cdx2低発現にもかかわらずSox21が高発現になっている点は興味深い（上記の感想さんの議論でも触れられています）ですね。Human Protein Atlasのようなデータベースを見ると、ヒトでも扁桃（リンパ球主体）や脳でSox21が発現しているようです。マウス脾臓ではどうなんでしょうね？
このサンプルに関しては、以前、胚様体の議論がありましたが、例えば、笹井先生の無血清培養系で胚様体から脳神経系への分化を進めた場合、Sox21の発現はどうなるのか分かると、もう少し科学的な議論が可能になるかもしれませんね。
[連投1]
>> Ts.Markerさん
私はIGVの見方がわかりません。濃く出ていれば発現が多い、薄いのは少ないという素人感覚で〇X△と認識して分類しています。要望です。まず、今回のHH,H,X,N/A,L,LLの意味を解説してください。次に、Tru-seq, SMARTer, ChIP-seqの区別を教えてください。特に前者二つはどちらもRNASeqと書かれていて、どう違うのかがわかりません。たぶん、どちらかが2012年8月の分析で、他方が2013年1月以降の分析でくわえられたのかとも推測しますが分かりません。それから細胞種はES,STAP,STAP-SC,FI-SC,TSと分類されていますが、あなたの分析したライン別に記載されてください。
>> Ts.Markerさん
私はIGVの見方がわかりません。濃く出ていれば発現が多い、薄いのは少ないという素人感覚で〇X△と認識して分類しています。要望です。まず、今回のHH,H,X,N/A,L,LLの意味を解説してください。次に、Tru-seq, SMARTer, ChIP-seqの区別を教えてください。特に前者二つはどちらもRNASeqと書かれていて、どう違うのかがわかりません。たぶん、どちらかが2012年8月の分析で、他方が2013年1月以降の分析でくわえられたのかとも推測しますが分かりません。それから細胞種はES,STAP,STAP-SC,FI-SC,TSと分類されていますが、あなたの分析したライン別に記載されてください。
[連投2]
このデータはあなたしかお持ちでない(アルイミオウジ氏のところにもありますが)。我々はあなたのブログに出ているものだけしか把握していません。現在どれだけ分析が進んでいるのかは存じませんが、新しく加えられているデータがあったらそれも更新していただければ有難いです。我々が今持っているデータは、
Tru-seq=ES560,STAP580,STAP-SC585,FI-SC565,TS590,EpiSC568,CD45+556
SMARTer=ES574,STAP578(Bowtie2,TopHat2)
SMARTer<otamesi>=STAP581(Sox21のみ)
ChIP-seq=ES563,STAP583,STAP-SC588,FI-SC568,TS593
ChIP-seq<やっぱりね>=FI-SC567,FI-SC568,FI-SC569
です。番号は560→SRR1171560の意味です。
このデータはあなたしかお持ちでない(アルイミオウジ氏のところにもありますが)。我々はあなたのブログに出ているものだけしか把握していません。現在どれだけ分析が進んでいるのかは存じませんが、新しく加えられているデータがあったらそれも更新していただければ有難いです。我々が今持っているデータは、
Tru-seq=ES560,STAP580,STAP-SC585,FI-SC565,TS590,EpiSC568,CD45+556
SMARTer=ES574,STAP578(Bowtie2,TopHat2)
SMARTer<otamesi>=STAP581(Sox21のみ)
ChIP-seq=ES563,STAP583,STAP-SC588,FI-SC568,TS593
ChIP-seq<やっぱりね>=FI-SC567,FI-SC568,FI-SC569
です。番号は560→SRR1171560の意味です。
[連投3]
ご承知の通り、このデータの整理は相当の混乱があって、2年間のデータを合わせて整理されていて、かつ、いつ誰がどういう経緯で登録したのかもわかっていません。例えばF1の細胞はすべてがC57BL/6x129/Svと記載されているんですが中身がそれぞれ全く違っている。TSもすべてCD1と書かれていて丹羽研提供は桂報告書で分かっていますが、遠藤さんが分析した590,591はB6と129が出ていて若山さんの作ったF1のTSのようです。この公共データ登録は小保方さんが一旦理研を経由して登録していて人の手が介入しているようでもあります。ライン別にちゃんと識別されていなければ後の検討に差し障る理由です。以上要望でした。
ご承知の通り、このデータの整理は相当の混乱があって、2年間のデータを合わせて整理されていて、かつ、いつ誰がどういう経緯で登録したのかもわかっていません。例えばF1の細胞はすべてがC57BL/6x129/Svと記載されているんですが中身がそれぞれ全く違っている。TSもすべてCD1と書かれていて丹羽研提供は桂報告書で分かっていますが、遠藤さんが分析した590,591はB6と129が出ていて若山さんの作ったF1のTSのようです。この公共データ登録は小保方さんが一旦理研を経由して登録していて人の手が介入しているようでもあります。ライン別にちゃんと識別されていなければ後の検討に差し障る理由です。以上要望でした。
誰も出していないオリジナルデータを出す時は、慎重になります。遺伝子解析は、その時の諸条件によってばらつき、解析者としては悩むことがあるのだろうと想像します。解析者がこれなら大丈夫と思った時に公開するということだと思います。
同じ名前がついたサンプルでも、それがどのような条件で保存されたのか？も、部外者にはわかりません。
後から解析作業をしてみようとする人にとっては、その人が解析結果に自信が持てるようになるまで、他の人はひたすら待つというところでしょう。
ＳＴＡＰ細胞は実験のたびに作られ、その質にばらつきがありました。また、保存の過程で細胞遺伝子は変化するでしょう。
実験のたびに、小保方氏がＳＴＡＰ細胞を作製するため、ＳＴＡＰ細胞の機能がばらつく事が、ＳＴＡＰ細胞が非専門家から追及のターゲットになったと思います。
同じ名前がついたサンプルでも、それがどのような条件で保存されたのか？も、部外者にはわかりません。
後から解析作業をしてみようとする人にとっては、その人が解析結果に自信が持てるようになるまで、他の人はひたすら待つというところでしょう。
ＳＴＡＰ細胞は実験のたびに作られ、その質にばらつきがありました。また、保存の過程で細胞遺伝子は変化するでしょう。
実験のたびに、小保方氏がＳＴＡＰ細胞を作製するため、ＳＴＡＰ細胞の機能がばらつく事が、ＳＴＡＰ細胞が非専門家から追及のターゲットになったと思います。
和モガプログのTsMさんIGVデータの解説エントリーをエラーになるかもと日付けのみ案内しましたが、無事転送UPされましたので、
エントリー名をお伝えします。素人の私でもなんとか理解可能でした。
2017年1月11日
「Fl幹細胞の存在を証明する解析データ」
2018年1月04日
「あらためてFl幹細胞の存在を確認した」
エントリー名をお伝えします。素人の私でもなんとか理解可能でした。
2017年1月11日
「Fl幹細胞の存在を証明する解析データ」
2018年1月04日
「あらためてFl幹細胞の存在を確認した」
学とみ子さん、誠に申し訳ございません
せっかく私の主張エントリーを設定して下さったのに、やはり
長文書き込みしたら相変わらずエラーになってしまいます。ですので
報告したいことたくさんありますが、残念ながら控えています。
せっかく私の主張エントリーを設定して下さったのに、やはり
長文書き込みしたら相変わらずエラーになってしまいます。ですので
報告したいことたくさんありますが、残念ながら控えています。
体内時計さんが、講演会の紹介、ありがとうございました。
＞「アクロシンがー」と言っている人がいるのですね。
後にも先にも、この問題が重要です。他に問題があっても、アクロシンは、それだけで問題なのです。そうした全体でものを考える必要があります。
大事なのは、今や、このSTAP問題で、専門家が講演をしたりしていないことです。
専門家がSTAPはESと講演したら、聴衆から、厳しい質問が出ます。私も質問します。
素人(マスコミなど)の演者なら、質問に対し、わからないの答ですみます。
もし、ES捏造が本物であったら、自然科学世界からSTAP細胞は今よりずっと厳しく非難されているでしょう。
例の件はヤフーからの解答待ちです｡
＞「アクロシンがー」と言っている人がいるのですね。
後にも先にも、この問題が重要です。他に問題があっても、アクロシンは、それだけで問題なのです。そうした全体でものを考える必要があります。
大事なのは、今や、このSTAP問題で、専門家が講演をしたりしていないことです。
専門家がSTAPはESと講演したら、聴衆から、厳しい質問が出ます。私も質問します。
素人(マスコミなど)の演者なら、質問に対し、わからないの答ですみます。
もし、ES捏造が本物であったら、自然科学世界からSTAP細胞は今よりずっと厳しく非難されているでしょう。
例の件はヤフーからの解答待ちです｡
> Ooboeさん
GOFマウスにおいては自己発光しやすい欠点があったのですが、小保方氏はそれを乗り越えるコツがあったのでしょう。本人が気付かず他人に説明出来ないことってありますね。
ここで大事なことは、GOFマウスを使った再現実験で、赤と緑フィルターは、細胞死やOct遺伝子発現をモニター出来ないとの事実です。フィルターは、あくまでもスクリーニングなのだと思います。
GOFマウスにおいては自己発光しやすい欠点があったのですが、小保方氏はそれを乗り越えるコツがあったのでしょう。本人が気付かず他人に説明出来ないことってありますね。
ここで大事なことは、GOFマウスを使った再現実験で、赤と緑フィルターは、細胞死やOct遺伝子発現をモニター出来ないとの事実です。フィルターは、あくまでもスクリーニングなのだと思います。
体内時計さんからの情報です。
＞東大の白髭氏が講演されます。白髭氏の研究グループは、遠藤氏や大日向氏が行った手法とは違う方法---でSTAP細胞がES細胞であるとの結論に達しました。
解析方法を変えようが関係ないですね。調査対象のサンプルが正当な物かは誰も保証していません。
若山研究室に出入りできた全員が、違法行動の容疑者です。容疑者たちが提出したサンプルの正当性の証明など誰にもできません。
当時、相当数の研究者が、小保方犯行説を確定させようと動いたはずです。その流れを組む学者が、ES論の立場で講演する場合はあるでしょう。
科学者の講演は、講演者自身で正しいとしたい事をしゃべるだけです。
正しいと思うかは聴衆次第です。ES論で盛り上がろうとしている聴衆が集まる会場で、私が反論しても目立つだけで、実質、意味がありません。
＞東大の白髭氏が講演されます。白髭氏の研究グループは、遠藤氏や大日向氏が行った手法とは違う方法---でSTAP細胞がES細胞であるとの結論に達しました。
解析方法を変えようが関係ないですね。調査対象のサンプルが正当な物かは誰も保証していません。
若山研究室に出入りできた全員が、違法行動の容疑者です。容疑者たちが提出したサンプルの正当性の証明など誰にもできません。
当時、相当数の研究者が、小保方犯行説を確定させようと動いたはずです。その流れを組む学者が、ES論の立場で講演する場合はあるでしょう。
科学者の講演は、講演者自身で正しいとしたい事をしゃべるだけです。
正しいと思うかは聴衆次第です。ES論で盛り上がろうとしている聴衆が集まる会場で、私が反論しても目立つだけで、実質、意味がありません。
あのねさんの想定のように、理研、及び関連研究所施設には若山氏をサポートしようとするグループがいて、アンチSTAPグループと共闘体制となったのでしょう。複数の科学者たちが、意識的に、小保方単独犯行説を推進しました。
容疑者たちが提出したサンプルの正当性の証明など誰にもできません。
と、私がコメントしましたが、容疑者とは、ES混入した人の意味ではありません。
ESを混ぜてSTAP論文はかけません。
実験ミスと実験妨害があり、その容疑者に言及してます。一人とは限りません。
と、私がコメントしましたが、容疑者とは、ES混入した人の意味ではありません。
ESを混ぜてSTAP論文はかけません。
実験ミスと実験妨害があり、その容疑者に言及してます。一人とは限りません。
もし、学とみ子が講演者に出席して質問したらと仮定し、どのような答が想定できるか？考えてみました。
一番の問題点は、２年以上にわたり、複数の研究者が出入りする研究室で、誰が何をやったのか、遺伝子解析では何もわからない点をしっかり押さえましょう。
保存チューブ内のサンプルが何からつくられたか？作成者しかわからない。ESとされた細胞がESであるとの証明がない。チューブ作成者の記憶違い、ラベル貼り間違いは、あとからわからない。中身の細胞の遺伝子解析をして、細胞の類似性を論じても意味がない。
一番の問題点は、２年以上にわたり、複数の研究者が出入りする研究室で、誰が何をやったのか、遺伝子解析では何もわからない点をしっかり押さえましょう。
保存チューブ内のサンプルが何からつくられたか？作成者しかわからない。ESとされた細胞がESであるとの証明がない。チューブ作成者の記憶違い、ラベル貼り間違いは、あとからわからない。中身の細胞の遺伝子解析をして、細胞の類似性を論じても意味がない。
先にESが作られていて、それを使った捏造であるとするには、STAP制作者(今回は小保方氏)がそれを認める事が必要だ。後から、第三者が遺伝子解析なる手法を用いて、STAP細胞とES細胞の同一性を決めるのは不可能である。
極端な言い方をすれば、別の誰かが同じサンプルを２つに分けて保存しておいたかも知れない。
実際に、そうした人がいたというより、そうした状況も含めて、ものを考える必要がある。誰もが、他人の行動を知ることが出来ない。
その答(想定)
私たち(演者)は、長年、若山研究室とは信頼関係にある。
その信頼関係にある研究室の責任者でもあり、私たちが尊敬する若山先生が、FES１以外の細胞を私たちに渡すなど考えられない。
極端な言い方をすれば、別の誰かが同じサンプルを２つに分けて保存しておいたかも知れない。
実際に、そうした人がいたというより、そうした状況も含めて、ものを考える必要がある。誰もが、他人の行動を知ることが出来ない。
その答(想定)
私たち(演者)は、長年、若山研究室とは信頼関係にある。
その信頼関係にある研究室の責任者でもあり、私たちが尊敬する若山先生が、FES１以外の細胞を私たちに渡すなど考えられない。
体内時計氏の講演会案内、閲覧したところ、残念ですね
今日の夕方なんだ～ パートナー資料で質問したかった！
日経sの大田氏取材によるサンプル提供証言記事について
白髪氏には、NHK経費負担の委託による、白髪氏東大受託研究の契約書について６質問したかっった！
今日の夕方なんだ～ パートナー資料で質問したかった！
日経sの大田氏取材によるサンプル提供証言記事について
白髪氏には、NHK経費負担の委託による、白髪氏東大受託研究の契約書について６質問したかっった！
> Lさん
Cdx2
SNP-ID,pos,Ref B6,FI-SC Tru-seq rep1
rs29524356,Chr5:147300476, T, T
rs33553399,Chr5:147300702, T, no-read
rs29679715,Chr5:147301538, T, T/A (12:13)
rs32379528,Chr5:147301947, G, G/C (8:2)
rs33432214,Chr5:147302654, G, no-read
...
Cdx2
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...
...
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rs32380504,Chr5:147303697, A, no-read
rs32380507,Chr5:147304564, G, no-read
rs33585982,Chr5:147308721, C, no-read
rs29589988,Chr5:147308742, T, no-read
rs33714082,Chr5:147308945, C, no-read
rs29557224,Chr5:147309188, G, no-read
(参照 http://www.informatics.jax.org/snp)
rs33266465,Chr5:147303376, T, no-read
rs29675405,Chr5:147303466, T, no-read
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rs29557224,Chr5:147309188, G, no-read
(参照 http://www.informatics.jax.org/snp)
和モガさんが、素人でも理解可能な、tsMさんのデタ解説され、ご自身
の所見も展開されてます。現在テマに関するエントリは
2017年7月08日、7月11日、2018年1月04日、1月09日も
参考に議論していただきたく提案します。
sox21発現について関わる論文をパートナーが見つけたようですが、
すでにUPされていたらご免なさい、ですが、ケンブリッジ大論文
「受精卵の分化はいつ始まるか」？についての研究
【Oct4とsox2の標的がマウス4細胞胚の細胞運命の方向性を決める】
という日本語論文タイトル、検索はsox21発現でﾋｯｯﾄします。
この論文では、トロフオプラストの最初の分化にsox21が関わると～
あるそうです。
木村香織さんの学位論文
【体外培養系を用いた胎盤系列細胞の分化制御に関する研究】
Ts細胞の未分化状態を評価する新たなマーカ遺伝子としてElf5が
信頼出来ることを示した。Ts細胞はタイプが様々なので評価が難しい
かったらしい。H28年