hir*tan*3*wank*さん（青字）との意見交換を書き出してみました。
＞Thus, Oct4-GFP+ cells were generated de novo from low-pHtreated CD45+ haematopoietic cells by reprogramming, rather than by simple selection of stress-enduring cells.(23
２３のmuse細胞がsimple selectionと言ったのは、muse細胞の著者です。
小保方氏らはsimple selectionとは違うと考え、de novo現象だと考えたのです。
これは小保方氏の考えです。
例えばですが、酸浴しない脾細胞を胚盤胞に入れても、キメラができたと仮定します。
この仮定をすると、論文発表時の、若山氏、小保方氏らご自身の考えは間違っていたことがわかります。
酸浴によるde novo現象は無かったのです。しかし、これはねつ造とは違います。
STAP本実験において、若山氏、小保方氏らに何らかの勘違いがあったかもしれません。
こうした解明されていないさまざまな可能性があるからこそ、単独な個人の責任に帰する事はできないのです。
小保方捏造疑い一色で終わらせた理研判断に、一般社会から抗議が起きるのです。
似たような出来事、すなわち、研究者の間違い、勘違いは、新規科学の世界では、今までもいろいろありました。
似たような出来事として、がん研究のエピソードを紹介しました。
がんになりやすい細胞が使われて発がんの実験が行われていたことに、時代が進んでから研究者が気づいたとのエピソードの話です。
hir*tan*3*wank*さん 青字
＞STAP細胞は、多能性関連遺伝子の発現やメチル化のパターンなどはES細胞に似ていて多能性細胞の性質を示すが、キメラマウスでは胎盤に寄与するなどES細胞とは異なる性質も示す」というのが論文の主張です。
これが理解できるならば、「全然違う細胞」という認識は適切ではないと思います。
キメラマウス作製成功や、胎盤に寄与する事実が論文に書かれたこととは、ESとSTAP細胞の能力に共通する機能の証明です。
つまり、異なる細胞起源の細胞であるにもかかわらず、共通の現象が観察できたのです。
少し、話題が外れ恐縮ですが、丹羽先生がESとTS細胞の転写因子についての解説文を書いています。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=29540464
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=29540464
これはTS, ESに限定して、これまでに解明されたストリーを紹介していますが、転写因子がどのような制御になっているかの複雑性を論じています。
丹羽先生は、redundancyという言葉（余剰性、重複性)を使って、そのしくみを解説しています。
転写因子は、複数で行動し、発現部分と、抑制部分が相互に作用し合い、しかも流動的です。
こうした制御により遺伝子発現が進行し、細胞は分化していきます。
結果、分化した細胞はさらに過去の経歴が加わりますので、複雑な遺伝子制御の過去も併せて考える必要があるのかな？と想像しました。
分化した細胞であれば、特異性も高く、周囲環境からの影響が大いにあるはずです。
実験系で人の目で確かめられる部分、すなわち、多能性関連遺伝子の発現やメチル化において、ESとSTAPに共通する現象を人は観察できますが、一方で、細胞の機能や経歴をふまえると、ESとSTAP細胞が異なることは、至極普通ではないでしょうか？
小保方氏が確信していたのは、分化細胞が酸浴で変化する現象までで、ESと同等になるとの実験は彼女のオリジナルな考えではなく、上司に従ったまで！だと思います。
だからそこ、若山氏の撤回要求により、その後は、彼女自身の考えに戻ったのではないでしょうか？
＞＞Thus, Oct4-GFP+ cells were generated de novo from low-pHtreated CD45+ haematopoietic cells by reprogramming, rather than by simple selection of stress-enduring cells.(23
＞２３のmuse細胞がsimple selectionと言ったのは、muse細胞の著者です。
＞小保方氏らはsimple selectionとは違うと考え、de novo現象だと考えたのです。
英文解釈が間違っています。
simple selection に対応する単語は de novo ではなく、reprogramming です。
私も英語は必ずしも得意ではありませんが、酸性などの刺激によって体細胞が初期化（reprogramming）されて多能性を獲得したというSTAP論文の主旨が理解できていれば、このような誤読をするはずはないと思いますよ。
上記の誤読された部分の前の記述も非常に重要なのですが、なぜこれを引用されなかったのでしょうか？
「In addition, genomic rearrangements of Tcrb (T-cell receptor gene) were observed in Oct4-GFP+cells derived fromFACS-purifiedCD45+ cells and CD90+CD45+ T cells (Fig. 1i, lanes 4, 5, and Extended Data Fig. 2e–g), indicating at least some contributionfrom lineage-committed T cells.」
ｈ＞分化した体細胞であるＴ細胞が初期化して得られたものだ、というのがSTAP論文の主張です。
学＞もし、あなたが、T細胞にこだわるなら、私は情報操作と断定します。
ｈ＞情報操作をしてるのは、学さんの方でしょう。
私は忠実に、STAP論文の主張を説明しているだけです。
もう一度、STAP論文を読み直してくださいね。
どうですか？
STAP細胞は、分化した体細胞であるＴ細胞が初期化して得られたものだ、という論文の根幹的な主張を示していることが理解できませんか？
同じことを書きますが、意味は理解できないのでしょうねえ。
STAP細胞は、多能性関連遺伝子の発現やメチル化のパターンなどはES細胞に似ていて多能性細胞の性質を示すが、キメラマウスでは胎盤に寄与するなどES細胞とは異なる性質も示す」というのが論文の主張です。
これが理解できるならば、「全然違う細胞」という認識は適切ではないと思います。
はい、ESとSTAP細胞が異なることはわざわざ言及するまでもなく、当たり前のことです。
しかし、同様に多能性を有するということをSTAP論文で主張されているのですから、「全く違う細胞」という表現は適切ではないと言っているのです。
「全く」という言葉をしれっと削除して胡麻化すのはやめましょうね。
誤読という表現は印象操作です。学とみ子は英語も読めないと、例の集団が大喜びしますので止めてくださいね。
デノボの意味は、STAP細胞に生じた新たな変化(すなわちreprogramming)を著者は言いたいのではないか？と。念押しの言い方にしたのではないですか？著者のみ真実を知ります。
ここは、論文を読む時に大事なとこなんですか？
だんだん、ヤッパリ氏の言い方に似てきたように思うのは、学とみ子だけでしょうか？少なくとも、ヤッパリ氏のお仲間の方でしょうか？
思い過ごしであれば、申し訳ないです。すみません、ごめんなさいと、先に言っておきます。
やたら、学とみ子は、[勉強ができない子] 呼ばわりが目立ってきましたので、そう考えましたけど－－－－
他の方々の印象はいかがでしょうか？
細胞相互の選択圧でしょう。
著者は論文に観察結果だけ書いたのです。なぜ、そんなにT細胞にこだわるのでしょうか？
ちゃんと読んで理解してくださいね。
In addition, genomic rearrangements of Tcrb (T-cell receptor gene) were observed in Oct4-GFP+cells derived fromFACS-purifiedCD45+ cells and CD90+CD45+ T cells (Fig. 1i, lanes 4, 5, and Extended Data Fig. 2e–g), indicating at least some contributionfrom lineage-committed T cells. Thus, Oct4-GFP+ cells were generated de novo from low-pHtreated CD45+ haematopoietic cells by reprogramming, rather than by simple selection of stress-enduring cells.(23
STAP論文に書かれたことと、不正調査の結果で明らかになったことを区別して考えましょうね。
T細胞に純化した後で酸性浴させたSTAP細胞にはTCRがあったとあるが、そもそも「STAP（＝刺激惹起性多能性獲得）細胞」と呼べるものとは言えないものであり、キメラも幹細胞にもTCRが無い！ どころか、そもそもSTAP細胞からではなくES細胞から作成されたものであった、というのが事実ですね。
＞細胞相互の選択圧でしょう。
それを支持する科学的根拠をお示しください。
＞著者は論文に観察結果だけ書いたのです。
STAP論文をちゃんと読みましょう。
先に医引用した部分は、観察結果だけを書いたものではない、ということを理解しましょう。
＞STAP細胞からではなくES細胞から作成されたものであった、というのが事実ですね。
あなたとは、最初、議論する相手かなと思った時がありましたが、こんなことをかいてくるようでは、ますます、疑惑の人ですね。学とみ子にES説を納得させることはできませんよ。
もし、あなたがヤッパリ氏なら、初期の頃の、変身ぶりはお見事でした。
小保方さんもスタップ論文の筆頭著者を最初は断ってたという情報もあるみたいだし。
＞小保方さんもスタップ論文の筆頭著者を最初は断ってたという情報もあるみたいだし。
デマを書かないでください。STAP論文は当初、Nature、Cell、Scienceに投稿してrejectされています。このときは、小保方氏とバカンティ氏が論文を書いています。若山先生はキメラマウスの作成やSTAP幹細胞、FＩ幹細胞の樹立はしたけれど、論文にはノータッチです。三大誌への投稿を決めたのも小保方氏、バカンティ氏でしょう。つまり、小保方氏とバカンティ氏が主導権を持っていたわけです。2度めの撤回されたSTAP論文を書いたのは、笹井先生と小保方氏（マテメソのコピペをしていた）です。つまりSTAP研究を理研に持ち込んだのも小保方氏だし、一貫して彼女が中心的役割りを果たしていたのです。実験をしたのは小保方氏と若山先生だし、データの管理も小保方氏がしていたし、若山先生はここでも論文書きには関わっていません。したがって小保方氏が筆頭著者を辞退することはあり得ません。
今回の投稿は、若山氏を守りたいとのアホさんの気持ちが良く表れています｡
しかし、キメラや幹細胞作りは、様々な確認実験が付き物ですから、作っただけで論文には関わらないとの主張では世間に通用しないです。
むしろ、こうした状況では、深刻な対立が生まれていたかもしれませんね。
アホさんたちのような若山氏擁護する人たちに囲まれてしまい、若山氏は何も言えない状況に追いやられたかもしれないと、世間は考えます。
実際に論文を書いたのは、rejectさらた3つは、小保方氏、バカンティ氏で、撤回された論文を書いたのは、笹井先生と小保方氏だということです。
それもあり得ない話です。小保方氏が大学院生なら責任著者にならず、指導者が責任著者になるのは普通です。でも、STAP研究は彼女の研究テーマであり、STAP論文発表時の彼女は、博士号を持った一人前の研究者で、しかもPＩという自分で責任を持つ立場でしたから、相応の責任を負うべきだからです。実験の中心人物であり、STAP論文の実験データを管理し、論文に掲載した図表も彼女が作成しているわけですから、責任著者を降りるなんてことはあり得ないわけです。邪推すれば、若山先生が責任著者を降りたいと言ったことを借用して、自分が名誉欲から不正をしたことはないと印象操作していると言えます。
自分はある人物の講演会の資料に書かれていた事を引用しただけですので。
＞論文に掲載した図表も彼女が作成しているわけですか
STAP論文に掲載された写真の説明文の多くが誤認であると、小保方氏がネーチャーに謝罪文を出しました。もし、実際に小保方氏が写真撮影を若山氏と一緒に行い、写真内容を確認記憶していたら、誤認指摘にも彼女は反論できたでしょう。
小保方氏は、膨大な図表を丸投げされたと思います。上司たちのために論文を書かねばならぬの使命感が小保方氏にはあったと思います。
＞小保方氏に必要な知識や能力がなかったというだけ
あなたの主張はわかっています。
私は、そう思わないです。
小保方氏はそそっかしくても、シニア研究者を引き付ける才能が、小保方氏にあったと考えます。
彼女の著作能力も高いです。
鎮静剤でトーンダウンしていたのかもしれませんが、小保方氏の才能は垣間見えます。
それぞれ、考え方に違いがありますが、自論を他人や世間に広めたいと思うのは、人の自然なる欲望です。アホさんも頑張るしかないです。
結局、聞く人がどう思うか？ですからね。
＞キメラマウスの作成やSTAP幹細胞、FＩ幹細胞の樹立はしたけれど、論文にはノータッチ
＞私は若山先生が論文には関わらないとは言ってないですよ。
上記文章矛盾しませんか？まあ、たいした問題では無いでしょう。
アホさんは、若山氏を守りたい熱い思いが強いようとの印象です。むしろ客観性を持たせるためには、少しぼかしたほうが良くないですか？
「若山先生は論文にはノータッチ」は「論文を書く作業にはノータッチ」と訂正します。
私のコメント全体を読めれば誤解することはないはずですがね。学さん流に言えば、「私の文章には省略かある。知識のある人が読めばわかる。」「想像力で読め。」「揚げ足を取るな」というところですな。（笑
は、科学者なのか？科学者でないのか？は、学とみ子の関心事です。よろしかったら、さりげなくお知らせください。
STAP論文は共同研究です。他人が小保方氏を陥れようと画策する事がいかようにも可能です。
だからこそ、DNA配列を根拠に小保方氏がES捏造をした、したであろうと決めるのは問題あります。STAP派の主張はここですよ。
アホさんは、ここの議論をしません。
TCRの出ているキメラDNAサンプルだって、小保方氏でない人が、実はCD45細胞を尻尾だと言って(誤って)小保方氏に渡したかもしれないし、それが過去のサイエンス論文には載ってしまい、若山氏も見ているのではないですか？
笹井、丹羽氏が、ここに疑問を感じて論文から外したのではないでしょうか？
ネガティブコントロールが無いというのが、ネーチャ論文から外した表向き理由でしょうけど。そうでは無く、実験ミスに気付いたのでしょう。
＞STAP論文は共同研究です。他人が小保方氏を陥れようと画策する事がいかようにも可能です。
＞だからこそ、DNA配列を根拠に小保方氏がES捏造をした、したであろうと決めるのは問題あります。STAP派の主張はここですよ。
意味不明です。調査報告書の結論は、「ＥＳ細胞の混入があった。」「混入者も不明。故意によるものか事故かも不明。」です。小保方氏を批判する人、あるいは桂調査報告書を肯定している人も、私の知る限り小保方氏がＥＳ混入犯だと名指ししている人はいませんが。もしそのように名指ししている研究者がいたら具体的に教えてください。
小保方氏を批判している人が主張しているのは、小保方氏によるデータの捏造が
あったこと、実験記録がほとんどなく生データを提出することもなかったこと、そのため証拠がなく不正とは断定できない論文上のデータ（もちろんデータが正しいと言う証拠もきちんと実験したという証拠もない）が多々あり、全く信用できない研究だったことを批判しているのです。またまた学さん得意の藁人形ですね。
＞私の知る限り小保方氏がＥＳ混入犯だと名指ししている人はいませんが。
誰も小保方氏が犯人と言ってないとした事になってます。混入の証拠が無いからです。しかし、ESが混じったと結論したら、必然的に小保方氏が多くの実験結果を操作したことになります。STAP実験の最初から最後まで関われた人は、小保方氏しかいません。アホさんならわかりますよね。ES混入説は、論文データ作成に協力したGRASもCDBも否定する説ですよ。
素人はそこまで気付かないと、たかをくくったのが、ES混入説です。本来なら、ES混入説は、複数証人がいて初めて採用可能となる説です。恐らく、外国専門者の間では、協力者や証人などの証拠を、理研は訴訟に備えて持っていると思われてるだろうと思います。
>私の知る限り小保方氏がＥＳ混入犯だと名指ししている人はいませんが。
石川氏は名指ししていましたね
石川氏は確かに最初小保方氏を名指しで告発しました。でもこれはＥＳ細胞混入者を名指ししたものではありません。あくまで留学生Ｌi氏のＥＳ細胞窃盗事件を告発したものです。結局名指しの告発は警察に受理されず、改めて被疑者不詳で受理されたものです。
学さん
＞多くの実験結果を操作したことになります。STAP実験の最初から最後まで関われた人は、小保方氏しかいません
そう思っているのは学さんです。妄想です。
例えばある殺人事件でA、B、Cと3人の容疑者がいたとします。動機は3人それぞれにあります。でも兇器は発見されていません。最後に被害者に会ったのはAです。
この場合、最後に被害者に会ったAが状況的に一番怪しいと考えられます。しかし、証拠がないので「犯人はAだ」とは決められないのです。したがってA、B、Cの3人うちの誰が犯人だとも言えないし3人とも完全に疑いが晴れた訳ではありません。ＥＳ細胞混入もそれと同じようなものです。
あなたはSTAP論文を読みましたか？
読めば、スタップ論文の主張を理解することは難しいことではありませんよ。
もし英語が苦手で論文そのものを読めないとしても、ちょっと探せば論文発表当時の理研のプレスリリースが見つかるはずですが、そこには日本語でSTAP論文の主張が明確に記載されていますので、読んでみてください。
＞A、B、Cの3人うちの誰が犯人だとも言えないし3人とも完全に疑いが晴れた訳ではありません。
あなたは科学者ですよね。
この事件は、A、B、Cなんていませんよ。それを知っていますよね？
混入説を採用すると、小保方犯行説に限定ですよ。
殺人なんてありません。あったかもしれないと想像できるのは、実験ミス、勘違い、実験妨害、イタズラ等々の、全く明らかでない闇の部分です。理研はこれを明らかにしない方針でした。
すべて小保方氏のオカシナ人格と行為に原因を帰しました。混入した人がいるとの証拠がつかめなくても、
情報操作で代用しました。
彼女がいかに無能で出鱈目な人だったのかを、報告書に書き込みました。捏造してしかるべき人と世間に思わせるためです。
そうして自らは助かった科学者を含むES派の人たちは、いまだに小保方無能説を振り撒いています。
>ES細胞混入もそれと同じようなものです。
と結語して、とある殺人事件の事例の論理を展開されていますが、あなたの言う被害者とは誰ですか？容疑者のA、B、C とは誰ですか？同じようなものなら答えて下さい。
あなたは、学さんの言う「多くの実験結果を操作したことになります。STAP実験の最初から最後まで関われた人は、小保方氏しかいません。」に対して的外れの回答をしています。
その認識は誤りです。
ＥＳ混入者容疑者は一言でいえば、STAP研究が行われていた当時CDBに属していた者全員です。なぜならSTAP細胞は酸浴してから7日間培養機にいれて培養してできるものです。その間当時の若山研では、培養機は人目につきにくい場所にあったし、夜間は研究室に鍵をかけていましたが、鍵は部屋の外に掛けてあり、CDB関係者なら誰でも入れる状態でした。そのためCDB関係者なら誰でもＥＳ細胞を混入できる機会があったと言えるからです。だから小保方氏が混入者とは決められないのです。このことは桂調査報告書に書かれています。
あなたのその認識も誤りです。
ＥＳ混入者は必ずしもSTAP研究関係者であるとは言えませんから。例えばいたずら心でやったことが大ごとになってしまったとか、必ずしも小保方氏を陥れるものではなく若山先生を陥れることが目的だったとか、STAP関係者との個人的なﾄトラブルがあったとか、もちろんSTAPの業績を焦ったSTAP関係者も外すことはできません。理研やCDBに不満があって理研を困らせようとしたとか可能性はいくらでも考えられます。だけとそのどれが真実かわ解らないのです。
＞このことは桂調査報告書に書かれています。
確かに、キメラはそれでは良いでしょうし、テラトーマはOct陽性STAP細胞に後からアクロシン陽性ES細胞が追加されても良いですね。
でも、レター論文のトラスクリプトーム解析データなどで、STAPとESの発現パターンが違います。
機器の条件操作をいじる、出てきた結果をごまかす、あるいは出鱈目サンプルを使う、全くのエア実験などなど、笹井、丹羽氏らの注目している結果に沿うようにするとの巧妙な捏造操作が必要と思うけど、そんな操作ができるのは誰でしょうか？
操作をしないで論文に書くだけなんて不可能でしょう？
あるいは、全く操作しないで、上司をごまかす手法があるのでしょうか？
＞だけとそのどれが真実かわ解らないのです。
ここって大事ですよね。誰が何をしたのかがわからない。狙われたのは、小保方氏だけでなく、若山氏、若山研究室かもしれないです。
若山氏側からの嘘の情報を小保方氏に入れて、両者の対立を煽ったりした何者か？がいたかもしれません。
研究者の間の不和と不信感を煽った何者か？がいたかもしれません。
こうした状況では、皆、不幸な顛末とならざるを得ません。
だから、可能性＝かも知れないは、誰でも何でも言えてしまいます。事実として誰もが認められるには証拠を示さないと意味がないのですよ。証拠がなければ推理小説にしかならないのです。事実の解明には何の役にも立たないのです。
ため息ブログ氏はどうなんでしょう？（名指しまではしていないということですか）
＞あくまで留学生Ｌi氏のＥＳ細胞窃盗事件を告発したものです
告発当時の石川氏のコメント（FRIDAY）見て、『窃盗事件だけ』をターゲットにしていると思った人は、ごくごくわずかでは？（そんな人がいるんですか？）
＞可能性＝かも知れないは、誰でも何でも言えてしまいます。事実として誰もが認められるには証拠を示さないと意味がないのですよ。証拠がなければ推理小説にしかならないのです。
石川氏やNHKにも同じこと言うべきじゃないですか？
ttps://blogs.yahoo.co.jp/solid_1069/15834356.html
2019/1/24(木) 午前 8:44学とみ子
学とみ子曰く：「以前のため息氏は、理研のiPS細胞を持ち出してきたけど、この時で懲りたみたい。細胞を弱酸につけると細胞は丸坊主になりDNAメチル化もすっかり無くなるとのため息氏の思い込みは、素人並みだった。TCRの理解もなかった。」
「細胞を弱酸につけると細胞は丸坊主になりDNAメチル化もすっかり無くなる」とは言ったこと・書いたことがありませんし、思い込んでもいません。嘘を撒き散らさないでください。
証拠を示せないのなら、謝罪の上、訂正、もしくは削除してください。
＞それなら最初にキメラが出来た状況をES細胞の混入でこうやって作ったと説明してほしいな。
何今ごろそんなこと言っているの？そんなこともうすでに何回も説明されているよ。アンタが解ってないだけだよ、恥ずかしい。ただ、それはあくまで部外者の想像にすぎないから、当事者が事実を語らない限り真相は籔の中なんです。だからそんなところを追求しても意味がないし、ＥＳ細胞の混入という調査報告書の結論を否定することはできないのです。
アホらし。
＞ＥＳ細胞の混入という調査報告書の結論を否定することはできないのです。
複雑な故意、あるいは故意でないイベントが積み重なって、結果、不可解なSTAP論文になった経緯があります。
桂報告書委員たちがこれらを考慮しなかったことは、アホさんもお認めですね
＞証拠を示さないと意味がないのですよ。証拠がなければ推理小説にしかならないのです。
犯人、それも複数かもしれない犯人たちは、お互いの犯行を知らない状況かもしれません。
関係者の誰からも自白が無いですし、警察権力をもっても解明できないでしょう。
十年、二十年後に、個々に証言が出て来るでしょうけど、それまでは宙に浮いたままです。
但し、理研は、一般社会向けに、科学的手段でES混入を証明したかのように持っていけると踏んだのでしょう。素人判断的なES説です。
理研の上層部からの指導力が効かない状況だったでしょうね。
＞実験記録がほとんどなく生データを提出することもなかったこと、ｰｰｰ論文上のデータ（もちろんデータが正しいと言う証拠もきちんと実験したという証拠もない）が多々あり、全く信用できない研究だったこと
仮の話ですが、小保方氏が
[私は実験をしていないので、データは出せません]
と言ってしまったら、桂報告書で、データ提出が無いとしてスルーした
部分がぶっ飛びますね。
アホさんが熱心に書かれているこの部分、小保方氏が何か発言したら、あなたは困りますね。
それとも、桂調査委員会のヒアリングの席で(小保方氏が)言わなかったのだから、アホさんは、今さら無効だ！としますか？
なぜ、幹細胞後の各実験について、小保方氏は、自らの関わりの薄さを、調査委員た
結局、小保方氏は騙されたのではないか？と。