遺伝子発現についての3人の論客によるコメントをここに抜き出します。
Ts.Marker 青字
あのねさん 緑
一言居士さん 茶字
> あのねさん
実際に何があったのかは本人たちにしかわからないでしょうね。
でも、少しは手掛かりが残っています。
例えば、 Sox21の発現に関し、NGS登録データでは面白い結果となっていますよ。
STAP
Tru-seq 〇
SMARTer 〇
ChIp-seq 〇
STAP-SC
Tru-seq（Acr) ×
SMARTer N/A
ChIP-seq 〇
FI-SC
Tru-seq △ （B6側でも発現）
ChIP-seq（Acr) 〇
何かわかることはありますか？
実際に何があったのかは本人たちにしかわからないでしょうね。
でも、少しは手掛かりが残っています。
例えば、 Sox21の発現に関し、NGS登録データでは面白い結果となっていますよ。
STAP
Tru-seq 〇
SMARTer 〇
ChIp-seq 〇
STAP-SC
Tru-seq（Acr) ×
SMARTer N/A
ChIP-seq 〇
FI-SC
Tru-seq △ （B6側でも発現）
ChIP-seq（Acr) 〇
何かわかることはありますか？
> Ts.Markerさん
STAP-SC
Tru-seq（Acr) ×
SMARTer N/A
ChIP-seq 〇
上記の各解析結果の記号の説明をしてくれませんか？(Acr)×の意味とか
SMARTer N/Aとは、微量すぎて相補的なcDNAを得られない意味のNo,Analysisの意味ですか？
STAP-SC
Tru-seq（Acr) ×
SMARTer N/A
ChIP-seq 〇
上記の各解析結果の記号の説明をしてくれませんか？(Acr)×の意味とか
SMARTer N/Aとは、微量すぎて相補的なcDNAを得られない意味のNo,Analysisの意味ですか？
和モガブログ 2017.07.13 Thu 「STAP細胞事件」-「論文不正事件」から「混入偽装事件」へ
>
小保方氏が公共データベースに登録していたSTAP細胞とFI幹細胞のデータがTs.Marker氏によって公開されたことを書いた。
公開されたSTAP細胞（RNA-seqデータ)にはSox21というES細胞では発現しない遺伝子の発現がみられた。このSox21はTS細胞で特異的に発現する遺伝子として知られており、これでES細胞ではない細胞であることが分かった。この細胞を小保方氏らはSTAP細胞と呼んだのである。…
>
小保方氏が公共データベースに登録していたSTAP細胞とFI幹細胞のデータがTs.Marker氏によって公開されたことを書いた。
公開されたSTAP細胞（RNA-seqデータ)にはSox21というES細胞では発現しない遺伝子の発現がみられた。このSox21はTS細胞で特異的に発現する遺伝子として知られており、これでES細胞ではない細胞であることが分かった。この細胞を小保方氏らはSTAP細胞と呼んだのである。…
>>あのねさん
急いではいませんが、非リンパ球仮説の説明は待っています。でも、この問題も並行して教えていただけませんか。私も興味があります。できたらレター論文のヒートマップの解釈もお聞かせ願いたい。横からですみません。以上です。
(追伸)Acrは公共データベース解析でAcrが入っていると分かっている分という意味です。N/AはTs.Markerさんが確認してないという意味です。それと<ChIP-seq（Acr) 〇>はブログにない分を追加で調べられたということでしょうかね。私は見てませんでした。後はご本人からの説明があるといいですね。
急いではいませんが、非リンパ球仮説の説明は待っています。でも、この問題も並行して教えていただけませんか。私も興味があります。できたらレター論文のヒートマップの解釈もお聞かせ願いたい。横からですみません。以上です。
(追伸)Acrは公共データベース解析でAcrが入っていると分かっている分という意味です。N/AはTs.Markerさんが確認してないという意味です。それと<ChIP-seq（Acr) 〇>はブログにない分を追加で調べられたということでしょうかね。私は見てませんでした。後はご本人からの説明があるといいですね。
> あのねさん
> 一言居士さん
STAP-SC、FI-SCのSMARTer は、登録されてないです。（FI-SCもN/Aだったね）
(Letter Supplementary information）
以上のデータはブログhttps://blogs.yahoo.co.jp/p2_xx_p/63959573.htmlより
fastqをマッピングしたbamをダウンロードできます。
一言居士さんも、1～2時間ガマンすればIGVで見られるようになると思いますよ。
何か新たな発見があるかも。
> 一言居士さん
STAP-SC、FI-SCのSMARTer は、登録されてないです。（FI-SCもN/Aだったね）
(Letter Supplementary information）
以上のデータはブログhttps://blogs.yahoo.co.jp/p2_xx_p/63959573.htmlより
fastqをマッピングしたbamをダウンロードできます。
一言居士さんも、1～2時間ガマンすればIGVで見られるようになると思いますよ。
何か新たな発見があるかも。
[連投1]
>> Ts.Markerさん
私は機械音痴なのでIGVは無理です。あなたに結果とその意味を教えていただいた方が早いです。ど素人としてまず予備的質問を先にさせてください。
<Sox21はTS特異的マーカーである>という根拠論文に関する質問です。
>> Ts.Markerさん
私は機械音痴なのでIGVは無理です。あなたに結果とその意味を教えていただいた方が早いです。ど素人としてまず予備的質問を先にさせてください。
<Sox21はTS特異的マーカーである>という根拠論文に関する質問です。
[連投2]
事の発端があなたのブログとそのコメント欄だということは、この件を長く考えてきた仲間内では知られていることですが、あのねさんは最近参加されているようですので、老婆心ながら横レスして一応前提となる情報の出発点をお知らせしました。あなたの第一声は以下でした。
>>
Stap no Sox21 hatugen kakunin。
2017/5/11(木) 午後 2:29 [ Ts.Marker ] 返信する
事の発端があなたのブログとそのコメント欄だということは、この件を長く考えてきた仲間内では知られていることですが、あのねさんは最近参加されているようですので、老婆心ながら横レスして一応前提となる情報の出発点をお知らせしました。あなたの第一声は以下でした。
>>
Stap no Sox21 hatugen kakunin。
2017/5/11(木) 午後 2:29 [ Ts.Marker ] 返信する
[連投3]
あなたの2年前のコメントは無論遠藤論文が前提になっています。公共データ登録されたデータを解析するときに遠藤さんがFI-SCに関してSox21をTS特異的マーカーとして挙げられていたので、あれ、Sox21なら、FI-SCだけでなくSTAP細胞にも出ているぞと指摘されたのでしたね。そしてLさんがすかさず以下のようにレスされた。
>>
Ts.Markerさん、すごい解析で、本当に脱帽です。このSTAP Rep2は、STAP細胞（STAP-SCやFI-SCではなく）ですよね？ ES/TSの混ぜ物では全く説明できない結果です。小保方さんが何らかの現象を見ていた事は確かなようですね。TSC Rep1のCdx2とEomesもアップする予定はありますか？
2017/7/6(木) 午前 8:46 [ L ] 返信する
あなたの2年前のコメントは無論遠藤論文が前提になっています。公共データ登録されたデータを解析するときに遠藤さんがFI-SCに関してSox21をTS特異的マーカーとして挙げられていたので、あれ、Sox21なら、FI-SCだけでなくSTAP細胞にも出ているぞと指摘されたのでしたね。そしてLさんがすかさず以下のようにレスされた。
>>
Ts.Markerさん、すごい解析で、本当に脱帽です。このSTAP Rep2は、STAP細胞（STAP-SCやFI-SCではなく）ですよね？ ES/TSの混ぜ物では全く説明できない結果です。小保方さんが何らかの現象を見ていた事は確かなようですね。TSC Rep1のCdx2とEomesもアップする予定はありますか？
2017/7/6(木) 午前 8:46 [ L ] 返信する
[連投4]
あなたは客観的事実に関すること以外には口数の少ない方だということは存じ上げています。このときあなたはただSox21ならSTAP細胞にも発現しているよとおっしゃっただけです。でも、LさんはSox21はTS特異的マーカーであるという遠藤さんの記述を鵜呑みにしてそのままこれはSTAP細胞の胎盤貢献能と関連していると受け取られた。だからこそ、同様にTS特異的マーカーであるCdx2とEomesに言及されたわけです。遠藤論文のFigure2-cのリジェンドは以下です。
>>
(C) SNPs detected in the TSC-specific genes Elf5 and Sox21.
あなたは客観的事実に関すること以外には口数の少ない方だということは存じ上げています。このときあなたはただSox21ならSTAP細胞にも発現しているよとおっしゃっただけです。でも、LさんはSox21はTS特異的マーカーであるという遠藤さんの記述を鵜呑みにしてそのままこれはSTAP細胞の胎盤貢献能と関連していると受け取られた。だからこそ、同様にTS特異的マーカーであるCdx2とEomesに言及されたわけです。遠藤論文のFigure2-cのリジェンドは以下です。
>>
(C) SNPs detected in the TSC-specific genes Elf5 and Sox21.
[連投5]
一方、笹井さんや丹保さんが参加して最終リヴァイズされたネイチャー論文でTS特異的マーカーとして挙げられているのはCdx2,Eomes,Itgα7,Elf5です。Sox21はない。和モガさんはLさんと同様に遠藤論文記述を根拠にSox21はTS特異的マーカーであると認識されて、かつ、Ts.Markerさんが示されたIGV結果としてもSox21がTSには発現しているがESには弱くしか発現していないという補強情報を得て、これはSTAP細胞の胎盤寄与能の傍証であるとされた。
一方、笹井さんや丹保さんが参加して最終リヴァイズされたネイチャー論文でTS特異的マーカーとして挙げられているのはCdx2,Eomes,Itgα7,Elf5です。Sox21はない。和モガさんはLさんと同様に遠藤論文記述を根拠にSox21はTS特異的マーカーであると認識されて、かつ、Ts.Markerさんが示されたIGV結果としてもSox21がTSには発現しているがESには弱くしか発現していないという補強情報を得て、これはSTAP細胞の胎盤寄与能の傍証であるとされた。
[連投6]
私はど素人ですのでウィキでSox21に関して検索するのですが、以下のようなものしかヒットさせられません。
>>
脱毛の原因にかかわる遺伝子・転写因子Sox21
脱毛の原因遺伝子を、国立遺伝学研究所の相賀裕美子教授のグループが中心となり、慶應義塾大学の岡野栄之教授らのグループの共同研究で発見しました。これは遺伝子が発現するためのスイッチの役割をする転写因子（Sox21）を働かなくさせた（ノックアウトした）マウスの解析によって明らかになりました。
私はど素人ですのでウィキでSox21に関して検索するのですが、以下のようなものしかヒットさせられません。
>>
脱毛の原因にかかわる遺伝子・転写因子Sox21
脱毛の原因遺伝子を、国立遺伝学研究所の相賀裕美子教授のグループが中心となり、慶應義塾大学の岡野栄之教授らのグループの共同研究で発見しました。これは遺伝子が発現するためのスイッチの役割をする転写因子（Sox21）を働かなくさせた（ノックアウトした）マウスの解析によって明らかになりました。
[連投7]
そこで私の予備的質問は以下です。
Sox21がTSC-specific genesであると一般に認知されている論文なり報告なりをご紹介いただけませんか。
以上です。因みに私はこの議論がレター論文のヒートマップ分析の意味に関しての検討に繋がっていくことをとても期待しています。
そこで私の予備的質問は以下です。
Sox21がTSC-specific genesであると一般に認知されている論文なり報告なりをご紹介いただけませんか。
以上です。因みに私はこの議論がレター論文のヒートマップ分析の意味に関しての検討に繋がっていくことをとても期待しています。
> 一言居士さん
Sox21について当時あまり情報がなかったが、最近は結構引っ掛かる。
"Gene Expression Profiling Reveals a Novel Regulatory Role for Sox21 Protein in Mouse Trophoblast Stem Cell Differentiation"
"Gene Expression Profiling Reveals a Novel Regulatory Role for Sox21 in Mouse Trophoblast Stem Cell Differentiation"
"A Resource for the Transcriptional Signature of Bona Fide Trophoblast Stem Cells and Analysis of Their Embryonic Persistence"
Sox21について当時あまり情報がなかったが、最近は結構引っ掛かる。
"Gene Expression Profiling Reveals a Novel Regulatory Role for Sox21 Protein in Mouse Trophoblast Stem Cell Differentiation"
"Gene Expression Profiling Reveals a Novel Regulatory Role for Sox21 in Mouse Trophoblast Stem Cell Differentiation"
"A Resource for the Transcriptional Signature of Bona Fide Trophoblast Stem Cells and Analysis of Their Embryonic Persistence"
私個人のスタンスとしては、SOX21がTS特異的マーカーとは考えていません。Ts. Markerさんも挙げているJBC論文では、ES細胞でもTSの半分弱くらいSOX21を発現（タンパクではなくmRNAレベル）しており、SOX21遺伝子を発現するES細胞が存在する事は確かなようです。
若山研では2-8細胞期の胚からES細胞を樹立する方法も報告されており、この場合には胚におけるSOX21発現を反映したES細胞ができるかもしれません。STAPで使われたES、例えばGOF-ESなどは、この方法で樹立された可能性があり、このラインでSOX21の発現がどうなっているかわかると、理解が進むと思います。STAP関連で公開されているRNAseqデータに、GOF-ESと思われるサンプルはありますか？
>> 学さん
議論の場をしつらえて下さって有難うございます。
>>Ts.Markerさん
論文のご紹介有難うございます。
論文発表の時系列順序は以下です。
(小保方論文 Published online 29-Jan-14)
Stimulus-triggered fate conversion of somatic cells into pluripotency
Bidirectional developmental potential in reprogrammed cells with acquired pluripotency
(遠藤論文 published online: 21 SEP 2014)
Quality control method for RNA-seq using single nucleotide polymorphism allele frequency
(Moretto Zita M 論文 Epub 2015 Oct 21.)
Gene Expression Profiling Reveals a Novel Regulatory Role for Sox21 Protein in Mouse Trophoblast Stem Cell Differentiation.
(Georg Kuales 論文 Published online 2015 Dec 14. )
A Resource for the Transcriptional Signature of Bona Fide Trophoblast Stem Cells and Analysis of Their Embryonic Persistence
上記で明らかですが、「Sox21について当時あまり情報がなかった」と当初からお気づきであったように、笹井さんや丹羽さんが小保方さんの論文のリヴァイズを命じられていた2013年以前にお二人がTS特異的マーカーとしてSox21も使うようアドヴァイスしたということもなかったようです。遠藤さんがなぜここで突然Sox21はTS特異的マーカーだとしたのかの理由は二つしか考えられません。
①この時点ですでにSox21がTS特異的マーカーであるという論文があったから。
②自分で公共データ登録されているデータを解析した時にTS細胞分とFI-SC分にSox21発現があったから。
①に関して私の知りたかったのは2013年以前の論文です。少なくとも遠藤論文の出た2014/9/21以前の論文です。私は当時から見つけられなかった。あなたもその経験がおありですね。それが、「Sox21について当時あまり情報がなかった」という言葉になっているのだと思います。私はこの世界では全くのど素人です。私が見つけられない以上にあなたに見つけられなかったことはもっと重い情報ですよね。
②に関してはあなたの解析した<otameshi Sox21>の中にど素人でもわかるくらいはっきり出ていますね。SRR1171590の分です。桂報告によるとF1のCAG-GFP分で若山さんの作った分のようですね。ChIPSeqの三つは丹羽さんの提供したCD1背景のTSです。
はっきりとはしませんが、無論遠藤さんはあなたより先にSRR1171590を解析しています。その時に自分でSoc21が顕著に出ているのに気づいて、勝手にTS特異的遺伝子であると思い込んだのではないかと疑義しています。そして結果、後の論文にあるようにそれが今他者の関心を呼んで調べられているのだということではないかと。
もし②だとしたら遠藤論文というのはどう評価したらいいのでしょうかね。学さんにアップしていただいているようにヒートマップでは沢山のmRNAが発現していて、無論すべてがそれぞれの多能性細胞特異的マーカーであるということではありませんよね。例えばES細胞ならOct3/4は必ず発現していて、それがどういう働きをしているかを調べられて、ある程度分かっているのをES特異的マーカージーンと呼んでいるんですよね。逆にどんな細胞でもOct3/4が発現していたら多能性幹細胞かというと逆は真ではない。当然ですね。ただ、新種の細胞でOct3/4が発現するようだったら、ひょっとしたら多能性細胞ではないかと考えて、最終的にはキメラができて初めて多能性細胞だと認められる。そしてそこからこの細胞ではOct3/4がどのような働きをしているのかを探求していくことになる。ESと同じ働きなのか否かというような研究ですね。
もし、②が原因で遠藤さんが
(C) SNPs detected in the TSC-specific genes Elf5 and Sox21.
とされているのなら、問題でしょうね。こういう書き方をするときは既に学会で共通に認められたことを基準にしなければなりませんよね。①であることを願いますけどね。けがの功名で結果的にそうであることになっても、何の自慢にもなりませんね。ただし、ややこしいのは、遠藤論文の論旨に従ってこのSox21遺伝子のSNP痕跡をトレースに使っているところがまたよくわからない論理になってますね。でもそこは後の問題としましょう。
ヒートマップの結果も私にはチンプンカンプンなんですけど、根本に同じ問題があるのではないかと疑義しています。つまり、たくさんデータを並べているんだけども何も言えてないのではないか、あるいはデータ自体が生ものということもあるのか、その時々でちがう結果が出ていて、論旨に都合よく塩梅されているのではないかという疑問です。
私はntES論です。根本的にキメラは酸浴細胞をntES化されてできた結果で、小保方さん、笹井さん、丹羽さんはキメラはSTAP細胞からスタンダードな方法でできたと思い込んでいることが、すべての無反省で不注意な解析になっている遠因だと思っています。とりあえず以上です。ここまでのところを御批判いただきたい。
>こういう書き方をするときは既に学会で共通に認められたことを基準にしなければなりませんよね
専門家ではない学とみ子のリプライで申し訳ないです。
専門知識においては、論文で書かれる前に関係者の間ではすでに既知となっていることもあると思います。
もちろん、論文では引用が大事ですが、それ以外に関係者の情報交換内容を引用できることがあると思います。
学とみ子が興味深いのは、むしろ、STAP（幹）細胞にアクロシンが入ることに、関係者たちはいつ気づいたのか？という問題です。
若山研究室では、GRASに持ち込む（一部）細胞を別名で持ち込み、細胞の性状がわからないようにしました。研究内容がいたずらに他者から暴露されないように守るためなんですかね？そうした状況で、誰がいつ、アクロシンを確定したのか？です。
"Heterogeneity in Oct4 and Sox2 targets biases cell fate in 4 cell mouse embryo"
> TS細胞においてSOX21が高発現している事の方が、発生学的には不思議な気がします。
そ～なんですよね。
trophoblast stem cell になるまでにSox21がFGF4などの影響で増えてくる？
>GOF-ESと思われるサンプルはありますか？
残念ながらB6はCD45+と例のFI-SC。まあ、このFI-SCがGOF-ESと疑われているんですが。
>学とみ子が興味深いのは、むしろ、STAP（幹）細胞にアクロシンが入ることに、関係者たちはいつ気づいたのか？という問題です。
アクロシンGFPの挿入は研究者が顕微受精の確認を観察しやすくする方法の一つであって、別に意味はないと考えています。何かの画像で、受精した瞬間に線香花火みたいに光るのを見たことがあります。若山研究室では恒常的にB6にアクロシン入りのマウスが使われていて若山氏本人も特段気にしていなかった可能性があります。ましてマウスの管理の杜撰な研究室ですよ、「今日から129/B6F1のマウスを使う事にしよう」と小保方さんに実験系を提案したとき、B6にアクロシンが入っていたと思います。ただそれを彼女に伝えてことを失念していたと考えると容易じゃないですか？隠す意味合いはないと思います。なので、手記に「確信犯の言葉が返ってきた」の意見が分からないです。当たり前でしょ？の感慨しかありません。
どうもありがとうございます。B6のGOF-ESでSOX21が高発現していて、例のFI-SCサンプルにコンタミしていたなら、全て説明可能と考えていますが、GOF-ESのRNAseqデータがないので、これ以上の解釈は無理ですね。結局はマスター遺伝子であるCDX2で見ないと、物が言えないという事かと思います。
遠藤先生も、データ解析した時にSOX21がおかしい事には気づいただろうから、若山先生に伝えてGOF-ESでのSOX21発現を調べてもらえば良かったと思いますけどね。
私の勝手な推測ですが、遠藤先生がSOX21をTSマーカーとして引っ張ってきた理由は、STAPでパブリックに出ているES及びTS細胞のRNAseqデータを比較し、発現レベルに極端な差がある遺伝子をマーカー候補として選別した結果ではないかと考えています。候補の中で、mRNAにB6/129のSNPが多く含まれる遺伝子としてSOX21をピックしたのではないかと、疑っていますが、そうであればメソッドにその旨記載すべきですね。MEFマーカーに関しては記載してますからね。
ES細胞株によって、SOX21を発現するものと、しないものがあるのではないかと考えており、たまたまSTAPでRNAseqに使われたES細胞では発現していなかったため、このような誤認識になったのではないかと思っています。遠藤論文のFig2cを見ると、ESのSOX21で検出できたSNPは１個だけのようで、少なくともこのESでは発現がかなり低かったと予想されます。この点は、Ts.Markerさんや感想さんも確認されていたように記憶してます。
SNPs were classified by known expression characteristics (TSC‐specific, ESC‐specific or other)
これが先行研究やデータベース解析に基づくのであれば、リファレンスを引用しておく必要がありますね。これだけだと、どのようにTS特異的遺伝子群を設定したのか、分かりませんね。
https://twitter.com/ts_marker/status/1109376762633285632
”ＴＳさんの解析をみんなでわかって行こう。”
をつくりました。
>> Lさん
あなたのコメント引用に関して私の誤解があったようでお詫びします。Sox21に関してあなたはTS特異的マーカーであるとは思われていないという点了解しました。私が問題にしているのは遠藤論文でSox21をTS特異的マーカーとして分析の論拠にしている点です。
>> 学さん
遠藤論文は、彼の調べたFI-SCが登録上B6/129とされているのに、ES特異的マーカーに関してはB6のSNPsしかなく、TS特異的マーカーに関してはB6が多いが違うものが少し入っていると主張しています。そのTS特異的マーカーとしてElf5とともにSox21が選ばれているんです。そしてTSが混じっていると結論し、かつ、そのTSは丹羽さんが提供したCD1マウス系統のTSだと主張しているんです。根拠は周知のものでなければならない。一部の人間だけしか正しいと思っていないことを根拠にするなんてことはあってはなりませんよね。
アクロシンの件は、2014年になった事件後、第三者機関の分析結果を、遠藤さんが、若山さんを経由して、入手し、アクロシンだと言い出したものです。2012年時の研究中のGRASへの試料持ち込み経緯とはまた別件です。これから検討することになります。
>> Ts.Markerさん
あなたの固定トゥイートは以下です。
>>
Coexpression of ES and TS markers can be seen in registered data of FI-SC Chip-seq which was regarded as ES.
How can we explain this fact?
そして<やっぱりね>のTS特異的マーカーはCdx2,Eomes,Itgα7でSox21はありませんね。加えて解析されているFI-SCは567,568,569で、桂調査でアクロシン入りと分かっています。対して、遠藤さんが分析したFI-SCは565,566です。無論あなたも解析されている。これらは桂報告がB6+1割のCD1と結論しています。
そして、私の質問は以下でした。
①遠藤論文が出る以前にSox21がTS特異的マーカーであるとする論文があるか。
②遠藤氏は分析時にどうしてTS特異的マーカーとして常識的な小保方論文にあるようなCdx2,Eomes,Itgα7,Elf5という中から二つを選ばなかったか。どうしてそこに一般的でないSox21を入れたのか
現在の知見でSox21がどういう働きをしているのかという科学的興味には今は入らないようにしましょう。桂報告書がGOF-ESと呼んでいるのは学生である糸井さんか、京極さんが作ったとされているntESのことです。無論李さんは当時博士研究員で彼の細胞ではありませんね。小保方さんはコントロールとして研究用に一皿もらっていて、これは中身はともかくとして木星リストの中にラベル書きされたチューブがあります。この核移植ESの話と、最近のSox21の研究と、若山研での8細胞期以前の受精卵ES細胞研究の話を時系列無視でつなぎ合わせて何か考えても事件解明目的としては意味がありませんから、この話も今はやらないようにしましょう。
学さんが学さんらしく直感で先走られているように、アクロシンが入っていると言い出したのは若山さん言い出しっぺの第三者機関解析データ経由の遠藤さんです。そして遠藤さんが565,566にコンタミがあると言ったんです。そしてTS特異的マーカーがあるから、TSのコンタミだと言ったんです。桂チームはTSのコンタミだとは言ってなくて、別の細胞でCD1である可能性が高いものが1割程度と言ってる。
ここはExtended Data Figure 5-eにあるBFPとGFP共挿入ESの提供元が丹羽研であるとマウス背景がCD1である可能性が出て来るところです。この実験はGOF由来FI-SCに10%の共挿入ESを混ぜている。
TSの混入を言い出したのは遠藤さんです。その根拠にSox21が使われている。ESであった可能性を先回りしてつぶしていることになりますね。以上です。ここまでのところの御批判をいただきたい。
ひとつ前のヒートマップ記事に投稿できません。ここはどうかのテストです。
投稿できました。学さん、ヒートマップの記事のところコメント欄設定が変みたいです。こちらで投稿します。
>> 学さん
>この時期の小保方氏は、STAP細胞は用意できただけかな？と思います。幹細胞実験には小保方氏は参加しておらず、若山氏から譲られた細胞しか持ち合わせていないのではないか？と想像します。
大まかにそういうことだと思います。
ただし、STAP細胞を作らされているということはその都度どんなマウスを渡されているかはわかっています。GRASへの解析依頼に関しては基本、長である若山さんの依頼認可が必要ですから若山さんの指示で行っていて、この手伝いを詳しい先輩(共著者の野老博士さんだと思います)が手伝ってくれたと手記では説明されています。従って小保方さんが全く関与していないということはないですね。ただ、笹井研に移ってからの分析は小保方さんが行っていて、このヒートマップは同じく共著者の門田さんの仕事ですね。笹井さんがかわいがっていた人のようです。
GRASからの再度サンプル提出要請はないです。彼らは提出されたものを分析するだけです。再提出しているのは笹井さんや小保方さんです。樹上図がうまく理屈どうりにならなかったからですね。丹羽さんのCD1のTSは若山さんの作ったTSが分化していたらしいという理由で提供されたものです。これは報告書に書かれています。ところが遠藤さんが分析した二つのTSラインはB6と129のF1だという結果になっている。でも登録はTSは全部CD1になっています。Ts.Markerさんの分析の記事のところにも書きましたが、この登録事務時にも何か混乱があるようだと推測しています。というのもあまりに矛盾が多いんです。
で、肝心のヒートマップですが、まず最初のaはSTAP細胞の全RNA発現遺伝子ですね。それに対してESとSTAP-SCとTSとFI-SCの同じ遺伝子発現がどうであるかと比較されている。STAP細胞が基準ですからこのときのSTAP細胞に例えばSox21が発現していなければ、他の細胞には発現していても項目には上がりません。そういう比較ですね。bは同様にES細胞基準です。
二つの問題があると思いますね。
①酸浴されているのはSTAP細胞だけで、GRAPDH値が他と違う。
②時々の細胞の状態によって発現RNAが変わる可能性。特にSTAP細胞はまだ確かな幹細胞であると確定していない。
①は相沢論文に論じられていることです。ハウスキーピング遺伝子が動いたら比較はできません。
②はキメラができたとされているから笹井さんたちが油断したんで、これがまだ博論段階の研究だったら、こんな分析は何も言えてることになりません。でも、キメラはできていて、STAP細胞は幹細胞だと、小保方さんは言うに及ばず、笹井さん、丹羽さんも含めて若山さん以外の関係者全員が信じているんです。事件は単相ではありません。以上です。
(追伸)丹羽論文記事のところにもコメントしています。こちらは受け付けられていますが、まだアップされていません。お気づきでないのかとも推測しています。